【疫情速遞】港至少23宗初步確診 婚宴群組相關個案增至6宗 20個月大嬰兒中招（附全港隔離大廈搜尋器）
https://bit.ly/2Qwnk9x

林鄭月娥宣佈進一步防疫措施。

1️⃣進一步防止輸入個案。
星期三（25日）凌晨起，維期14日：
- 非香港居民（除中国外）禁止入境；
- 經中国、澳門、台灣入境的非香港居民，如14日內曾到訪海外國家，亦不許入境；
- 香港國際機場將停止所有轉機服務；
- 從台灣、澳門入境者（包括香港居民），須接受強制家居檢疫14日。

2️⃣進一步檢測無病徵病人。
來自英國、歐洲國家及美國之入境人士，規定每人接受病毒測試，將獲派樣本瓶供自行採集深喉唾液樣用，翌日交回衛生署。

3️⃣加強打擊違反家居檢疫令人士。
- 成立舉報熱線。

4️⃣進一步減少社交接觸。
- 8600家領有酒牌的食肆、酒吧及會社禁止售賣酒精飲品。
- 自發減少婚宴等聚會，自發無效將立法規管。
- 除於私人遊樂場土地的會所，停止開放體育康樂設施、更衣室、兒童設施等。

#香港新聞
#公共衛生情報 #武漢肺炎

蘋果：【疫情焦點】女警中招！港再增24宗確診 長沙灣昌隆工廈多一員工染疫（附全港隔離大廈搜尋器）

//第394號個案：28歲男子，蘭桂坊酒吧Insomnia服務員，他3月10日出現咳嗽及喉嚨痛症狀，他同樣與 #蘭桂坊樂團群組 有關。//

發病日期：2020-03-10
確診日期：2020-03-25
醫院：北區醫院
住所：元朗 富盛大廈

第394宗個案，過去14天內確診個案逗留大廈名單：
中西區 好利商業大廈 22/03/2020

Source：
衛生防護中心
https://wars.vote4.hk/cases/

#元朗 #武漢肺炎 #確診個案 #no394

#ALERT 漁護署：早前對新型冠狀病毒呈弱陽性的松鼠狗，證實曾受感染 (3/26/21:08)

30000 thanks!

確診女警曾光顧尖沙咀酒吧　同行同事亦現病徵

#港聞 本港多43人確診，累計453宗，當中29人有外遊紀錄，而本地個案則涉及感染群組，衞生防護中心追查蘭桂坊音樂群組，發現還涉及多間酒吧，由同一集團管理，至今共24人確診，包括樂手、職員及顧客。 (3/26/21:08) 全文

#確診個案整合
🦠🦠3月27日 #確診個案🦠🦠

屯門區內新增2宗個案：
#no471 - 屯門新屯中2座
#no504 - 屯門卓爾居3座

元朗區內新增4宗個案：
#no455 - 元朗 仁壽圍 84
#no466 - 元朗 新元朗中心第４座
#no490 - 天水圍 嘉湖山莊樂湖4座
#no511 - 元朗 峻巒 2B

更新逗留地點：
#no413 -
元朗 形點II 25/03/2020
元朗 天水圍屏欣商場 24/03/2020

詳情：［3月 - 屯元天確診個案整合］
最後更新時間：01:16 28/03/2020

#肺炎疫苗　#YLCDC #核糖核酸疫苗

港府今日公布已成功購入科興控股的滅活疫苗，和復興藥業-輝瑞藥廠的核醣核酸疫苗．並且下半年更會有阿斯利康製藥的不可複製性病毒載體疫苗到港．但究竟，上述三種疫苗到底是甚麼呢？今日，我們會先拆解針對肺炎病毒的核糖核酸疫苗．

核糖核酸疫苗相較其他兩種疫苗，其實是較新的科技．在解釋何謂核糖核酸疫苗前，我們要先釐清兩個概念，一個何謂疫苗，另一個何謂核糖核酸．
用以主動免疫的疫苗，目的在於能令身體在確切感染病原體之前，產生對抗該病原體的抗體, 而主要參與產生抗體的系統是免疫系統．在注射疫苗後，第一步是讓免疫系統中的抗原表達細胞和該病原體的蛋白質相遇．相遇後，該病原體的蛋白質會作為抗原，被抗原表達細胞分割成不同片段，並在抗原表達細胞表面上的主要組織相容性複合體上固定，並與免疫細胞中負責產生免疫記憶的細胞上的接收器結合．在後續步驟中，免疫細胞會對該蛋白質抗原產生免疫記憶，並且產生特異性抗體，令身體對該病原體產生免疫力．

而在疫苗中使用的核糖核酸，是信使核糖核酸（ｍＲＮＡ）．ｍＲＮＡ是去氧核糖核酸（ＤＮＡ）的產物．ＤＮＡ要製造蛋白質，首先要被轉錄成直鏈狀ＲＮＡ，然後直鏈狀ＲＮＡ會被切割，只留下基因中記載著蛋白質中胺基酸排列順序的外顯子，最後前端會加上一個５’非轉譯區域，後段會加上３’非轉譯區域並包含一個由很多個腺嘌呤（A核糖）組成的尾部．如此便形成一個穩定的ｍＲＮＡ並可以用來轉錄蛋白質．

