Чем занимаются биоинформатики, какие плюсы и минусы этой профессии, произойдет ли AI-революция в сфере обработки данных и по каким траекториям будет развиваться отрасль в 2023 году. Ответы на эти вопросы можно найти в новой обзорной статье Бластима.

#бластим_технологии

🌟Бластим объявляет дополнительный набор на модуль по Статистике!

Если вы пропустили первую часть курса по анализу данных, посвященную азам программирования на R, то сейчас еще можно успеть на второй модуль — саму «Статистику». Мы пришлем вам записи прошедших лекций и практик для самостоятельного освоения, вы сможете наверстать материал и присоединиться к модулю 2. Он пройдет 24 — 28 апреля.

Всего за 5 дней вы научитесь понимать истинный смысл и начинку статистических тестов, а также потренируете каждый новый навык на практике. Кстати, для анализа можно будет принести свои данные и обработать их прямо во время обучения!

Занятия пройдут очно в Москве или онлайн. Успейте записаться, количество мест ограничено: bit.ly/3GjHWMg

#бластим_курсы

Последние научные открытия в фокусе Бластима!

🐜Желтые сумасшедшие муравьи (Anoplolepis gracilipes) — опасные инвайдеры, случайно завезенные в Австралию и остров Кристмас. Насекомые разрушают традиционные экосистемы, угрожая местным видам-эндемикам. В новой статье в Science описано открытие в области генетики этих муравьев. Как известно, перепончатокрылые часто характеризуются гаплодиплоидностью, когда самки — диплоидны, а самцы — гаплоидны. У желтых же муравьев оказалось, что самцы являются химерами: они развиваются из оплодотворенных яиц, в которых родительские ядра в зиготе не сливаются, а делятся независимо. Вероятно, такая ситуация является результатом конфликта между двумя сосуществующими генетическими линиям, которые конкурируют за то, чтобы стать germline.
Подробнее: https://www.science.org/doi/10.1126/science.adf0419

🩸Сегодня малярия снова поднимает голову: появляются устойчивые к инсектицидам комары и нечувствительные к терапии артемизинином плазмодии. В Nature Communications международная группа авторов предложила изящный метод борьбы с болезнью. Чтобы малярия передавалась, комары Anopheles должны захватывать зрелых гаметоцитов плазмодия из крови зараженного человека. Гаметоциты находятся внутри эритроцитов и сильно деформируют их. Если же с помощью препаратов поддержать жесткую форму пораженных красных кровяных телец, то они застрянут в миллипоровых фильтрах селезенки и тем самым будут исключены из кровотока! Ученые провели скрининг более 13 тыс. соединений с помощью микрофильтров, имитирующих селезенку, и смогли найти ряд перспективных молекул, которые уже вошли в клинику.
Подробнее: https://www.nature.com/articles/s41467-023-37359-2

♻️Полигидроксиалканоаты (ПГА) — многообещающий тип биопластика, который вызывает все больший интерес. ПГА биоразлагаемы, и их можно синтезировать как химически, так и с помощью микроорганизмов. Тем не менее по эксплуатационным свойствам они пока проигрывают пластмассам нефтехимического происхождения. ПГА хрупки, термически нестабильны и не годятся для вторичной переработки. Американские химики сообщают, что замена в мономере реакционноспособных атомов водорода, соседствующих с карбонильной группой, на метилы делает полигидроксиалканоат более пластичным, стойким и пригодным для получения расплавов и извлечения мономеров.
Подробнее: https://www.science.org/doi/10.1126/science.adg4520

#выходные_у_бластим

В конце мая Бластим планирует провести виртуальную Ярмарку вакансий в биотехе!

Как это будет? Представители компаний в режиме онлайн-сессий расскажут об актуальных задачах, командах, открытых вакансиях, стажировках и учебных программах. Участники смогут задавать вопросы, а также обмениваться контактами с работодателями. Для соискателей участие бесплатное.

А какие компании вы хотели бы видеть на Ярмарке Бластима? Пишите в комментариях — и мы пригласим!

#бластим_ярмарка

🔎Бластим разыскивает помощника рекрутера!

