С начала блокады знаменитая верфь, которая в те годы называлась «Завод №363», оказалась в пяти километрах от фронта и обстреливалась с берега реки Тосны. Тем не менее заводчане строили тральщики, занимались судоремонтом, делали понтоны для переправки войск, а также плашкоуты — то есть баржи, на которых осуществлялась эвакуация и перевозились грузы по Ладоге.

Согласно воспоминаниям, самым критичным оказалось 30 сентября 1941 года: когда враг прорвался к станции Сапёрная, было решено взорвать производство и отходить к Ленинграду. Однако завод спасли подоспевшие ночью танкисты, отбросившие противника.

Среди знаковых изделий верфи — бронекатера, которые приняли участие в боях за «Невский пятачок» и внесли вклад в прорыв блокады.

В годы войны на предприятии, которое называлось Машиностроительный завод №7 имени Фрунзе, выпускали пулемёты и миномёты, а также целый ряд пушек — противотанковые, полевые, горные и корабельные. Кроме того, инженеры «Арсенала» принимали участие в разработке знаменитых «Катюш».

Часть оборудования успели эвакуировать, однако один из эшелонов пришлось вернуть, поскольку противник захватил станцию Мга. Впоследствии орудия отправляли на фронт по льду Ладожского озера и на самолётах с Ржевского и Комендантского аэродромов.

На заводе был открыт первый в Ленинграде стационар для работников, страдающих дистрофией: благодаря двухнедельному отдыху в тёплых палатах остались живы более полутора тысяч человек. А чтобы улучшить питание заводчан, были сформированы две бригады рыбаков.