Ферменты детоксикации, участвующие в метаболизме канцерогенов обладают поразительным полиморфизмом. Их активность сильно меняется в зависимости от индивида.

У некоторых людей проканцерогены(вещества, которые до реакции с выше описанными ферментами не являются опасными, а после становятся) успевают выводится не превращаясь в канцерогены из-за низкой активности ферментов детоксикации, а у других, наоборот, их активность слишком велика , и канцерогены оказывают более сильное влияние на клетки организма, потому что находятся в нем дольше.

С этим связаны различный для всех людей вред от, например, табачных канцерогенов и шанс развития рака легкого.

#Биохимия

Плейотропия – явление множественного действия гена (то есть один ген влияет на несколько признаков).

Есть две основных гипотезы, описывающих множественное действие генов:

Универсальная гипотеза говорит о том, что изменения в любом из генов приведут к изменению всего фенотипа (повлияют на каждую фенотипическую черту = сильная универсальная гипотеза [1], [2]) либо на множество фенотипических признаков (без уточнения количества = слабая универсальная гипотеза).
Пример: Конкретная однонуклеотидная замена приводит к развитию толерантности Pseudomonas fluorescens к новой экологической нише. [3]

Вариационная (модульная) гипотеза описывает влияние мутации на вполне конкретную группу генов – модуль.
Пример: на основании белок-белковых взаимодействий у Saccharomyces cervisiae, Drosophila melanogaster и Caenorhabditis elegans можно описать вполне конкретные карты плейотропных эффектов. [4]

#генетика

Эффект Варбурга — характерная для многих опухолей повешенная секреция лактата.

Возникает из-за того что в молодых быстро растущих опухолях превалирует анаэробный гликолиз. Это происходит из-за плохой обеспеченности опухолей кровеносными сосудами на начальных этапах их развития.

#Патан
#Биохимия

Отличная новость – Роскомнадзор официально разблокировал Telegram на территории России. Поздравляю всех российских пользователей Telegram с этим позитивным изменением – и надеюсь, что оно долгосрочно.

Что поменяется на практике в результате разблокировки? Должна вырасти стабильность и скорость работы мобильных приложений Telegram на территории России. Также станут доступны без VPN прямые веб-ссылки на каналы и сервисы Telegram, что приведет к росту числа участников каналов и чатов. При этом в плане сохранности личных данных изменений нет – право на конфиденциальность и тайну личной переписки остаются фундаментальным принципом Telegram во всех странах.

Думаю, что разблокировка станет хорошим сигналом для IT-предпринимателей и инвесторов. Подобные действия российских властей в этом и других направлениях внушают оптимизм. Надеюсь, что положительный тренд будет сохранен, и Россия сможет реализовать свой потенциал в цифровой сфере.

Спасибо всем российским пользователям, которые продолжали пользоваться Telegram в течение последних двух лет. Ваше доверие и поддержка вдохновляло нашу команду все это время. Уверен, эта поддержка стала одной из причин сегодняшнего события.

Эндоканнабиноидная система – система, включающая CB1 и CB2 мембранные рецепторы, а также их лиганды. [1]

CB1 является самым распространенным G-белок связанным рецептором, обладает ингибирующей активностью на аденилатциклазу. Также запускает MAPK-каскад (с помощью которого влияет на пластичность синапсов, пролиферацию и миграцию нейронов), связан с некоторыми K+ и Ca+ каналами. В крысиными мозге сосредоточены в базальных ядрах, бледном шаре, черной субстанции, мозжечке и гиппокампе. Влияют на передачу сигнала с помощью ГАМК и глутамата. [2]

CB2 рецепторы также являются GPCR. Они присутствуют на клетках иммунной системы, а также, в небольших количествах, в ЦНС (на микроглии).

#фармакология
#биохимия
#физиология

Эндогенными агонистами рецепторов эндоканнабиноидной системы являются анандамид (синтезируется в ЦНС) и 2-арахидоноил глицерол (в периферических тканях). Они не хранятся в везикулах как остальные нейромедиаторы и служат для ретроградной передачи сигнала (и регуляции выделения нейромедиаторов в синаптическую щель).

