#GRSciColl Глобальный реестр научных коллекций, созданный GBIF несколько лет назад, обновил свои страт цели на 2025 год. Проект активно развивается, цели растут, и мы спешим принять участие:
1️⃣ Будет продолжено привлечение сообщества волонтеров к наполнению базы. Продолжится сотрудничество с другими платформами (например, CETAF и ALA) для координации работы в этом направлении.
2️⃣ Запланировано создание и запуск обучающего модуля для редакторов GRSciColl. В 2025 году для всех, заинтересованных в наполнении базы данных, пройдет онлайн-тренинг.
3️⃣ Будет улучшение поиска коллекций по дисциплине (таксонам). Большая часть полей базы содержит свободный текст, что усложняет поиск информации. Появятся новые модули для работы волонтеров, в том числе для заполнение ключевых полей, поиска упоминаний коллекций в литературе.
4️⃣ Начнется стандартизация цитирования коллекций в литературе. Особенно, во время оцифровки архивной литературы (пример проект PLAZI). Будут обсуждаться примеры "лучших практик" цитирования коллекций в научных публикациях.
Please open Telegram to view this post
VIEW IN TELEGRAM
⚡1👍1
#соцсети GBIF теперь на Mastodon! https://biodiversity.social/about
🌱 альтернативная соцсеть, или микроблог, созданный для общения о биоразнообразии и данных
🔧 изучаем, как это работает )
🌱 альтернативная соцсеть, или микроблог, созданный для общения о биоразнообразии и данных
🔧 изучаем, как это работает )
👍2
#цитированиеGBIF Разберем распространенную ошибку цитирования находок видов по GBIF.
Пример: автор описывает ареал распространения вида "... охватывает Европу и Северную Америку (Hypholoma subericaeum…, 2023)", а в Списке литературе формирует ссылку:
❓ Что здесь не правильно?
Ссылка отправляет на название таксона в таксономическом справочнике GBIF. DOI из этой ссылки откроет набор данных этого таксономического справочника. В нем по названию мы сможем найти наш таксон, и потом перейти на все находки этого вида, которые и формируют его ареал. Но эти находки будут сформированы на тот момент, когда читатель открыл GBIF. Это может произойти спустя 10 лет после публикации, а число находок таксона возросло за это время в 100 раз. Ареал совсем не тот, что был на момент публикации. Получается, автор в своей работе «соврал» о том, что находок вида 10 (сейчас их 1000)❗️
❓ Как правильно процитировать?
GBIF секретариат разработал систему уникальных ссылок на момент скачивания записей о находках. Для этого нужно сделать экспорт данных и получить уникальную ссылку, которая отправляет на архив данных, созданный для определенного таксона на определенную дату. Даже если 10 лет спустя читатель откроет этот DOI, архив останется прежним. Картина ареала для автора и читателя, полученная с расстоянием в 10 или 100 лет, полностью совпадет! Подробнее о правилах цитирования на портале GBIF.
Пример: автор описывает ареал распространения вида "... охватывает Европу и Северную Америку (Hypholoma subericaeum…, 2023)", а в Списке литературе формирует ссылку:
Hypholoma subericaeum (Fr.) Kühner in GBIF Secretariat (2023). GBIF Backbone Taxonomy. Checklist dataset https://doi.org/10.15468/39omei accessed via GBIF.org on 2024-12-23.
❓ Что здесь не правильно?
Ссылка отправляет на название таксона в таксономическом справочнике GBIF. DOI из этой ссылки откроет набор данных этого таксономического справочника. В нем по названию мы сможем найти наш таксон, и потом перейти на все находки этого вида, которые и формируют его ареал. Но эти находки будут сформированы на тот момент, когда читатель открыл GBIF. Это может произойти спустя 10 лет после публикации, а число находок таксона возросло за это время в 100 раз. Ареал совсем не тот, что был на момент публикации. Получается, автор в своей работе «соврал» о том, что находок вида 10 (сейчас их 1000)❗️
❓ Как правильно процитировать?
Hypholoma subericaeum (Fr.) Kühner in GBIF.org (22 January 2025) GBIF Occurrence Download https://doi.org/10.15468/dl.qftkag.
GBIF секретариат разработал систему уникальных ссылок на момент скачивания записей о находках. Для этого нужно сделать экспорт данных и получить уникальную ссылку, которая отправляет на архив данных, созданный для определенного таксона на определенную дату. Даже если 10 лет спустя читатель откроет этот DOI, архив останется прежним. Картина ареала для автора и читателя, полученная с расстоянием в 10 или 100 лет, полностью совпадет! Подробнее о правилах цитирования на портале GBIF.