輝瑞的疫苗本質．疫苗編號是BNT162b２，一種納米脂質顆粒包裹的信使ＲＮＡ（ｍＲＮＡ）．目的就是要將ｍＲＮＡ帶入人體細胞內，模擬病毒ｍＲＮＡ在人體細胞內製造病毒蛋白質的過程，製造出屬於病毒的蛋白質並釋放到血液中．血液中的免疫細胞經由上述的過程產生出對抗病毒的免疫能力． ｍＲＮＡ在細胞中並不會長期存在，並且不會和疫苗注射人士的基因組融合產生副作用．輝瑞的研究中表明，他們的疫苗的核糖核酸排列被準確控制，非動物製品並且用ＤＮＡ模板在非細胞製造過程中製造出來．
由於ｍＲＮＡ直接在血液中很容易會被核糖核酸酶分解，載體對於ｍＲＮＡ進入人體細胞非常重要．納米脂質顆粒就是其中一種載體，會像一個膠囊一樣令其在和細胞相遇時可以融入細胞內．納米脂質顆粒由四個部分組成，一，陽離子脂質分子，分子間會組成一個病毒大小的顆粒，讓ｍＲＮＡ可以在細胞中釋出；二，脂質分子連結的聚乙二醇，可以延長整個疫苗結構的壽命；加上膽固醇和磷脂穩定疫苗結構．BNT162b２的ｍＲＮＡ記載了是次肺炎病毒的全段Ｓ蛋白，是冠狀病毒蛋白質結構上的突起．在之前的文章 中對其已經有較詳盡的介紹．並且在Ｓ蛋白的氨基酸序列中用脯氨酸代替了其中兩個氨基酸來令其立體結構保持在所需結構，可以更貼近模擬完整病毒結構上的Ｓ蛋白結構從而令身體對完整病毒結構有更佳免疫反應．

以上便是對核糖核酸疫苗的簡單介紹，在日後的章節中我們會繼續拆解另外兩種疫苗．但遺憾地政府已公布日後接種疫苗時不能選擇哪種疫苗，敬請大家和我們一起繼續關注事態發展．
Reference:
https://www.nature.com/articles/nrd.2017.243
https://www.nature.com/articles/s41586-020-2814-7
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC7583697/
https://www.businesswire.com/news/home/20201201006304/en/

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#肺炎疫苗　#YLCDC #核糖核酸疫苗
疫苗拆解: 核糖核酸肺炎疫苗
概述:
-疫苗主要用來令人體提前適應抗原
-核糖核酸疫苗令人體暫時自行產生抗原
-疫苗用脂質顆粒包裹略微調控過的肺炎表面蛋白mRNA
-進入人體細胞後產生抗原
全文鏈結
https://t.me/YLCDC/109
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#肺炎疫苗　#YLCDC #滅活疫苗　#不可複製性病毒載體疫苗

書接上回，除了輝瑞的核糖核酸疫苗，另外兩種將會到港的是科星的滅活疫苗和阿斯利康的不可複製性載體疫苗．

用以主動免疫的疫苗的作用在於將來自病原體的蛋白質抗原呈現給人體，並因而產生對該抗原的免疫力．滅活疫苗相信不用多說，就是將已被去除活性的病毒顆粒整個注射入人體，人體會對構成病毒外殼的蛋白質產生免疫力．科技相對而言較傳統而成熟．而不可複製性病毒載體疫苗，工作原理則和核糖核酸疫苗相類似．

不可複製性病毒載體疫苗，能簡單分成兩部分，載體和抗原基因．阿斯利康的疫苗，編號是AZD1222，載體是被改造過的不可複製性黑猩猩腺病毒，ChAdOx1．這些病毒能正常感染人體細胞，並在細胞內製造病毒蛋白質，從而令人體產生免疫反應．但這些不可複製性病毒的基因組中，負責幫助病毒複製的基因是失去作用的，因而這些病毒並不能通過複製基因組並組成新病毒這個過程來感染其他細胞，由此這種載體疫苗並不會擴大感染．通過基因工程可以將目標病毒抗原的基因放入載體病毒的基因組，當載體病毒感染人體並製造蛋白質時可以連帶將目標抗原也順帶製造出來．AZD1222病毒載體中攜帶的抗原基因是基因上密碼子被優化過的全段Ｓ蛋白的DNA，藉由病毒載體上完整的蛋白質製造機制，在感染人體後能製造包括肺炎病毒Ｓ蛋白的病毒蛋白質．總括而言，AZD1222通過感染人體細胞並在其中製造Ｓ蛋白從而刺激免疫系統．

