پرایمر | Primer
3.18K subscribers
306 photos
131 videos
51 files
829 links
📍رسانه علمی دانشجویی پرایمر
💠سردبیر: حورا اخوان‌فرید
@houra_akhavanfarid
💠مدیرمسئول: نیما عشقی
@nima_4718
@Primer_admin

💻http://primerjournal.sbu.ac.ir

🔗 انجمن علمی دانشجویی علوم و فناوری زیستی دانشگاه شهید بهشتی
https://t.me/SBUBIOSOCIETY
Download Telegram
بخش دوم : در گام بعدی FBA باید فنوتیپ دلخواه را در یک شکل هدف بیولوژیکی تعریف کنیم. برای واضح شدن مثالی میزنیم: حالت پیش بینی رشد را در نظر بگیرید؛ هدف تولید بیومس است یعنی نرخی که در آن مواد متابولیک تبدیل به مواد زیست‌توده‌ای مثل نوکلئیک اسید، پروتیین و لیپید می‌شوند. این تولید بیومس مصنوعی باعث اضافه شدن یک ستون اضافی به ماتریس ما می‌شود و در نتیجه  شبیه مسیر اصلی، متابولیت‌ها را مصرف می‌کند. بنابر این جریان این واکنش برابر با مقدار تجربی آن می‌شود. در موارد دیگر شاید یک واکنش و یک هدف برای اثر روی فنوتیپ وجود نداشته باشد. از نظر ریاضی عملکرد یک هدف باعث تعریف کیفی می‌شود و بیان می‌کند که هر واکنش چقدر در ایجاد یک فنوتیپ دخالت می‌کند. این مجموعه (نمایش‌های ریاضی واکنش‌های متابولیک و نیز هدف)، میتواند سیستم معادلات خطی را تعریف کند که در FBA این معادلات توسط برنامه‌ریزی خطی (linear programing) حل می‌شوند. الگوریتم های محاسباتی برنامه‌ریزی خطی بسیاری وجود دارد که میتوانند خیلی سریع در معادلات سیستم‌های بزرگ، راه حل را بیابند. یکی از آنها ابزاری به نام COBRA است بر مبنای متلب، پایتون و جولیا است که درباره‌ی آن در روزهای آتی بیشتر صحبت می‌کنیم؛ شما میتوانید از لینک‌های زیر با COBRA بیشتر آشنا شوید.
https://cobrapy.readthedocs.io/en/latest/getting_started.html

https://opencobra.github.io/cobratoolbox/stable/

https://github.com/opencobra/COBRA.jl

🧬reference
#synthetic_biology
@primerSBU /instagram
🌏#اخبار_هفته 🌍

⚠️هشدار سازمان ملل: در صورت عوض نشدن رفتار انسان با طبیعت، در آینده پاندمی هایی بسیار مرگبار تر و زیان بار تر از Covid-19 را شاهد خواهیم بود.


*

🦈نگرانی محققان از واکسنی بالقوه که میتواند پاندمی کرونا را به اتمام برساند اما به ضرر گونه ی دیگری از جانداران تمام شود: کوسه ها

*

زندگی، پس از مرگ: چگونه حشراتی که از بدن جاندار مرده برمیخیزند، جسد را تبدیل به اسکلت میکنند.

*

🔎کشف گروه جدیدی از گیرنده های چشایی در زبان


*

🔬رسپتور های کوتاه شده سلول های سیستم ایمنی که مدتها به عنوان ناقص و غیرفعال در نظر گرفته میشدند، می توانند با همتایان طبیعی خود به غشای سلول متصل شوند و مسیری برای ساخت داروها و روش های درمانی جدید پدید آورند.

*

⚠️خطرات استفاده از روش ویرایش ژنی کریسپر روی جنین

*

🦠کشف مسیری کلیدی در لیزوزوم ها که کرونا ویروس از آن برای خروج از سلول استفاده میکند.

*

🐙با لمس کردن مزه را حس کنید! دانشمندان از چگونگی کارکرد سنسور های موجود در بادکش های پای اختاپوس پرده برداشتند.

*

🔖ساخت زبان بایومیمتیک با استفاده از پرینت سه بعدی


*

🌔کشف آب مایع در کره ماه توسط ناسا و افزایش امید ها به سکونت در ماه

*

🧬 @PrimerSBU 🧬

*

🧬🔹 Instagram 🔹 🧬

*
🧐گوشی همراه خود را با لباس شارژ کنید!!