👍2
#соцсети #biodiversitySocial Преимущество специальных соцсетей: они имеют специальные смайлики! https://biodiversity.social/
👍1
#rgbif Для любителей работы с кодом, GBIF и разработчики открытого кода создают пакеты rgbif и pygbif.
🌱 Кто не знаком, начать работу можно с помощью простых инструкций.
Вопрос продвинутым пользователям rgbif: помогите написать код для того, чтобы еженедельно (по диапазону дат) получать ключи новых опубликованных наборов данных для стран из списка? (буду использовать его в новостной ленте нашего канала)
🌱 Кто не знаком, начать работу можно с помощью простых инструкций.
Вопрос продвинутым пользователям rgbif: помогите написать код для того, чтобы еженедельно (по диапазону дат) получать ключи новых опубликованных наборов данных для стран из списка? (буду использовать его в новостной ленте нашего канала)
👍1
#SPNCH2025 #конференции Открыта регистрация на ежегодную конференцию Общества сохранения естественнонаучных коллекций (SPNCH) 27-31 мая 2025. Дедлайн отправки абстрактов 3 марта 2025 года. Мероприятие в гибридной форме. Список разнообразного меню интересных секций и мероприятий размещен на сайте конференции.
⚡1
❗️ Открыто общественное обсуждение предлагаемых изменений DwC
Каждый год группа поддержки DwC предлагает изменения и дополнения стандарта.
Группой создана полезная страничка на GitHub: FAQs о внесении изменений в DwC (https://github.com/tdwg/dwc/wiki/Darwin-Core-Maintenance-Frequently-Asked-Questions)
🔧 Для удобства все ПРЕДЛАГАЕМЫЕ ИЗМЕНЕНИЯ СОБРАНЫ ЗДЕСЬ: https://github.com/tdwg/dwc/milestone/19.
Среди новых предлагаемых терминов мои любимые: substrate, feedbackURL
❓ А ваши какие любимые?
➡️ Для справки: изменения в словаре делятся на ненормативные и нормативные.
Ненормативные изменения представляют собой уточнения и исправления ошибок. Ненормативные изменения могут происходить в любое время без процесса общественного обсуждения или ратификации, по усмотрению группы по поддержке Darwin Core. Ненормативные изменения, как правило, не приводят к выпуску новой версии стандарта.
Нормативные изменения включают добавления или изменения, которые влияют на семантику или использование терминов. Нормативные изменения должны пройти определенную процедуру, и должны пройти минимум 30-дневное общественное обсуждение. В ходе общественного обсуждения должен быть достигнут консенсус, чтобы предложение по изменению могло быть вынесено на ратификацию. Нормативные изменения всегда приводят к выпуску новой версии стандарта.
Каждый год группа поддержки DwC предлагает изменения и дополнения стандарта.
Группой создана полезная страничка на GitHub: FAQs о внесении изменений в DwC (https://github.com/tdwg/dwc/wiki/Darwin-Core-Maintenance-Frequently-Asked-Questions)
🔧 Для удобства все ПРЕДЛАГАЕМЫЕ ИЗМЕНЕНИЯ СОБРАНЫ ЗДЕСЬ: https://github.com/tdwg/dwc/milestone/19.
Среди новых предлагаемых терминов мои любимые: substrate, feedbackURL
❓ А ваши какие любимые?
➡️ Для справки: изменения в словаре делятся на ненормативные и нормативные.
Ненормативные изменения представляют собой уточнения и исправления ошибок. Ненормативные изменения могут происходить в любое время без процесса общественного обсуждения или ратификации, по усмотрению группы по поддержке Darwin Core. Ненормативные изменения, как правило, не приводят к выпуску новой версии стандарта.
Нормативные изменения включают добавления или изменения, которые влияют на семантику или использование терминов. Нормативные изменения должны пройти определенную процедуру, и должны пройти минимум 30-дневное общественное обсуждение. В ходе общественного обсуждения должен быть достигнут консенсус, чтобы предложение по изменению могло быть вынесено на ратификацию. Нормативные изменения всегда приводят к выпуску новой версии стандарта.
🔥1
#newDatasets За последнюю неделю (24 февраля-2 марта) в GBIF опубликовано 5️⃣ наборов данных!
🌷 У нас новая рубрика: Артем Созонтов создал скрипт, возвращающий раз в неделю новые датасеты, опубликованные из стран Центральной Азии, Кавказа и России.