三種即將到港的疫苗，都已簡述，敬請各位一起留意疫情事態發現．
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#肺炎疫苗　#YLCDC #滅活疫苗　#不可複製性病毒載體疫苗
疫苗：滅活和不可複製病毒載體疫苗
概述：
－滅活疫苗：被消除活性的病毒
－不可複製病毒載體疫苗：病毒載體＋目標抗原基因
－病毒載體能感染人體但無法複製
－目標基因在人體被病毒載體表達並製造蛋白質抗原
全文連結：
https://t.me/YLCDC/112
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#肺炎疫苗　#血管栓塞 #武肺病毒
武肺病毒和S蛋白: 血栓的推手
香港即將迎來三種武肺疫苗，雖然不像澳門居民一樣可以任意選擇接種哪種疫苗，但歸根究柢，在證實疫苗安全性後，接種疫苗依然是比較理性的選擇．正如本頻道之前介紹過，香港其中兩種外國研發的疫苗都是以在人體內製造S蛋白從而產生免疫記憶為目標，而剩下的國產疫苗則是通過注射消除活性的病毒到體內來產生免疫記憶，而消除活性的病毒事實上包含S蛋白在內的四種蛋白質．因此不難看出，在預防武肺的思路上，香港武肺疫苗都是以S蛋白做主角．那麼，S蛋白對人體的影響，又有哪些呢？究竟會不會引致嚴重的副作用呢？

不同的論文中，武肺病毒的蛋白質都對人體造成不同方面和程度的影響，本文主要想嘗試總結和描述不同論文中對血管栓塞的推動．

首先要介紹血管栓塞的三個要素，人稱菲爾紹三要素，分別是血管損傷，異常血流和血液的高度凝結性．血管損傷顧名思義，血管內壁受損從而出現需要修復破損組織的需求，異常血流就是指血液的流動變得和正常不一樣，比如血液變得更濃稠流動阻力更大，血液的高度凝結性直白的意思是血液中各種推動凝血的物質增加，阻止凝血的物質減少，令血液比較容易凝結．

要素一，武肺病毒會導致血管損傷．武肺病毒經由其S蛋白和宿主細胞上的ACE2接收器相結合，從而侵入宿主細胞並複製，最後會令細胞受損．血管內壁的表皮細胞上則有ACE2接收器，令血管內壁成為武肺病毒的寄宿目標，直接損傷血管內壁．

要素二，武肺病毒令血液變濃稠．武肺病人的血液中，纖維蛋白原濃度比正常人高．其濃度直接影響血液濃稠度，而影響血液的流動．

要素三，武肺病毒和S蛋白能通過不同途徑令血液呈現高度凝結性．
一，ACE2對抗凝血有很重要的作用，S蛋白會直接減少身體內ACE2的數量．S蛋白和ACE2連結後，ACE2會進入細胞內，而減少了細胞外可用作抗凝血的ACE2，而ACE2進入細胞內，會激發腎素－血管緊張素系統，減少ACE2的細胞外表達．人體內有一個推動凝血的激素系統：腎素－血管緊張素－醛固酮系統（RAS）．ACE2就是RAS的一種抑制器．腎素會將血管緊張素原逐步轉化成血管緊張素II，血管緊張素II會和血小板上的血管緊張素接收器連結並激活血小板，令血小板變得更容易附著在受損的組織上．而且血管緊張素II和在血小板，平滑肌細胞，脂肪細胞上的血管緊張素接收器連結後，會令這些細胞產生更多纖溶酶原激活素抑制素．纖溶酶原可以分解血液中的凝塊，纖溶酶原激活素抑制素會減少血液中的凝塊的分解，而令血液具有高度凝結性．ACE2則可以將血管緊張素II轉化血管緊張素1-7，血管緊張素1-7和接受器Mas結合後,可以產生抗凝血物質，如一氧化氮和前列環素．同時ACE2可以促進組織纖溶酶原激活素的產生，和纖溶酶原激活素抑制素相互抵銷形成平衡．同時ACE2可以分解緩激肽的分解產物，在缺少ACE2的情況下，這些產物會激活白血球和血小板，被激活的白血球和血小板會分泌更多利於凝血的物質和更傾向於附著在血管內壁上．
二，激活細胞激素風暴．在不同的實驗環境和病人觀察中，都發現無論是完整的武肺病毒還是單獨的S蛋白，都可以激活細胞激素的分泌，比如白細胞介素-1和6，這些被激活的細胞激素最終會激活不同的免疫細胞並產生一系列不同的細胞激素，形成細胞激素風暴，令身體進入發炎狀態．事實上，大量激活的細胞激素所形成的發炎狀態，令免疫細胞高度活躍，被不少學者認為是武肺患者器官衰竭的重要原因．細胞激素風暴激活的血小板和細胞，則會分泌更多推動凝血的物質，如纖溶酶原激活素抑制素，和抑制抗凝血物質的分泌，如抗凝血蛋白C和S.
三，激活補體蛋白系統．在上述的兩個情況下，補體蛋白系統會被激活．補體蛋白系統是體內免疫系統，有補體蛋白C1-C9組成，是一個會被逐步激活的蛋白質系統，最後會破壞目標細胞．血小板上的補體蛋白C1q接收器會激活補體蛋白系統，C5-C9則會反過來激活血小板，C5的分解產物C5b會令白細胞產生更多組織因子，而組織因子則是凝血機制中外在路徑的起初參與者，更多組織因子會促進凝血．

綜上所述，武肺病毒和其S蛋白，在人體中大量出現時會造成血管栓塞，而這些成分卻是武肺疫苗中的最終有效成分．但歸根究柢，目前的研究很多都在於病毒進入人體後，包含S蛋白的病毒蛋白質對人體造成的影響，和專注S蛋白的疫苗會對人體造成的影響本來就會存在差異．而大多數市面上疫苗都只經過了三期試驗，有些疫苗如科興的滅活疫苗甚至還沒有三期試驗報告可以查閱，因此疫苗的副作用還很難說準．本文中的併發症也不能切實代表疫苗必然會產生的副作用，但希望可以為各位提供一個思路和參考．

