محققان با استفاده از نانوذرات دارویی موفق به کاهش سلولهای سرطانی پانکراس شدند. یک چالش مهم و اصلی در درمان سرطان پانکراس زمان تشخیص آن است که احتمال دارد بیش از حد گسترش یافته باشد.مؤسسه پزشکی سانفورد پروتئینی بهنام “Slug” را شناسایی کردهاند که به کنترل حرکت سلول کمک میکند. پروتئین Slug بهخودی خود با دارو قابل هدفگیری نیست، اما محققان دو پروتئین دیگر به نامهای ERK و eIF2 آلفا را کشف کردهاند که با پروتئین Slug برهمکنش دارند.محققان به دنبال یافتن پاسخی برای نحوه واکنش سلولهای سرطانی در هنگام کاهش مواد مغذی مورد نیاز برای رشد آنها بودند که پروتئین Slug را گزینه مناسبی برای این منظور یافتند. محققان برای هدف قرار دادن فسفاتیدیل سرین، نشانگر زیستی موجود بر سطح سلولهای پانکراسی، از نانوذرات استفاده کردند. آنها دریافتند ترکیبی از نانوداروها به همراه شیمی درمانی استاندارد به عنوان اولین قدم، برای کنترل سلولهای سرطان پانکراس از درمان با هرکدام از این روشها به تنهایی مؤثرتر است. این نانوذرات در حال حاضر در مبتلایان به سرطان مغز مورد بررسی قرار میگیرند.مطالب بیشتر
💊#Medicinal_biotech
@primerSBU/instagram
💊#Medicinal_biotech
@primerSBU/instagram
کاربرد برنامهریزی خطی در زیستشناسی
قسمت اول
✳️در مهندسی متابولیک و تولید یک ماده ارزشمند از یک سیستم زیستی، با شبکههایی پیچیده مواجه هستیم. گاهی لازم است برای افزایش تولید این ماده، مسیرهای رقابتی دیگر را سرکوب کنیم یا نرخ واکنش آنها را کاهش دهیم. علاوه بر این، باید تاثیر این تغییرات را بر کل سیستم زیستی مورد نظر (باکتری، گیاه و ...) بسنجیم.
✳️پرواضح است که انجام این کارها و سنجیدن تمام جوانب برای یک سیستم زیستی مثل ای.کلای (با نزدیک به 3000 واکنش تاکنون شناختهشده) به طور دستی و آزمون و خطا بسیار سخت و شاید غیرممکن باشد.
✳️خوشبختانه هنوز ریاضی را داریم! یکی از تکنیکهایی که بعنوان یک بیوتکنولوژیست میتوانیم از ریاضی قرض بگیریم،" برنامهریزی خطی" یا Linear Programming است. این روش کاربرد زیادی در محاسبه سود و زیان و بهینهکردن هزینهها در اقتصاد دارد. با کمک این روش، میتوانیم مسائل مهندسی متابولیک را بعنوان یک مسئله بهینهسازی با یکسری قیود خطی فرض و آنرا حل کنیم.
💻اینکه چطور و با چه ابزاری با این مسائل مواجه شویم، در قسمتهای بعد به آن میپردازیم.
@PrimerSBU / instagram
#system_biology
قسمت اول
✳️در مهندسی متابولیک و تولید یک ماده ارزشمند از یک سیستم زیستی، با شبکههایی پیچیده مواجه هستیم. گاهی لازم است برای افزایش تولید این ماده، مسیرهای رقابتی دیگر را سرکوب کنیم یا نرخ واکنش آنها را کاهش دهیم. علاوه بر این، باید تاثیر این تغییرات را بر کل سیستم زیستی مورد نظر (باکتری، گیاه و ...) بسنجیم.
✳️پرواضح است که انجام این کارها و سنجیدن تمام جوانب برای یک سیستم زیستی مثل ای.کلای (با نزدیک به 3000 واکنش تاکنون شناختهشده) به طور دستی و آزمون و خطا بسیار سخت و شاید غیرممکن باشد.
✳️خوشبختانه هنوز ریاضی را داریم! یکی از تکنیکهایی که بعنوان یک بیوتکنولوژیست میتوانیم از ریاضی قرض بگیریم،" برنامهریزی خطی" یا Linear Programming است. این روش کاربرد زیادی در محاسبه سود و زیان و بهینهکردن هزینهها در اقتصاد دارد. با کمک این روش، میتوانیم مسائل مهندسی متابولیک را بعنوان یک مسئله بهینهسازی با یکسری قیود خطی فرض و آنرا حل کنیم.
💻اینکه چطور و با چه ابزاری با این مسائل مواجه شویم، در قسمتهای بعد به آن میپردازیم.
@PrimerSBU / instagram
#system_biology
🌏#اخبار_هفته 🌍
🦠مطالعات جدید نشان میدهد که ژنی که باعث ری اکشن شدید به بیماری کووید ۱۹ و وخیم شدن آن میشود، از نئاندرتال ها به ارث رسیده است.
*
❣هورمون عشق، کلیدی برای درمان کووید ۱۹
*
🧪کشف توکسینی باکتریایی که خاصیت درمانی دارد.
*
🐝دانشمندان با استفاده از زهر زنبور، مولکول هایی آنتی باکتریال را مهندسی کردند.
