🔬باکتری‌ها حافظه دارند!

محققان دانشگاه تگزاس به‌تازگی مشاهده کردند که باکتری E. coli مکانیسم حافظه‌مانندی دارد که از طریق استراتژی‌هایی می‌تواند باعث عفونت‌های خطرناکی در انسان شود.

❓امّا چگونه؟؟؟

✅ با استفاده از آهن!!!

این باکتری از تغییر سطح آهن به عنوان راهی برای ذخیره اطلاعات و پاسخ به محرک‌های خاص استفاده می‌کند.
مشاهده شده که باکتری‌های با سطح پایین‌تر آهن، در ایجاد ازدحام باکتریایی(bacterial swarms) موفق‌تر هستند.
درمقابل، باکتری‌هایی که زیست‌لایه(biofilm) تشکیل می‌‌دهند سطح بالایی از آهن در خود دارند.
همچنین این میزان در باکتری‌هایی که مقاومت آنتی‌بیوتیکی از خود نشان می‌دهند، متعادل است.

🔻این حافظه، برای حداقل ۴ نسل باقی می‌ماند و با رسیدن به نسل ۷ ناپدید می‌شود.

🔴محققان معتقدند که سطح پایین آهن، حافظه‌ی باکتری‌ها را تحریک می‌کند تا یک گروه متحرک و مهاجر برای جست‌و‌جوی آهن تشکیل دهند(ازدحام باکتریایی).
🟢درحالی که سطح بالای آهن، نشان‌دهنده‌ی محیط زیست مناسب است و باعث ایجاد تجمع باکتریایی ثابتی می‌شود(زیست لایه).

📸ازدحام باکتریایی E. coli در زیر میکروسکوپ

🔹️منبع

Telegram | LinkedIn | Instagram

#زیست‌شناسی_سلولی
#مقاله

📌همراهان گرامی،
با توجه به استقبال بالای مخاطبین‌ و نزدیک‌شدن به ساعات پایانی ثبت‌نام، به اطلاع می‌رسانیم لینک ثبت‌نام باهم‌خوانی ساعت ۲۳ سه‌شنبه، ۱۷ بهمن‌(مصادف با پایان جلسه‌ی دوم) بسته خواهد شد.

🖇چنان‌چه قصد شرکت در این رویداد را دارید، در زمان باقی‌مانده از طریق لینک‌ این پست اقدام به ثبت‌نام نمائید.

Telegram | LinkedIn | Instagram

📢 «هشتمین #ژورنال_کلاب شاخه‌ی دانشجویی انجمن جهانی زیست‌شناسی محاسباتی در ایران»

🔸 موضوع:

"scMol: Integrating Single-Cell
Transcriptomics into Phenotypic Molecular Design for Target-Free Drug Discovery"

🧑🏻‍💻با حضور جناب آقای محسن نقی‌پورفر

🔹«ایشان هم‌اکنون دانشجوی سال دوم بیوانفورماتیک دانشگاه برکلی هستند و علاقه‌مند به تحقیق در زمینه‌های Generative Deep Learning/Drug Discovery/single-cell perturbation modeling هستند. ایشان مدرک  کارشناسی خود را در رشته‌ی مهندسی کامپیوتر از دانشگاه شریف دریافت کردند.»

🔹جهت کسب اطلاعات بیش‌تر در مورد سابقه‌ی آموزشی و پژوهشی ایشان، می‌توانید به صفحه‌ی گوگل اسکالر و لینکدین ایشان مراجعه نمائید.

🗓تاریخ: دوشنبه،۲۳ بهمن ۱۴۰۲ (۱۲ فوریه)
⏰ساعت: ۲۰:۳۰ الی ۲۲:۳۰

📎 لینک ثبت نام
🌐 این رویداد به صورت آنلاین برگزار می‌گردد.

📚 دوستان علاقه‌مند جهت شرکت در ژورنال کلاب توجه داشته‌باشند که جهت ایجاد پیش‌زمینه‌ی ذهنی بهتر و بهره‌مندی و مشارکت بیش‌تر شما عزیزان، مطالعه‌ی مقاله‌ی زیر پیشنهاد می‌شود.