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#肺炎疫苗　#血管栓塞 #武肺病毒
全文概述:
-疫苗會令人體出現S蛋白，或加上武肺病毒
-自然感染中，S蛋白和病毒本身會導致血管栓塞
-----破壞血管內壁
-----影響血液流動
-----製造高凝血傾向
-自然感染的病徵極具參考價值但並不必定會成為疫苗副作用
https://t.me/YLCDC/114
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#英國變種武肺病毒 #極高傳播率 #S蛋白結構突變

武漢肺炎肆虐全球一年以來，出現不少病毒變種．而最新廣為人知的變種病毒，莫過於首次發現在英國的變種B.1.1.7．這個變種首次在本年十二月十四日的英國被發現，隨後被發現其比起其他武肺病毒更強的傳染力後，英國開始施行更嚴厲的家居隔離令和被國際斷航．

B.1.1.7的基因組中有23個鹼基突變，其中有6個是不會令其代表的胺基酸變化的同義突變，不會對病毒產生的蛋白質有任何影響，另外17個則是會令胺基酸變化從而影響病毒蛋白質的非同義突變．在這17個突變中，有兩個在S蛋白上的突變被認為是B.1.1.7傳染力突飛猛進的主因，N501Y和P681H．

N501Y代表的是在病毒蛋白質序列中排行501位置的N胺基酸－天冬酰胺替換成Y胺基酸－酪胺酸．這個胺基酸位於S蛋白上和人類接收器ACE2連結的位置上．在本中心的文章＜現行研究中新型冠狀病毒較為可能的致病原理＞中，描述過S蛋白和ACE2連結的位置是RBD接收器連接區域，而在這個區域上並不是整個區域都會和ACE2連結，而是通過這個區域中的不同胺基酸和ACE2上不同的病毒連接熱點借由化學鍵的電極接觸，將病毒穩定連接在ACE2上．N501胺基酸的目標是熱點353離胺酸，是ACE2的第353個胺基酸．N501對熱點353的連結越弱，熱點353和RBD的主要連結結構就會越傾向於透過更強的氫鍵連結，從而令整個結構越穩定．因此，在N501中能減弱其電極吸引力的突變會令S蛋白上的RBD和ACE2連結得更穩定，比如在B.1.1.7上的N501Y．

P681H也是S蛋白上的胺基酸，是在位置681上的Ｐ胺基酸－脯胺酸被替換成H胺基酸－組胺酸．武肺病毒入侵細胞的第一個步驟是激活S蛋白，在<現>文中也曾提及過通過不同的蛋白酶將S蛋白裂解成它的組成結構S1和S2就是這個啟動步驟．胺基酸結構PRRARS，即是脯胺酸-精胺酸-精胺酸-丙胺酸-精胺酸-絲氨酸形成的胺基酸序列，所形成的結構正可契合蛋白酶．由此藉由人體內的蛋白酶，比如弗林蛋白酶，將其激活後再入侵人體．P681則是令蛋白酶可以契合的其中一個關鍵，它令武肺S蛋白不但能被弗林蛋白酶，更可以被其他多種類的蛋白酶如跨膜蛋絲氨酸白酶2裂解，從而令武肺病毒更容易被激活．P681H則被認為令武肺S蛋白進一步更契合人體蛋白酶，從而提高病毒激活率和致病率．

不但英國的變種武肺病毒，南非也有一種病毒變種501Y.V2有N501Y這種變種，而兩種變種病毒都已經在本港出現，希望各位市民在疫情仍未平息的時刻減少外出，外出後也注重消毒和衛生，共同抗疫．
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#英國變種武肺病毒 #極高傳播率 #S蛋白結構突變
概述：
-英國變種病毒傳染力突飛猛進
-關鍵突變: N501Y令病毒更易附著宿主細胞
-關鍵突變: P681H令病毒在人體內更易激活
全文連結: https://t.me/YLCDC/116
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#高危群組的深喉唾液樣本有3%檢測不到人類基因 #微不足道的小人物的疑惑

早前，袁國勇教授曾經公開表示有高危群組的深喉唾液樣本檢測不到人類基因，我作為一個初出茅廬，也算是半個香港醫療界的小人物，想向教授提出一些疑問．雖然我從未有幸拜讀教授的課程，但希望教授能不吝賜教為我解惑．