Бластим HR выходит на международный рынок и расширяет команду. Мы ищем помощника рекрутера, готового активно участвовать в развитии проекта. Наша миссия — укреплять технологические команды лучшими кадрами для решения глобальных проблем, стоящих перед человечеством. Задача для текущей позиции — не найти секретаря на бумажную работу, а вырастить самостоятельного рекрутера, готового браться за сложные вакансии. С нас все наши знания, с вас — большая работоспособность и готовность много и быстро учиться.

📝Предстоит:
— разрабатывать стратегии поиска кандидатов;
— формировать лонг-лист соискателей (работа с нашей базой специалистов, Linkedin и другие соцсети, медиа, Huntflow, «партизанский» поиск);
— писать тексты для вакансий и презентации соискателей;
— проводить интервью на английском языке.

🧠Ждем ваши отклики, если вы:
— владеете английским (не ниже уровня B2);
— любите и умеете быстро искать информацию;
— имеете естественно-научный бэкграунд;
— готовы проводить интервью с кандидатами и вести деловую переписку.

🌐Условия:
— Компенсация: фикс + премия за успешный найм;
— Полностью удаленная работа, гибкий график. Мы работаем с компаниями в разных часовых поясах, но стараемся выбирать удобное время для встреч.

🚀Эта вакансия дает возможность карьерного роста и релокации в Европу в среднесрочной перспективе

Откликнуться можно на сайте: bit.ly/3UqtgAM

P.S. Будет здорово, если помимо резюме вы добавите сопроводительное письмо

#бластим_вакансии

Свежая подборка вакансий в международной индустрии!

📌Датасаентист в Atomic AI (Южный Сан Франциско, США)
Atomic AI — биотех-компания, которая занимается драг-дизайном с помощью ИИ и структурной биологии. Открыта позиция датасаентиста: предстоит совершенствовать платформу прогнозирования структуры РНК. Требования: PhD в области компьютерных наук, вычислительной биологии, биоинформатики, статистики, а также опыт работы с 3D-моделированием биомолекул и владение Python.

📌Директор по геномной медицине в 23andMe (Саннивейл, США)
Предстоит разрабатывать новые медицинские услуги в области фармакогеномики для клиентов 23andMe, обучать клиницистов использовать современныые методы в практике, интегрировать геномную медицину в здравоохранение. Требуется MD, PhD или PharmD, опыт работы в области клинических испытаний.

📌Датасаентист в протеомику в Bruker (Бремен, Германия)
Компания Bruker по разработке ЯМР, ГХ и других аналитических методов ищет сотрудника для управления проектами в области анализа протеомных данных. Необходимы знания по датасайнс, вычислительной биологии, биостатистики, глубокое понимание протеомики. Приветствуется опыт обработки dig data, в идеале методами ML, а также хорошие навыки программирования на Python.

📌Директор по управлению проектами в Odyssey Therapeutics (Бостон, США)
Требуется менеджер RnD-проектов в области разработки малых молекул в сфере онкологии и иммунологии. Предстоит сотрудничать с руководителем группы RnD и неклинических разработок, CRO. Нужен опыт управления командами и продвижения молекул-кандидатов до подачи в регулирующие органы (IND/CTA).

📌SDET в Genedata (Мюнхен, Германия)
Требуется разработчик софта для платформы Genedata Profiler в области прецизионной медицины. Позиция подходит для тех, кто имеет большой опыт разработки ПО, демонстрирует уверенное знание Python, Java и сервисов REST, инструментов CI/CD (Jenkins, GitLab).

📌Главный научный сотрудник в Syngenta (Джилоттс Хилл, Англия)
Компания в области устойчивого с/х Syngenta Group приглашает специалистов по структурной биологии для разработки агрохимикатов. Требуется опыт в решении белковых структур с помощью рентгеновской кристаллографии, а также ЯМР, крио-ЭМ. Желателены навыки экспрессии и очистки белков, знание методов ITC, DSF и SP, химии взаимодействий белок-лиганд.

📌Вице-президент по RnD в Scribe Therapeutics (Аламида, США)
Приглашается кандидат разрабатывать препараты CRISPR-терапии. Задача: руководить сотрудниками по вопросам планирования, проведения и интерпретации экспериментов. Нужны PhD-степень и солидный опыт в разработке лекарств и подготовки нормативных документов (IND/CTD, NDA/BLA). Желательно знакомство с CRISPR-технологией.