👈 لینک مقاله


Telegram | LinkedIn | Instagram

#ژورنال_کلاب

📢جلسه دوم با همخوانی
“Deep Learning for the Life Sciences”

📰عنوان فصل:
“Introduction to deep learning”


با ارائه:

🔵 فصل: سرکار خانم نگار عسگری (LinkedIn)

🟣 مقاله: جناب آقای بهداد نادری فرد (LinkedIn)

و با نظارت:
🔺سرکار خانم دکتر زهرا رضوانی (LinkedIn)

‼️ لازم به یادآوریست که آخرین مهلت ثبت نام در این دوره ساعت ۲۳ امشب ۱۷ ام بهمن ماه خواهد بود و بعد از آن لینک ثبت نام‌ بسته خواهد شد.

👈 لینک ثبت نام

👈 لینک دانلود کتاب

Telegram | Linkedin | Instagram

#باهم‌خوانی

📣📣📣📣
📌متاسفانه علی‌رغم برنامه‌ریزی قبلی و آماده‌‌سازی همه‌ی موارد، همان‌طور که دقایقی پیش ایمیل نهایی این رویداد نیز به دست شما عزیزان رسید، با کمال تأسف ارائه‌دهنده‌ی محترم لحظاتی پیش ما را از مشکل بزرگی که برای ایشان به‌ وجودآمده مطلع ساخته و ضمن عرض پوزش از تمامی عزیزان، ژورنال‌کلاب امشب را لغو نموده‌اند.

🖇ضمن آرزوی رفع این مسئله برای ایشان، عمیقًا از مخاطبین عزیز انجمن پوزش خواسته و به شما عزیزان اطمینان‌می‌دهيم که در اسرع‌وقت این برنامه مجدداً برگزار خواهدگردید.

📢 «نهمین #ژورنال_کلاب شاخه‌ی دانشجویی انجمن جهانی زیست‌شناسی محاسباتی در ایران»

🔸 موضوع:

"MERS-CoV ORF4b employs an unusual binding mechanism to target IMPα and block innate immunity"

🧑🏻‍💻با حضور جناب آقای دکتر میلاد غفوری

🔹«ایشان هم‌اکنون محقق دانشگاه UNSW استرالیا هستند و پیش از این مدرک دکترای خود را در رشته‌ی زیست شناسی ساختاری از دانشگاه Charles Sturt استرالیا دریافت کردند.
ایشان علاقمند به تحقیق در زمینه‌ی بررسی ساختارهای مولکولی با استفاده از تکنیک‌های آزمایشگاهی و محاسباتی هستند.»

🔹جهت کسب اطلاعات بیش‌تر در مورد سابقه‌ی آموزشی و پژوهشی ایشان، می‌توانید به صفحه‌ی گوگل اسکالر و لینکدین ایشان مراجعه نمائید.

🗓تاریخ: شنبه، ۲۸ بهمن ۱۴۰۲ (۱۷ فوریه)
⏰ساعت: ۲۲ الی ۲۴

📎 لینک ثبت نام
🌐 این رویداد به صورت آنلاین برگزار می‌گردد.

📚 دوستان علاقه‌مند جهت شرکت در ژورنال کلاب توجه داشته‌باشند که جهت ایجاد پیش‌زمینه‌ی ذهنی بهتر و بهره‌مندی و مشارکت بیش‌تر شما عزیزان، مطالعه‌ی مقاله‌ی زیر پیشنهاد می‌شود.

👈 لینک مقاله


Telegram | LinkedIn | Instagram

#ژورنال_کلاب

🆕 همگرایی الگوریتم ها و ویرایش ژنوم:
کشف بیش از ۱۸۰ سیستم ویرایش ژنی جدید❗️

محققان در موسسه‌ی فناوری ماساچوست (MIT)، موسسه‌ی براد (Broad Institute) و موسسه‌ی ملی سلامت آمریکا (NIH)، الگوریتم جستجوی جدیدی را توسعه داده‌اند که توانسته‌است ۱۸۸ نوع جدید از سیستم‌های CRISPR را در ژنوم باکتریایی کشف کند. این سیستم‌ها می‌توانند برای ویرایش ژن، تشخیص و کاربردهای دیگر مورد استفاده قرار گیرند.

💡الگوریتم جدید که توسط پروفسور Feng Zhang و تیم او ایجاد شده، از رویکرد داده‌های بزرگ(Big Data) برای جستجوی سریع در حجم گسترده‌ای از داده‌های ژنومی استفاده می‌کند. محققان امیدوارند از این سیستم‌های جدید برای ویرایش سلول‌های پستانداران با اثرات جانبی کم‌تر بتوانند استفاده کنند.