在提出我的疑問前，我想先向各位簡單說一下檢測的原理．香港沿用的金標準檢測方法，是RTqPCR，也就是逆轉錄－量化聚合酶鏈式反應，這個方法分成兩部分，一是逆轉錄，二是量化聚合酶鏈式反應．因為武肺病毒是RNA病毒，穩定性較低，未必能在量化聚合酶鏈式反應的反覆加熱和降溫過程中有理想的結果，因此第一步逆轉錄，是要通過逆轉錄酶來將樣本中的RNA變成較穩定的cDNA，也就是互補DNA．用cDNA來進行第二步量化聚合酶鏈式反應．在這個過程中，RNA的濃度能決定cDNA的濃度，而cDNA的濃度則決定信號的強弱．信號的強弱在qPCR中一般用CT量度，也就是循環閾值．CT是怎麼來的呢？在qPCR的過程中，cDNA會在試劑混合物中經歷一般而言是40輪的循環加熱，每一輪加熱和降溫的過程，都會製造出更多的DNA產品．而產品越多，信號就會越強，當信號強到一個可以被檢測或者既定的標準時，加熱的循環數就會被記錄，也就是CT．而為了令檢測結果可信也有時會為了客觀量化目標cDNA的數目，除了檢測目標cDNA的試劑，也會加入檢測housekeeping基因的試劑，而這些基因的表達數目，也就是它們RNA的數目，一般在不同人身上都是大致不變的，比如有較常用的GAPDH，如果一個樣本的house keeping基因檢測不出來，一般都會被當成無效的檢測結果．

有了以上的基本理論基礎，這時候我就希望能提出一些問題．在提出問題前，我必須指出的是，因為我並不是這個強制檢測化驗所的相關人員，所以我並不能肯定袁教授是基於甚麼在作出沒有人類基因的結論，一切都是我作為一個不成熟的對醫療科技有所了解的無名小卒對於這一切過程的臆想和不惑而提出的問題．

第一個問題，如果深喉唾液樣本沒有人類基因，就說樣本是水喉水，那麼我想問正常人能分不出水喉水和人類體液外貌和質感上的分別嗎？深喉唾液其實在要求上，需要患者每天起床後的第一口從喉嚨深處吐出來的口水，質感會比較濃稠．就算是檢測不到人類基因的非常稀釋的樣本，質感非常稀，但我相信就算是非常稀釋的人類唾液，質感上都會和水喉水有些少分別．因此，請問袁教授是在樣本的外觀上分別出這個樣本是水喉水嗎？如果不能從外觀上分別出這個樣本是水喉水，那麼這個有人用水喉水代替樣本的結論就比較難令人信服了．

第二個問題，我不成熟的設想，最有可能令袁教授認為有病人沒有交出真正的樣本的理由，其實是沒有檢測到housekeeping基因．但其實沒有檢測到housekeeping基因，原因有很多，而其中一個重要的其實是樣本的狀態．上文提過留深喉樣本要求很多，一是要早上第一口唾液，二是要足夠深，三是樣本要足夠新鮮，四是留樣本前不能漱口喝水．而不同化驗所用的深喉唾液樣本瓶也有差異．有一些化驗所的樣本瓶裡面會有溶液，可以用來穩定樣本的狀態，而某些參與政府的強制檢驗計畫的化驗所的樣本瓶其實就是一個空瓶，未必能最好的保持樣本狀態．任何一個環節出問題，都可能令樣本狀態變差，影響檢測結果．作為半個行內人，我曾遇到過有患者留深喉唾液時留得不好，以致housekeeping基因濃度不夠，不能被檢測出來，也就是所謂的”沒有人類基因”．在這種情況下，袁教授如何肯定每一個患者都能精準執行留樣本的要求，令樣本狀態必定能達致既定標準呢？如果不能肯定的話，將那些有可能因為失誤而導致檢測不到人類基因的樣本當成患者不誠實留樣本，顯然是有失公允的．但當然，最極端的樣本狀態，的確就如同袁教授所言，是＂水喉水＂．

正如我上文說過，我只是一個無名小卒，我的臆想和問題可能並不成熟，也可能有很多理論和實際操作的漏洞而造成我對袁教授的話有較大的誤會和疑惑，希望教授垂憐不吝解惑．雖然我只是一個業餘的翻譯論文的半個行內人，但我也會謹守一個專業人士的道德標準，即使在這個平均瀏覽人數只有寥寥幾百人的頻道中，也絕對不會在沒有事實和理論基礎背景下妄下定論，不會為了博取眼球譁眾取寵而在這個頻道中大放厥詞．在一些可能牽涉到防疫方面法律責任的問題前，我也不會無視一些可能性來妄下定論．疫情和社會問題已經令香港氣氛高度緊張，就算我人微言輕，影響力猶如點點螢火，也絕對不會挑起社會上不同人士的對立，如公眾和被強制檢測患者的對立．在自己可能不甚了解或沒來得及研究的話題上，我也不會胡亂猜測，在遇到自己疑惑或不甚熟悉的專業領域的問題中，也會在立論前虛心提問，正如這次我對袁教授的提問，在得到答案前絕對不會矢口咬定．當然我相信，雖然袁教授未必能回答我的問題和看到我的文章，但我肯定以他的專業水準，絕對會和我一樣謹守專業人士該有的道德準則，為這個社會的安寧貢獻自己的力量．

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#武肺蛋白 #N蛋白 #潛在疫苗和治療方案
N蛋白，全名核蛋白衣蛋白，是一種多功能的結構性蛋白質，在於病毒顆粒中，和病毒RNA基因組很好地組織及包裝著．它的功能包括穩定病毒的RNA基因組，調節病毒RNA轉譯和複製，調控宿主細胞新陳代謝．

作為結構性蛋白質，它的初步功能就是和病毒RNA連結，在病毒包裝成病毒顆粒時和RNA緊密形成螺旋狀的核糖核酸蛋白質核心，這是一個病毒的核心部位．可以穩定基因組結構，並且在入侵宿主細胞時會和整個基因組一起進入細胞．可維持病毒基因組處於一個規律且合適的立體狀態，可以用來複製和轉譯．