Экзогенными – Δ^9-тетрагидроканнабинол и каннабидиол. Несмотря на то, что многие липофильные растительные вещества имеют сходную структуру, только эти два имеют значимый эффект на работу системы.

#фармакология
#биохимия
#физиология

Стали известны противопоказания к применению российской вакцины от COVID-19.
В перечень противопоказаний российской вакцины от COVID-19 вошли возраст до 18 лет, беременность, а также повышенная чувствительность к
компонентам вакцины, тяжелые аллергии, острые инфекционные и неинфекционные заболевания. 
 
В показаниях к применению стоит возраст от 18 до 60 лет. Противопоказания к вакцинации людей до 18 лет в инструкции связаны с отсутствием данных о безопасности и эффективности препарата для детей.
 
«Защитный титр антител в настоящее время неизвестен. Продолжительность защиты неизвестна. Клинические исследования по изучению эпидемиологической эффективности не проводились», — говорится в документе.
 
В день проведения вакцинации препаратом температура тела не должна превышать 37 градусов. Места проведения должны быть оснащены средствами противошоковой терапии. После введения вакцины пациент должен находится под медицинским наблюдением в течение минимум получаса.
 
Время на раздумье и изучение ещё есть, чудо-вакцина поступит в гражданский оборот с 1 января 2021г.
Для желающих подробнее ознакомиться с показаниями, противопоказаниями и свойствами - инструкция⬇️

​​Памяти А. А. Зализняка
#nlp #linguistics

Андрей Анатольевич Зализняк (1935–2017) был выдающимся советским и российским лингвистом и академиком РАН. Он занимался широким кругом проблем, начиная от словоизменения в русском языке и заканчивая древненовгородским диалектом.

И хотя А. А. Зализняк никогда не был и не считался «компьютерным лингвистом», его работы по русскому словоизменению легли в основу всех морфологических анализаторов для русского языка. А от морфологического анализа зависит работа поисковиков, машинных переводчиков и даже чатботов вроде «Алисы».

«Системный Блокъ» создал цикл из четырех статей, посвященных трудам и открытиям А. А. Зализняка.

Берестяные грамоты от раскопа до компьютера

А. А. Зализняк нашел существенное отличие северо-западных говоров от остальных, что привело к пересмотру уже сложившейся схемы диалектов Древней Руси. Источником сведений об этих говорах стали берестяные грамоты, первую из которых нашли в 1951 г.

Оказалось, что в X—XI вв. на территории восточного славянства членение было не таким, как можно представить на основании сегодняшнего разделения языков (великорусский, украинский, белорусский), а иным: северо-запад отличался от всех остальных говоров. Иными словами, существовала группа древненовгородских и древнепсковских диалектов и классическая форма древнерусского языка, объединявшая Киев, Суздаль, Ростов, будущую Москву и территорию Белоруссии. Это и были две главные составные части будущего русского языка.

https://sysblok.ru/nlp/berestjanye-gramoty-ot-raskopa-do-kompjutera-pamjati-a-a-zaliznjaka-chast-i/

«Слово о полку Игореве» как улика

Существует мнение, что «Слово о полку Игореве» написано не в XII веке, а несколькими веками позднее, то есть является стилизацией под древность, а не истинным памятником древнерусской словесности. А. А. Зализняк рассматривает проблему подлинности «Слова» с лингвистической точки зрения и последовательно доказывает невозможность никакой другой датировки, кроме XII века.

https://sysblok.ru/nlp/slovo-o-polku-igoreve-kak-ulika-pamjati-a-a-zaliznjaka-chast-ii/

Акцентуаторы

Русское ударение свободно и подвижно. А. А. Зализняк мечтал о программе, которая сможет расставлять ударения в тексте автоматически.

Магистры из НИУ ВШЭ воплотили его идею в жизнь и создали акцентуатор для русского языка sStress. Это автоматическая система, принимающая на вход текст на русском языке и расставляющая в нем ударения. В основе этого акцентуатора лежит рекуррентная нейронная сеть LSTM, обученная на акцентологическом подкорпусе Национального корпуса русского языка.

