در دنیای پیچیده #زیستشناسی_سلولی، #پروتئینها نقشی اساسی در حفظ حیات و امکان تکثیر سلولها دارند. پیشبینی تعاملات بین پروتئینها، معروف به تعاملات پروتئین-پروتئین (PPI)، وظیفهای حیاتی در بیوانفورماتیک است، اما روشهای سنتی در این زمینه ناکارآمد بودهاند. این مطالعه یک مدل یادگیری عمیق جدید را برای افزایش دقت و کارایی پیشبینیهای PPI معرفی میکند. تیم تحقیقاتی یک مدل دو مرحلهای توسعه داده که ابتدا با استفاده از تکنیکهای شباهت معنایی، ویژگیها را استخراج میکند و سپس از طریق #شبکههای_عصبی پیشرفته، تعاملات پروتئین-پروتئین را پیشبینی مینماید.
1⃣ استخراج ویژگی با استفاده از شباهت معنایی
2⃣ پیشبینی با استفاده از یک شبکه عصبی ترکیبی که از #الگوریتم شکار دقیق عقاب و حس بویایی قدرتمند کوسه الهام گرفته و بهینهسازی شده است(ASN).
برای اینکه این اداره به خوبی کار کند، هر کارمند باید بداند که برای انجام وظایفش با چه کسانی باید در ارتباط باشد. حالا، پیشبینی این تعاملات شبیه به درک چگونگی ارتباط پروتئینها در یک سلول است. این کار بسیار مهم است، زیرا همکاری پروتئینها باعث سالم ماندن سلولها و بدن ما میشود.
این مطالعه مانند یک مدیر دفتر هوشمند است که دقیقاً میداند کدام کارمندان باید با هم همکاری کنند. مدیران سنتی ممکن است برخی ارتباطات را نادیده بگیرند، اما این مدیر هوشمند از روشی جدید استفاده میکند. ابتدا، اطلاعات دقیقی درباره نقش و روابط هر کارمند جمعآوری میکند. سپس، با استفاده از الگوریتمهای پیشرفته، تعاملات را با دقت پیشبینی میکند. این رویکرد نوآورانه به دانشمندان کمک میکند تا تعاملات پروتئینی را بهتر درک کنند و راه را برای پیشرفتهای تحقیقات پزشکی و درمانها هموار میسازد.
#زیستشناسی_سلولی
#بیوانفورماتیک
#مقاله
Please open Telegram to view this post
VIEW IN TELEGRAM
👍7❤5🔥5😍2
RSG - Iran
مدلهای زبانی بزرگ(LLMs)، #مدلهای_هوش_مصنوعی هستند که با استفاده از حجم بزرگی از دادههای متنی آموزش داده میشوند. این مدلها قادر به #پردازش_زبان_طبیعی، تولید متن، ترجمه زبان و انجام وظایف مرتبط با زبان هستند. یکی از معروفترین این مدلها، GPT-4 است.
مدل Meditron-70B، یک مدل منبع باز است که در آزمونهای مختلف پزشکی عملکرد و دقت بهتری نسبت به مدلهای دیگر نشان داده و توانسته است از مدلهای بسته مانند GPT-3.5 و Med-PaLM پیشی بگیرد.
ایشان دانشجوی #زیستشناسی_محاسباتی و #بیوانفورماتیک دانشگاه گوتینگن هستند. علاقهی اصلی ایشان حوزهی personalized medicine است و در حال حاضر مشغول به انجام پروژهی ارشد خود در دپارتمان Clinical decision support systems هستند و هماکنون بر روی موضوعات machine learning و NLP تمرکز دارند.
آقای آل یاسین در این ژورنال کلاب راجع به LLMها و Meditron-70B سخنرانی خواهند کرد.
#زیستشناسی_محاسباتی
#یادگیریماشین_ML
Please open Telegram to view this post
VIEW IN TELEGRAM
❤11👍6🔥4
#تقویمماهانه
#ژورنال_کلاب
#CB_Talk
Please open Telegram to view this post
VIEW IN TELEGRAM
❤10🔥4👍3❤🔥1
این #دیتابیس اطلاعات دقیقی درباره واکنشهای بیوشیمیایی و مسیرهای #بیولوژیک ارائه میدهد و به عنوان یک ابزار مهم در تحقیقات #بیولوژی_مولکولی و زیستشناسی سامانهای استفاده میشود.