除了作為結構性蛋白質，它也能調節宿主對病原體的反應，比如影響受感染細胞的自毀程序，從而延長病毒在宿主細胞的寄宿時間．又例如，人體細胞中，有一種針對RNA病毒的免疫功能，叫RNA干擾物．第一步就是用叫切割酶的核糖核酸酶，將病毒複製過程中的雙鏈RNA切成片段，並用這些片段作為RNA干擾物的指引來將特定RNA片段毀滅，也就是毀滅病毒基因．N蛋白可以將雙鏈RNA和RNA干擾物系統隔離，從而保護病毒基因組．

N蛋白全長419個胺基酸，和沙士病毒N蛋白有90.57%胺基酸結構一致，有兩個主要且不互動的結構，N端區域(NTD)和C端區域(CTD)，NTD外有一條N腕，CTD外有一條C尾，連接NTD和CTD是一個主要組成胺基酸是絲胺酸和魚精胺酸的連接鏈，它的內部呈不規律排列，被認為主要用來暫時和其他蛋白質連接從而維持N蛋白的整體穩定結構．而NTD，CTD和連接鏈則比起其他部位和沙士病毒N蛋白更相似．NTD和CTD是完善地摺疊起來的蛋白質結構，有各自獨特的功能．NTD上有RNA連接區域，可以和病毒RNA基因組規律且恰如其分地連接起來，而武肺NTD上有4個胺基酸突出點，來自N蛋白結構上的第４８個胺基酸天門冬醯酸，４９天門冬醯酸，５０息寧胺酸和５１胺基丙酸，共同形成一個較靈活的部位，被認為最有可能用來打開用來包裹住RNA的連接口袋．CTD則傾向於和其他N蛋白CTD形成聚合物，可以用來將其他N蛋白聚合在一起．NTD和CTD的表面有很多區域都帶有正電，令其可以不帶特定目標地將核糖核酸和脫氧核糖核酸吸引過來．

N蛋白對人體的重要性在於，除了S蛋白外，N蛋白是另外一個帶有強烈免疫性的蛋白質，換言之N蛋白也可以令人體武肺產生免疫反應，事實上很多病癒的病人血清中都帶有對N蛋白的抗體，因此N蛋白也有機會和S蛋白被當成疫苗的目標使用，針對N蛋白的藥物也有機會會被用來治療武肺患者．

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#武肺蛋白 #N蛋白 #潛在疫苗和治療方案
概述:
N蛋白的功能
-結構性蛋白:保護,穩定和表達基因組
-影響宿主細胞生理功能
-N蛋白的結構和各部位功能
-N蛋白的研究價值
全文連結: https://t.me/YLCDC/119
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#全外顯子基因排序 #wholeexomesequencing #蛋白質編碼

全外顯子基因排序略解

近來，筆者收到不少問題是關於全外顯子排序(Whole exome sequencing)技術的問題．用這種技術來進行基因排序，實際上能否達到檢測或預測疾病的臨床目的．由於這個技術事實上是近年來較為革命性的新技術，論文和檢測方向不斷推陳出新，筆者的了解也僅建基於筆者能接觸到的在醫學論文期刊和平台上刊登的醫學文獻，在這裡會嘗試儘量多地總結不同論文中對全外顯子排序的臨床作用的研究，作為參考．

全外顯子排序是一個用高通量基因排序平台作為技術基礎的一個鹼基排序技術，目的是將一個人基因中的所有外顯子的鹼基序列都排列出來．人的基因是製造蛋白質的藍圖，一個完整的基因分為不同部分，不同部分有不同功能，而外顯子就擔任了基因的核心功能，其鹼基序列記載了該基因記載的蛋白質中不同胺基酸的順序．而胺基酸的順序就決定了蛋白質的立體結構和功能．因此將所有外顯子排序事實上就是將一個人身上能夠產生的蛋白質結構排序．在人類基因組中，外顯子只占1.5%，因此只排序外顯子顯然比整個基因組排序的工作量大大減少．

而不同的人身上外顯子的鹼基序列顯然是略為不同的，由此造就了世界上形形色色各有不同的你我，鹼基序列的不同就會造成我們身上某些蛋白質的不同，而令某些生理因素和反應都有略微差異，再延伸出去如果這些差異會影響我們的身體健康或某些生理功能，這些就是基因造成的疾病．會造成疾病的鹼基序列差異稱之為突變，不會造成疾病的則稱之為差異．數據上，85%的會對健康產生較大影響的突變都發生在外顯子上，而大多數的單基因疾病都和外顯子突變有關．而全外顯子排序已經是檢測單基因疾病時最廣泛使用的方法，截止2017年，在人類孟德爾遺傳學 的資料庫中已經有約5000個相關基因能被全外顯子排序檢測出來．據研究估計，每1000個新生兒中，就會有40-82個嬰兒會帶有單基因遺傳病．

全外顯子排序的結果，事實上就是非常簡單而直觀的不同基因的外顯子鹼基排序．單純知道了外顯子鹼基排序，其實並不代表了甚麼，必須和對應的資料庫配對，配對出在該基因上外顯子鹼基排序的不同代表了甚麼疾病和性狀，會對人體產生甚麼影響，才能正確解讀全外顯子排序的結果．