📌Вычислительный генетик в InstaDeep (Париж, Франция)
Предстоит разработка методов ML для обработки и интерпретации транскриптомных и других омиксных данных для всестороннего изучения взаимосвязи между РНК и раком. Нужна PhD или степень магистра с эквивалентным опытом работы от 3 лет, а также сильные навыки на Python, опыт работы с ML, GWAS, знания ПО для обработки данных RNA-seq и QTL-картирования.

Откликайтесь сами и делитесь подборкой с друзьями!

#бластим_вакансии

Бластим советует канал медицинского портала «Лечащий врач». В телеграме публикуется доказательная и только научная информация: будет интересно врачам, фармацевтам, а также биологам, работающим в медицине.

Подписывайтесь, чтобы узнать:
➖Существует ли вакцина от малярии?
➖Кофе – польза или вред? Бесконечный спор врачей и ученых
➖Новая система анализа изображений сетчатки для раннего скрининга сахарного диабета
➖«Эффект Моцарта» – правда или миф?
➖Как связаны стресс и длина теломер лейкоцитов?
➖Самое редкое заболевание человека в мире
➖Новое в онкологии: CD8+ визуализация и вирусы в лечении рака

💻Помощь практикующему врачу: раздел Медицинских калькуляторов

Зарубежный опыт

📌Приверженность терапии в кардиологической практике: перевод статьи «Medication adherence in cardiovascular medicine», BMJ
📌Перевод статьи «Stress-Induced Diabetes: A Review», Cureus, Springer Nature

#бластим_рекомендует

Вакансия дня: специалист в области химии белка в Клонинг Фасилити!

Клонинг Фасилити — российская биотехнологическая компания, созданная в 2019 году учеными из ИБХ РАН и Imperial College London. Компания проводит собственные исследования и разрабатывает новые технологии в области генной инженерии и синтетической биологии.

Обязательные требования:
— уметь проводить гетерологическую экспрессию в клетках E. coli и дрожжей;
— владеть методами очистки и анализа белков: хроматографией, электрофорезом, иммуноферментным анализом, ограниченным протеолизом белка;
— опыт: 1—3 года.

Условия:
— Приятная дружная команда;
— Полный рабочий день, оформление по ТК РФ;
— Участие в разработке новых технологий и в научных публикациях;
— Возможность карьерного роста и увеличения зарплаты по мере достижения результатов;
— Испытательный срок: 3 месяца.

Если вакансия вас заинтересовала, пожалуйста, пройдите по ссылке и ответьте на вопросы анкеты: bit.ly/3MQoZES

Дедлайн: до 31 мая

Важнейшие новости науки в обзоре Бластима!

🌎С принятием в 1987 году Монреальского протокола, запретившего большинство озоноразрушающих химикатов, проблема истончения озонового слоя Земли казалась окончательно разрешенной. Новая статья в Nature Geoscience рисует тревожную картину. Атмосферные химики обнаружили, что уровень хлорфторуглеродов (фреонов), разрушающих озон, за период с 2010 по 2020 годы все равно рос. Ученые предполагают, что продолжающаяся эмиссия запрещенных веществ в атмосферу вызвана непреднамеренными выбросами газов предприятиями. Хотя промышленность давно перешла с опасных хлорфторуглеродов на относительно безвредные гидрофторуглероды, фреоны все равно нужны в качестве сырья при производстве своих же заменителей. А это не контролируется должным образом. По мнению специалистов, такие выбросы могут свести на нет все усилия, предпринятые в рамках международных экологических соглашений.
https://www.nature.com/articles/s41561-023-01147-w

🔥В Nature Communications опубликована любопытная статья по тонкому моделированию влияния будущего изменения климата на экосистемы. Китайские и европейские биологи смогли оценить, как искусственно вызванное потепление скажется на сезонных фазах развития растений, почвенных микроорганизмов и микрофауны альпийского луга на Тибетском нагорье. Оказалось, что экспериментально созданное с помощью специальных нагревательных элементов повышение температуры почвы на 2–4 °C вызывает значительный рост биологической активности всех обитателей: усиливается вегетация растений, почвенное дыхание микробов и питание детритофагов. Однако фенологическая реакция на потепление асинхронна. Это несоответствия во времени начала сезона и пиков активности организмов может привести к нарушению функционирования природных сообществ и подорвать их стабильность.
https://www.nature.com/articles/s41467-023-37938-3

