#методичка

Моя кошка сказала, что у никаких психических расстройств у меня не наблюдается

Привет, коллега!

В этом канале мы достаточно часто обсуждаем экспериментальные исследования, однако важно понимать, что методы научного познания ими не исчерпываются. И сегодня я хочу поговорить о том, с чего пожалуй, началась история науки - с наблюдения 👀

Наблюдение — это метод научного познания, при котором учёный, не вмешиваясь, просто фиксирует естественные процессы и явления, а затем анализирует их. В эксперименте все условия должны контролироваться исследователем: от группы, куда попадёт субъект исследования, до температуры воздуха в помещении. При наблюдении очень важно сохранить именно естественный ход вещей.

Наблюдение может использоваться как для того, чтобы выдвигать научные гипотезы для последующего эксперимента. Например, наблюдая за крысами у себя в коллективе на соседней мусорке, исследователь заметил, что животные с аномальной окраской не привлекательны для противоположного пола 🍑. Тогда, например, он может поставить эксперимент, в котором сам задаст цвет крысе.

Также наблюдение может быть и самостоятельным методом. Например, морские биологи наблюдают и описывают пути миграции рыб и эта информация может анализироваться вместе с направлением течений, солёностью воды и другими факторами. Далее эти данные могут оставаться описательными для того, чтобы предупреждать нас о последствиях глобального потепления 😱, а могут переходить в другой метод научного познания - в моделирование.

В целом, наблюдение очень часто встречается в
🐭 зоологии - наблюдение за животными в естественном среде
✨ астрономии - наблюдение за перемещением звёзд и планет
🗿 геологии - наблюдение за извержением вулканов, движением тектонических плит
😘 социологии - наблюдение за поведением людей
🤯 медицине - эпидемиологические исследования

и в других науках. Так что метод не такой уж и редкий, но у него есть ряд ограничений, о которых следует помнить:

🔵 Плохая воспроизводимость - малейшее изменение окружающей среды может привести к изменению наблюдаемых данных. Собственно у научного сообщества как правило много вопросиков к социологии и психологии ввиду огромного количества ложных гипотез на основе невоспроизводимых наблюдений

🔵 Также наблюдение не позволяет устанавливать причинно-следственные связи. Мы можем заметить корреляцию между миграцией аистов и увеличением рождаемости, но все мы надеюсь знаем, откуда берутся дети. Кстати, кучу весёлых корреляций можно найти на этом сайте

🔵 Данные наблюдений и их интерпретация могут быть субъективны. Например, этолог решил, что мой кот орёт потому что просит кушать, а на самом деле он орёт, потому что вредный м*день.

〰️〰️〰️
Так что, коллега, помни, что иногда в своих бесконечных экспериментах можно просто остановиться и понаблюдать. И из этого может родиться прекрасная гипотеза на статью в высокорейтинговом журнале. Но это не точно.

#диссероплетение

- Какой костюм наденешь на Хеллоуин?
- Ревьюера №2

Привет, коллега!

В начале недели я рекомендовала книгу о том, как публиковать свои работы, но также обещала потихоньку рассказывать об этом здесь. И сегодня поговорим о процессе рецензирования статей (peer review). На эту тему писал Зоопарк (здесь, здесь и здесь), в данном посте я бы хотела бы дать более обобщённую информацию.

Итак. Допустим ты написал статью, выбрал журнал (читай у Зоопарка здесь и здесь) и, продравшись через требования к оформлению и систему подачи статей, наконец-то отправил. Кажется, что самое сложное позади, но как бы не так.

🔵На первом этапе рукопись (manuscript) рассматривается редакцией на предмет соответствия тематике и уровню журнала и проверяется всё ли правильно оформлено. Если не хочешь быть отфутболенным на этом этапе - лучше посмотреть, какого уровня статьи опубликованы в этом журнале и уточнить перечень тематик.

🔵Далее редакция рассылает статью рецензентам. Во многих системах при подаче статьи можно указать желательных и нежелательных рецензентов. Но в целом, редакция сама выбирает кто мог бы по достоинству оценить твою работу. Рецензирование бывает:
〰️двойное слепое - когда рецензенты не знают чья статья им попалась и автор не знает имена рецензентов;
〰️слепое - когда автор статьи не знает имена рецензентов;
〰️открытое - когда все имена, пароли, явки известны.

Чаще всего используют именно слепое рецензирование. Это даёт рецензентам возможность изучить предыдущие работы авторов и оценить возможность фабрикации/фальсификации данных или других нарушений научной этики в данной статье или в истории авторов. Некоторые журналы (например, PLOS) при желании авторов могут публиковать всю историю рецензирования и при согласии раскрывают имена рецензентов.