💡گرسنگی ما برای انرژی سیری ناپذیر است؛ حتی با افزایش عرضه ابزارهای الکترونیکی جدید، این روند همچنان افزایش می یابد. علاوه بر این، ما برای شارژ مجدد تلفن های هوشمند، تبلت ها و لپ تاپ های خود به طور دائم به منبع تغذیه وابسته هستیم.

💡محققان Empa و ETH موفق به تولید ماده ای شدند که مانند یک کنسانتره خورشیدی لومینسانس کار می کند و حتی می تواند برای منسوجات نیز استفاده شود و امکانات زیادی را برای تولید انرژی به طور مستقیم در مکان مورد نیاز و در استفاده از وسایل الکترونیکی روزمره ایجاد می کند.

💡در آینده، پریزهای برق (حداقل برای این منظور) احتمالاً منسوخ می شوند و برق از لباس شخصی ما تأمین می شود. با اعمال یک پلیمر جدید روی الیاف نساجی، کت ها، پیراهن‌ها و موارد مشابه، می توان از آنها به عنوان منبع انرژی سیار استفاده کرد.

💡مطالعه بیشتر...

#Biomimetic

@primerSBU / Instagram
محققان دانشگاه علوم پزشکی واشنگتن توانستند با استفاده از ترکیب دو فناوری سلول‌های بنیادی پرتوان القایی و کریسپر در جهت درمان سندرم ولفرام (Wolfrom) گام بردارند.
🧬آن‌ها اظهار نمودند که CRISPR-cas9 ممکن است روش امیدوارکننده‌ای برای درمان افراد مبتلا به دیابت، به‌ویژه آن‌هایی که از فرم‌های رایج تر آن (نوع 1 و 2) رنج می‌برند و نیز سایر انواع بیماری‌هایی که ناشی از جهش های تک ژنی هستند، باشد.
🧫محققان با استفاده از سلول‌های پوست یک فرد مبتلا به سندرم ولفرام، سلول‌های بنیادی پرتوان القایی ایجاد نمودند. سپس این سلول‌ها را به سلول‌های تولیدکننده انسولین تبدیل کرده و با استفاده از فناوری کریسپر، نقص ژنتیکی مسبب این اختلال را تصحیح نمودند. سپس این سلول‌ها را به موش‌های آزمایشگاهی که مبتلا به این نوع از دیابت بودند، پیوند زدند. محققان مشاهده نمودند که این موش‌ها پس از مدتی بهبود پیدا کردند.
📎 لینک مقاله
#geneticengineering
@PrimerSBU / Instagram
Forwarded from LIFE (Ali Rezaeiii)
ثبت نام کلاس آنلاین ژنتیک پزشکی شروع شد.
شروع کلاس ها از آذر ماه
(ظرفیت محدود)
مدرس :
مریم دادیار رتبه 4 کنکور ارشد ژنتیک پزشکی سال 99 با درصد ژنتیک 100
دانشجوی کارشناسی ارشد ژنتیک پزشکی دانشگاه علوم پزشکی شهید بهشتی
ارتباط با ما :
@mdadyar75
@Rezaei7117
09225436238
09224541460
🧩محققان دانشگاه كانازاوا، انتشار نور سبزآبی از مولكول‌های محلول در آب تتراپنیلتنن را كه در یك رابط مایع- مایع جذب شده اند، مشاهده کردند.این مولکول‌ها که با فسفولیپید ساخته شده‌اند، به بیو ممبران شبیه اند‌. آنها پی بردند که این فرآیند می تواند به طور برگشت پذیر توسط یک پتانسیل اعمال شده از خارج (ولتاژ) کنترل شود ، که این امکان را برای ورژن جدیدی از کاوشگرهای مولکولی(molecular probes) و سیستم های انتقال داروی هدف‌دار فراهم می کند.

