⚠️شناسایی ژن RARRES1 به عنوان یک بایومارکر ارزشمند در تشخیص و پیش‌بینی پیشرفت ملانومای پوستی (SKCM)⚠️

🔴ملانومای پوستی (Skin Cutaneous Melanoma یا SKCM) یکی از بدخیم‌ترین انواع #سرطان‌ های پوستی است که از سلول‌های ملانوسیت منشأ می‌گیرد و به دلیل پیش‌آگهی نامطلوب و نرخ بالای مرگ‌ومیر، به‌عنوان یکی از چالش‌های بزرگ در درمان سرطان‌های پوستی شناخته می‌شود. با وجود پیشرفت‌هایی که در زمینه ایمنی‌درمانی و درمان‌های هدفمند صورت گرفته است، هنوز هم نرخ بقا برای بیماران با ملانومای پیشرفته بسیار پایین است. این موضوع نیاز به شناسایی بیومارکرهای جدید و اهداف درمانی مؤثر را برای بهبود تشخیص و درمان این بیماری افزایش داده است.

❓در این مقاله، محققین به بررسی نقش ژن RARRES1 در ملانومای پوستی پرداخته و ارتباط آن با ویژگی‌های بالینی و پیش‌آگهی بیماران را مورد بررسی قرار می‌دهند.

🎮با استفاده از داده‌های پایگاه‌های #TCGA و GEO، محققان تحلیل‌هایی انجام دادند که نشان داد بیان ژن RARRES1 در بافت‌های ملانومای پوستی به طور معناداری کاهش یافته و این کاهش با ویژگی‌های بالینی نامطلوب و پیش‌آگهی ضعیف مرتبط است.
نتایج ROC analysis نیز نشان داد که ژن RARRES1 دارای دقت تشخیصی قابل توجهی با AUC برابر ۰/۷۳۲ است.

✔️این ژن همچنین با مسیرهای بیولوژیکی مرتبط با پاسخ‌های ایمنی، تکثیر سلولی، آپوپتوز و اتوفاژی در SKCM ارتباط داشت. افزایش بیان RARRES1 باعث سرکوب تکثیر و مهاجرت سلول‌های سرطانی و افزایش آپوپتوز و انسداد جریان اتوفاژی شد. این نتایج نشان می‌دهد که RARRES1 می‌تواند به عنوان یک عامل سرکوب‌کننده تومور عمل کرده و به عنوان یک هدف درمانی و بیومارکر تشخیصی در ملانوما مورد استفاده قرار گیرد.

➕در مجموع، این تحقیقات نقش ژن RARRES1 را به عنوان یک بیومارکر ارزشمند در تشخیص و پیش‌بینی پیشرفت ملانومای پوستی (SKCM) برجسته کرده و پتانسیل آن را برای استفاده در درمان شخصی‌سازی‌شده سرطان تایید می‌کند.

🔗مقاله‌ی کامل را از این لینک می‌توانید دنبال کنید.


🙂برای آشنایی بیشتر با پایگاه داده‌ی TCGA می‌توانید به این پست‌ها مراجعه کنید:
🥇دیتاست TCGA چیست؟
🥈دیتاست TCGA چه کاربردهایی دارد؟
🥉تاریخچه‌ی پروژه‌‌ی اطلس ژنوم سرطان


🚀Telegram
🖼LinkedIn
🖼Instagram

🔈شاخه‌ی دانشجویی انجمن جهانی زیست‌شناسی محاسباتی در ایران، تقدیم می‌کند:

✨چهارمین سخنرانی، از مجموعه سخنرانی‌های CB TALK✨

🗓تاریخ: چهارشنبه، ۳۱ مرداد(۲۱ اوت)
⏰ ساعت: ۲۰ الی ۲۲

🎙در این سخنرانی میزبان ارائه‌ای از جناب آقای فریبرز صادقی، با نظارت جناب آقای دکتر بابک نجار اعرابی و جناب آقای دکتر علی شریفی زارچی، خواهیم بود.



🟢آقای فریبرز صادقی اکنون به عنوان دستیار پژوهشی در آزمایشگاه Machine Leaning and Computational Modeling Lab، در دپارتمان ECE دانشگاه تهران، فعالیت دارند و از علایق پژوهشی ایشان می‌توان به موارد زیر اشاره نمود:
🟢Causality | Reinforcement Learning | Causal RL | Causal Generative Modeling | Causal Representation Learning



🟢آقای دکتر بابک نجار اعرابی هم اکنون استاد تمام دانشکده مهندسی برق و کامپیوتر دانشگاه تهران هستند. ایشان مدرک دکترای خود را در رشته مهندسی برق از دانشگاه Texas A&‌M اخذ نموده‌اند.
🟢زمینه های تحقیقاتی و علمی ایشان شامل:
یادگیری ماشین، سیستم های یادگیری شناختی، بینایی ماشین، شناخت الگو، سیستم های عصبی فازی، شناسایی سیستم، پیش بینی و مدل سازی در محیط های پیچیده می‌باشد.

📌جهت کسب اطلاعات بیش‌تر درمورد سابقه‌ی آموزشی و پژوهشی ایشان، می‌توانید به صفحه‌ی گوگل اسکالر ایشان مراجعه نمائید.