В качестве базы данных молодые ученые используют «Грамматический словарь русского языка» (1985) А. А. Зализняка, который насчитывает более 100 000 слов с указанным ударением (и ударной парадигмой). Второй источник — Транскрипции Русского национального корпуса (РНЦ) (Гришина, 2003). Разговорный корпус был собран из записей речи люди и стенограмм русских фильмов с расставленными ударениями.

https://sysblok.ru/nlp/akcentuatory-pamjati-a-a-zaliznjaka-chast-iii/

Морфология

Поисковики, умеющие обрабатывать русскоязычные запросы, а также навигаторы, голосовые команды и онлайн-переводчики, работающие с русским языком, появились бы на несколько лет позже, если бы не «Грамматический словарь русского языка» А. А. Зализняка — первое полное описание грамматических форм русского языка, по которому для каждого слова можно построить все его словоформы.

Словарь Зализняка лег в основу автоматического порождения всех словоизменительных форм в русском интернете. Его концепция используется для описания большинства русских слов в Викисловаре. Яндекс может не только корректно склонять и спрягать русские слова, но и строить гипотезы о том, как будет изменяться любое незнакомое системе слово.

https://sysblok.ru/nlp/morfologija-pamjati-a-a-zaliznjaka-chast-iv/

Чувствительность теста – % людей с действительно положительным результатом среди всех протестированных

Специфичность теста – % людей с действительно отрицательным результатом среди всех протестированных

Прогностическая ценность положительного результата показывает, какова вероятность того, что обследуемый с положительным результатом теста является истинно инфицированным.

Прогностическая ценность отрицательного результата определяется как процент истинно неинфицированных среди лиц с отрицательным результатом теста. Как PPV, так и NPV зависят не только от чувствительности и специфичности теста, но и от распространенности инфекции в исследуемой популяции.

#микробиология
#фарма

Основные группы тестов на резистентность

#микробиология
#фарма

Основные правила приминения диагностических тестов от Лондонской школы гигиены и тропической медицины:

- Правильность теста: подходит ли тест для данных клинических условий? (можем ли мы это себе позволить…)

- Правильность выбора пациента: повлияет ли результат теста на лечение?

- Правильное время: вовремя ли придет результат? не затупит ли дохтор?

- Правильная интерпретация: поймет ли врач результат? (- это экг? -да.)

- Правильный антимикробный препарат: сможет ли врач подобрать правильный препарат согласно результатам?

#терапия #микра #тест #потом_узнаю_че_это_за_дисциплина

Внутрибольничные инфекции

Катетер-ассоциированные инфекции кровотока: MRSA и VRE
Катетер-ассоциированные инфекции мочевыводящих путей: Klebsiella pneumoniae, Escherichia coli и VRE
ИВЛ-ассоциированная пневмония: Pseudomonas aeruginosa и Klebsiella pneumoniae
инфекции области хирургического вмешательства: Staphylococcus aureus, MRSA и VRE.

#микробиология

​​Мифы о защите персональных данных: как не надо прятаться от Большого Брата
#society #opendata

Разбираемся, какие способы защиты личной информации не помогут избавиться от цифровых следов в интернете.

Миф 1. Если я создам фейковый аккаунт, никто не поймет, кому он принадлежит

Что будет, если оставить основной аккаунт для общения с коллегами, а с фейкового лайкать свои же фотографии? От коллег скрыться можно, а от компаний, собирающих данные, — нет: они установят связь дубликата и основной страницы, даже если имена на них не совпадают.

Для этого они проанализируют поведение пользователя: IP-адрес, с которого он заходит; посещаемые страницы; лайки в сообществах; списки друзей; геолокацию и др. Все это вместе дает довольно надежную идентификацию. Даже «пустая» страница без информации, фотографий и подписок на сообщества может многое сообщить о ее владельце, если он активно ей пользуется.

Миф 2. Если я удалю свой аккаунт, я сотру свои данные из интернета

Соцсети хранят данные об удаленном аккаунте длительное время — на случай восстановления страницы. Их можно сопоставить с данными о фейке, если он есть, или с новосозданной страницей, где нет компрометирующих мемов 2010 года.

Известен случай долгого судебного дела, когда пользователь из Твери несколько месяцев пытался заставить ВКонтакте стереть все данные о нем с сайта.