🧩محققان دانشگاه کانازاوا رفتار AIE مشتقات TPE محلول در آب را بر روی یک سطح غشای سلول مصنوعی که توسط مونتاژ خود مولکول های فسفولیپید تشکیل شده است را که هر کدام دارای سر آب دوست و آبگریز هستند،مطالعه کردند. از فسفولیپیدها می توان در ساخت حبابهایی به نام وزیکول نیز استفاده کرد که می تواند با غشای سلول زنده ترکیب شده و یک داروی یا محموله DNA را تحویل دهد.
🖇جزئیات بیشتر دلیوری😉
#Drug_delivery #medicinal_biotech
@primerSBU/📱instagram
انجمن‌‌ علمی‌ زیست‌شناسی‌ دانشگاه‌ تهران برگزار می‌کند :

🔷کارگاه آنلاین آشنایی با تحلیل داده ها با استفاده از Galaxy🔷

👩‍🏫👨‍🏫مدرس: دکتر علیرضا خان تیموری (محقق پسادکتری در گروه بیوانفورماتیک دانشگاه فرایبورگ آلمان)
لاله ابراهیمی (پژوهشیار دانشگاه اصفهان و مدیر اجرایی سابق بانک سلول های بنیادی بند ناف رویان)

🟠هدف از این کارگاه معرفی پلتفرم Galaxy و استفاده از آن برای تحلیل داده‌ها است. در این کارگاه ویژگی‌های اصلی Galaxy به همراه برخی ابزارها، نحوه استفاده از داده‌ و ایجاد workflow ها در Galaxy به همراه مثال عملی شرح داده خواهد شد.
📱برای آشنایی با Galaxy به مصاحبه اینستاگرامی انجمن مراجعه کنید:
https://www.instagram.com/tv/CD1uffmp7Hm/?igshid=3blx8z82nmpq

📄اعطای مدرک معتبر با تأیید دانشگاه تهران، گروه آموزشی-پژوهشی امیترین و گروه گلکسی فرایبورگ آلمان

💳هزینه: ۹۵ هزار تومان
📆تاریخ: ۲۹ آبان ۱۳۹۹
زمان: ۱۰:۳۰ تا ۱۲:۳۰ (دکتر خان تیموری)و۱۴ تا ۱۶( خانم ابراهیمی)

💻 لینک ثبت نام:
http://biologysa.ir/shop/کارگاه-آنلاین-آشنایی-با-تحلیل-داده-ها-ب/

🆔 @SBUbiotechnology
🎁 کد تخفیف ده هزارتومانی به تعداد محدود، به دانشجویان دانشگاه شهید بهشتی تعلق میگیرد. برای دریافت کد تخفیف به آیدی زیر پیام بدهید.
@S_97_97


🆔 @SBUbiotechnology
🧫"میکروبیوم پایدار:یک سمفونی که توسط فاژهای مصنوعی،تنظیم شده است."
ما توسط میکروب ها،اکثرا باکتری ها و ویروس ها و فاژ هایشان در داخل و خارج بدنمان احاطه شده ایم. این باکتری ها در فعل و انفعالات مداوم با فاژ ها، چندین عملکرد مهم برای سلامتی ما را تنظیم میکنند. خوشبختانه آنها رام شدنی هستند، اما ما برای دستکاری ایمن آنها و بهبود سلامت انسان به ابزاری دقیق نیازمندیم.در اینجا،ما استدلال میکنیم که پیشرفتهای اخیر در فناوری‌های تک سلول،شناسایی محیط کشت و زیست شناسی مصنوعی فرصت های مهیجی را برای ایجاد این ابزارها و همچنین اشکال کردن فعل و انفعالات فاژ- باکتری در بدن فراهم می کند.
-استراتژی های modulation فعلی
اما اخیراً درک نقش میکروبیوم در حفظ و رشد بدن خود را آغاز کرده ایم. با این حال دستکاری آنها خیلی زودتر آغاز شده و به قرن چهارم چین بر می گردد که از پیوند مدفوع برای درمان مسمومیت غذایی شدید و اسهال استفاده می‌شد. کشف پروبیوتیک هاهم به قرن ۱۹ برمیگردد زمانیکه Lactobacillus bulgaricus و Lactobacillus acidophilus برای مزایای احتمالی شان برای سلامتی انسان معرفی شدند.
گرچه این استراتژیها نتایج امیدوارکننده‌ای را از طریق بهبود ساختار میکروبیوم،تنظیم سیستم ایمنی، سرکوب کردن پاتوژن ها ،کاهش سطوح سمیت و ضعیف کردن توسعه ی تومورها، نشان داده‌اند، همچنین برخی از نگرانی ها درباره ی ایمنی و کارآیی آنها وجود دارد.
-میتوانیم از فاژها استفاده کنیم؟
فاژها -به عنوان تعدیل کننده ی میکروبیوم- می‌توانند به مواردی از جمله ویژگی و ایمنی بپردازند. واژه ها برای درمان عفونت ها در اروپای شرقی از دهه ۱۹۳۰ استفاده می شدند و در سال‌های اخیر پذیرش و بالقوه آنها به عنوان ضد میکروب در سراسر جهان افزایش یافته است. در جهان غرب چندین کاربرد موفق از فاژ ها علیه باکتری های multi-resistant روی بیماران اخیرا گزارش شده است. آنها همچنین اخیراً اثر تنظیمی امیدوار کننده ای را روی باکتری های دستگاه گوارش نشان داده اند. با این حال استفاده از فاژها محدودیت هایی دارد که باید قبل از به حقیقت پیوستن کاربرد آنها رفع شود.
🧷برای مطالعه ی بیشتر اینجا را کلیک کنید.

