💻🧬چه کسی انجمن جهانی زیست شناسی محاسباتی(ISCB) را بنیان‌گذاری کرد؟

لری هانتر،
موسس و مدیر انجمن از سال ۱۹۹۷ تا ۲۰۰۰، از معدود افرادی بود که علاقه داشت تا با رویکردی محاسباتی به تحقیقات زیستی بپردازد او در مورد اوایل دوره کاری انجمن می‌گوید:
"پیدا کردن افرادی با این رویکرد چه در میان فعالان حوزه زیست‌شناسی مولکولی و چه در میان فعالان حوزه علوم کامپیوتر کار سختی بود. کسی اهمیتی به حوزه بیوانفورماتیک نمی‌داد و یا حتی تصوری از این موضوع یا چگونه پیدا کردن افراد متخصص در آن نداشت و فعالان هر حوزه دیدگاه دیگری را در این باره درک نمی‌کردند."

به گفته‌ی لری هانتر و دیگر اعضا، در آن اوایل فاصله‌ی میان قواعد علوم کامپیوتری و زیست‌شناسی مولکولی قابل توجه بودند و این فاصله به شکل واضحی در اولین ملاقات‌های برنامه ریزی شده توسط انجمن، مانند سمپوزیوم های بهاره‌ در مورد هوش‌مصنوعی و زیست‌شناسی مولکولی، احساس می‌شد.

🆔️@RSGIran

#معرفی_انجمن

🖥"تاریخچه‌ی ورود کامپیوتر به ایران"🖥

🛢طبق اسناد موجود پالایشگاه آبادان در سال ۱۳۲۹ برای اولین بار در صنعت نفت، ایران و احتمالاً حتی خاورمیانه از کامپیوتر استفاده کرد که در آن زمان به آن ماشین‌های حساب الکترونیکی گفته می‌شد.

👨🏻‍💼در سال ۱۳۴۱ نخستین کامپیوتر برای مصرف شخصی توسط امیرعباس هویدا، نخست‌وزیر وقت ایران، وارد شد.

🏦در سال ۱۳۴۱ بانک ملی و شرکت نفت تهران نیز به کامپیوتر مجهز شدند.

🎓در سال ۱۳۴۳ دانشگاه تهران صاحب دستگاه‌های کامپیوتری شد.

📠در دهه ۶۰، احمد شاملو از کامپیوتر شخصی خود برای تهیه فیش‌های کتاب کوچه استفاده می‌کرد و به تعداد محدود کامپیوترهایی برای برخی ادارات ایران مانند مخابرات وارد کشور شدند.

🖥نخستین واردات انبوه کامپیوتر در ایران در دهه ۷۰ رخ داد و بعد از ورود ۲۰۰هزار دستگاه برای ارگان‌های مختلف این واردات کم‌کم برای مصارف شخصی افزایش یافت.

🆔️@RSGIran

#تاریخچه

🔥دو روز پیش، در نیچر به چاپ‌ رسید:

بازهم مقاله‌ای در خصوص:
Atlas Level Data Integration
برای دیتای single cell

🇮🇳این‌بار استاد جوان هندی
(Hamim Zafar)
یک متد با نام scDREAMER در ژورنال
nature communication
برای تجمیع دیتاهای سینگل‌سل چاپ کرده‌است که می‌توانید از لینک زیر، به مطالعه‌ی آن بپردازید:
scDREAMER for atlas-level integration of single-cell datasets using deep generative model paired with adversarial classifier

💡در این مقاله برای batch effect removal از روشی مبتنی بر مفهوم adversarial استفاده شده‌است. از این مفهوم به شکل خلاقانه در یادگیری ماشین برای اهداف مختلف استفاده می‌شود. در اینجا نیز به شکل جالبی برای تجمیع داده‌های batchهای مختلف به کار برده‌شده‌است.

حتما در یک پست به شرح این مفهوم خواهیم پرداخت.

📈 یکی از متدهایی که در این مقاله برای مقایسه با متد پیشنهادی استفاده شده است، متد scGEN است. نویسنده‌ی اول مقاله‌ی scGEN دکتر محمد لطف‌اللهی، سخنران مراسم افتتاحیه‌ی انجمن RSG ایران می‌باشند که شما را به خواندن آن دعوت می‌کنیم: مقاله‌یscGEN

🆔️@RSGIran

#مقاله
#سینگل_سل
#یادگیری‌ماشین_ML

📣 فرداشب ساعت ۲۲ چشم از ما بر ندارید!

💰یک مسابقه‌ی کوچیک و جمع و جور داریم با جایزه‌ی نقدی!

⏰ نوتیفیکیشن این کانال رو روشن نگه‌دارید چون قراره فرداشب ساعت ۲۲ یه سوال کوچولو و جذاب بپرسیم و از بین کسانی که زودتر از همه جواب میدن به یک نفر یک جایزه‌ی نقدی تقدیم کنیم.