✅ Pathogenic fungi of urban flora of Tashkent city
Патогенные грибы (ура, 🍄) городской флоры Ташкента (наверное, в ходе фитопатологического обследования территории собрана, небольшая коллекция, но все оцифровано с изображениями). Институт ботаники АН Узбекистана. В рамках GBIF in Central Asia.
✅ The occurrence of Bruguiera hainesii C.G.Rogers 1919 in Vietnam
Новые находки мангрового 🏝 дерева из Вьетнама - набор данных к свеже-опубликованной статье (https://doi.org/10.3897/oneeco.10.e142064). Институт проблем экологии им. А. Н. Северцова + Российско-Вьетнамский научный центр.
✅ Fauna and ecology of the Cladocera type of water courses of the Fergana valley
Оцифровка коллекций Кладоцер 🫎 (185 образцов) водотоков Ферганской долины. Институт ботаники АН Узбекистана. В рамках GBIF in Central Asia.
✅ Distribution of the genus Phlomoides Moench in the Fergana Valley (taxonomy, geography, ecology and conservation).
Оцифровка гербария рода Зопничек (Phlomoides, Phlomis) - всего 4 620 коллекций. Институт ботаники АН Узбекистана. В рамках GBIF in Central Asia.
✅ Data on the locations and behavior of breeding birds obtained by mapping
Учеты певчих 🐧 птиц на постоянных трансектах в Хамар-Дабане (Байкальский заповедник). Более шести тысяч находок птиц, их местообитания и поведение. Учеты проводились по детальной методике. В наборе данных публикуются исходные данные. Они хранятся также в собственной базе данных BAIKAL. Часть данных опубликованы ранее в статьях (см. библиографию). Институт проблем экологии им. А. Н. Северцова + Институт математических проблем биологии.
🎂 ПЕРВОЕ МЕСТО в рейтинге прошедшей недели субъективно отдаем Учетам 🐧 в Хамар-Дабане (надо же аффтару чем-то развлекаться ;).
🌷 У нас новая рубрика: Артем Созонтов создал скрипт, возвращающий раз в неделю новые датасеты, опубликованные из стран Центральной Азии, Кавказа и России.
✅ Pathogenic fungi of urban flora of Tashkent city
Патогенные грибы (ура, 🍄) городской флоры Ташкента (наверное, в ходе фитопатологического обследования территории собрана, небольшая коллекция, но все оцифровано с изображениями). Институт ботаники АН Узбекистана. В рамках GBIF in Central Asia.
✅ The occurrence of Bruguiera hainesii C.G.Rogers 1919 in Vietnam
Новые находки мангрового 🏝 дерева из Вьетнама - набор данных к свеже-опубликованной статье (https://doi.org/10.3897/oneeco.10.e142064). Институт проблем экологии им. А. Н. Северцова + Российско-Вьетнамский научный центр.
✅ Fauna and ecology of the Cladocera type of water courses of the Fergana valley
Оцифровка коллекций Кладоцер 🫎 (185 образцов) водотоков Ферганской долины. Институт ботаники АН Узбекистана. В рамках GBIF in Central Asia.
✅ Distribution of the genus Phlomoides Moench in the Fergana Valley (taxonomy, geography, ecology and conservation).
Оцифровка гербария рода Зопничек (Phlomoides, Phlomis) - всего 4 620 коллекций. Институт ботаники АН Узбекистана. В рамках GBIF in Central Asia.
✅ Data on the locations and behavior of breeding birds obtained by mapping
Учеты певчих 🐧 птиц на постоянных трансектах в Хамар-Дабане (Байкальский заповедник). Более шести тысяч находок птиц, их местообитания и поведение. Учеты проводились по детальной методике. В наборе данных публикуются исходные данные. Они хранятся также в собственной базе данных BAIKAL. Часть данных опубликованы ранее в статьях (см. библиографию). Институт проблем экологии им. А. Н. Северцова + Институт математических проблем биологии.
🎂 ПЕРВОЕ МЕСТО в рейтинге прошедшей недели субъективно отдаем Учетам 🐧 в Хамар-Дабане (надо же аффтару чем-то развлекаться ;).
Please open Telegram to view this post
VIEW IN TELEGRAM
👍3
#newDatasets За последнюю неделю (3-9 марта) в GBIF опубликован только 1️⃣ набор данных! Occurrence dataset of protected fungal species for the Red Data Book reissue in Northwestern Siberia
Он посвящен находкам 🍄 Красной 📕 Книги ХМАО-Югры. Набор подготовлен к третьему переизданию и использоован для описания видовых очерков. На его основе будет опубликована статья о данных, в которой все подробнее расскажем ).