🌐لینک ثبت‌نام: سایت رایازی

🚀Telegram 
🖼LinkedIn 
🖼Instagram

#رویداد
#CB_Talk

⭐️یادآوری⭐️

🟢به دلیل استقبال شما عزیزان از اولین جلسه‌ی CB TALK شاخه دانشجویی انجمن جهانی زیست‌شناسی محاسباتی، تصمیم بر ادامه‌ی این جلسه در CB TALK دیگری شد. حالا در چهارمین CB TALK انجمن، این فرصت را خواهیم داشت تا با مروری بر اولین CB TALK، مجدداً میزبان ارائه‌ای از آقای فریبرز صادقی و نظارت آقای دکتر بابک نجار اعرابی و آقای دکتر علی شریفی زارچی باشیم.

✔️اگر تاکنون ثبت‌نام خود را نهایی نکرده‌اید، می‌توانید از طریق لینک این پست اقدام نمایید.✔️

🔥جذاب‌ترین اخبار اخیر دنیای زیست‌شناسی🔥

1️⃣هشدار سازمان بهداشت جهانی: شیوع آبله میمونی، تهدیدی جدید برای سلامت انسان‌ها
➕سازمان بهداشت جهانی(WHO) اعلام کرده که شیوع mpox در جمهوری دموکراتیک کنگو به دلیل افزایش موارد ابتلا و احتمال گسترش بیشتر آن به عنوان یک وضعیت اضطراری بهداشت عمومی با اهمیت بین‌المللی شناخته شده است.

➡️WHO has declared mpox a global health emergency. What happens next?


2️⃣پیشرفت بزرگ در ترمیم غضروف: روش جدید برای درمان مشکلات مفصلی
➕دانشمندان در دانشگاه نورث‌وسترن آمریکا موفق به توسعه ماده‌ای شده‌اند که می‌تواند به ترمیم غضروف هیالین، نوعی از بافت غضروفی که در مفاصل وجود دارد، کمک کند. این ماده که به‌صورت مایع به زانوهای آسیب‌دیده گوسفندان تزریق شد، به عنوان یک داربست عمل کرد و باعث رشد مجدد غضروف هیالین شد.

➡️A bioactive supramolecular and covalent polymer scaffold for cartilage repair in a sheep model


3️⃣گامی نوین در شناخت آلزایمر: مدل‌سازی سه‌بعدی پروتئین‌های مغزی
➕یک مطالعه جدید برای اولین بار ساختار مولکولی موجود در مغز افراد مبتلا به بیماری آلزایمر را آشکار کرده است. محققان مدل‌های سه‌بعدی از پروتئین‌های موجود در مغز، به‌ویژه دو پروتئین بتا-آمیلوئید و تائو که با آلزایمر مرتبط هستند، تولید کرده‌اند.

➡️CryoET of β-amyloid and tau within postmortem Alzheimer’s disease brain


4️⃣کنترل ذهن با فناوری نانو: فعال‌سازی مغز موش‌ها با میدان‌های مغناطیسی
دانشمندان در کره با استفاده از ترکیبی از ژنتیک، نانوذرات و میدان‌های مغناطیسی، فناوری جدیدی به نام Nano-MIND را توسعه داده‌اند که امکان کنترل از راه دور و دقیق مغز را فراهم می‌کند. این روش در موش‌های مهندسی شده به کار گرفته شد، به طوری که با تغییر میدان مغناطیسی، رفتارهایی مانند تغذیه، تعامل اجتماعی و مراقبت از نوزادان به صورت آنی در آن‌ها تغییر کرد.

➡️In vivo magnetogenetics for cell-type-specific targeting and modulation of brain circuits


5️⃣تشخیص سرطان با هوش مصنوعی: همکاری Paige و مایکروسافت برای مدل‌های پیشرفته پزشکی
➕مایکروسافت و Paige از مدل‌های پیشرفته هوش مصنوعی Virchow2 و Virchow2G برای تشخیص و درمان سرطان رونمایی کرده‌اند.

➡️Paige and Microsoft unveil next-gen AI models for cancer diagnosis


🚀Telegram
🖼LinkedIn
🖼Instagram

#خبر
#مقاله
#بیوانفورماتیک
#زیست‌شناسی_محاسباتی
#زیست‌شناسی_سلولی

🔔توسعه یک مدل یادگیری عمیق برای تشخیص سرطان با بازرسی موتیف‌های انتهایی cfDNA🔔

🔼تست‌های مبتنی‌ بر DNA آزاد(cfDNA) یکی از روش‌های مهم برای تشخیص سرطان هستند. cfDNA در پلاسما عمدتاً از سلول‌های خون‌ساز منشأ می‌گیرد که از طریق آپوپتوز و یا نکروز وارد جریان خون می‌شوند که قطعات DNA آزاد شده از سلول‌های توموری می‌توانند با آن‌ها ترکیب شوند. مطالعات نشان داده‌اند که اندازه cfDNA در بیماران سرطانی کوتاه‌تر از افراد سالم است و الگوهای موتیف انتهایی cfDNA نیز در بیماران سرطانی متفاوت است.