全外顯子排序其中一個臨床實踐，是通過基因排序找出致病的基因突變，從而加強管理．全外顯子排序能較準確地定位某些較罕見的基因變異，不同的研究表明全外顯子排序的診斷率由25%到40%不等，而在第一步就進行全外顯子排序的話，能顯著較少準確診斷疾病所使用的金錢和時間．當病人的病徵越多，全外顯子排序的疾病診斷率也會相應提高．在不同疾病的診斷中，其能發揮的作用也有所不同．比如在智力發展障礙類疾病的研究中，發現越早和越準確的診斷能為患者和家人帶來更合適的照顧和家庭計畫，全外顯子排序能在3-5個月中在這些病人中分辨出諸如神經發育障礙，智力發育障礙或發展遲緩，癲癇等多種不同的疾病，並能協助制定不同照顧的計畫，而傳統診斷方法則長達2-8年．而當病人發展出越多的病徵，比如低滲症，小頭症等，全外顯子排序就能更準確地診斷．在其他的研究中，比如高血脂症中，全外顯子排序也能準確地診斷基因變異．研究表明，約三分一高血脂症病人有目標的單基因變異從而患病．在腎鈣化或結石症中，約十分一成年病人有相應的單基因變異，在未成年病人中則有約六分一．即使是在血癌病人中，全外顯子排序也能夠用來剖析其基因突變．在癌症病人，比如成神經細胞瘤中，血液中循環的DNA和這些DNA中突變DNA的比例象徵了病症的狀態和復發的風險，在這些DNA中如果出現有對癌症治療具抗藥性的基因則更危險．但如果根據病人原有腫瘤的基因進行檢測，未必能檢測出這些DNA，用全外顯子排序比起其他方法能更好的檢測並針對治療．

而在進行全外顯子排序的時候，不僅可以發現已有的致病突變，更可能發現全新的變異．在不同的疾病中，如發育遲緩，免疫失調，自閉症和癌症甚至失聰等不同疾病中，全外顯子排序都曾在相關疾病的外顯子中發現過全新的突變．在不同的臨床表現中，對不同有可能參與的基因進行全外顯子排序，研究表明這可能會發現全新的突變．比如在為癌症病人用全外顯子排序診斷時，曾經有基因在當時發現了全新的基因變異，比如ATRX, DNAJC21, and RAD50．

還有一個全外顯子排序的臨床應用是檢測胎兒的基因，提前識別胎兒的基因缺陷．懷孕中的胎兒會被超聲波掃描檢查是否有結構性缺陷，而當這些胎兒被發現有結構性缺陷時，全外顯子排序可以用來檢測其相關基因缺陷．和傳統的方法相比，全外顯子排序覆蓋面較廣，在有致命和極度不利於胎兒發育的突變時也可以更高效的診斷．除了比較突出的結構性缺陷外，當某些缺陷被檢測出來的時候，孕婦也可以得到特別的照顧或產後嬰兒能得到即時的臨床管理，及時的照顧可以減少孕婦和嬰兒的住院時間．有某些病如嬰兒Rh因子免疫症，是可以通過子宮內治療來減少對病人影響的，全外顯子排序則能夠儘早診斷並治療．由於基因缺陷很多時候都有遺傳因素，檢測結果也提醒其他家庭成員的自身基因缺陷和注意日後再次懷孕．很多單基因遺傳在孕期沒有特定表現型，甚至產後也不一定有表現，全外顯子排序可以及早診斷出單基因遺傳病．

但這全外顯子排序也面臨著限制，人類全部基因大約有二萬多個，每個基因則有很多個外顯子．因此分析結果相當消耗時間．致病的突變也面臨著表達率的問題，即其蛋白質表達率不一，而令某些致病的突變即便存在，也對病人本身沒什麼影響．甚至有一些病，本來就對病人沒什麼顯著影響，如紅綠色弱和隱性的地中海貧血．在檢測出來的鹼基變異中，有很多變異其實還沒有被肯定其作用，因此即便排序結果是有變異，也不能確定對人體的影響．

全外顯子排序的技術本身也存在缺陷，它的主要作用在於檢測外顯子的單鹼基變異，但除了外顯子的單鹼基變異，基因本身結構不變但數量變異，位置變異，全外顯子排序技術並未能很好地檢測出．全外顯子排序也本身較難監測一些富含鳥嘌呤－胞嘧啶組合的序列．也有一些研究表明，全外顯子排序的確在某些疾病的診斷中面臨限制．如在診斷龐貝氏病時，全外顯子排序並不能檢測所有和龐貝氏病有關的基因突變，如外顯子18整個刪除，或龐貝氏症一半成年病人都會有的介入處１突變13T-G，也就是外顯子1和2之間的介入處的某個單鹼基突變．因此某些疾病和外顯子突變無關，或涉及到全外顯子排序較難檢測的鹼基序列突變時，全外顯子排序就可能未必能夠檢測出來．而及早診斷龐貝氏症，對患者的治療而言至關重要，因此據研究所說，不能完全依賴全外顯子排序來診斷龐貝氏症．