Он посвящен находкам 🍄 Красной 📕 Книги ХМАО-Югры. Набор подготовлен к третьему переизданию и использоован для описания видовых очерков. На его основе будет опубликована статья о данных, в которой все подробнее расскажем ).
Please open Telegram to view this post
VIEW IN TELEGRAM
👍4
#сетьGBIF #ассоциированноеЧленство
Монголия стала ассоциированным членом GBIF (❄️ января ).
Из стран Центральной Азии, ранее к сети присоединились Узбекистан и Таджикистан. А в целом по миру это 65я страна сети GBIF.
Событию предшествовали два важных мероприятия в Китае и Казахстане, где представители успели обо всем 🤝
Подробнее в новостях GBIF: https://www.gbif.org/news/6ogXsBZkYdu7xZNjg9mCOR/mongolia-expands-gbif-asia-network-by-becoming-an-associate-participant
😴 Пост наглядно демонстрирует, что автор этого блога слишком ленится. Но обещаю себе составить расписание и стать настоящим GBIF журналистом.
Монголия стала ассоциированным членом GBIF (❄️ января ).
Из стран Центральной Азии, ранее к сети присоединились Узбекистан и Таджикистан. А в целом по миру это 65я страна сети GBIF.
Событию предшествовали два важных мероприятия в Китае и Казахстане, где представители успели обо всем 🤝
Подробнее в новостях GBIF: https://www.gbif.org/news/6ogXsBZkYdu7xZNjg9mCOR/mongolia-expands-gbif-asia-network-by-becoming-an-associate-participant
😴 Пост наглядно демонстрирует, что автор этого блога слишком ленится. Но обещаю себе составить расписание и стать настоящим GBIF журналистом.
🔥3
#dataCubes #3DdData #be3gbi
GBIF научился упаковывать сложные данные в удобные «кубики» для исследований.
В окне скачивания данных на днях появилась новая кнопка CUBE.
✔️ С ее помощью можно сформировать сводную таблицу по десятку параметров с помощью предложенных фильтров (а можно добавить свои в отдельном окне SQL запроса GBIF).
✔️ Пользователь получает возможность интеграции данных (создания сводных таблиц) еще до их скачивания. Для тех, кто не умеет или не хочет пользоваться дополнительными инструментами и программами 😴 для быстрых аналитических задач и продуктов.
- сообщает в анонсе продукта Quentin Groom.
Подробнее на странице: https://www.gbif.org/occurrence-cubes
В новостях GBIF: https://www.gbif.org/news/5PapgYCsbHPe7UWmEQTc5a/better-than-the-original-new-sql-based-service-enables-download-of-occurrence-data-cubes
Data Cubes (рус. "данные в виде куба" или "многомерные массивы данных") - это структура данных, организованная в виде многомерной таблицы, где измерения (axes) представляют собой категории (например, время, местоположение, таксоны), а ячейки содержат значения (например, частота встреч, структура популяций).
GBIF научился упаковывать сложные данные в удобные «кубики» для исследований.
В окне скачивания данных на днях появилась новая кнопка CUBE.
✔️ С ее помощью можно сформировать сводную таблицу по десятку параметров с помощью предложенных фильтров (а можно добавить свои в отдельном окне SQL запроса GBIF).
✔️ Пользователь получает возможность интеграции данных (создания сводных таблиц) еще до их скачивания. Для тех, кто не умеет или не хочет пользоваться дополнительными инструментами и программами 😴 для быстрых аналитических задач и продуктов.
"Все это было и раньше, но вам нужно было скачать данные к себе, часто скачать весь GBIF, чтобы иметь возможность собрать свой запрос... сейчас GBIF сделает это за вас"
- сообщает в анонсе продукта Quentin Groom.
Подробнее на странице: https://www.gbif.org/occurrence-cubes
В новостях GBIF: https://www.gbif.org/news/5PapgYCsbHPe7UWmEQTc5a/better-than-the-original-new-sql-based-service-enables-download-of-occurrence-data-cubes
❤🔥3
#BDJ #hostedPortals
Pensoft запустил новый инструмент работы с данными в издательском деле: хостируемый портал для журнала Biodiversity Data Journal. Все исходные наборы 🪲, публикуемые в статьях, теперь можно увидеть на отдельном портале.
Еще одна 🥇 в списке лучших практик работы с исходными данными на уровне журнала и издательства.
Подробнее в новостях GBIF.