#بیوتک_میکروبی
#Microbial_biotechnology
📱@primerSBU/instagram
سلام به همراهان همیشگی پرایمر 🤩

قسمت‌های بعدی آموزش طراحی پرایمر را در ادامه براتون ارسال خواهیم کرد؛ امیدواریم براتون مفید باشه 🌹

بخش‌های قبلی این آموزش را از طریق لینک‌های زیر میتونید مشاهده کنید :

1⃣ قسمت ۱
2⃣ قسمت ۲
3⃣ قسمت ۳
4⃣ قسمت ۴
@primerSBU / Instagram
primer 4.pdf
17.5 MB
چهارمین شماره گاهنامه علمی دانشجویی پرایمر منتشر شد 🤩

صاحب امتیاز : انجمن علمی بیوتکنولوژی دانشگاه شهید بهشتی
مدیر مسئول : فاطمه مستوفی
سردبیر : امیر ابراهیمی
----------------------------------------
📜 در این شماره میخوانیم :

🦠 چرا کرونا ویروس به آسانی بین مردم گسترش می‌یابد؟

🔋 ویروس؛ ابزاری بیولوژیک برای ساخت نسل آینده باتری‌های جهان

💧تصفیه آب به کمک نانوتکنولوژی و بیومیمتیک

🔺 پرونده ویژه : تراریخته؛ مصاحبه با دکتر مسعود توحیدفر

💉 آیا مبتلا کردن عمدی داوطلبان آزمایش واکسن COVID-19 اخلاقی است؟

📖 و چندین موضوع خواندنی دیگر ...


@primerSBU / Instagram
🔬تقلید از سلول‌های مغز برای درک پارکینسون

دانشمندان ابزاری را اختراع کردند که از سلول‌های مغزی افراد مبتلا به بیماری پارکینسون تقلید می‌کند و می‌تواند به یافتن روش‌های جدید درمان بیماری کمک کند.
این ابزار که به صورت organ-on-a-chip می‌باشد،از یک پلیمر شفاف یا شیشه با کانال‌های کوچک حاوی سلول‌های زنده ساخته می‌شود و مایعات از طریق کانال‌ها گردش می‌کنند تا شبیه محیط اطراف بافت شود.
جریان مداوم در کانال‌ها سلول‌های عصبی را رشد می‌دهند و این ابزار باعث می‌شود که به طور همزمان بتوانیم برروی آن آزمایشات مختلف انجام‌دهیم در پارکینسون سلول‌های تولید کننده دوپامین در دستگاه عصبی مرکزی از بین میرود محققان با استفاده از سلول‌های بنیادی آن‌ها را به وجود آوردند و با ایجاد یک جریان مداوم درون کانال‌ها شرایطی را برای تقلید از مغز انسان بوجود آوردند تا بتوانند این بیماری را مطالعه کنند.
📖برای مطالعه بیشتر کلیک کنید.
#Biomimetics
instagram/@PrimerSBU
🐭مدل‌های اصلاح ژنتیکی شده‌ی موش برای کمک به مبارزه با COVID-19