*
📝چرا سلول های کاملا یکسان، متفاوت رفتار میکنند؟ تیم تحقیقاتی منابع جدیدی از نویز های سلولی را معرفی میکند.
*
💠پرده برداری دانشمندان از نقش ویروس ها در سفید شدن مرجان ها
*
💖رقصی مولکولی که باعث تپیدن قلب شما می شود.
*
🧬کشف مکانیسم جدیدی که عملکرد سلول را پس از آسیب ژنومی باز میگرداند.
*
🧬 @PrimerSBU 🧬
*
🧬🔹 Instagram 🔹 🧬
*
🦠مطالعات جدید نشان میدهد که ژنی که باعث ری اکشن شدید به بیماری کووید ۱۹ و وخیم شدن آن میشود، از نئاندرتال ها به ارث رسیده است.
*
❣هورمون عشق، کلیدی برای درمان کووید ۱۹
*
🧪کشف توکسینی باکتریایی که خاصیت درمانی دارد.
*
🐝دانشمندان با استفاده از زهر زنبور، مولکول هایی آنتی باکتریال را مهندسی کردند.
*
📝چرا سلول های کاملا یکسان، متفاوت رفتار میکنند؟ تیم تحقیقاتی منابع جدیدی از نویز های سلولی را معرفی میکند.
*
💠پرده برداری دانشمندان از نقش ویروس ها در سفید شدن مرجان ها
*
💖رقصی مولکولی که باعث تپیدن قلب شما می شود.
*
🧬کشف مکانیسم جدیدی که عملکرد سلول را پس از آسیب ژنومی باز میگرداند.
*
🧬 @PrimerSBU 🧬
*
🧬🔹 Instagram 🔹 🧬
*
ScienceDaily
The ancient Neanderthal hand in severe COVID-19
Genetic variants that leave their carrier more susceptible to severe COVID-19 are inherited from Neanderthals, a new study finds.
should i or shouldn't i ?
💥💥فعالیت هر سلول عصبی نشان میدهد که ما چقدر در تصمیمات خود مطمئن هستیم.💥💥
⚡️طی پژوهشی دردانشگاه بن (bonn university) دانشمندان با بررسی فعالیت سلول های عصبی، رابطه ای بین انها و میزان مطمئن بودن ما درتصمیم گیری هایمان یافتند.⚡️
⚡️با اندازه گیری فعالیت نورون ها در لوب گیجگاهی دریافتند که هرچه فرد در یک تصمیم مطمئن تر باشد فرکانس ایمپالس های عصبی در این ناحیه بیشتر است.⚡️
⚡️لوب گیجگاهی مسئول پردازش خاطره هاست. با این مطالعه برای اولین بار مشخص شد که نه تنها تصمیماتی که میگیریم در این لوب ذخیره میشوند بلکه اینکه چقدر در تصمیم گیری خود مطمئن بودیم هم ذخیره خواهد شد. چنین فرایند یادگیری (learning process) ممکن است ما را از گرفتن تصمیم های اشتباه
در سری های بعد منع کند.⚡️
✨✨🖇مطالعه ی مقاله
#Neuroscience
@primerSBU / instagram
💥💥فعالیت هر سلول عصبی نشان میدهد که ما چقدر در تصمیمات خود مطمئن هستیم.💥💥
⚡️طی پژوهشی دردانشگاه بن (bonn university) دانشمندان با بررسی فعالیت سلول های عصبی، رابطه ای بین انها و میزان مطمئن بودن ما درتصمیم گیری هایمان یافتند.⚡️
⚡️با اندازه گیری فعالیت نورون ها در لوب گیجگاهی دریافتند که هرچه فرد در یک تصمیم مطمئن تر باشد فرکانس ایمپالس های عصبی در این ناحیه بیشتر است.⚡️
⚡️لوب گیجگاهی مسئول پردازش خاطره هاست. با این مطالعه برای اولین بار مشخص شد که نه تنها تصمیماتی که میگیریم در این لوب ذخیره میشوند بلکه اینکه چقدر در تصمیم گیری خود مطمئن بودیم هم ذخیره خواهد شد. چنین فرایند یادگیری (learning process) ممکن است ما را از گرفتن تصمیم های اشتباه
در سری های بعد منع کند.⚡️
✨✨🖇مطالعه ی مقاله
#Neuroscience
@primerSBU / instagram
🔸 دانشمندان چینی با الهام از طبیعیت توانستند لاستیک هایی مشابه با لاستیک های طبیعی ولکانیزه شده تولید کنند.این مواد به همان اندازه مواد طبیعی، سخت و بادوام هستند. در واقع زنجیره های کوتاه پروتئینی که به زنجیره های جانبی backbone پلیمری متصل شده اند، پایداری cross-linkage های فیزیکی را تضمین میکنند و به ماده اثر "خود تقویت کنندگی" را تحت فشار های استرین، میدهند.
🔹 لاستیکهای طبیعی از انواع پلیمرهای الاستیک تشکیل شده است که برای استفاده در لاستیک ، صنعت خودرو و کالاهایی مانند تشک های لاستیکی پردازش می شوند. اگرچه برخی از لاستیک های مصنوعی ، پلی ایزوپرن ها ، دارای ساختار اصلی مانند لاستیک طبیعی هستند ، اما لاستیک های طبیعی ولکانیزه هنوز به وضوح برتر هستند ، زیرا به طور قابل توجهی قوی تر و سخت تر میباشند. همچنین در قیاس با لاستیک های سنتی، بازیافت این مواد بسیار راحت تر است.