فنگ ژانگ از پیشگامان عرصه‌ی ویرایش ژنتیکی و اولین کسی است که سیستم کریسپر را برای سلول‌های یوکاریوتی به کار برد.


🌐 لینک خبر: MIT NEWS

Telegram | LinkedIn | Instagram

#بیوانفورماتیک

📝چکیده‌ای از مقاله‌ی مورد بررسی در نهمین #ژورنال_کلاب شاخه‌ی دانشجویی انجمن جهانی زیست‌شناسی محاسباتی در ایران:

🔹️این مقاله بر روی سویه‌ی MERS ویروس کرونا (MERS-CoV) و توانایی آن برای فرار از پاسخ ایمنی میزبان تمرکز دارد.

🔹️پروتئین MERS-CoV ORF4b مسئول مهار پاسخ ایمنی ذاتی میزبان با اتصال به گیرنده‌‌ی ورود به هسته‌ی IMPα3 است. در این مطالعه، ساختارهای کریستالی‌ای با وضوح بالا ارائه شده‌است که چگونگی تعامل ORF4b را با دو عضو متمایز از خانواده IMPα نشان می‌دهد.

🔹️نکته‌ی قابل توجه در هر دو تعامل این است که در هر دو برهم‌کنش در محل P2 فقدان یک آمینواسید حیاتی را داریم که باعث می‌شود مسیر آن از روند اتصال معمول در سلول‌ها خارج شود. آزمایش‌های بیشتر نشان می‌دهند که جهش‌ها در ناحیه‌ی سیگنال متمرکزکننده‌ی هسته‌ای(NLS)، مکانیسم اتصال را تغییر می‌دهند که این تغییر در نهایت منجر به بازگشت به روند متعارف اتصال P2 Lysine می‌شود.

🔹️این یافته‌ها اهمیت مکانیسم‌های اتصال نامتعارف را برای ورود به ناحیه‌ی هسته‌ای سلول، تعامل IMPα و مهار ایمنی ذاتی را برجسته می‌کنند. علاوه بر این، این مطالعه نشان می‌دهد که نواحی اتصال ORF4b با نواحی اتصال هسته‌ای جزء NF-kB در p50 هم‌پوشانی دارند که این موضوع توضیحی محتمل برای مکانیسم مهار ارائه می‌دهد.

🔹️نتایج نشان می‌دهد که چگونه ویروس MERS-CoV می‌تواند به‌طور موثر IMPα را هدف قرار دهد تا پاسخ ایمنی را مختل کند و بر اینکه چگونه جهش‌های کوچک در ORF4b می‌توانند مکانیسم اتصال را تغییر دهند، تأکید می‌کند.(همان‌طور که در گونه‌های دیگر ویروس‌ کرونا مانند HKU5 مشاهده شده‌است)

Telegram | LinkedIn | Instagram

🗓تقویم رویدادهای آموزشی اسفند ماه ۱۴۰۲ شاخه‌ی دانشجویی انجمن جهانی زیست‌شناسی محاسباتی

🔸ادامه‌ی اولین دوره‌ی #باهم‌_خوانی با موضوع هوش‌ مصنوعی در زیست‌شناسی و با هدف افزایش آگاهی در زمینه‌ی زیست‌شناسی محاسباتی برگزار می‌شود.


🔹همچنین #ژورنال_کلاب‌ ها، از سری رویدادهای آموزشی انجمن هستند که در آن‌ها مطالعات‌ اخیر در حوزه‌های مختلف بیوانفورماتیک و زیست‌شناسی محاسباتی مورد بحث قرار می‌گیرند.

🔗با شرکت در این جلسات می‌توانید از دانش اساتید و افراد متخصص این حوزه بهره‌مند شوید و با مشارکت در بحث‌ها به پویایی و مفید بودن جلسات کمک‌کرده و دیگران را از دانش خود بهره‌مند سازید.

Telegram | Linkedin | Instagram

#تقویم‌ماهانه
#باهم‌خوانی
#ژورنال_کلاب

📚 Big Data Analysis for Bioinformatics and Biomedical Discoveries

✍Ye, Shui Qing (ed.)