🔵По результатам рецензии статью могут отклонить или вернуть на доработку. Если нужно немного поправить текст, разрешение картинок, где-то дать новые ссылки - то это называется minor revision. Если же статья требует значительной переработки, то это называется major revision. В процессе ревизии желательно учесть все замечания рецензентов, иногда диаметрально противоположные. Отсюда и растут ноги всех подобных мемов

🔵После того как все правки внесены, статья снова подаётся в журнал, где её снова встречает редакция журнала. И если статья изменилась до неузнаваемости, или потому что на первом этапе что-то было пропущено - редакция имеет право отклонить статью. Но чаще всего исправленная рукопись отправляется рецензентам, причём может как тем же самым, так и вообще другим. В свою очередь рецензенты могут снова послать статью на доработку и тогда начнётся второй раунд рецензирования.

🔵Если рецензенты наконец-то довольны результатом, они могут рекомендовать статью к публикации. Последнее слово за редактором, так что на этом этапе рукопись тоже могут отклонить. Но это происходит очень редко. Чаще после успешного прохождения квеста с рецензией можно получить заветное manuscript is accepted for publication. Ура, ура! Но мучения на этом не заканчиваются

🔵Последний этап - это работа с вёрсткой статьи. Здесь ты имеешь дело с техническими специалистами, которые вычитывают твой материал, расставляют иллюстрации, в общем делают всё по красоте. И в зависимости от журнала они могут запросить у тебя снимки в хорошем разрешении, таблицы в специальных формах, формулы в программах и тд. В конце их работы ты получаешь proof статьи - по сути то, как твоя статья будет выглядеть в журнале. И это считай последний шанс внести какие-то правки: в первую очередь нужно проверить имена и аффилиации авторов, номер гранта в благодарностях и возможные ошибки в тексте и на графиках.

🔥И вот после этого статья наконец будет опубликована. Поздравляю, ты великолепен!

➖➖
Помни, что качественный процесс рецензирования в журнале - это залог значимости и достоверности исследования. Конечно, всегда можно отправить свою статью в какую-нибудь Мурзилку и тогда всего вышеперечисленного геморроя можно избежать. Но тогда и научное сообщество будет относиться к твоему труду соответствующе.

Привет, коллега!

👍 Вот мы и дожили до пятницы и ты уже знаешь, что сегодня тебя ждёт пятничный ииииинтерактив! И сегодня предлагаю описать прошедшую неделю с помощью названия фильма/сериала. Пиши в комментариях, "Выживший" ли ты или всё же у тебя в лабе все "Счастливы вместе"

Ну и по традиции начну с себя. Неделечка выдалась весьма нервной: то въезд на парковку перегородит мусоровоз, то охрана не умеет пользоваться интроскопом, то студенты по ошибке не придут на занятие, то у кого-то не проходит документ, а мы почему-то оказываемся крайними, в общем, много мелких проблем, которые лишь усугубляют осеннюю хандру. Так что её отлично опишет название сериала "Вы все меня бесите" 🤬

#методичка

🇷🇺 Земля крестьянам, фабрики рабочим, научные статьи учёным!

Привет, коллега!

Надеюсь, ты уже научился искать статьи по различным базам данных, но что если вдруг ты нашёл нужную статью, а за полный текст журнал хочет денежку? 🤑 Конечно, можно быть честным и заплатить, но все мы знаем, как сейчас тяжело переводить деньги в недружественные страны. Поэтому сегодня я научу тебя славному пиратскому ремеслу получать новые знания, несмотря на ограничения.

🔘Как и в решении многих проблем, сначала стоит просто погуглить. Если статья недоступна на сайте журнала, это не значит, что никто не выложил её полный текст где-то, например, на ResearchGate. Лучше искать не через обычный гугл, а через Google Scholar, там иногда можно получить доступ к кэшированным страницам с открытой статьёй.

🔘Sci-Hub - пожалуй самый известный сайт для доступа к полным текстам закрытых статей. Несмотря на все блокировки, сайт работает, хотя к сожалению туда перестали выгружать статьи, которые вышли после 2020 года.

🔘Боты Nexus - эти боты регулярно блокируют 🔥 так что их много, пробуй разные.

🔘Nexus LibSTC Hub - доступ к той же базе, что и у ТГ ботов нексуса, просто через веб страницу.

🔘Unpaywall - это расширение для браузера Google Chrome, которое позволяет открывать некоторые закрытые статьи.

🔘Open Access Button ищет статью в открытом доступе, но если не находит, то сам запрашивает её у авторов и просит положить в свою базу. Есть в виде расширения для Chrome.