📚 مطالعه بیشتر
#Biomimetic
@primerSBU / Instagram
🔹 لاستیکهای طبیعی از انواع پلیمرهای الاستیک تشکیل شده است که برای استفاده در لاستیک ، صنعت خودرو و کالاهایی مانند تشک های لاستیکی پردازش می شوند. اگرچه برخی از لاستیک های مصنوعی ، پلی ایزوپرن ها ، دارای ساختار اصلی مانند لاستیک طبیعی هستند ، اما لاستیک های طبیعی ولکانیزه هنوز به وضوح برتر هستند ، زیرا به طور قابل توجهی قوی تر و سخت تر میباشند. همچنین در قیاس با لاستیک های سنتی، بازیافت این مواد بسیار راحت تر است.
📚 مطالعه بیشتر
#Biomimetic
@primerSBU / Instagram
🧬 استفاده از تکنیک کریسپر برای درمان ناشنوایی ارثی در مطالعات پیش بالینی
🧑🔬محققان توانستند برای نخستین بار ناشنوایی مادرزادی را با کمک ابزار مهندسی ژنتیک درمان کنند. ناشنوایی یک اختلال ژنتیکی است که اصولا غیرقابل درمان است.
🦻ناشنوایی ژنتیکی به دو نوع عمده سندرمیک و غیر سندرمیک تقسیم می گردد. در نوع اول (سندرمیک) علاوه بر ناشنوایی و یا کم شنوایی علایم و اختلالات دیگری نیز وجود دارند. در حالت دوم و یا غیر سندرمیک ناشنوایی و یا کم شنوایی تنها علامت بیماری بوده و همراه با سایر عوارض و علایم نمی باشد. البته قابل ذکر است که عدم توان تکلم (لال بودن) نتیجه ناشنوایی بوده و در هر دو گروه بیماران دیده می شود و عامل آن عدم یادگیری مهارت تکلم از راه گوش دادن می باشد.
🩺 اما اکنون محققان شیوه درمانی را آزمایش کردند که به طور موفقیت آمیز ناشنوایی در موش ها را معکوس کرد و امیدی برای درمان آن در انسان را نیز به وجود آورده است.
🧬 محققان دانشگاه هاروارد برای این منظور از روش کریسپر CAS9 استفاده کردند. کریسپر در حقیقت تکنیکی برای ویرایش و بازآرایی DNA در سلول های زنده است. در موش هایی که به طور مادرزاد ناشنوا متولد شده اند، این روش ژن عامل ناشنوایی به نام TMC1 را خاموش کرد. عامل ناشنوایی و کم شنوایی پیچیده می باشد و تاکنون ژن های بسیار زیادی در این زمینه توسط محققان گزارش گردیده است.
🔬انسان هایی که چنین متغیر ژنتیکی داشته باشند، دچار ناشنوایی تدریجی می شوند و محققان امیدوارند این روش درمانی را برای انسان نیز به کار ببرند.
#geneticengineering
@PrimerSBU / Instagram
🔎مطالعه بیشتر
🧑🔬محققان توانستند برای نخستین بار ناشنوایی مادرزادی را با کمک ابزار مهندسی ژنتیک درمان کنند. ناشنوایی یک اختلال ژنتیکی است که اصولا غیرقابل درمان است.
🦻ناشنوایی ژنتیکی به دو نوع عمده سندرمیک و غیر سندرمیک تقسیم می گردد. در نوع اول (سندرمیک) علاوه بر ناشنوایی و یا کم شنوایی علایم و اختلالات دیگری نیز وجود دارند. در حالت دوم و یا غیر سندرمیک ناشنوایی و یا کم شنوایی تنها علامت بیماری بوده و همراه با سایر عوارض و علایم نمی باشد. البته قابل ذکر است که عدم توان تکلم (لال بودن) نتیجه ناشنوایی بوده و در هر دو گروه بیماران دیده می شود و عامل آن عدم یادگیری مهارت تکلم از راه گوش دادن می باشد.
🩺 اما اکنون محققان شیوه درمانی را آزمایش کردند که به طور موفقیت آمیز ناشنوایی در موش ها را معکوس کرد و امیدی برای درمان آن در انسان را نیز به وجود آورده است.
🧬 محققان دانشگاه هاروارد برای این منظور از روش کریسپر CAS9 استفاده کردند. کریسپر در حقیقت تکنیکی برای ویرایش و بازآرایی DNA در سلول های زنده است. در موش هایی که به طور مادرزاد ناشنوا متولد شده اند، این روش ژن عامل ناشنوایی به نام TMC1 را خاموش کرد. عامل ناشنوایی و کم شنوایی پیچیده می باشد و تاکنون ژن های بسیار زیادی در این زمینه توسط محققان گزارش گردیده است.
🔬انسان هایی که چنین متغیر ژنتیکی داشته باشند، دچار ناشنوایی تدریجی می شوند و محققان امیدوارند این روش درمانی را برای انسان نیز به کار ببرند.