Миф 3. Если я отмечу фальшивую геолокацию, никто не узнает, где я был на самом деле

В 2019 году сотрудницы BuzzFeed провели эксперимент: целую неделю они постили в Instagram фотографии и сториз из своей поездки в Лондон. На самом деле никакой поездки не было, а все фотографии были сделаны в Америке, но большинство подписчиков девушек поверили в этот отпуск.

Метод с фальшивыми геолокациями подойдет, чтобы подшутить над друзьями. Но если цель — не пошутить, а скрыться, метод вряд ли сработает: нейросети уже умеют узнавать даже не самые очевидные места по заднему плану на фотографиях.

Миф 4. Если я выхожу в сеть через браузер Tor, никто не узнает мои личные данные и IP-адрес

Использование браузера Tor — один из наиболее надежных способов защитить персональные данные. В основе работы Tor технология луковой, или луковичной, маршрутизации, поэтому Tor расшифровывается как The Onion Routing.

Технология работает так: информация выходит из одного источника — например, компьютера, — и не сразу достигает конечной цели, а проходит несколько узлов — других компьютеров, — которые удаляют предыдущий слой шифрования и зашифровывают информацию по-новому.

Чаще всего первоначальный источник трафика не выявить. Но если пользователь не использует зашифрованный протокол — HTTPS, SSH или TLS — и источник содержит идентифицирующую информацию, точку выхода из сети можно отследить.

При использовании Tor стоит позаботиться о том, чтобы каждый раз использовать новый ник и не допускать ошибку Росса Ульбрихта. Ульбрихт — основатель Silk Road, анонимной торговой площадки, где продавались наркотики и психоактивные вещества. В 2013 году его нашла полиция, когда во время поиска IT-профессионалов в свою команду он указал личную электронную почту, названную его именем и фамилией.

Не миф: технологии анонимизации и шифрования

Чтобы надежно защитить данные, можно использовать специально разработанные технологии анонимизации и шифрования. К ним относятся:

• упомянутые выше безопасные протоколы обмена информацией по сети — HTTPS и SSH;
• виртуальные частные сети — VPN;
• асинхронное шифрование при передаче сообщений по сети — алгоритм RSA, который используется в популярной системе шифрования PGP;
• всевозможные анонимизирующие прокси-серверы.

Но и эти инструменты помогут, только если применять их в правильной комбинации и с умом.

https://sysblok.ru/society/mify-o-zashhite-personalnyh-dannyh-kak-ne-nado-prjatatsja-ot-bolshogo-brata/

Анна Купина

Первый пошёл

Разработан проект первого национального стандарта для искусственного интеллекта в здравоохранении.

Данный стандарт после утверждения будет регулировать клинические испытания медицинских систем ИИ в России.

Я абсолютно уверена, что пройдёт совсем короткое время (2-3 года) и применение ИИ в здравоохранении станет абсолютной рутиной. И врачи уже не будут представлять, как мы жили без него.

Но кто-то всегда делает первый шаг.

Сергею Павловичу Морозову с коллегами, респект!

https://vademec.ru/news/2020/08/24/razrabotan-pervyy-natsionalnyy-standart-dlya-ii-v-zdravookhranenii/

Критические состояния – транзиторные дезадаптации организма ребенка на новом этапе развития.
Инфаркт почек иногда встречается у новорожденных детей первых дней жизни. Болезнь при этом называется мочекислый инфаркт. Развивается она из-за чрезмерного отложения кристаллов мочевой кислоты возле почечных канальцев. На детских пеленках или на подгузнике будут видны кирпично-красные пятна от мочи малыша.

Физиологическая анемия у детей 1 года жизни

Физиологическая гипоиммуноглобулинемия (1-2 годы)

Нарушение дыхания и ритма сердца у детей 2-6 месяцев жизни (апноэ)

Нейроциркуляторные дистонии в пре- и пубертатном периоде

Кризисные адаптации – это болезненные реакции, которые были спровоцированы факторами нормального окружения или питания, но в конкретной ситуации оказались патогенными в силу абсолютной (типичной) или относительной незрелости организма.