🔘ArXiv.org или BioRxiv.org хранят препринты статей, если авторы выложили их туда. Эта не та версия статьи, которая в итоге была опубликована, возможно даже у неё будет другое название и абстракт, но какую-то ключевую информацию оттуда почерпнуть можно.

🔘Library Genesis (LibGen) больше подходит для поиска книг, нежели для статей. Доступ только через VPN.

🔘Также можно попробовать получить доступ к базе WoS и Scopus, ссылочки на инструкции прикрепляю. Правда не всё так просто, придется иметь коллег, которые активно рецензируют статьи, или коллег за границей с доступом к базам. Однако, если ты попал в сильную научную группу, то это не проблема.

🔘Ну и если ничего из этого не помогло то можно запросить полный текст статьи у авторов на ResearchGate или написать corresponding author на почту. Авторы обычно заинтересованы в том, чтобы их статьи читали и цитировали, поэтому без проблем делятся полным текстом. Даже если журнал запрещает размещать материал в открытом доступе, что обычно отражено в договоре, личную переписку никто контролировать не может.

〰️〰️
Сохраняй этот список себе и, надеюсь, он поможет найти нужные статьи. Лично я считаю, что доступ к знаниям должен быть неограниченным, и только так наука будет развиваться.

А если знаешь ещё способы заполучить заветные статьи - обязательно пиши в комментариях 👇

#статистика_для_котиков

Мы против объективации! Долой стандарты для нормального распределения!

Привет, коллега!

В прошлый раз мы говорили о том, что такое нормальное распределение. А сегодня я расскажу про то, что такое стандартное нормальное распределение, как к нему можно свести любые данные и зачем это вообще делать.

Стандартное нормальное распределение (его также называют z-распределением) — это такое нормальное распределение, где среднее значение равно 0, а стандартное отклонение равно 1.

По сути, ты можешь представить любое число в стандартных отклонениях от среднего, сводя свое распределение к стандартому нормальному, это называется z-оценка. Формулу z-оценки я прикрепила в сопроводительной картинке, а мем уже додумывайте сами 😅

Например, когда мы забирали кота из приюта, он весил 8 кг, при том, что средний вес по породе составляет 5±1 кг 😰. То есть он лежал ровно на 3 стандартных отклонениях от среднего. Вероятность встретить такого же или ещё более жирного кота рассчитывается как площадь под графиком стандартного нормального распределения, отсекаемая этой величиной, и составляет 0.00135. Считаем площадь именно с правой стороны, так как смотрим котов с большим весом. Если бы смотрели вероятность найти кота с меньшим весом, то смотрели бы слева. Это называется односторонняя вероятность. А вот если бы мы искали вероятность найти кота с также или ещё сильнее отличающимся от среднего весом, причём не важно в большую или меньшую сторону, мы бы говорили о двусторонней вероятности. Кстати, не беспокойтесь, сейчас кот похудел до среднего для породы веса.

Теперь представим, что ты сравниваешь зарплаты постдока в двух институтах и выбираешь себе место пожирнее 🤑 Один институт находится в далёкой-далёкой галактике и там постдок получает 200 кредитов при средней зарплате по организации 190±50 кредитов. Другая организация находится на станции Глубокий космос 9 и там зарплата постдока составляет 10 слитков латины при средней зарплате в 9±5 слитков. Учитывая, что данные организации находятся в разных вселенных (угадал обе - ставь 🤓), прямого курса перевода не существует и получается мы не можем их сравнить?

Однако мы попробуем сделать z-оценку для наших данных. В далёкой-далёкой галактике она составит (200-190)/50=0.2. То есть зарплата постдока больше средней по организации всего на 0.2 стандартных отклонения. Теперь повторим это для станции глубокий космос 9, может там получше: (10-9)/5=0.2. К сожалению, куда ни суйся, всё равно постдок получает не сильно больше среднего😟 Можно, конечно, пойти дальше и сравнить средние зарплаты в организации со средними галактическими, но это я оставлю на самостоятельное изучение.

Итак, мы узнали, что z-оценка нужна для оценки степени отклонения и расчёта вероятности получить такие же и ещё большие отклонения. Также её можно использовать для сравнения отклонения величин в разных шкалах. Зачем же ещё можно использовать z-оценку?

Формула z-оценки применяются в так называемом z-тесте. В одновыборочном варианте он используется для сравнения среднего одной выборки с известным математическим ожиданием. Например, если мы хотим знать, не слишком ли мало получают наши учёные по сравнению с обещанными двумя средними по региону 😳 В двухвыборочном варианте он используется для сравнения средних двух выборок. Например, если мы хотим узнать есть ли разница в зарплатах постдока в двух институтах далёкой далёкой галактики.