محققین برای آزمایش دارو‌ها و واکسن‌ها علیه بیماری کرونا و همچنین مطالعه مکانیزم های مولکولی به شدت به مدل های حیوانی نیازمند هستند.
طیف وسیعی از حیوانات خانگی و آزمایشگاهی برای یافتن مدل آزمایشگاهی مناسب به آزموده شده‌اند اما متأسفانه تعداد کمی از آنها از جمله گربه‌ها، راسوها، همسترها و میمون‌ها مستعد بیمار شدن هستند. متأسفانه بسیاری از این گونه ها برای پیشرفت سریع آزمایش ها برای اکثر محققان نه در دسترس هستند و نه استفاه از آنها کارآمد است.
موش یکی از پر استفاده‌ترین حیوانات آزمایشگاهی هستند که در تحقیقات زیست پزشکی به دانشمندان در تشخیص ، درمان و ساخت واکسن برای بسیاری از بیماری های انسان کمک می‌کنند.
🐀متأسفانه گونه وحشی موش ها نسبت به SARS-CoV-2 مقاوم هستند و فقط زمانی که اصلاح ژنتیکی شده باشند که ACE2 انسانی را بیان کنند می‌توانند مبتلا به SARS-CoV-2 شوند. دانشمندان با اصلاح ژنتیکی موش‌ها از آنها برای مطالعه بر روی این بیماری استفاده می‌کنند.
📎 برای مشاهده‌ی مقاله و مطالعه‌ی بیشتر اینجا کلیک کنید.
#GeneticEngineering
@primerSBU/Instagram
🌏#اخبار_هفته 🌍

🔬پروتئینی که تصور میشد تنها در توسعه نورون ها در مغز نقش دارد، در توسعه و رشد سلول های سرطان پانکراس نقش اساسی دارد.

*

🦠لرزش و حرکات پروتئین های spike در کرونا ویروس می تواند نقش اساسی در ورود آن به سلول و ایجاد عفونت داشته باشد.

*

🦖تحقیقات جدید نشان از این دارد که جمعیت دایناسور ها قبل از برخورد شهاب سنگ رو به کاهش نبوده و تئوری انقراض دایناسور ها توسط شهاب سنگ را تایید میکند.

*

🌊باکتری های بزرگ اقیانوسی که در برابر شرایط متغیر و بسیار نامساعد در محیط زندگی خود به خوبی اداپته می شوند

*

📜مطالعات نشان می دهد که داروی Baricitinib، که برای درمان آرترید به کار می رود، امکان زنده ماندن افراد مسن مبتلا به Covid-19 را افزایش می دهد.

*

🥀علف کشی که ممکن است با اثر گذاری بر میکروبیوم روده انسان سبب بیماری شود

*

💊چگونه باکتری عامل بیماری سل به سرعت به آنتی بیوتیک ها مقاوم می شود؟ پاسخ این موضوع در domain های اپی ژنتیکی نهفته است.

*

🌿یافته ها نشان می دهند گیاهی که برای تولید دارو در طب سنتی چینی استفاده میشود به نحوی تکامل یافته است که کمتر در معرض دید انسان قرار گیرد.



🧬 @PrimerSBU 🧬

*

🧬🔹 Instagram 🔹 🧬

*
سیستم تحویل داروی ضد سرطان مبتنی بر نانوذرات ( nano drug delivery) از کیتین میگو !!
تحویل دارو معمای تکراری در درمان سرطان است. دانشمندان، بسیاری از داروهای ضد سرطان را ایجاد کرده‌اند اما اغلب به بافت‌های سالم آسیب میرسانند و یا حتی قبل از رسیدن به محل تومور در حریان خون تجزیه میشوند.
در تحقیق‌های انجام شده، این نانوذرات‌ها هیچ عارضه نامطلوبی نشان ندادند که احتمالا به دلیل طبیعی بودن پلیمر (کیتین) است. اما محلول بالینی مورد استفاده برای تاکسول، میتواند باعث سمیت کبدی در موش‌ها شود.
قطر این نانوذرات حدودا 20.6 نانومتر است.
این تیم تحقیقاتی دریافتند وقتی نانو الیاف مملو از دارو را به بدن تزریق کنند، به سرعت به نانوذرات تجزیه شده (با برخورد به پروتیین‌های سرم در خون) و میتوانند آزادانه در جریان خون گردش کنند و به نقاط تومور برسند.آنها دریافت که این نانوذرات گردش تاکسول را در جریان خون بیشتر نگه می دارند و به دارو زمان بیشتری برای رسیدن به محل تومور می دهد (در جریان خون موش ۲۵ ساعت و در تحقیقات بالینی ۲ ساعت)

ادامه‌مطلب

@PrimerSBU / Instagram