#geneticengineering
@PrimerSBU / Instagram
🔎مطالعه بیشتر
#اخبار_هفته 🌏
🦠وعده ی دروغ مصونیت جمعیت از کووید-۱۹
***
💉ده ها نفر در آزمایشات "چالش انسانی" انگلیس به عمد به ویروس کرونا آلوده شدند.
***
🦑مکنده ی الهام گرفته از اختاپوس، پیوندهای نازک و ظریف بافتی و حسگر های زیستی را منتقل میکند.
***
💔احیای سلول ها پس از حمله ی قلبی
***
🧬عوامل رونویسی ممکن است سهوا اشتباهات DNA را مسدود کنند.
***
🧫تنوع میکروبی در زیر کف دریا به اندازه ی سطح زمین غنی است.
***
🐺پیشرفت ژنومیک حیات وحش از طریق توسعه ی روش های مولکولی
***
✂️کریسپر Pac-Man را ملاقات میکند: ابزار جدید برش و چسباندن DNA ویرایش های بزرگتر ژن را امکان پذیر میکند.
***
@primerSBU
📱instagram
🦠وعده ی دروغ مصونیت جمعیت از کووید-۱۹
***
💉ده ها نفر در آزمایشات "چالش انسانی" انگلیس به عمد به ویروس کرونا آلوده شدند.
***
🦑مکنده ی الهام گرفته از اختاپوس، پیوندهای نازک و ظریف بافتی و حسگر های زیستی را منتقل میکند.
***
💔احیای سلول ها پس از حمله ی قلبی
***
🧬عوامل رونویسی ممکن است سهوا اشتباهات DNA را مسدود کنند.
***
🧫تنوع میکروبی در زیر کف دریا به اندازه ی سطح زمین غنی است.
***
🐺پیشرفت ژنومیک حیات وحش از طریق توسعه ی روش های مولکولی
***
✂️کریسپر Pac-Man را ملاقات میکند: ابزار جدید برش و چسباندن DNA ویرایش های بزرگتر ژن را امکان پذیر میکند.
***
@primerSBU
Nature
The false promise of herd immunity for COVID-19
Why proposals to largely let the virus run its course — embraced by Donald Trump’s administration and others — could bring “untold death and suffering”.
Forwarded from نشریه به توان سلول
نشریه "به توان سلول".pdf
15.2 MB
🔔نخستین شماره نشریه "به توان سلول" منتشر شد.
🔬🧬🦠🧫
در این شماره میخوانیم:
🔹کرونا و سلول های بنیادی
🔹گزیده ای از مصاحبه روزنامه گاردین با خانم جنیفر دودنا از کاشفان کریسپر و برنده ی جایزه نوبل شیمی ۲۰۲۰
🔹مروری بر بیماری آلزایمر
🔹مقدمه ای بر پزشکی بازساختی
🔹ام اس و سلول های بنیادی
🔹مصاحبه با خانم مرضیه موسی زاده دانشجوی دکتری نانوبیوتکنولوژی
📚@Btavancell_AUT
🔬🧬🦠🧫
در این شماره میخوانیم:
🔹کرونا و سلول های بنیادی
🔹گزیده ای از مصاحبه روزنامه گاردین با خانم جنیفر دودنا از کاشفان کریسپر و برنده ی جایزه نوبل شیمی ۲۰۲۰
🔹مروری بر بیماری آلزایمر
🔹مقدمه ای بر پزشکی بازساختی
🔹ام اس و سلول های بنیادی
🔹مصاحبه با خانم مرضیه موسی زاده دانشجوی دکتری نانوبیوتکنولوژی
📚@Btavancell_AUT
🌱برنامه ریزی مجدد ترکیبی متابولیسم لیپید ها در گیاهان: راهی به سمت تولید انبوه قارچ تقویت شده ی زیستی arbuscular mycorrhizal
-قارچ arbuscular mycorrhizal fungi (AMF)قدیمی ترین، گسترده ترین و عملا مهمترین همزیستی روی زمین است که به تغذیه ی جهان کمک می کند.
-با این حال،تولید انبوه ماده ی تلقیحی تمیز (به عبارت دیگر تولید in vitro) ، ایمن و قوی با هزینه های مقرون به صرفه همچنان یک چالش اساسی است.
- اخیرا Luginbuehl و همکارانش دریافتند که گیاهان لیپیدهای شریک همزیستی را عرضه میکنند، بنابراین" AMF را با یک منبع قوی کربن برای نیاز های متابولیکی خود تامین می کنند".
-از این رو،مهندسی گیاهان برای افزایش تحویل لیپیدها به AMF میتواند راهی خلاقانه برای تولید نسل جدیدی از ماده ی تلقیحی AMF تقویت شده ی زیستی، با کیفیت بالا و مقرون به صرفه برای کاربرد در اکوسیستم های کشاورزی ارائه دهد.
📎ادامه ی مطلب
#بیوتکنولوژی_میکروبی
#microbial_biotechnology
@primerSBU
📱instagram
-قارچ arbuscular mycorrhizal fungi (AMF)قدیمی ترین، گسترده ترین و عملا مهمترین همزیستی روی زمین است که به تغذیه ی جهان کمک می کند.
-با این حال،تولید انبوه ماده ی تلقیحی تمیز (به عبارت دیگر تولید in vitro) ، ایمن و قوی با هزینه های مقرون به صرفه همچنان یک چالش اساسی است.