🆔️@RSGIran

🎁 امشب با مسااابقه‌ای که قولش رو داده بودیم اومدیم 😍

📹این ویدئوی جذاب رو ببینید و اسم و ملیت دانشمندی که در ویدئو هست رو تو فرم زیر وارد کنید:

👉 https://survey.porsline.ir/s/2NB1wPSe

🎉از بین ۶ نفری که زودتر از همه جواب درست رو ثبت کنند قرعه کشی می‌کنیم و جایزه رو به یک نفر تقدیم می‌کنیم

جواب‌های درست بسیار زیادی به دستمون رسید 😍

🎓 جواب درست، پروفسور Drew Weissman هست که برنده‌ی نوبل پزشکی سال ۲۰۲۳ می‌باشند.

۶ نفر اولی که جواب درست رو ثبت کردند این عزیزان هستند:

۱ - آقای محمد امین فرزین
۲ - آقای امیرحسین بهشتی
۳ - خانم رکسانا تاجدینی
۴ - خانم سارا فریدونی
۵ - آقای محمد جواد نقدی
۶ - خانم زهره ابراهیمی

🏆تا لحظاتی دیگر با استفاده از یکی از فیچر‌های جذاب تلگرام، در همینجا از بین این عزیزان یک قرعه‌کشی انجام میدیم.

نفر ششم، سرکار خانم زهره ابراهیمی برنده‌ی مسابقه‌ی ما می‌باشند! 🏆

منتظر ایمیل ما باشید. 📨

🎧معرفی پادکست🎧

خیلی از ما، به گوش دادن به پادکست‌های مختلف عادت داریم. پادکست‌ها ما رو محدود نمی‌کنند و فرقی نداره پشت فرمون باشیم، توی مترو یا تاکسی؛ همه‌جا میشه به پادکست‌ها گوش کرد!

🧬برای همین تصمیم داریم در چند قسمت پادکست‌های باکیفیت حوزه بیوتکنولوژی و بیوانفورماتیک رو با شما به اشتراک بذاریم.💻


1️⃣پادکست The Bio Report:
این پادکست توسط انجمن زیست‌شناسی سلولی آمریکا(American Society for Cell Biology) تولید می‌شود و آخرین اخبار و تحقیقات در زمینه‌ی زیست‌شناسی سلولی، ژنومیک و سایر مباحث بیوتکنولوژی را پوشش می‌دهد.
⏳متوسط طول هر قسمت: ۱۵ تا ۳۰ دقیقه

2️⃣پادکست I AM BIO:
این پادکست توسط سازمان نوآوری بیوتکنولوژی، (Biotechnology Innovation Organization) تولید شده است و به مصاحبه با دانشمندان، کارآفرینان و سیاست‌گذاران پیشرو در این صنعت می‌پردازد.
⏳متوسط طول هر قسمت: ۳۰ دقیقه

✳راحت‌ترین دسترسی به هر پادکست روی اسم آن لینک شده است.✳

@RSGIran

#معرفی_پادکست

📢 «اولین #ژورنال_کلاب شاخه‌ی دانشجویی انجمن جهانی زیست‌شناسی محاسباتی در ایران»

🔸 موضوع:
"Investigation of proteins & pollutants interactions and effect of nanoparticle on these interactions; Molecular Dynamics Simulation"

👨‍💻با حضور دکتر رضا رسول زاده
🔹️ دکترای بیوفیزیک
🔸️محقق دانشگاه ریو د ژانیرو
🔵 تمرکز تحقیقات ایشان بر روی استفاده از روش‌های محاسباتی برای مطالعه‌ی ساختارهای زیستی است.

🔬مقالات ایشان در زمینه‌های ساختار و عملکرد پروتئین‌، طراحی دارو و تاثیر نانومواد بر ساختارهای زیستی را در صفحه‌ی گوگل اسکالرشان می‌توانید دنبال کنید.

🗓 یکشنبه، ۱۹ آذر ۱۴۰۲ (۱۰ دسامبر)

📎 لینک ثبت‌نام

🌐 این رویداد به صورت آنلاین برگزار می‌گردد.

📚 دوستان علاقه مند جهت شرکت در ژورنال کلاب توجه داشته باشند که جهت ایجاد پیش زمینه ذهنی بهتر و بهره مندی و مشارکت بیشتر شما عزیزان، مطالعه مقالات زیر پیشنهاد می شود.

👈 لینک مقالات

🆔@RSGIran

#ژورنال_کلاب

مقاله‌‌‌ای مهم در ابتدای سال ۲۰۲۳ منتشر شد که با بررسی ژنوم ویروس‌های HIV استخراج شده از ۲۶۵۰ نفر از مبتلایان مشخص کرد، تنوع ژنتیکی در قسمت env gene از ژنوم ویروس با میزان بار ویروسی ارتباط دارد.