➕در این مطالعه، یک روش مبتنی بر یادگیری عمیق به نام "بازرسی موتیف انتهایی از طریق ترانسفورمر"(EMIT) برای رتبه‌بندی فراوانی موتیف‌های انتهایی cfDNA مدل‌سازی و توسعه داده شده. در حقیقت EMIT یک معماری مبتنی بر ترنسفورمر است که برای مدل‌سازی توزیع الگوهای انتهایی(end-motifs) با استفاده از اطلاعات متنی در سراسر توالی طراحی شده است. در این روش، توالی الگوهای انتهایی cfDNA، به ترتیب فراوانی مرتب شده و به عنوان ورودی به EMIT داده می‌شود. این معماری شامل یک لایه تعبیه(embedding) و یک ترنسفورمر انکودر(transformer encoder) است که به شناسایی توزیع الگوهای مختلف کمک می‌کند. پس از پیش‌آموزش مدل EMIT با استفاده از  masked language modeling، این مدل برای استخراج ویژگی‌ها و انجام پروجکشن خطی جهت تشخیص #سرطان به کار می‌رود. EMIT با استفاده از ۴۶۰۶ نمونه از شش مجموعه داده که شامل کارسینومای هپاتوسلولار (HCC)، سرطان کولورکتال (CRC)، سرطان ریه (LUCA) و کارسینومای مری (ESCA) بودند جمع‌آوری و بررسی شده. این مجموعه داده‌ها شامل نمونه‌های cfDNA پلاسما بودند که تحت انواع مختلفی از توالی‌یابی ژنومی قرار گرفتند. نتایج نشان می‌دهند که ویژگی‌های تفکیک‌کننده سرطان در داخل EMIT کدگذاری و به نمایش گذاشته شده.

📊با تحلیل ماتریس‌های چندسری EMIT، دریافت می‌شود که موتیف‌های پایانی خاصی در گروه‌های سرطان، attention scores بیشتری نسبت به گروه‌های کنترل داشتند. به عنوان مثال، در مجموعه داده HCC با توالی‌یابی کل ژنوم(HGS)، موتیف‌های CGTC و TATT در گروه سرطان نمرات بالاتر و موتیف‌های TCTG، TCGC و TAGC نمرات کمتری داشتند. این نتایج نشان‌دهنده‌ی وجود الگوهای متمایز موتیف‌های پایانی در گروه‌های سرطان در مقایسه با گروه‌های کنترل است.

👀در نتیجه، مدل یادگیری عمیق مبتنی بر ترانسفورمر می‌تواند نشانگرهای تفکیک‌کننده‌ی سرطان را از موتیف‌های انتهایی cfDNA یاد بگیرد تا این نشانگرها برای تشخیص بیماران مبتلا به سرطان مورد استفاده قرار بگیرند. EMIT با استفاده از روابط غیرخطی بین الگوهای انتهایی مختلف، بر محدودیت‌های روش‌های موجود که این الگوها را به صورت مستقل در نظر می‌گیرند، غلبه می‌کند. توانایی EMIT در پردازش داده‌های متنوع cfDNA به صورت کارآمد و بدون نیاز به پیش‌پردازش گسترده، آن را به ابزاری امیدبخش برای تشخیص زودهنگام سرطان تبدیل می‌کند.

🔗مقاله‌ی کامل را از این لینک می‌توانید دنبال کنید.

🚀Telegram
🖼LinkedIn
🖼Instagram

#مقاله

🟢دی‌ان‌ای آزاد در گردش(cfDNA) قطعاتی از DNA است که پس از آپوپتوز یا نکروز سلولی به جریان خون آزاد می‌شود.
➕در بیماران مبتلا به سرطان، سلول‌های تومور نیز DNA به جریان خون آزاد می‌کنند و معمولاً سطوح بالاتری از cfDNA در آن‌ها یافت می‌شود.

✔️ظرفیت تشخیص سرطان‌های جدید، واریانت‌های مقاوم به درمان و ناهمگونی تومور با استفاده از فناوری‌ غیرتهاجمی براساس DNA توموری در گردش(ctDNA) موجود در خون، نوید انقلابی در زمینه تشخیص، پیشگیری، و درمان سرطان را می‌دهد.

🚀Telegram
🖼LinkedIn
🖼Instagram

#مقاله

✨دومین کارگاه شاخه‌ی دانشجویی انجمن جهانی زیست‌شناسی محاسباتی در ایران با همکاری انجمن INRP دانشگاه علوم پزشکی تهران✨

⭐️با کمال افتخار اعلام می‌داریم که در این کارگاه با تدریس جناب آقای دکتر رضا کربلایی، پژوهشگر ارشد دانشگاه جانز هاپکینز، میزبان علاقمندان به علم زیست‌شناسی محاسباتی خواهیم بود.

👀این کارگاه که هم به صورت حضوری و هم به صورت غیرحضوری قابل شرکت است، فرصتی استثنایی برای یادگیری و تجربه‌ی مستقیم در زمینه‌ی زیست‌شناسی محاسباتی فراهم می‌آورد و در فضایی دوستانه و همکاری‌محور، به آشنایی با محیط لینوکس برای کاربران بیوانفورماتیک می‌پردازیم.

🗓تاریخ برگزاری(حضوری و غیرحضوری):

- یکشنبه ۱۱ شهریور
- سه‌شنبه ۱۳ شهریور
⏰ از ساعت ۸ الی ۱۷
مکان: مرکز رشد استعداد‌های درخشان، دانشگاه تهران

💬 جلسه‌ی پرسش و پاسخ(آنلاین):

- چهارشنبه ۲۱ شهریور
⏰ از ساعت ۱۰ الی ۱۲

⚠️ظرفیت محدود:
⚠️۲۵ نفر حضوری
⚠️۲۰ نفر غیرحضوری


🟢سرفصل‌های اصلی که در این ورکشاپ ارائه می‌شوند:

۱.مقدمه‌ای بر لینوکس و کدهای پایه‌ای مهم
۲. مفاهیم ضروری پوسته یونیکس: هدایت‌ها (Redirections)، پایپ (Pipe)، مدیریت و تعامل با فرآیندها و جایگزینی فرمان (Command Substitution)
۳. کار با سرورهای راه دور
۴. کار با داده‌های بیوانفورماتیک (شامل دانلود و همگام‌سازی، یکپارچگی داده‌ها، بررسی تفاوت‌های بین داده‌ها، فشرده‌سازی داده‌ها و کار با داده‌های فشرده‌شده)
۵. ابزارهای داده‌ای یونیکس: شامل بازرسی و دستکاری داده‌های متنی با ابزارهای یونیکس: less، head، wc، ls، awk، cut، hexdump و غیره.
۶. اسکریپت‌نویسی شل برای بیوانفورماتیک، نوشتن خطوط پردازش و موازی‌سازی وظایف: اسکریپت‌نویسی مقدماتی Bash، خودکارسازی پردازش فایل با find و xargs، Make و Makefiles: گزینه‌ای دیگر برای خطوط پردازش (Pipelines)


⚡️تخفیف‌های ویژه⚡️

✔️هزینه‌ی ثبت‌نام عادی:
➕حضوری:۱.۲۰۰‌.۰۰۰هزارتومان
➕غیرحضوری: ۱.۰۵۰.۰۰۰

👀اگر:

- تا هفتم شهریور ماه ثبت‌نام کنید😀
حضوری: ۱.۰۵۰  هزار تومان
غیرحضوری: ۹۰۰ هزار تومان

- دانشجو باشید و تا هفتم شهریور ماه ثبت‌نام کنید😀
حضوری: ۹۵۰ هزار تومان
غیرحضوری:۸۷۰ هزار تومان

- در رویداد HBC شرکت کرده باشید😀
حضوری: ۹۲۰ هزار تومان
غیرحضوری: ۸۵۰ هزار تومان

🔥شما شامل تخفیف خواهید شد!

🙂جهت دریافت کد تخفیف با ما در ارتباط باشید.🙂

🔗لینک ثبت‌نام حضوری
🔗لینک ثبت‌نام آنلاین

💎آقای دکتر رضا کربلایی ، پژوهشگر ارشد(بیوانفورماتیک) در بخش روان‌پزشکی دانشکده پزشکی دانشگاه جانز هاپکینز هستند. تحقیقات ایشان در دانشگاه جانز هاپکینز با هدف شناسایی مکان‌های ژنتیکی مرتبط با اختلال دوقطبی و اسکیزوفرنی  با همکاری پروفسور پیتر زندی و دکتر فرناندو گوئز انجام می‌شود. همچنین ایشان در دانشگاه تمپل با یک تیم بزرگ از محققان، از جمله دکتر دبرا بانگسر و متیو ویمر، همکاری می‌کنند تا مکانیزم‌های اپی‌ژنتیک مرتبط با حساسیت و مقاومت به سوءمصرف مواد را روشن کنند. .
➕برای کسب اطلاعات بیشتر درباره‌ی سابقه‌ی آموزشی و پژوهشی ایشان، به صفحات لینکدین و گوگل‌اسکالر ایشان مراجعه فرمایید.

🚀Telegram
🖼LinkedIn
🖼Instagram

🚀@NeuroINRP

#ورکشاپ

⭐️همراهان گرامی ISCB RSG IRAN،

با کمال افتخار به اطلاع شما می‌رسانیم که در این ویدیو می‌توانید نظرات ارزشمند عزیزانی را که در کارگاه قبلی شرکت کردند، مشاهده کنید. اکنون فرصتی بی‌نظیر پیش روی شماست تا در دومین کارگاه ISCB RSG IRAN به ما بپیوندید.

💎دکتر کربلایی، پژوهشگر ارشد دانشگاه جانز هاپکینز، تنها به مدت دو هفته در ایران حضور دارند و ما مفتخریم که میزبانی ایشان و شما عزیزان را در این کارگاه به عهده داشته باشیم.

🔥این فرصت را از دست ندهید و با ما همراه شوید تا از دانش و تجربیات دکتر کربلایی بهره‌مند شویم. منتظر دیدار شما هستیم!

🚀Telegram
🖼LinkedIn
🖼Instagram

❓گامی نو در تنظیم‌گری سازمان غذا و داروی ایران در حیطه‌ی درمان‌های نوین سلول، بافت و ژن‌درمانی❓

✔️ سه داروی جدید در دسته سلول‌درمانی و پزشکی بازساختی به فهرست دارویی کشور اضافه شد.

🟢 این داروها شامل:
🥇 دستروسل: سلول‌های مزانشیمی آلوژن مشتق از جفت و پرده‌های جنینی برای بیماری GvHD
🥈 رویین شیت: ورقه اپیدرمی سلول‌های کراتینوسیت آلوژن جهت ترمیم سوختگی
🥉 رویین گرف: جایگزین پوستی دولایه از سلول‌های کراتینوسیت و فیبروبلاست آلوژن بر روی بستر کلاژنی برای درمان زخم‌های مزمن

⭐️این اقدام آغاز فصلی نو در تنظیم‌گری درمان‌های نوین در ایران به شمار می‌رود.