- اخیرا Luginbuehl و همکارانش دریافتند که گیاهان لیپیدهای شریک همزیستی را عرضه میکنند، بنابراین" AMF را با یک منبع قوی کربن برای نیاز های متابولیکی خود تامین می کنند".
-از این رو،مهندسی گیاهان برای افزایش تحویل لیپیدها به AMF میتواند راهی خلاقانه برای تولید نسل جدیدی از ماده ی تلقیحی AMF تقویت شده ی زیستی، با کیفیت بالا و مقرون به صرفه برای کاربرد در اکوسیستم های کشاورزی ارائه دهد.
📎ادامه ی مطلب
#بیوتکنولوژی_میکروبی
#microbial_biotechnology
@primerSBU
آیا رویکردهای مقایسه ای انکولوژی میتواند انقلابی در کشف داروی سرطان ایجاد کند؟
علی رغم صرف وقت و منابع و پیشرفت های چشمگیر در مدل های آزمایشی بیماری ، تحقیقات سرطان همچنان از موفقیت بسیار کم در تفسیر اکتشافات پیش بالینی به عمل بالینی رنج می برد. عدم موفقیت مداوم در تولید داروی سرطان ، به ویژه در اواخر دوره آزمایش انسانی ، نه تنها بر نتایج بیمار تأثیر می گذارد ، بلکه هزینه درمان ها را نیز افزایش میدهد. یکی از جهات امیدوار کننده، انکولوژی مقایسه ای است .مطالعه سرطان در بین گونه ها اغلب شامل بیماران دامپزشکی است که به طور طبیعی به سرطان مبتلا میشوند. انکولوژی مقایسه ای از قدرت تجزیه و تحلیل متقابل برای درک عوامل اصلی مکانیسمهای محافظت از سرطان و همچنین عوامل موثر در شروع و پیشرفت سرطان استفاده میکند.
انکولوژی مقایسه ای به غلبه بر موانع فعلی کشف دارو کمک می کند. چالش های کشف داروی سرطان شامل دسترسی محدود به نمونه های بیمار برای آزمایش، مدل های ناکافی برای مطالعه سیستم ایمنی بدن و ریزمحیط تومور و عدم وجود مدل هایی است که ناهمگنی تومور بیمار را بطور کامل نشان میدهند.
#Cancer
ادامه مطلب
@PrimerSBU / Instagram
علی رغم صرف وقت و منابع و پیشرفت های چشمگیر در مدل های آزمایشی بیماری ، تحقیقات سرطان همچنان از موفقیت بسیار کم در تفسیر اکتشافات پیش بالینی به عمل بالینی رنج می برد. عدم موفقیت مداوم در تولید داروی سرطان ، به ویژه در اواخر دوره آزمایش انسانی ، نه تنها بر نتایج بیمار تأثیر می گذارد ، بلکه هزینه درمان ها را نیز افزایش میدهد. یکی از جهات امیدوار کننده، انکولوژی مقایسه ای است .مطالعه سرطان در بین گونه ها اغلب شامل بیماران دامپزشکی است که به طور طبیعی به سرطان مبتلا میشوند. انکولوژی مقایسه ای از قدرت تجزیه و تحلیل متقابل برای درک عوامل اصلی مکانیسمهای محافظت از سرطان و همچنین عوامل موثر در شروع و پیشرفت سرطان استفاده میکند.
انکولوژی مقایسه ای به غلبه بر موانع فعلی کشف دارو کمک می کند. چالش های کشف داروی سرطان شامل دسترسی محدود به نمونه های بیمار برای آزمایش، مدل های ناکافی برای مطالعه سیستم ایمنی بدن و ریزمحیط تومور و عدم وجود مدل هایی است که ناهمگنی تومور بیمار را بطور کامل نشان میدهند.
#Cancer
ادامه مطلب
@PrimerSBU / Instagram
کاربرد برنامه ریزی خطی در زیست شناسی
قسمت دوم
بخش اول: آنالیز توازن فلاکس یا FBA (flux balance analysis ) شیوهی بسیار گسترده برای مطالعهی شبکههای بیوشیمیایی مخصوصا بازسازی شبکههای متابولیک در سطح ژنوم است؛ این بازسازی شبکه شامل تمام واکنشهای شناخته شده در یک ارگانیسم و نیز ژنهای کدکنندهی آنزیم آن میباشد. FBA میتواند جریان متابولیتها را در این شبکهی متابولیک محاسبه کند؛ بنابر این به ما این امکان را میدهد نرخ رشد ارگانیسم یا نرخ تولید یک متابولیتی که در حوزهی بیوتکنولوژی اهمیت دارد پیشبینی کنیم.
اولین گام در FBA این است که واکنشهای متابولیک را به صورت ریاضی بیان کنیم؛ بدین صورت که باید بر اساس ضریبهای استوکیومتری هر واکنش، یک ماتریس عددی ارائه کنیم. این ماتریس، جریان را محدود میکند و مقدار کل هر مادهای که تولید میشود باید برابر با کل ماده در شرایط پایا باشد. تمام واکنش ها میتوانند بالا یا پایینتر از این محدودیت باشند که به ما مینیمم و ماکسیمم ممکن جریان واکنشها را میدهد.