۱. تحلیل مسیرهای بیوشیمیایی
۲. شناخت مکانیسم بیماریها
۳. کشف دارو: اطلاعات موجود در Reactome میتواند به شناسایی اهداف دارویی جدید و طراحی داروهای موثرتر کمک کند.
۴. آموزش و پژوهش: تصاویر و اطلاعات ارزشمند این دیتابیس میتواند کمک بزرگی به یادگیری و آموزش شما بکند.
۵. تجزیه و تحلیل دادههای اومیکس
#معرفی_پایگاهداده
#زیستشناسی_سلولی
#سیگنالینگ
#اینستاگرام
Please open Telegram to view this post
VIEW IN TELEGRAM
❤16👍4🔥2😍1
ایشان هماکنون به عنوان Staff Machine Learning Scientist در شرکت Recursion فعالیت دارند.
ایشان مدرک دکترای خود را از دانشگاه Toronto دریافت کردهاند و حوزهی تحقیقات ایشان Machine Learning Computtional Biology، Deep Learning، Drug Discovery، Cancer است.
ایشان هماکنون به عنوان Research Scientist در Karolinska Institute در کشور سوئد بر روی موضوع Division of Molecular Neurobiology تحقیق میکنند.
ایشان مدرک دکترای خود را از دانشگاه تهران دریافت کردهاند و حوزه تحقیقاتی ایشان Drug Discovery, DNA-Lipid Nanoparticles, Structural Bioinformatics, RNAseq and Patient-Derived Organoids است.
#رویداد
#CB_Talk
Please open Telegram to view this post
VIEW IN TELEGRAM
❤🔥7👍6😍2❤1🔥1
"Interpersonal alignment of neural evidence accumulation to social exchange of confidence"
🧑🏻💻 با حضور جناب آقای جمال اسماعیلی
#ژورنال_کلاب
Please open Telegram to view this post
VIEW IN TELEGRAM
👍6❤4😍4❤🔥3🔥1
این مقاله به شناسایی نشانگرهای زیستی استرس اکسیداتیو و پاسخهای ایمنی در سرطان پانکراس می پردازد. این پژوهش بسیار مهم است زیرا سرطان پانکراس از جمله سرطانهای تهاجمی و با میزان مرگ و میر بالاست. این سرطان معمولاً تا مراحل پیشرفته تشخیص داده نمیشود، بنابراین تشخیص زودهنگام برای بهبود نتایج بیماران حیاتی است. شناسایی این نشانگرها میتواند به توسعه ابزارهای تشخیصی دقیقتر و درمانهای مؤثرتر منجر شود و در نهایت نرخ بقا را افزایش داده و بار این بیماری کشنده را کاهش دهد.
این مقاله بررسی میکند که چگونه استرس اکسیداتیو و پاسخهای ایمنی به پیشرفت سرطان پانکراس کمک میکنند. استرس اکسیداتیو زمانی رخ میدهد که تعادل بین تولید گونههای فعال اکسیژن(ROS) و توانایی بدن در خنثیسازی آنها با آنتیاکسیدانها برهم میخورد. این عدم تعادل میتواند منجر به آسیب قابل توجه سلولی و التهاب شود که از عوامل کلیدی در توسعه و پیشرفت سرطان پانکراس هستند. برای مثال، افزایش سطح ROS میتواند باعث آسیب به #DNA شود و جهشهایی را ایجاد کند که موجب تومورزایی میشود. علاوه بر این، التهاب مزمن مرتبط با سرطان پانکراس باعث تشدید بیماری میشود و محیطی مناسب برای بقای سلولهای سرطانی و تکثیر آنها فراهم میکند.
این مقاله از روشهای پیشرفته محاسباتی مانند تحلیل شبکه ژنی وزندار(WGCNA) و یادگیری ماشین برای شناسایی و اعتبارسنجی نشانگرهای کلیدی استفاده میکند. این روشها شامل تحلیل دادههای بزرگ از مطالعات ژنومی برای کشف الگوها و همبستگیهایی است که ممکن است از طریق تحلیلهای سنتی مشهود نباشند. در زمینه سرطان پانکراس، پژوهشگران از این تکنیکها برای شناسایی ژنهای مرتبط با استرس اکسیداتیو استفاده کردند. با ساخت شبکه پروتئین-پروتئین و استفاده از مدلهای آماری مختلف، چندین ژن محوری مرتبط با پیشآگهی سرطان پانکراس شناسایی شدند. این یافتهها با استفاده از پایگاههای داده مانند The Cancer Genome Atlas (TCGA) و Genome Tissue Expression (GTEx) تأیید شدند و پتانسیل خود را به عنوان نشانگرهای پیشآگهی قابل اعتماد نشان دادند.
