המראות מזירת הנפילה בבית שמש היו קשים ביותר. בית הכנסת שעמד פעם במקום, והמקלט מתחתיו, נמחקו לחלוטין מעל פני האדמה. על פי עדויות של נוכחים בזירה, הטיל פגע בבית הכנסת - וחדר למקלט מתחתיו.

מאות כוחות הצלה הגיעו למקום ובמשך שעות ארוכות ניסו לזכות את הזירה. לאחר גילוי ופינוי תשע גופות, החלו הכלים ההנדסיים לעבוד - בניסיון למצוא שלושה נעדרים נוספים.

התחושות במקום היו קשות. מתפללי בית הכנסת עמדו דומעים, תוהים כיצד התאדה באחת המקום ששימש אותם לתפילה במשך שנים ארוכות. אחד מהם, החזיק קרוב ללבו טלית ששרדה את הפיצוץ. סידורים שרופים הונחו על אבן בצד.

רכבים שרופים, מעוכים על קירות, מלאו את האזור. עשרות בתים, ברדיוס נרחב, נפגעו. בגן משחקים סמוך, התרסקו פיסות מתכת גדולות - וכבל חשמל נפל עליהן. גן ילדים סמוך ניזוק אף הוא. הזירה הייתה קשה ביותר.