🧬مفهوم Env Gene:
یک ژن (قسمتی از ژنوم) ویروس است که به یک ویروس می‌گوید چگونه یک پوشش برای خودش درست کند تا بتواند وارد سلول‌های میزبانی که می‌خواهد آلوده کند بشود. این پوشش اختصاصی است و از ویروسی به ویروس دیگر متغیر است!
این پوشش مانند کلیدی که قفلی را باز می‌کند، برای یک سلول کارآمد است ولی برای سلولی دیگر نه!

🩸بار ویروسی(Virus Load):
بار ویروسی به معنای تعداد ویروس‌ها در خون یک فرد مبتلا است. هرچقدر این عدد بالاتر باشد تعداد ویروس‌ها بیشتر است و احتمال بیمار شدن فرد و انتقال آن به دیگران بالاتر است. پزشکان این عدد را برای بررسی این‌که عفونت چقدر جدی است، چک می‌کنند.

این مقاله نشان می‌دهد که تنوع ژنتیکی در ۱۶ موقعیت ژنومی HIV به طور قابل توجه‌ای با بار ویروسی ارتباط داشته و ۱۳٪ از تغییرات در میزان بار ویروسی را توضیح می‌دهد.

متن کامل این مقاله

Telegram | LinkedIn | Instagram

#مقاله
#زیست‌شناسی_سلولی

🌍وقتی به خطرات پلاستیک‌ها برای دنیا فکر می‌کنید چه چیزی به ذهنتون میاد؟

شاید یک لاک‌پشت که دور گردنش پلاستیک گره خورده یا یک هرمیت که به جای صدف یک تکه پلاستیک رو به عنوان خانه‌ی جدیدش انتخاب کرده.
اما خطرات پلاستیک‌ها دیگر تنها محیط‌زیست ما انسان‌ها را تهدید نمی‌کند.

🔸️اولین اثر میکروپلاستیک‌ها در سال ۲۰۱۹ در مدفوع ۸ فرد بالغ سالم که مورد بررسی قرار گرفتند پیدا شد و حدس زده شد با توجه به نوع میکروپلاستیک‌های یافت شده منبع آن‌ها عمدتاً بسته‌بندی‌های مواد غذایی استفاده شده باشد.


🔸️در سال ۲۰۲۲، در ۸۷درصد از نمونه‌های ادرار گرفته شده از ۲۲ فرد بالغ میکروپلاستیک‌ بود و این احتمال را ایجاد کرده که میکروپلاستیک‌ها جذب خون می‌شوند و دفع ادراری دارند.


🔸️در سال ۲۰۲۳، از بین ۱۶ نمونه‌ی مورد مطالعه از شیر مادران آزمایش، همه‌ی نمونه‌ها حاوی میکروپلاستیک بودند.
منبع

🔸️و در جدیدترین مطالعه‌ی منتشر شده مشاهده شده‌ است که از بین ۱۰ جفتِ جنین مورد مطالعه، همگی حاوی میکروپلاستیک بودند.
منبع

اما نقش بیوانفورماتیک در کمک به حل این مشکل چیست؟

در بخش دوم به این موضوع می‌پردازیم.

Telegram | LinkedIn | Instagram

#بیوانفورماتیک

🌱 به امید روزی که صندلی‌ای در دانشگاه خالی نماند ...

سرمایه‌های ایران!
روزتان مبارک❤️

@RSGIran

می‌دونید Tutorial Hell چیست؟

این موضوع، که اتفاقاً خوبه در بین بچه‌های فیلد بیوانفورماتیک‌ هم راجع بهش صحبت کنیم، برمی‌گرده به زمانی که فردی میخواد یه چیزی مثل برنامه‌نویسی رو یاد بگیره و مدام درگیر پیداکردن و پرداختن به دوره‌های آموزشی مختلف هست بدون اینکه یک بار در عمل از آموخته‌های خودش استفاده بکنه و یک خط کد بزنه!

مثلا تصور کنید یک بایولوژیست می‌خواد پایتون یاد بگیره و پنج‌تا کورس آموزشی رو هم تموم کرده اما تابحال یک خط هم کد نزده! اصلا رو کامپیوترش یک ide نصب نیست! (بگذریم که شاید شما که بایولوژیست هستید الان به خودتون بگویید اصلاً ide چیه؟)

خب در این مواقع میگن فرد در Tutorial hell گیر افتاده!

اما راه حل چیه؟!