🔥سلول‌درمانی روشی در پزشکی است که در آن سلول‌های طبیعی یا مهندسی‌شده به بدن بیمار تزریق یا کاشته می‌شوند تا آسیب‌ها و بیماری‌ها را درمان کنند.
این سلول‌ها ممکن است از بدن خود بیمار گرفته شوند(اتولوگ)، از یک فرد دیگر(آلوژن) و یا حتی از منابع دیگری مانند جنین‌ها یا بند ناف استخراج شوند.
این روش در درمان بیماری‌های مختلف، از جمله سرطان، اختلالات خونی، و آسیب‌های بافتی کاربرد دارد و هدف آن بازسازی و ترمیم بافت‌های آسیب‌دیده یا ناکارآمد است.

🖥منبع خبر:ستاد توسعه فناوری‌های پزشکی بازساختی و سلول بنیادی

🔍گردآورنده: ابوالحسن بهاری

🚀Telegram
🖼LinkedIn
🖼Instagram

#خبر

📣هفته دسترسی رایگان به محتواهای پلت‌فرم DataCamp
🗓 ۵ شهریور ماه الی ۱۱ شهریور ماه

🔥به‌مدت یک هفته به تمام محتواهای پلتفرم DataCamp به‌صورت رایگان دسترسی پیدا کنید.


🔍از ۲۶ آگوست تا ۱ سپتامبر (معادل ۵ام شهریور ماه لغایت ۱۱ام شهریور ماه ۱۴۰۳) هر فردی می‌تواند با یک حساب کاربری رایگان در DataCamp به محتواها و آموزش‌های DataCamp Premium دسترسی داشته باشد. تمامی دوره‌ها در نسخه‌ی تحت وب در دسترس هستند؛ بنابراین نیازی به نرم‌افزار اضافی ندارید.

🔗 چه بخواهید:
🖥 مهارت‌های برنامه نویسی خود را بهبود و ارتقا دهید
🔼 رزومه خود را بهتر کنید
🌐اولین قدم‌هایتان را برای کار با ChatGPT بردارید
🕯یا در نهایت تیم خود را ارتقا دهید.
✔️پلت‌فرم DataCamp به شما امکان یادگیری نامحدود در سطح‌های مقدماتی، متوسط و پیشرفته را می‌دهد.

👀در این هفته‌ی بخصوص شما می‌توانید به
بیش از ۵۰۰ دوره داده‌های تعاملی و هوش مصنوعی: از جمله مقدمه‌هایی بر ChatGPT، Python، SQL و... .
➕همچنین در کنار آن، دوره‌های پیشرفته MLOps، یادگیری عمیق، پردازش تصویر و... دسترسی پیدا کنید .


➡️datacamp-free-access-week

🚀Telegram
🖼LinkedIn
🖼Instagram

#خبر

🗓تقویم آموزشی شاخه‌ی دانشجویی انجمن جهانی زیست‌شناسی محاسباتی

❓شهریور ماه ۱۴۰۳، در شاخه دانشجویی انجمن جهانی زیست‌شناسی محاسباتی چگونه سپری خواهد شد؟

💎در دومین کارگاه انجمن، در تاریخ‌های ۱۱ و ۱۳ شهریور، میزبان دکتر رضا کربلایی، پژوهشگر ارشد دانشگاه جانز هاپکینز خواهیم بود.
این کارگاه به‌صورت هیبرید(حضوری و مجازی) برگزار خواهد شد و موضوع آن "آشنایی با محیط لینوکس برای کاربران بیوانفورماتیک" است.
🔗برای کسب اطلاعات بیشتر به این پست مراجعه نمائید.

🔥ژورنال کلاب‌ها طبق روال گذشته، در تاریخ‌های ۱۸ و ۲۵ شهریور، برگزار خواهند شد.
این جلسات از سری رویدادهای آموزشی انجمن هستند که در آن‌ها مطالعات اخیر در حوزه‌های مختلف #بیوانفورماتیک و #زیست‌شناسی_محاسباتی مورد بحث قرار می‌گیرند. با شرکت در این جلسات می‌توانید از دانش اساتید و افراد متخصص بهره ببرید و با مشارکت در بحث‌ها به پویایی و مفید بودن جلسات کمک کرده و دیگران را از دانش خود بهره‌مند سازید.

🎙در انتهای شهریور ماه، سری پنجم سلسله جلسات CB Talk، به صورت متفاوت‌تر و ویژه‌تری برگزار خواهد شد.
پنجمین جلسه از سخنرانی‌های CB Talk، به‌صورت مشترک با شاخه‌ی دانشجویی انجمن جهانی زیست‌شناسی محاسباتی استرالیا برگزار خواهد شد.

🔔با ما همراه باشید تا از جزئیات این برنامه‌ها بی‌خبر نمانید!

🚀Telegram
🖼LinkedIn
🖼Instagram

#تقویم‌ماهانه
#ژورنال_کلاب
#ورکشاپ
#CB_Talk

🔥انجمن بین‌الملی زیست‌شناسی محاسباتی (ISCB) بستری برای اتصال و همکاری فعالان و علاقمندان زیست محاسباتی در سراسر دنیا است🔥


🖥انجمن بین المللی زیست شناسی محاسباتی (ISCB) یک سازمان غیرانتفاعی جهانی است که به هدف پیش‌برد و شناساندن بیشتر حوزه‌ی زیست‌شناسی محاسباتی اختصاص دارد.

⁉️ماموریت این انجمن:
✔️ ترویج پژوهش؛
✔️ آموزش؛
✔️ و همکاری در استفاده از روش‌های محاسباتی برای درک سیستم‌های بیولوژیکی است.