🐻Когда человек из-за болезни или травмы какое-то время вынужденно прикован к постели, он подвергается повышенному риску развития венозной тромбоэмболии глубоких вен ног. Напротив, у хронически иммобилизованных пациентов с повреждением спинного мозга частота тромбоза не выше среднепопуляционной. Интересно, что бурые медведи, которые впадают в спячку и проводят в неподвижном состоянии по полгода, также не имеют никаких проблем с тромбами. Ученые исследовали протеом крови здоровых добровольцев на длительном постельном режиме, хронически неподвижных больных, а также бурых медведей в период гибернации и активности. Было установлено: антитромботическая защита прежде всего связана с пониженной экспрессией белка теплового шока 47 (HSP47), что делает его перспективной лекарственной мишенью.
https://www.science.org/doi/10.1126/science.abo5044

#выходные_у_бластим

⭐️Группа молекулярного дизайна и инжиниринга (Санкт-Петербургский Государственный Университет, Санкт-Петербургский Политехнический Университет, СПбАУ РАН) приглашает в аспирантуру!

Общее направление исследований — дизайн и инжиниринг новых молекулярных систем с заданными свойствами на основе низкомолекулярных соединений и биологических молекул.

🖥Все исследования группы являются междисциплинарными, и включают в себя широкий спектр экспериментальных методов и методов компьютерного моделирования. Это позволяет вести полный цикл разработки новых молекулярных инструментов.

После постановки задачи проводится полноценный компьютерный дизайн нового соединения. Полученные на основе дизайна объекты синтезируются методами органического синтеза / генной инженерии, их физико-химические и биологические свойства проверяются при помощи различных экспериментальных методов.

💊Основные объекты интереса: флуоресцентные белки для биомедицинских применений, фотоактивируемые лекарственные препараты, искусственные энзимы. Важной частью исследований является разработка нового программного обеспечения и подходов вычислительной химии.

Группа заинтересована в специалистах из разных областей физики, химии и биологии, желающих подключиться к исследованиям. Возможно финансирование с грантов РНФ.

✅По всем вопросам, включая прохождение предварительного собеседования, писать на почту: moldesignresearch@gmail.com

#бластим_рекомендует

🐮Вакансия в Кситесте: бизнес-ассистент!

Кситест — первый в России сервис для геномной селекции животных. С помощью генетического теста специалисты компании сразу после рождения животного прогнозирует его продуктивность и здоровье. Метод позволяет повысить доходность предприятия и внедрен уже во многих развитых странах.

Сегодня в команду нужен бизнес-ассистент в московский офис — для аккаунт-менеджера и руководителя. Задачи будут разнообразные, потребуют внимательности, умения заманчиво писать и быстро вникать. Вот примеры:

📞Позвонить партнеру и уточнить цену на генетический тест, составить список образцов для передачи в лабораторию или собрать первичные документы по поставщикам,
🏝Организовать командировку
🛶Выбрать самую красивую лодку для корпоратива или собрать мерч для сотрудников.

Требования:
☀️Здорово, если есть опыт бизнес-ассистента. Если нет, можно компенсировать активностью и настроем,
🌽Опыт в био- или агротехе будет преимуществом,
🇬🇧Хорошее знание английского,
⚙️Ответственность и постоянный улучшайзинг всего!

Условия:
📍Классный тихий офис в самом центре Москвы
⏰Фултайм (с 10 до 19), но график гибкий: можно приходить немного раньше или позже,
✊Небольшая, умная и приятная команда,
💰Зарплата в зависимости от опыта, обсудим.

В отклике пришлите, пожалуйста, небольшой рассказ о себе: bit.ly/3MXB3Vf

#бластим_вакансии

Хотите узнать, как с вашей специальностью можно войти в IT и Data Science? Начали программировать и где-то «застряли»? Столкнулись с датасетом, но не представляете, как подступиться к анализу данных? Python — самый популярный язык программирования, который позволит решить большинство задач.

Бластим открывает набор на вводный курс «Python для анализа данных в науке» специально для новичков. Мы начнем с самых основ, никаких prior knowledge не понадобится.