Telegram | LinkedIn | Instargam

#رشد_فردی

🗓تقویم ژورنال کلاب‌های آذر ماه ۱۴۰۲ انجمن جهانی زیست‌شناسی محاسباتی

ژورنال کلاب‌ها، از سری رویدادهای آموزشی انجمن هستند که در آن‌ها مطالعات‌ اخیر در حوزه‌های مختلف بیوانفورماتیک و زیست‌شناسی محاسباتی مورد بحث قرار می‌گیرند. با شرکت در این جلسات می‌توانید از دانش اساتید و افراد متخصص بهره ببرید و با مشارکت در بحث‌ها به پویایی و مفید بودن جلسات کمک‌کرده و دیگران را از دانش خود بهره‌مند سازید.🔥

📢 با ما همراه باشید تا از این برنامه‌ها بی‌خبر نمونید.

Telegram | LinkedIn | Instagram

#تقویم‌ماهانه
#ژورنال_کلاب

📢 «دومین #ژورنال_کلاب شاخه‌ی دانشجویی انجمن جهانی زیست‌شناسی محاسباتی در ایران»

🔸 موضوع:
"Accurate proteome-wide missense variant effect prediction with AlphaMissense"

👩🏻‍💻با حضور سرکار خانم فاطمه امیدی
🔹دانشجوی دکترا و محقق مرکز qGenomics دانشگاه Pompeu Fabra
🔸️تمرکز تحقیقات ایشان بر روی طبقه‌بندی بهتر واریانت‌های ژنومی با استفاده از الگوریتم‌های یادگیری ماشین (ML) است.
🔹️جهت کسب اطلاعات بیشتر در مورد سابقه آموزشی و پژوهشی ایشان می‌توانید به صفحه‌ی لینکدین‌شان مراجعه نمایید.

🗓 جمعه، ۲۴ آذر ۱۴۰۲ (۱۵ دسامبر)

📎 لینک ثبت‌نام

🌐 این رویداد به صورت آنلاین برگزار می‌گردد.

📚 دوستان علاقه‌مند جهت شرکت در ژورنال کلاب توجه داشته باشند که جهت ایجاد پیش‌زمینه ذهنی بهتر و بهره‌مندی و مشارکت بیش‌تر شما عزیزان، مطالعه‌ی مقاله‌ی زیر پیشنهاد می‌شود.

👈 لینک مقاله

Telegram | LinkedIn | Instagram

#ژورنال_کلاب

🧠"سلول‌های عصبی در حال برقراری ارتباط با یکدیگر"

🔹️اگر سلول عصبی به شکل مناسبی توسط سلول‌های دیگر (جهت برقراری ارتباط) برانگیخته نشود، می‌تواند دچار خودتخریبی(آپوپتوز) شود.

🔹️سلول‌های عصبی جهت ارتباط با سایر نورون‌ها،  زائده‌های(آکسون‌ها و دندریت‌ها) خود را به بیرون گسترش می‌دهند؛ این زائده‌ها از نخستین راه‌های ارتباط سلول‌های عصبی با یکدیگر هستند.


Telegram | LinkedIn | Instagram

#زیست‌شناسی_سلولی

🎧معرفی پادکست، بخش دوم🎧

3️⃣پادکست The Genomic Muse:
مجری این پادکست هانا دلوین، متخصص ژنتیک و نویسنده‌ی کتب علمی‌ است. این پادکست طیف وسیعی از موضوعات مرتبط با ژنتیک و #ژنومیکس را پوشش می‌دهد و با متخصصان سرتاسر دنیا مصاحبه‌های عمیقی در رابطه با تحقیقاتی که در حال پیشروی هستند، می‌کند.
⏳متوسط طول هر قسمت: ۱۵ تا ۳۰ دقیقه

4️⃣پادکست This Week in Virology:
این پادکست توسط دو مجری ویروس‌شناس اجرا می‌شود و جدیدترین اخبار مرتبط با حوزه‌ی ویروس‌شناسی را پوشش می‌دهد.
اگر به شناخت بیشتر ویروس‌ها و آثار آن‌ها بر سلامت انسان‌ها علاقمند هستید، این پادکست مناسب شماست.
⏳متوسط طول هر قسمت: ۴۵ دقیقه تا ۲ ساعت

✳راحت‌ترین دسترسی به هر پادکست روی اسم آن لینک شده‌است.✳

🔹️ پست معرفی پادکست، بخش اول🔹️


Telegram | LinkedIn | Instagram

#معرفی_پادکست

همراهان عزیز،
در جهت آشنایی بیش‌تر شما با اهداف و برنامه‌های پیش‌روی شاخه‌‌ی دانشجویی انجمن جهانی زیست‌شناسی محاسباتی در ایران با یک دورهمی آنلاین در تاریخ 16 دسامبر(شنبه،25 آذر) همراه شما هستیم.

محل برگزاری رویداد:

https://tum-conf.zoom-x.de/my/rsgiran

Telegram | LinkedIn | Instagram

#رویداد
#معرفی_انجمن

جلسه‌ی معرفی انجمن در حال برگزاری ست.

#رویداد
#معرفی_انجمن