🟢اهداف و فعالیت‌های کلیدی:

✔️ ترویج پژوهش: ISCB کنفرانس‌ها، کارگاه‌ها و رویدادهای دیگر را برای ترویج تبادل ایده‌ها و پیشرفت در زیست‌شناسی محاسباتی سازماندهی می‌کند.

✔️آموزش: در اختیار گذاشتن منابع آموزشی، از جمله برگزاری دوره‌ها و کمک هزینه تحصیلی برای حمایت از آموزش نسل بعدی زیست شناسان محاسباتی.

✔️همکاری: ISCB همکاری بین محققان، موسسات و رشته‌های مختلف را تسهیل می‌کند و تحقیقات و نوآوری بین رشته‌ای را ترویج می‌کند.

✔️ حمایت و پشتیبانی: ترویج و گسترش اهمیت زیست‌شناسی محاسباتی بین جامعه علمی.


✨گروه‌های دانشجویی منطقه‌ای(RSGs) در ISCB:
گروه‌های دانشجویی منطقه‌ای (RSGs) جزء حیاتی انجمن بین‌المللی زیست‌شناسی محاسباتی (ISCB) هستند. این گروه‌ها توسط دانشجویان دانشگاه‌ها یا مؤسسات تحقیقاتی در مناطق جغرافیایی خاص تشکیل می‌شوند. این انجمن‌ها بستری را برای دانشجویان فراهم می‌کنند تا با: علاقه‌مندان این حوزه ارتباط برقرار کنند، زیست‌شناسی محاسباتی را بیاموزند و در فعالیت‌های مختلف شرکت کنند.

🌐 تاکنون RSG در ۲۶ کشور جهان در اقصا نقاط مختلف جهان از جمله: آسیا، خاورمیانه، اروپا، آمریکای شمالی و جنوبی فعال است که از مهر ۱۴۰۱ شاخه دانشجویی انجمن RSG در ایران با مدیریت جناب آقای مصطفی شاه‌حسینی فعالیت خود را آغاز کرد.

🇮🇷و ما شاخه‌ی دانشجویی انجمن جهانی زیست‌شناسی محاسباتی در ایران هستیم: ISCB RSG-IRAN🇮🇷

🗓 ۳۰ شهریور ماه، اولین همکاری بین‌المللی شاخه دانشجویی انجمن زیست محاسباتی ایران و استرالیا در قالب CB Talk برگزار خواهد شد.

🙂برای کسب اطلاعات بیشتر و ثبت‌نام همراه ما باشید🙂

🚀Telegram
🖼LinkedIn
🖼Instagram

#معرفی_انجمن

⚡️هوش مصنوعی: کاتالیزگر جدید تحقیقات علمی⚡️

در یوتوب‌گردی این هفته ویدیویی درباره تأثیرات بالقوه #هوش‌مصنوعی بر تحقیقات علمی را بررسی می‌کنیم. اریک هورویتز، مدیر علمی ارشد مایکروسافت، توضیح می‌دهد که چگونه می‌توان از هوش مصنوعی برای تسریع فرآیند تحقیقات علمی استفاده کرد. او همچنین معتقد است که هوش مصنوعی می‌تواند به دانشمندان کمک کند تا الگوها و ارتباطات جدیدی بین حوزه‌های مختلف تحقیقات  شناسایی کنند که می‌تواند منجر به توسعه‌ی نظریه‌ها و پیشرفت‌های جدید شود.

⚠️هورویتز اذعان می‌کند که نگرانی‌هایی درباره تأثیرات منفی بالقوه هوش مصنوعی وجود دارد، مانند خطر از دست دادن شغل و احتمال استفاده از هوش مصنوعی برای ایجاد سلاح‌.
➕با این حال، او معتقد است که مزایای کلی هوش مصنوعی بسیار بیشتر از خطرات آن است و هوش مصنوعی می‌تواند برای بهبود زندگی مردم در سراسر جهان استفاده شود.

🗣️به طور کلی، این ویدیو یک خلاصه واضح و آموزنده از تأثیرات بالقوه هوش مصنوعی بر تحقیقات علمی ارائه می‌دهد.
هورویتز نسبت به آینده هوش مصنوعی خوش‌بین است و معتقد است که این فناوری می‌تواند علم را متحول کند.🗣️

🎥مشاهده ویدئو کامل یوتوب.

🔍گردآورنده: سارا فریدونی

🚀Telegram
🖼LinkedIn
🖼Instagram

#یوتوب‌گردی

🙂سه دلیل که لازم است لینوکس را یاد بگیرید!🙂

👀خصوصا اگر به بیوانفورماتیک یا زیست‌شناسی محاسباتی علاقه دارید:

🥇 بیشتر نرم‌افزارها و سرورهای مورد استفاده در بیوانفورماتیک و زیست‌شناسی محاسباتی با لینوکس کار می‌کنند.
🥈 لینوکس امکانات ارزشمندی را برای مدیریت و پردازش داده‌های بزرگ، اسکریپت‌نویسی برای اتوماسیون، و دسترسی به نرم‌افزارهای متن‌باز فراهم می‌کند.
اتوماسیون فرآیندها، به صرفه‌جویی در زمان و هزینه‌ها کمک می‌کند.
🥉 همچنین امنیت و پایداری آن، این سیستم‌عامل را برای پردازش داده‌های حساس و بزرگ، ایده‌آل می‌سازد.


🔥باتوجه به این ضرورت، کارگاه آموزشی پیش‌رو، طی دو روز به صورت عملی و زیر نظر یکی از بهترین اساتید، برگزار خواهد شد.