Pensoft запустил новый инструмент работы с данными в издательском деле: хостируемый портал для журнала Biodiversity Data Journal. Все исходные наборы 🪲, публикуемые в статьях, теперь можно увидеть на отдельном портале.
Еще одна 🥇 в списке лучших практик работы с исходными данными на уровне журнала и издательства.
Подробнее в новостях GBIF.
Запуск хостинг-портала BDJ основан на многолетнем сотрудничестве с GBIF, направленном на развитие публикации, распространения и повторного использования данных о биоразнообразии в соответствии с принципами FAIR - сообщает Любомир Пенев, основатель и генеральный директор издательства Pensoft.
❤1👍1
#newDatasets За последнюю неделю среди стран Центральной Азии и России в GBIF опубликован один набор 🪲 (зато довольно необычный).
✅ Tracheophyte records by Alexey P. Seregin from iNaturalist (needs id level)
Это архив непроверенных наблюдений Алексея П. Серегина, опубликованных в iNaturalist. Данные наблюдения определены с высокой уверенностью, но в данный момент не могут быть верифицированы ввиду нехватки специалистов.
Цель набора 🪲 обнародовать интересные находки, которые пока не проиндексированы в GBIF, включая десятки редких видов. Другая задача - связать полевые фотографии с образцами, хранящимися в Гербарии МГУ. Проверенные записи будут постепенно исключаться из текущего набора и индексироваться в наборе iNaturalist RG observations.
✅ Tracheophyte records by Alexey P. Seregin from iNaturalist (needs id level)
Это архив непроверенных наблюдений Алексея П. Серегина, опубликованных в iNaturalist. Данные наблюдения определены с высокой уверенностью, но в данный момент не могут быть верифицированы ввиду нехватки специалистов.
Цель набора 🪲 обнародовать интересные находки, которые пока не проиндексированы в GBIF, включая десятки редких видов. Другая задача - связать полевые фотографии с образцами, хранящимися в Гербарии МГУ. Проверенные записи будут постепенно исключаться из текущего набора и индексироваться в наборе iNaturalist RG observations.
#вебинар Прямо сейчас идет GBIF вебинар, посвященный агробиоразнообразию.
Видео-запись вебинара будет доступна завтра на странице
Рабочая программа GBIF на 2025 год ставит особый приоритет данным агроценозов 🌾🐝🪴🦗
В ходе 90-минутного вебинара будут обсуждаться предложения по разработке дорожной карты этого направления.
Всех, кому интересна эта тематика, приглашают присоединиться к вебинару и/или заполнить анкету обратной связи.
Разные аспекты агробиоразнообразия:
✔️ Сельскохозяйственные культуры
✔️ Дикие родичи культурных растений
✔️ Болезни растений
✔️Животноводство
✔️ Болезни животных
✔️Рыболовство и аквакультура
✔️Влияние разных видов (опылители, вредители, агенты биоконтроля)
✔️Химические воздействия (удобрения, пестициды)
✔️Мониторинг возделываемых агроландшафтов
✔️Землепользование, орошение, агроландшафты
Видео-запись вебинара будет доступна завтра на странице
Рабочая программа GBIF на 2025 год ставит особый приоритет данным агроценозов 🌾🐝🪴🦗
В ходе 90-минутного вебинара будут обсуждаться предложения по разработке дорожной карты этого направления.
Всех, кому интересна эта тематика, приглашают присоединиться к вебинару и/или заполнить анкету обратной связи.
Разные аспекты агробиоразнообразия:
✔️ Сельскохозяйственные культуры
✔️ Дикие родичи культурных растений
✔️ Болезни растений
✔️Животноводство
✔️ Болезни животных
✔️Рыболовство и аквакультура
✔️Влияние разных видов (опылители, вредители, агенты биоконтроля)
✔️Химические воздействия (удобрения, пестициды)
✔️Мониторинг возделываемых агроландшафтов
✔️Землепользование, орошение, агроландшафты
#амбассадоры После презентации на тему открытых данных и/или GBIF не забываем отправить форму обратной связи Амбассадора 💚(напоминаю я себе). Работаю на этой неделе на конференции "Микробные симбиозы" в г. Оренбург и делаю презентацию на тему открытых данных о биоразнообразии молекулярного типа и их интеграции. После будет школа по метабаркодингу, где также эти вопросы обсудим. Это недалеко от Казахстана, что чувствуется степным теплом :)
www.gbif.org
Ambassadors
A corps of professionals advocating best practices in open sharing and transparent use of biodiversity data....
🔥2