📃286 (2016)

🔗این کتاب، یک راهنمای جامع در زمینه‌ی کاربرد تحلیل داده‌های بزرگ(Big Data) در حوزه‌های مختلف بیوانفورماتیک و تحقیقات پزشکی‌ است که برای علاقه‌مندان به این حوزه مفید و قابل‌استفاده خواهدبود.

🖇کتاب در ۱۵ فصل و ۳ بخش اصلی به کاربرد تحلیل داده‌های بزرگ(Big Data) در حوزه‌های بیوانفورماتیک و تحقیقات پزشکی پرداخته‌است.

〰۳ بخشی اصلی این کتاب به‌صورت زیر است:
۱. ابزارهای معمول برای تحلیل داده‌های بزرگ
۲. تحلیل داده‌های NGS
۳. تجزیه و تحلیل داده‌های یک‌پارچه و جامع

📌فایل این کتاب به‌صورت رایگان دردسترس شما همراهان است.

Telegram | LinkedIn | Instagram

#پیشنهاد_کتاب

✳ انجمن بیوانفورماتیک ایران و آزمایشگاه سیستم‌های زیستی پیچیده و بیوانفورماتیک دانشگاه تهران با همکاری پژوهشکده هماتولوژی، انکولوژی، و سل تراپی دانشگاه علوم پزشکی تهران و مدیریت امور پژوهشی و مرکز مطالعات و توسعه آموزش پزشکی دانشگاه علوم پزشکی هوشمند برگزار می‌کند.

📱 جهت کسب اطلاعات بیشتر با شماره 09202407110 تماس بگیرید.


✳ DIY | https://t.me/DIY_PBL

🆔https://t.me/IranianBioinformaticsSociety

Beyond Boundaries...


Telegram | LinkedIn | Instagram

#HBC2024

📢سخنرانی و ارائه‌ی ویژه پژوهشی با
دکتر امیرحسین سعیدیان، فلوشیپ تخصصی کلینک Baylor آمريکا

در این رویداد آنلاین، دکتر سعیدیان
در ابتدا به ارائه‌ی تفصیلی پژوهش‌های خود در حوزه‌ی ژنتیک پزشکی و به‌طور ویژه موضوع
Advances in Molecular Genetics of  Heritable Skin Disorders
خواهند پرداخت
و سپس به سوالات شرکت‌کنندگان در خصوص مسیر پژوهشی این رشته و همچنین همکاری‌های پژوهشیِ بین‌المللی پاسخ خواهند داد.

🗓شنبه، ۱۲ اسفند ۱۴۰۲
⏰ساعت ۲۰:۳۰

<ثبت نام جهت شرکت در این رویداد الزامی می‌باشد>

👈لینک ثبت‌نام

جهت آشنایی بیش‌تر با سوابق تحصیلی و حرفه‌ای ایشان می‌توانید از کانال تلگرامی ایشان بهره‌مند گردید.

Telegram | LinkedIn | Instagram

#رویداد
#زیست‌شناسی_سلولی

📢 «دهمین #ژورنال_کلاب شاخه‌ی دانشجویی انجمن جهانی زیست‌شناسی محاسباتی در ایران»

🔸 موضوع:

"Effects of the pathological E200K mutation on human prion protein"

🧑🏻‍💻با حضور سرکار خانم دکتر فاطمه فروتن

🔹«ایشان هم‌اکنون مدیر R&D شرکت Maya Milk ترکیه هستند و مدرک دکترای خود را در رشته‌ی بیوتکنولوژی از دانشگاه Yıldız Technical ترکیه دریافت‌کردند و همچنین دوره‌ی پسادکترای خود را در پژوهشگاه ملی مهندسی‌ ژنتیک و زیست‌فناوری گذرانده‌اند.
ایشان علاقه‌مند به تحقیق در زمینه‌ی مهندسی پروتئین و آنزیم، مهندسی متابولیک و بیوانفورماتیک به‌ویژه ایمونوانفورماتیک هستند.»

🔹جهت کسب اطلاعات بیش‌تر در مورد سابقه‌ی آموزشی و پژوهشی ایشان، می‌توانید به صفحه‌ی گوگل اسکالر و لینکدین ایشان مراجعه نمائید.