#زیستشناسی_محاسباتی
#سرطان
#مقاله
Please open Telegram to view this post
VIEW IN TELEGRAM
❤9👍7👎1🔥1
RSG - Iran
این تنوع به تومور کمک میکند تا از درمانهای متعارف فرار کند و نتایج بهبودی ضعیفی برای بیماران به همراه داشتهباشد.
فناوری پیشرفتهی نانوذرات DNA-لیپیدی مهندسیشده، روش پیچیدهای را برای انتقال DNA درمانی به طور خاص به سلولهای سرطانی فراهم میکند و هدفگیری دقیق به سمت انواع مختلف سلولهای موجود در یک گلیوبلاستوما را ممکن میسازند.
با استفاده از این فناوری، میتوانیم از موانع ناشی از متنوع بودن تومور عبور کرده و دقت و اثربخشی درمان را بهبود بخشیم.
و
#رویداد
#CB_Talk
Please open Telegram to view this post
VIEW IN TELEGRAM
❤5🔥5👍3😍3
RSG - Iran
لینک ثبتنام: سایت رایازی
#یادآوری
#رویداد
#CB_Talk
Please open Telegram to view this post
VIEW IN TELEGRAM
❤7🔥4❤🔥3😍3
این مدل با دادههای توالییابی کل اگزوم، از ۳۸۶ نمونه تومور، آموزش دیده و عملکرد قابل ملاحظهای را بر اساس این دادهها از خود نشانداده است که از جملهی آنان میتوان مساحت زیر منحنی دقت-بازخوانی(auPRC) برابر ۰/۸۱۵ و مساحت زیر منحنی مشخصه عملکرد (auROC) برابر ۰/۸۶۳ که نسبت به مدلهای رگرسیون لجستیک سنتی عملکرد بهتری داشت، اشاره کرد.
از طریق شناسایی موثر ecDNA که اغلب با پیشآگهی ضعیف و مقاومت به درمان مرتبط هستند، این مدل بینشهای بالینی قابل توجهای ارائه میدهد و میتواند به شخصیسازی درمان سرطان و تشخیص زودهنگام کمک کند.
#مقاله
#سرطان
#یادگیریماشین_ML
Please open Telegram to view this post
VIEW IN TELEGRAM
👍6😍3❤2😎1
RSG - Iran
#یادآوری
Please open Telegram to view this post
VIEW IN TELEGRAM
❤🔥7❤2👍2😍2👎1🕊1
چنانچه علاقهمند به همکاری داوطلبانه با تیم اجرایی انجمن جهانی زیستشناسی محاسباتی، شاخهی دانشجویی ایران هستید، ما در مواردی خاص به افرادی با تواناییهای مرتبط نیازمندیم.
#جذب
Please open Telegram to view this post
VIEW IN TELEGRAM
❤🔥6🔥5👍2❤1
#ژورنال_کلاب
Please open Telegram to view this post
VIEW IN TELEGRAM
❤6👍2🔥2
Forwarded from CGC2026
اطلاعیه
📣 دومین کنگره کنسرژنومیکس با همکاری اتحاد زیست شناسان ایران برگزار میکند:
🔴 writing a good Scientific Abstract
👨🏻🏫 با حضور : دکتر وحید عزتی زاده
🔸متخصص ژنتیک پزشکی از لندن
🔸فوق دکترای ژنتیک و اپی ژنتیک سرطان
🔸عضو کمیته علمی شرکت بن یاخته های رویان
📅 زمان برگزاری: 31 تیرماه ۱۴۰۳ ساعت ۱۰تا۱۴
📣 ثبت نام رایگان برای شرکت کنندگان کنگره کنسر ژنومیکس و اعضای اتحاد زیست شناسان ایران .