#synthetic_biology #system_biology
@primerSBU / instagram
قسمت دوم
بخش اول: آنالیز توازن فلاکس یا FBA (flux balance analysis ) شیوهی بسیار گسترده برای مطالعهی شبکههای بیوشیمیایی مخصوصا بازسازی شبکههای متابولیک در سطح ژنوم است؛ این بازسازی شبکه شامل تمام واکنشهای شناخته شده در یک ارگانیسم و نیز ژنهای کدکنندهی آنزیم آن میباشد. FBA میتواند جریان متابولیتها را در این شبکهی متابولیک محاسبه کند؛ بنابر این به ما این امکان را میدهد نرخ رشد ارگانیسم یا نرخ تولید یک متابولیتی که در حوزهی بیوتکنولوژی اهمیت دارد پیشبینی کنیم.
اولین گام در FBA این است که واکنشهای متابولیک را به صورت ریاضی بیان کنیم؛ بدین صورت که باید بر اساس ضریبهای استوکیومتری هر واکنش، یک ماتریس عددی ارائه کنیم. این ماتریس، جریان را محدود میکند و مقدار کل هر مادهای که تولید میشود باید برابر با کل ماده در شرایط پایا باشد. تمام واکنش ها میتوانند بالا یا پایینتر از این محدودیت باشند که به ما مینیمم و ماکسیمم ممکن جریان واکنشها را میدهد.
#synthetic_biology #system_biology
@primerSBU / instagram
بخش دوم : در گام بعدی FBA باید فنوتیپ دلخواه را در یک شکل هدف بیولوژیکی تعریف کنیم. برای واضح شدن مثالی میزنیم: حالت پیش بینی رشد را در نظر بگیرید؛ هدف تولید بیومس است یعنی نرخی که در آن مواد متابولیک تبدیل به مواد زیستتودهای مثل نوکلئیک اسید، پروتیین و لیپید میشوند. این تولید بیومس مصنوعی باعث اضافه شدن یک ستون اضافی به ماتریس ما میشود و در نتیجه شبیه مسیر اصلی، متابولیتها را مصرف میکند. بنابر این جریان این واکنش برابر با مقدار تجربی آن میشود. در موارد دیگر شاید یک واکنش و یک هدف برای اثر روی فنوتیپ وجود نداشته باشد. از نظر ریاضی عملکرد یک هدف باعث تعریف کیفی میشود و بیان میکند که هر واکنش چقدر در ایجاد یک فنوتیپ دخالت میکند. این مجموعه (نمایشهای ریاضی واکنشهای متابولیک و نیز هدف)، میتواند سیستم معادلات خطی را تعریف کند که در FBA این معادلات توسط برنامهریزی خطی (linear programing) حل میشوند. الگوریتم های محاسباتی برنامهریزی خطی بسیاری وجود دارد که میتوانند خیلی سریع در معادلات سیستمهای بزرگ، راه حل را بیابند. یکی از آنها ابزاری به نام COBRA است بر مبنای متلب، پایتون و جولیا است که دربارهی آن در روزهای آتی بیشتر صحبت میکنیم؛ شما میتوانید از لینکهای زیر با COBRA بیشتر آشنا شوید.
https://cobrapy.readthedocs.io/en/latest/getting_started.html
https://opencobra.github.io/cobratoolbox/stable/
https://github.com/opencobra/COBRA.jl
🧬reference
#synthetic_biology
@primerSBU /instagram
https://cobrapy.readthedocs.io/en/latest/getting_started.html
https://opencobra.github.io/cobratoolbox/stable/
https://github.com/opencobra/COBRA.jl
🧬reference
#synthetic_biology
@primerSBU /instagram
GitHub
GitHub - opencobra/COBRA.jl: High-level, high-performance, constraint-based reconstruction and analysis in Julia
High-level, high-performance, constraint-based reconstruction and analysis in Julia - opencobra/COBRA.jl
🌏#اخبار_هفته 🌍
⚠️هشدار سازمان ملل: در صورت عوض نشدن رفتار انسان با طبیعت، در آینده پاندمی هایی بسیار مرگبار تر و زیان بار تر از Covid-19 را شاهد خواهیم بود.
*
🦈نگرانی محققان از واکسنی بالقوه که میتواند پاندمی کرونا را به اتمام برساند اما به ضرر گونه ی دیگری از جانداران تمام شود: کوسه ها
*
☠زندگی، پس از مرگ: چگونه حشراتی که از بدن جاندار مرده برمیخیزند، جسد را تبدیل به اسکلت میکنند.
*
🔎کشف گروه جدیدی از گیرنده های چشایی در زبان
*
🔬رسپتور های کوتاه شده سلول های سیستم ایمنی که مدتها به عنوان ناقص و غیرفعال در نظر گرفته میشدند، می توانند با همتایان طبیعی خود به غشای سلول متصل شوند و مسیری برای ساخت داروها و روش های درمانی جدید پدید آورند.
*
⚠️خطرات استفاده از روش ویرایش ژنی کریسپر روی جنین
*
🦠کشف مسیری کلیدی در لیزوزوم ها که کرونا ویروس از آن برای خروج از سلول استفاده میکند.
*
🐙با لمس کردن مزه را حس کنید! دانشمندان از چگونگی کارکرد سنسور های موجود در بادکش های پای اختاپوس پرده برداشتند.