🗓تاریخ: یکشنبه، ۱۳ اسفند ۱۴۰۲ (۳ مارچ)
⏰ساعت: ۲۰ الی ۲۲

📎 لینک ثبت‌نام
🌐 این رویداد به صورت آنلاین برگزار می‌گردد.

📚 دوستان علاقه‌مند جهت شرکت در ژورنال کلاب توجه داشته‌باشند که جهت ایجاد پیش‌زمینه‌ی ذهنی بهتر و بهره‌مندی و مشارکت بیش‌تر شما عزیزان، مطالعه‌ی مقاله‌ی زیر پیشنهاد می‌شود.

👈 لینک مقاله


Telegram | LinkedIn | Instagram

#ژورنال_کلاب

🔜
Remember the date, March 13...🔥

Telegram | LinkedIn | Instagram

#HBC2024

📌مؤثر باشیم مثل آقای Pavel Pevzner!

🔗ایشون یکی از اولین نفراتی هست که در فیلد بیوانفورماتیک یک کتاب مرجع نوشته و در اون مطالبی که شاید در نگاه اول کمی خشک به‌نظر برسند رو اونقدر جذاب توضیح داده که هنوز به‌عنوان یکی از بهترین کتاب‌های حوزه‌ی خودش شناخته می‌شه.

🧑🏻‍💻👩🏻‍💻الگوریتم‌های بیوانفورماتیک، اسم این کتابه که اتفاقاً یک سایت هم داره!
تو این وبسایت، خود جناب Pavel Pevzner، بعضی از موضوعات رو درس می‌ده که ویدئوهاش از اون ویدئو‌هایی هستند که حتما در خاطرتون می‌مونند!

👈🏻کتاب مرجع و جذاب برای یک فیلد نوشتن! اونم برای بیوانفورماتیک! اونم در سال 2014! بله! می‌شه یه کار اساسی!

🐒عکس حیوانات و کارتون‌ها حتی روی جلد اون هم حضور داشتند!
میمونی که در عکس می‌بینید، یکی از اون‌هاست!

🔥ما به یک نفر از کسانی که تا ساعت 12 امشب به یک مورد دیگه از کارهای اساسی این فیلد در ریپست پست لینکدین انجمن درمورد این کتاب
اشاره کنند، یک نسخه‌ی چاپی از این کتاب رو هدیه می‌دهیم!

🤝جایزه؟ کار اساسی؟ جاش این‌جاست!

Telegram | LinkedIn | Instagram

#معرفی
#بیوانفورماتیک

این پست رو یادتونه؟

👈اینستاگرام ما رو چک کنید تا هم بیش‌تر با این رویداد علمی هیجان‌انگیز آشنا بشید و هم با گفتن حدس‌های خودتون توی کامنت‌ها، کد تخفیف برای شرکت در رویداد رو برنده بشید.

شمارش معکوس شروع شده، حتماً حواس‌تون به کانال تلگرام ما باشه!🔥

📌نخستین سمینار پیشرفته‌ی زیست‌شناسی محاسباتی، بیوانفورماتیک و سلامت (HBC 2024)

🖇با حضور برجسته‌ترین اساتید و پژوهشگران این حوزه از سراسر جهان!

-از دانشگاه Harvard: دکتر علیرضا حقیقی و دکتر عطا کیاپور
-از دانشگاه Cambridge: دکتر محمد لطف‌اللهی
-از Broad Institute: دکتر Anne Carpenter
-از دانشگاه Boston: دکتر کیهان بتمن قلیچ
-از دانشگاه صنعتی شریف: دکتر محمدحسین رهبان و دکتر علی شریفی زارچی

🔥با حضور افتخاری پروفسور Pavel Pevzner، نویسنده‌ی کتاب ارزشمند Bioinformatics Algorithms از دانشگاه UCSD

🗓۲۳ و ۲۴ اسفندماه ۱۴۰۲

🔗رویداد آنلاین

🔖مهلت ثبت‌نام: ۲۲ اسفند ۱۴۰۲

✔️لینک ثبت‌نام:
https://rayazi.com/events/hbc-2024

📃همراه با صدور #گواهی_حضور در سمینار از طرف شاخه‌ی دانشجویی انجمن‌ جهانی زیست‌شناسی محاسباتی در ایران (ISCB)

Telegram | LinkedIn | Instagram

#HBC2024
#رویداد