Преимущества:
— мы пересобрали программу и предусмотрели свободный формат, чтобы осваивать Python неспешно и оставлять время на усвоение знаний;
— результатом обучения будут полезные инструменты для работы, которые позволят экономить время за счет автоматизации задач;
— удобный тайминг: занятия по вечерам, полностью онлайн, а также записи лекций и поддержка кураторов в чате;
— удостоверение о повышении квалификации гособразца.

Программа подойдет биологам, химикам, врачам, биоинформатикам и всем любителям анализа данных. Вы с нуля научитесь эффективно преобразовывать, визуализировать данные и в итоге сможете претендовать на совсем другой уровень зарплат или даже сменить сферу деятельности.

Занятия с 16 мая по 15 июня по вторникам и четвергам, в сумме 30 часов.

🐍Зарегистрируйтесь до 20 апреля по ссылке ниже и забронируйте скидку в 10 тысяч. Если вы аспирант или студент — узнайте про специальное предложение, оставив заявку на консультацию: bit.ly/43FLL8G

Недавно мы делали подробный экскурс в фарму, где рассмотрели классификацию лекарств и ключевые этапы их разработки. А сегодня нырнем в гибридомную технологию получения моноклональных антител — важной группы биологических препаратов и основы таргетной терапии.

Моноклональные антитела — большие молекулы, очень специфично распознающие свою мишень в организме и применяемые для лечения множества заболеваний. Их нельзя синтезировать химически, так как они слишком сложно устроены. Для производства моноклональных антител используют биологические системы: вирусы, дрожжи, клеточные культуры и даже целые организмы. Методы получения антител можно разделить на две большие группы — гибридомные и дисплейные.

💊Метод гибридóм основан на получении особых клеток-гибридов, сочетающих в себе особенности В-лимфоцитов и опухолевых клеток. Для их наработки проводят иммунизацию животного (обычно мыши) — то есть вводят в него антиген. В ответ на это мышь вырабатывает множество специфичных к этому антигену В-лимфоцитов. Затем В-клетки выделяют из организма и объединяют с опухолевыми клетками (обычно — с клетками миеломы) в специальных условиях.

🔍Получившаяся гибридома «наследует» от В-лимфоцита способность вырабатывать антитела, а от клетки миеломы — способность к неограниченной пролиферации. В результате нескольких этапов селекции и скрининга (отбора наиболее специфично связывающихся с нужной мишенью гибридóм) отбирают самую подходящую гибридóму. Ее размножают, чтобы получить множество копий одной и той же клетки, которые будут нарабатывать только нужные антитела.

✅Главное преимущество метода в том, что это естественная, приближенная к живому организму система. На выходе получают полноценные молекулы растворимых антител, которые хорошо нарабатываются в больших масштабах.

⛔Но у гибридом есть и ограничения, главное из которых — небольшое количество молекул-кандидатов, которые удается проверить в одном раунде. Еще одна сложность — при таком подходе получаются антитела иммунизированного животного. Такие антитела чужеродны для человека, поэтому их необходимо гуманизировать («очеловечивать») — этим занимаются биоинформатики.

Подробнее об особенностях биопрепаратов рассказывает Равиль Ниязов во второй лекции курса «Из исследований в разработку фармпрепаратов».

#бластим_фарма
#бластим_технологии

Институт Теоретической и Экспериментальной Биофизики РАН приглашает принять участие в работе конференции «День ДНК-2023»!

25 апреля в ИТЭБ РАН отмечается День ДНК. Дата считается днем рождения молекулярной биологии, поскольку именно в этот день в 1953 году в Nature вышла легендарная статья Джеймса Уотсона и Фрэнсиса Крика. В этом году мы празднуем 70-летний юбилей открытия.

Двойная спираль совершила научную революцию и повлекла за собой целый ряд новых открытий, без которых нельзя представить современную жизнь.

В рамках мероприятия будут обсуждаться разнообразные вопросы, касающиеся работы с ДНК. Участниками конференции «День ДНК-2023» станут как ученые, проводящие исследования генов и геномов, так и представители разных компаний, предлагающих услуги по секвенированию и занимающихся разработкой секвенаторов.

Адрес проведения: Московская область, г. Пущино, Институтская, 3, большой конференц-зал.

Сайт мероприятия: bit.ly/41s19UF

Приглашаются все желающие!

#бластим_рекомендует