💎جناب آقای دکتر رضا کربلایی ، پژوهشگر ارشد بیوانفورماتیک در بخش روان‌پزشکی دانشکده پزشکی دانشگاه جانز هاپکینز هستند. مفتخریم که طی مدت بسیار کوتاهی که در ایران تشریف دارند، در خدمت ایشان باشیم. ایشان مدرک دکتری خود را در زمینه‌ی پروتئومیکس از دانشگاه علوم پزشکی شهید بهشتی دریافت کرده‌اند و اکنون در دانشگاه جانز هاپکینز بر روی شناسایی مکان‌های ژنتیکی مرتبط با اختلال دوقطبی و اسکیزوفرنی با استفاده از روش‌های تعیین دقیق مکان و بررسی بیان جایگاه‌های صفات کمی (eQTLs) مطالعه می کنند.
آقای دکتر کربلایی تجربیات گسترده‌ای در استفاده از روش‌های تعیین دقیق مکان داده‌های GWAS برای جداسازی SNPهای مرتبط و پیش‌بینی‌کننده بیماری‌های اعصاب و روان دارند.


➕همچنین ایشان در دانشگاه تمپل با یک تیم بزرگ از محققان، از جمله دکتر دبرا بانگسر و متیو ویمر، همکاری می‌کنند تا مکانیزم‌های اپی‌ژنتیک مرتبط با حساسیت و مقاومت به سوءمصرف مواد را روشن کنند.
ایشان از دانش بیوانفورماتیک جهت بررسی سیستماتیک تأثیرات آسیب‌های پیش‌از تولد و دوران نوزادی بر بیان ژن در مغز استفاده می‌کنند و  به طور کلی، این کار پایه‌ای برای درک بهتر مسیرهای سیگنالینگ که تمایل به سوءمصرف مواد را تحت تأثیر قرار می‌دهد، فراهم کرده است.


جهت رفع اشکال و پاسخ به سوالات شما عزیزان، علاوه بر دو جلسه‌ی حضوری، یک جلسه مجازی هم برای شرکت کنندگان کارگاه در نظر گرفته شده است.
🔗جهت ثبت‌نام، به پست اطلاع‌رسانی ورکشاپ مراجعه بفرمایید.🔗

🚀Telegram
🖼LinkedIn
🖼Instagram


#ورکشاپ

🔥پیشرفتی جدید در مهندسی #پروتئین : گامی به سوی درمان‌های پیشرفته 🔥

✔️طراحی دقیق و نوآورانه برهم‌کنش‌های پروتئین-پروتئین هتروکایرال

🟢در یک مطالعه پیشگامانه، پژوهشگران موفق به طراحی پروتئین‌های مصنوعی D شده‌اند که قادرند به طور خاص به پروتئین‌های طبیعی L متصل شوند. این دستاورد که مبتنی بر روش‌های محاسباتی و آزمایشگاهی پیشرفته است، گامی بزرگ به سوی توسعه داروهایی با پایداری و اثربخشی بالا محسوب می‌شود و می‌تواند کاربردهای مهمی در درمان دردهای مزمن، بیماری‌های خودایمنی و سرطان داشته باشد.

➕پروتئین‌های D از اسیدهای آمینه D تشکیل شده‌اند که تصاویر آینه‌ای از اسیدهای آمینه L که به تعداد زیاد در پروتئین‌های طبیعی وجود دارند هستند.
پروتئین‌های D به دلیل ساختار منحصربه‌فردشان، پایداری و مقاومت بالایی در برابر تخریب دارند و این ویژگی آن‌ها را به گزینه‌های مناسبی برای توسعه دارو تبدیل می‌کند.

⚠️طراحی پروتئین‌های D که به پروتئین‌های L متصل می‌شوند، به دلیل فقدان اطلاعات ساختاری در مورد نحوه وقوع این برهمکنش‌های هتروکایرال(کایرالیت مخالف) دشوار است.

✔️هدف این مطالعه غلبه بر این چالش‌ها با توسعه یک رویکرد محاسباتی و تجربی برای طراحی پروتئین‌های D است که می تواند به طور خاص به پروتئین های L متصل شود.


🖥در این تحقیق از یک روش جدید به نام "طراحی تصویر آینه‌ای" استفاده شده است. پژوهشگران ابتدا پروتئین‌های L را به صورت محاسباتی طراحی کردند تا به تصویر آینه‌ای مصنوعی پروتئین D هدف متصل شوند. پس از شناسایی و بهینه‌سازی این پروتئین‌های L، نسخه‌های D آن‌ها را برای اتصال به پروتئین‌های طبیعی L سنتز کردند.
✔️این روش امکان طراحی و آزمایش با دقت و کارایی بالاتری را فراهم کرده است.


🟢از اهداف اصلی این پژوهش می‌توان به دامنه D5 از TrkA اشاره کرد که یک گیرنده مهم در توسعه و عملکرد سیستم عصبی است و با شرایطی مانند دردهای عصبی و بیماری‌های نورودژنراتیو(زوال عصبی) مرتبط می‌باشد.
🟢همچنین، اینترلوکین-۶ (IL-6) که یک سیتوکین کلیدی در فرایندهای التهابی و واکنش‌های ایمنی بدن است، مورد بررسی قرار گرفته است. پروتئین‌های D طراحی شده در این مطالعه توانسته‌اند با اتصال به این اهداف مهم، فعالیت زیستی آن‌ها را متوقف یا کاهش دهند و به این ترتیب، مسیرهای سیگنال‌دهی حیاتی را کنترل کنند.
این پروتئین‌های D با میل اتصال بسیار قوی، پایداری حرارتی بالا، و مقاومت چشمگیر در برابر تخریب پروتئازها، توانایی بالقوه‌ای برای ایجاد روش‌های درمانی جدید فراهم کرده‌اند.