但正如上文所說，全外顯子排序是其中一種最新的檢測科技，在檢測方面的論文不斷推陳出新，它的短板必然會被不斷地克服，直至達到這個技術的最高點．因此即便到此刻，筆者也不可能斷言已經翻遍所有文獻，總結出這個測試的所有現有臨床價值，因此也不可能評價任何市面上的用全外顯子排序來進行檢測和診斷的健康檢查．事實上，不同的公司甚至同一個公司的不同外顯子排序套餐，除非有公司能提供套餐是將現行所有已發現外顯子都排序一次，否則任何公司的檢測套餐，也只會是不同基因和不同外顯子的排列組合．因此在選擇檢測套餐時，就和進行其他不同類型的身體檢查時一樣，結合自身情況，諮詢有相關專業知識的人士後選擇，才是對自己最好的選擇．

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#全外顯子基因排序 #wholeexomesequencing #蛋白質編碼

全外顯子基因排序略解
概述:
-全外顯子基因排序的目的和用途
-臨床應用:找出病因和病情管理
-臨床應用:孕期檢測
-臨床應用的限制
-挑選檢測的準則
全文連結:
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#武肺疫苗 #武肺抗體 #免疫記憶 #擁有免疫記憶的準則
武肺疫苗和抗體
武漢肺炎疫苗即將到港，理想情況下，市民按指引接種完疫苗後，就會產生可對抗武肺病毒的抗體，達致對武漢肺炎的免疫．
針對接種疫苗後的反應，重點有兩個，一是抗體從哪裡來，二是抗體的本質．
第一是抗體的來源．當市民成功產生免疫反應後，標誌性的象徵就是血液中產生足夠量的抗體．本中心之前曾提及過，疫苗的目的是在體內產生免疫記憶，而產生抗體的免疫記憶細胞則是其中一種淋巴細胞，記憶B細胞．人體內淋巴細胞分兩種，B淋巴細胞和T淋巴細胞．B淋巴細胞負責體液免疫反應，也就是產生抗體對抗病原體．武肺疫苗主要採用S蛋白作為引發抗原，因此記憶細胞產生的抗體也是以抗S蛋白抗體為主．當武肺病毒進入人體，人體內本來已經有的抗體會和病毒S蛋白連結，引導免疫系統攻擊武肺病毒，並且會激發體內的記憶細胞，迅速分化分裂成記憶細胞和漿細胞，漿細胞會大量製造抗體，有效並迅速地清除武肺病毒．
第二，抗體的本質．抗體是簡單而言，一個Y字形的蛋白質，一共五種：IgM，IgG，IgA，IgD，IgE．一般而言，當身體接觸抗原的第一時間產生的抗體是IgM，當產生免疫記憶後，體液免疫反應中針對同一抗原產生的抗體是IgG．因此，產生免疫記憶的標誌性象徵其實是能否製造出IgG．抗體的Y字形結構，可以分成兩個分叉和一個支撐．抗體的每個分叉代表一個抗原連接處．簡單而言，抗體由四條多肽鏈組成，分別是兩條重鏈和兩條輕鏈．兩條重鏈並排連結並向外叉，連結位形成支撐，外叉位形成Y字結構的基本框架，兩條輕鏈分別和兩個外叉的外面連結．兩條輕鏈和兩條重鏈指向抗體外的一端形成抗原連結處．因此一個抗體一次可以連結兩個抗原．針對不同的抗原，抗體的抗原連接處的結構是不同的．每種記憶細胞只能記住一種抗體結構，因此每種記憶細胞只能針對一個抗原中的某個片段形成一種抗體．不同種類的抗體主要是支撐的分別，如IgG就是一個最簡單的棒狀支撐，以單體形式存在，因此它的體積是最小的，可以隨著體液去到身體中不同的地方，是唯一一種可以穿越胎盤的抗體．在人體再次接觸抗原時，免疫記憶會促使身體產生大量IgG並清除抗原．而IgM的棒狀結構是一個五聚體，是由五個IgM棒狀支撐的單體由一條多肽鏈連起來的，它是身體面對病原體時第一種製造的抗體，一個完整IgM由五個單體組成，因此有十個抗原連接處，但只有五個抗原連接處有作用．簡單而言，抗武肺S蛋白IgM是接觸抗原後第一時間製造的抗體，抗武肺S蛋白IgG是產生免疫記憶後用來對抗武肺病毒的抗體．
因此在醫療機構評估一個市民是否已經產生免疫反應從而能夠對抗武肺病毒時，會檢測市民血液內的抗武肺S蛋白IgG濃度來進行評估．現時市面上不同的醫院和化驗所都會提供採取不同檢測原理的武肺抗體檢測，從類似驗孕棒的檢測盒到化驗儀器上的詳細檢測，從檢驗抗體濃度是否到達檢測範圍到實際量度檢驗抗體濃度都有．由於目前即便是外國的疫苗最高成功率也只有百分之九十多，而消息指國產的仍未公布第三期報告的疫苗則只有百分之七十多，因此接種疫苗後檢測是否有抗體就變得重要而必須．望各位市民注意健康，齊心抗疫．

更新消息：巴西布坦坦研究所公佈了在巴西的國產科興疫苗有效率僅為50.38%，因此若市民將來接種的是科興疫苗，非常有必要在完成接種後進行檢測和評估。
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