*
🔖ساخت زبان بایومیمتیک با استفاده از پرینت سه بعدی
*
🌔کشف آب مایع در کره ماه توسط ناسا و افزایش امید ها به سکونت در ماه
*
🧬 @PrimerSBU 🧬
*
🧬🔹 Instagram 🔹 🧬
*
⚠️هشدار سازمان ملل: در صورت عوض نشدن رفتار انسان با طبیعت، در آینده پاندمی هایی بسیار مرگبار تر و زیان بار تر از Covid-19 را شاهد خواهیم بود.
*
🦈نگرانی محققان از واکسنی بالقوه که میتواند پاندمی کرونا را به اتمام برساند اما به ضرر گونه ی دیگری از جانداران تمام شود: کوسه ها
*
☠زندگی، پس از مرگ: چگونه حشراتی که از بدن جاندار مرده برمیخیزند، جسد را تبدیل به اسکلت میکنند.
*
🔎کشف گروه جدیدی از گیرنده های چشایی در زبان
*
🔬رسپتور های کوتاه شده سلول های سیستم ایمنی که مدتها به عنوان ناقص و غیرفعال در نظر گرفته میشدند، می توانند با همتایان طبیعی خود به غشای سلول متصل شوند و مسیری برای ساخت داروها و روش های درمانی جدید پدید آورند.
*
⚠️خطرات استفاده از روش ویرایش ژنی کریسپر روی جنین
*
🦠کشف مسیری کلیدی در لیزوزوم ها که کرونا ویروس از آن برای خروج از سلول استفاده میکند.
*
🐙با لمس کردن مزه را حس کنید! دانشمندان از چگونگی کارکرد سنسور های موجود در بادکش های پای اختاپوس پرده برداشتند.
*
🔖ساخت زبان بایومیمتیک با استفاده از پرینت سه بعدی
*
🌔کشف آب مایع در کره ماه توسط ناسا و افزایش امید ها به سکونت در ماه
*
🧬 @PrimerSBU 🧬
*
🧬🔹 Instagram 🔹 🧬
*
phys.org
Nature loss means deadlier future pandemics, UN warns
Future pandemics will happen more often, kill more people and wreak even worse damage to the global economy than Covid-19 without a fundamental shift in how humans treat nature, the United Nations' biodiversity ...
🧐گوشی همراه خود را با لباس شارژ کنید!!
💡گرسنگی ما برای انرژی سیری ناپذیر است؛ حتی با افزایش عرضه ابزارهای الکترونیکی جدید، این روند همچنان افزایش می یابد. علاوه بر این، ما برای شارژ مجدد تلفن های هوشمند، تبلت ها و لپ تاپ های خود به طور دائم به منبع تغذیه وابسته هستیم.
💡محققان Empa و ETH موفق به تولید ماده ای شدند که مانند یک کنسانتره خورشیدی لومینسانس کار می کند و حتی می تواند برای منسوجات نیز استفاده شود و امکانات زیادی را برای تولید انرژی به طور مستقیم در مکان مورد نیاز و در استفاده از وسایل الکترونیکی روزمره ایجاد می کند.
💡در آینده، پریزهای برق (حداقل برای این منظور) احتمالاً منسوخ می شوند و برق از لباس شخصی ما تأمین می شود. با اعمال یک پلیمر جدید روی الیاف نساجی، کت ها، پیراهنها و موارد مشابه، می توان از آنها به عنوان منبع انرژی سیار استفاده کرد.
💡مطالعه بیشتر...
#Biomimetic
@primerSBU / Instagram
💡گرسنگی ما برای انرژی سیری ناپذیر است؛ حتی با افزایش عرضه ابزارهای الکترونیکی جدید، این روند همچنان افزایش می یابد. علاوه بر این، ما برای شارژ مجدد تلفن های هوشمند، تبلت ها و لپ تاپ های خود به طور دائم به منبع تغذیه وابسته هستیم.
💡محققان Empa و ETH موفق به تولید ماده ای شدند که مانند یک کنسانتره خورشیدی لومینسانس کار می کند و حتی می تواند برای منسوجات نیز استفاده شود و امکانات زیادی را برای تولید انرژی به طور مستقیم در مکان مورد نیاز و در استفاده از وسایل الکترونیکی روزمره ایجاد می کند.
💡در آینده، پریزهای برق (حداقل برای این منظور) احتمالاً منسوخ می شوند و برق از لباس شخصی ما تأمین می شود. با اعمال یک پلیمر جدید روی الیاف نساجی، کت ها، پیراهنها و موارد مشابه، می توان از آنها به عنوان منبع انرژی سیار استفاده کرد.
💡مطالعه بیشتر...
#Biomimetic
@primerSBU / Instagram
✅محققان دانشگاه علوم پزشکی واشنگتن توانستند با استفاده از ترکیب دو فناوری سلولهای بنیادی پرتوان القایی و کریسپر در جهت درمان سندرم ولفرام (Wolfrom) گام بردارند.
🧬آنها اظهار نمودند که CRISPR-cas9 ممکن است روش امیدوارکنندهای برای درمان افراد مبتلا به دیابت، بهویژه آنهایی که از فرمهای رایج تر آن (نوع 1 و 2) رنج میبرند و نیز سایر انواع بیماریهایی که ناشی از جهش های تک ژنی هستند، باشد.