📌کد تخفیف 100 درصدی : ICGCS
( حتما همهی حروف با حرف بزرگ)
📝 لینک ثبتنام:
https://biologyevents.ir/course/634
🌐 WWW.ICGCS.COM
🔺 T.me/icgcs
🔺 instagram.com/icgc
📣 دومین کنگره کنسرژنومیکس با همکاری اتحاد زیست شناسان ایران برگزار میکند:
🔴 writing a good Scientific Abstract
👨🏻🏫 با حضور : دکتر وحید عزتی زاده
🔸متخصص ژنتیک پزشکی از لندن
🔸فوق دکترای ژنتیک و اپی ژنتیک سرطان
🔸عضو کمیته علمی شرکت بن یاخته های رویان
📅 زمان برگزاری: 31 تیرماه ۱۴۰۳ ساعت ۱۰تا۱۴
📣 ثبت نام رایگان برای شرکت کنندگان کنگره کنسر ژنومیکس و اعضای اتحاد زیست شناسان ایران .
📌کد تخفیف 100 درصدی : ICGCS
( حتما همهی حروف با حرف بزرگ)
📝 لینک ثبتنام:
https://biologyevents.ir/course/634
🌐 WWW.ICGCS.COM
🔺 T.me/icgcs
🔺 instagram.com/icgc
❤6🔥2👍1
"Disco Tope-3.0: improved B-cell epitope prediction using inverse folding latent representations"
🧑🏻💻 با حضور جناب آقای دکتر اردوان عبیری
#ژورنال_کلاب
Please open Telegram to view this post
VIEW IN TELEGRAM
❤🔥8❤2👍1🔥1😍1
Forwarded from انجمن بیوانفورماتیک خوارزمی
💢💢💢💢💢💢💢💢💢💢💢💢💢
⚜همایش ملی و بینالمللی دانشجویی بیوانفورماتیک ایران(مجازی)⚜
❇️ ویژه دانشجویان کارشناسی، کارشناسی ارشد و دکتری علوم زیستی و غیر علوم زیستی
📆 تاریخ برگزاری: ۱۱ و ۱۲ مردادماه ۱۴۰۳
⏰ ساعت ۱۷:۳۰ الی ۲۰
🔸شرکت در همایش: #رایگان
🖇 همراه با مدرسه تابستانه بیوانفورماتیک
🔹آیدی تلگرامی پشتیبانی: @kubskhu
📌جهت ثبت نام و اطلاعات بیشتر کلیک وارد سایت زیر شوید.
🌐 www.Bioinfor.ir
🔶ما را در کانال تلگرامی زیر دنبال کنید.
▫️@khubioinformatics
▫️@st_bioclub
▫️@RSGIran
🔹🔸🔹🔸🔹🔸🔹🔸🔹🔸🔹🔸🔹
⚜همایش ملی و بینالمللی دانشجویی بیوانفورماتیک ایران(مجازی)⚜
🔹نهاد ترویجی ستاد توسعه زیست فناوری،انجمن علمی بیوانفورماتیک دانشگاه خوارزمی، شاخه دانشجویی انجمن زیست محاسباتی ایران، انجمن زیست شناسی ایران با همکاری جمعی از انجمن های برتر کشور برگزار می نمایند.🎙با حضور جمعی از اساتید برتر حوزه بیوانفورماتیک
❇️ ویژه دانشجویان کارشناسی، کارشناسی ارشد و دکتری علوم زیستی و غیر علوم زیستی
📆 تاریخ برگزاری: ۱۱ و ۱۲ مردادماه ۱۴۰۳
⏰ ساعت ۱۷:۳۰ الی ۲۰
🔸شرکت در همایش: #رایگان
🖇 همراه با مدرسه تابستانه بیوانفورماتیک
📜 با ارائه گواهی
معتبر برای شرکت کنندگان
🔹آیدی تلگرامی پشتیبانی: @kubskhu
📌جهت ثبت نام و اطلاعات بیشتر کلیک وارد سایت زیر شوید.
🌐 www.Bioinfor.ir
🔶ما را در کانال تلگرامی زیر دنبال کنید.
▫️@khubioinformatics
▫️@st_bioclub
▫️@RSGIran
🔹🔸🔹🔸🔹🔸🔹🔸🔹🔸🔹🔸🔹
❤🔥3👍3🔥3