Группы пограничных состояний:
1. Инфекционного генеза
2. Генетически детерминированные (транзиторная ферментативная недостаточность)
3. Компенсированная эмбриофетопатия
4. Нейропсихоогенные функциональные состояния

Примеры:
1. Бронхообструктивный синдром
2. Парциальное иммунодефицитное состояние
3. Тубинфицированность
4. Синдром вегетативной дисфункции
5. Нарушения моторики органов пищеварения
6. И мочевыведения (недержание)
7. Ферментопатии
8. Йододефицитные состояния
9. Нарушение толерантности к глюкозе

#пдб

Ну что, гамалейцы опубликовали отчет о фазах 1-2 клинических испытаний своей антикоронавирусной вакцины [1]. И не где-нибудь опубликовали, а в The Lancet, одном из самых крутых медицинских журналов. В тексте все выглядит неплохо, хотя испытуемых маловато (76) и это здоровые и сильные в основном парни. Девушек всего треть, а пожилых граждан и, например, детей нет вообще. Ну да ладно, на 1-2 фазах это простительно (хотя можно было и добавить их). К явным плюсам можно отнести тот факт, что разработчики проверили, есть ли среди вырабатываемых в ответ на введение вакцины антител нейтрализующие – то есть те, которые предотвращают вторжение вируса в клетки сами по себе, не привлекая другие компоненты иммунной системы, но еще и сделали это по весьма строгим критериям. Такие проверки проводят, смешивая плазму вакцинированных с вирусом, выдерживая некоторое время для взаимодействия и добавляя потом все это в культуру восприимчивых к SARS-CoV-2 клеток. Если вирус в клетки не проникает – считается, что нейтрализация удалась. Нюанс в том, что в качестве критерия отсечки многие выбирают не полное отсутствие заражения – то есть допускают, что часть клеток могут быть инфицированы, но не слишком много. В реальности это означает, что вакцина может давать неполную защиту. Гамалейцы убеждались, чтобы в тесте на нейтрализацию заражения клеток не было совсем.

Помимо титра антител (он поменьше, чем у сконструированной по тому же принципу оксфордской вакцины*, но тоже высокий) и теста на нейтрализацию, разработчики проверяли, активируется ли у привитых клеточная компонента иммунитета – Т-клетки, отвечающие за убийство уже зараженных клеток. Вроде как, тут тоже все хорошо. Еще один плюс – наличие двух форм вакцины, жидкой и высушенной (лиофилизованной). Последнюю намного легче перевозить и хранить: меньше риск, что она испортится из-за того, что в фуре или поликлинике сломался холодильник.

В общем, все здорово выглядит в публикации – кроме того, что на ее основе выдана регистрация. Третья фаза – настоящая хорошая третья фаза на 40 тысяч человек с плацебо-группой (в первых двух фазах ее не было), в ходе которой можно будет выявить относительно редкие – но в масштабах даже населения России вполне себе значимые – побочные эффекты и уточнить эффективность (а вдруг люди будут повторно заражаться?), только должна начаться. В общем, остается надеяться, что в этот раз все обойдется и в ходе удивительной пострегистрационной третьей фазы не вылезет ничего неприятного. И, главное, что подобные практики регистрации лекарственных препаратов не приживутся. Потому что долгие и нудные фазы с большим количеством добровольцев, проверками, наблюдениями итд не просто так придумали. Имелись в истории медицины прецеденты, когда недостаточные проверки приводили к катастрофическим последствиям. Не хотелось бы снова.

* - главная разница в том, что в оксфордской вакцине в качестве вектора, который доставляет ген спайк-белка в клетки, взяли обезьяний аденовирус, а в гамалейской используют два штамма человеческих аденовирусов: Ad5 и Ad26, которые вводят в два этапа. Все эти танцы нужны из-за того, что аденовирусы – распространенные патогены и у большого количества народу есть к ним иммунитет. Который может «замылить» реакцию на чужеродный для нас ген коронавирусного спайк-белка.

Ссылки:

[1] - https://www.thelancet.com/journals/lancet/article/PIIS0140-6736(20)31866-3/fulltext

Эффект Пастера — торможение одного вида гликолиза другим. Например торможение аэробного гликолиза анаэробным.

#биохимия

Циркуль-калипер. #пдб