Эти тесты очень похожи с t-критериями Стьюдента, о которых, думаю, слышал каждый, кто имел дело со статистикой. Очень интересно именно сравнить то, как они работают, так что посты будут сразу про оба. А пока скажу, что z-тест используется при больших выборках (>30 значений) и известной дисперсии генеральной совокупности, а t-тест используется при малых выборках и неизвестной дисперсии.

➖➖
Надеюсь, мне удалось объяснить, что такое z-оценка и не сломать никому мозг. Ведь он точно пригодится, в следующем посте, в котором я наконец-то расскажу что такое стандартная ошибка среднего и почему её почти никогда нельзя использовать как меру разброса.

#ля_ты_крыса

- Видишь конфликт интересов?
- Нет
- И я нет. А он есть...

Привет, коллега!

Совсем недавно мы обсуждали процесс рецензирования статей, который призван отсеивать некачественные работы. При подаче рукописи нужно указать один маленький, но очень важный пункт: наличие конфликта интересов. Он возникает, если автор, редактор или рецензент имеют личную заинтересованность, которая влияет на объективность выводов. Опишу, на каких уровнях конфликт интересов чаще всего встречается:

1️⃣ На уровне выделения финансирования. Некоторые исследования могут финансироваться не независимыми фондами, а вполне себе коммерческими компаниями. И логично, что компания хочет получить определённый результат за свои деньги, так что скорее всего будет неявно шантажировать исследователей с помощью финансирования. Я имела возможность со стороны наблюдать за таким заказным исследованием: бедный постдок переделывал эксперименты кучу раз, чтобы вытащить из них хоть что-то, что можно показать компании как результат, хотя в целом было видно, что гипотеза не верна. При публикации статей авторы обязаны указывать источник финансирования и для работ "по заказу" рецензия проходит с особой строгостью.

2️⃣ На уровне распределения ресурсов. Например, некий завлаб, являясь отцом своего подчинённого, стремится запихнуть его идеи во все исследования, вписать во все гранты и дать приоритетный доступ ко всем приборам в ущерб остальным сотрудникам. Возможна и обратная ситуация: завлаб плохо относится к сотруднику, поэтому он не получает поддержки своих идей и исследований. Ещё слышала истории про то как эксперты РНФ намеренно устраняли своих конкурентов необъективно плохими рецензиями.

3️⃣ На уровне выполнения исследования. Как и в первом пункте, очень часто корыстная мотивация авторов является причиной конфликта интересов. Например, если премия сотрудника напрямую зависит от результатов этой работы. Или жена одного из соавторов работает в фарм компании, продукт которой как раз и тестируют в этой статье. Поэтому помимо указания аффилиации, у каждого автора дополнительно уточняют наличие конфликта интересов, чтобы убедиться в том, что представленные данные объективны.

4️⃣На уровне рецензирования статьи. Многие журналы предоставляют возможность рекомендовать рецензентов и тогда некоторые недобросовестные учёные могут указать своих друзей или родственников. Это плохо как минимум потому, что вызывает конфликт интересов. Также журналы позволяют указать и нежелательных рецензентов, например, коллегу, который обиделся на тебя за то, что ты увёл его жену студента. Кстати, последние запросы на рецензии, которые мне приходили, содержали пункты с подтверждением отсутствия конфликта интереса, а его наличие можно выбрать как аргумент для отказа в рецензировании.

Само по себе наличие конфликта интересов не является нарушением научной этики, так как иногда его просто невозможно избежать. Что ж нам теперь, не брать денег от коммерческих компаний на проведение научных исследований и полагаться только на государственные фонды? Тем не менее, авторы обязаны открыто указать существование конфликта интересов. Особенно это важно для прямого или косвенного сотрудничества с компаниями, а вот личное отношение руководства и рецензентов указывать не принято. Это можно сделать отдельной фразой в специальном разделе и там же некоторые журналы дополнительно просят прописать полную ответственность авторов за достоверность предоставляемых данных.

Все заявления о конфликте интересов носят декларативный характер и как правило у журналов нет возможности проверить их достоверность. Однако, сокрытие такой информации может нести сильные репутационные потери и проблемы с дальнейшей научной работой и уж лучше быть честным.

Ну а если ты и твой коллектив действительно независимые учёные, то можно отделаться фразой "All authors declare no conflicts of interest" и ей подобными.

А пост сопровождает кот подписчицы, которого зовут Кот. Ставь 🤩 если хочешь новый интерактив, комментарии из которого я буду пытаться использовать для сопровождения постов.