⭐️یکی از نکات برجسته این مطالعه، تأیید این طراحی‌ها از طریق کریستالوگرافی است که در آن ساختار کریستالی یک پروتئین D متصل به هدف L با مدل محاسباتی مطابقت نزدیکی داشت. این موضوع شواهد قوی از دقت و پتانسیل روش‌های محاسباتی مورد استفاده ارائه می‌دهد و دیدگاه‌های جدیدی درباره تعاملات مولکولی بین پروتئین‌های D و L فراهم می‌کند.

🎮این تحقیق نه تنها درک ما از تعاملات پروتئینی را گسترش می‌دهد، بلکه زمینه‌ساز توسعه داروهای جدیدی می‌شود که پایدارتر، موثرتر و مقاوم‌تر در برابر تخریب هستند.

🔗مقاله‌ی کامل را از این لینک می‌توانید دنبال کنید.

گردآورنده: هانیه ملائی

🚀Telegram
🖼LinkedIn
🖼Instagram

#مقاله

🔥دیتابیس UniProt یکی از مهم‌ترین و کاربردی‌ترین دیتابیس‌ها در زمینه زیست‌محاسباتی و #بیوانفورماتیک 🔥


🌐دیتابیس UniProt یک پایگاه داده پروتئینی جامع است که اطلاعاتی دقیق و به‌روز در مورد توالی‌های پروتئینی، ساختارهای پروتئین، و عملکردهای آن‌ها ارائه می‌دهد. این دیتابیس توسط محققان در زمینه‌های مختلف #زیست‌‌شناسی_محاسباتی ، #زیست‌شناسی_مولکولی ، و #داروسازی برای تجزیه و تحلیل پروتئین‌ها و پیش‌بینی ساختارها و عملکردهای آن‌ها استفاده می‌شود.

🔗صفحه اصلی UniProt با آدرس [uniprot.org] در دسترس است.
این وبسایت دارای یک رابط کاربری ساده و کاربرپسند است که امکان جستجوی پروتئین‌ها با استفاده از نام، توالی یا سایر ویژگی‌ها را فراهم می‌کند. همچنین، کاربران می‌توانند با استفاده از ابزارهای موجود، توالی‌ها را تحلیل کرده و داده‌های مرتبط با پروتئین‌ها را استخراج کنند.

✔️برای استفاده از این سایت کافی‌ست:
🥇 ورود به وبسایت: به صفحه [UniProt] بروید.
🥈 جستجوی پروتئین: نام #پروتئین یا توالی مورد نظر خود را وارد کنید و نتایج را مشاهده کنید.
🥉 دانلود و تحلیل: داده‌ها و توالی‌های مورد نیاز را دانلود کرده و از ابزارهای تحلیل برای بررسی بیشتر استفاده کنید.

⚡️دیتابیس UniProt یک منبع قدرتمند برای پژوهشگران زیستی است که به دنبال اطلاعات جامع و دقیق در مورد پروتئین‌ها هستند.⚡️

گرد آورنده: نعیمه آزادی‌خواه

🚀Telegram
🖼LinkedIn
🖼Instagram

#معرفی_سایت
#معرفی_پایگاه‌داده

📣«بیست و دومین #ژورنال_کلاب شاخه‌ی دانشجویی انجمن جهانی زیست‌شناسی محاسباتی در ایران»

❓موضوع:

"Simulation-based inference on virtual brain models of disorders"

🧑🏻‍💻 با حضور جناب آقای دکتر ابوالفضل ضیائی‌مهر

✨«آقای دکتر ضیائی‌مهر در حال حاضر محقق دانشگاه Aix-Marseille فرانسه هستند و دکترای فیزیک محاسباتی خود را از دانشگاه تحصیلات تکمیلی علوم‌پایه زنجان دریافت کردند.
ایشان علاقمند به تحقیق در زمینه توسعه روش‌های استنتاج بیزین(Bayesian Inference) با استفاده از روش‌های یادگیری عمیق برای مطالعه دینامیک مغز هستند.»

❗️جهت کسب اطلاعات بیش‌تر درمورد سابقه‌ی آموزشی و پژوهشی ایشان، می‌توانید به صفحه‌ی لینکدین و گوگل‌اسکالر ایشان مراجعه نمائید.

🗓تاریخ: یکشنبه، ۱۸ شهریور ۱۴۰۳(۸ سپتامبر)
⏰ ساعت: ۲۰ الی ۲۲

🔗 لینک ثبت‌نام: سایت رایازی
🌐 این رویداد به صورت آنلاین برگزار می‌گردد.

🔖 دوستان علاقه‌مند جهت شرکت در #ژورنال_کلاب توجه داشته‌باشند که جهت ایجاد پیش‌زمینه‌ی ذهنی بهتر و بهره‌مندی و مشارکت بیش‌تر شما عزیزان، مطالعه‌ی مقاله‌ی زیر پیشنهاد می‌شود.

📌 لینک مقاله


🚀Telegram
🖼LinkedIn
🖼Instagram

#ژورنال_کلاب