🧫محققان با استفاده از سلولهای پوست یک فرد مبتلا به سندرم ولفرام، سلولهای بنیادی پرتوان القایی ایجاد نمودند. سپس این سلولها را به سلولهای تولیدکننده انسولین تبدیل کرده و با استفاده از فناوری کریسپر، نقص ژنتیکی مسبب این اختلال را تصحیح نمودند. سپس این سلولها را به موشهای آزمایشگاهی که مبتلا به این نوع از دیابت بودند، پیوند زدند. محققان مشاهده نمودند که این موشها پس از مدتی بهبود پیدا کردند.
📎 لینک مقاله
#geneticengineering
@PrimerSBU / Instagram
🧬آنها اظهار نمودند که CRISPR-cas9 ممکن است روش امیدوارکنندهای برای درمان افراد مبتلا به دیابت، بهویژه آنهایی که از فرمهای رایج تر آن (نوع 1 و 2) رنج میبرند و نیز سایر انواع بیماریهایی که ناشی از جهش های تک ژنی هستند، باشد.
🧫محققان با استفاده از سلولهای پوست یک فرد مبتلا به سندرم ولفرام، سلولهای بنیادی پرتوان القایی ایجاد نمودند. سپس این سلولها را به سلولهای تولیدکننده انسولین تبدیل کرده و با استفاده از فناوری کریسپر، نقص ژنتیکی مسبب این اختلال را تصحیح نمودند. سپس این سلولها را به موشهای آزمایشگاهی که مبتلا به این نوع از دیابت بودند، پیوند زدند. محققان مشاهده نمودند که این موشها پس از مدتی بهبود پیدا کردند.
📎 لینک مقاله
#geneticengineering
@PrimerSBU / Instagram
🌏#اخبار_هفته 🌍
🧪کشف وظیفه ی مولکول مرموز رترون در باکتری ها: نگهبانان ایمنی در کلونی
*
🔎کشف یک سلول در کرم های مذکر که علی رغم تمایز یافته بودن و برای بهبود جفت گیری، خود را کاملا به نوع دیگری از سلول ها تبدیل میکند.
*
🩸وجود اتو آنتی بادی های پروترومبوتیک در سرم خون، دلیل لخته شدن خون و به دنبال آن سکته در افراد مبتلا به Covid-19
*
🧬مهندسی یک مخمر مدل با توان تحمل اسیدیته بالا که به تولید صنعتی اسید های ارگانیک کمک میکند.
*
🧠کشف ناحیه ای از مغز که ترجیحات و سلایق غذایی را کنترل میکند.
*
📜پژوهشگران از کشف ارتباط احتمالی اتیسم و میکروبیوم روده خبر می دهند.
*
🦠کشف ویروسی که از به اشتراک گذاشتن ژن مقاومت به آنتی بیوتیک بین باکتری ها جلوگیری میکند.
*
☠اثرات مخرب Covid-19 بر عملکرد مغز
*
🧬 @PrimerSBU 🧬
*
🧬🔹 Instagram 🔹 🧬
*
🧪کشف وظیفه ی مولکول مرموز رترون در باکتری ها: نگهبانان ایمنی در کلونی
*
🔎کشف یک سلول در کرم های مذکر که علی رغم تمایز یافته بودن و برای بهبود جفت گیری، خود را کاملا به نوع دیگری از سلول ها تبدیل میکند.
*
🩸وجود اتو آنتی بادی های پروترومبوتیک در سرم خون، دلیل لخته شدن خون و به دنبال آن سکته در افراد مبتلا به Covid-19
*
🧬مهندسی یک مخمر مدل با توان تحمل اسیدیته بالا که به تولید صنعتی اسید های ارگانیک کمک میکند.
*
🧠کشف ناحیه ای از مغز که ترجیحات و سلایق غذایی را کنترل میکند.
*
📜پژوهشگران از کشف ارتباط احتمالی اتیسم و میکروبیوم روده خبر می دهند.
*
🦠کشف ویروسی که از به اشتراک گذاشتن ژن مقاومت به آنتی بیوتیک بین باکتری ها جلوگیری میکند.
*
☠اثرات مخرب Covid-19 بر عملکرد مغز
*
🧬 @PrimerSBU 🧬
*
🧬🔹 Instagram 🔹 🧬
*
phys.org
Mystery molecule in bacteria is revealed to be a guard
Peculiar hybrid structures called retrons that are half RNA, half single-strand DNA are found in many species of bacteria. Since their discovery around 35 years ago, researchers have learned how to use ...
Forwarded from LIFE (Ali Rezaeiii)
ثبت نام کلاس آنلاین ژنتیک پزشکی شروع شد.
شروع کلاس ها از آذر ماه
(ظرفیت محدود)
مدرس :
مریم دادیار رتبه 4 کنکور ارشد ژنتیک پزشکی سال 99 با درصد ژنتیک 100
دانشجوی کارشناسی ارشد ژنتیک پزشکی دانشگاه علوم پزشکی شهید بهشتی
ارتباط با ما :
@mdadyar75
@Rezaei7117
09225436238
09224541460
شروع کلاس ها از آذر ماه
(ظرفیت محدود)
مدرس :
مریم دادیار رتبه 4 کنکور ارشد ژنتیک پزشکی سال 99 با درصد ژنتیک 100
دانشجوی کارشناسی ارشد ژنتیک پزشکی دانشگاه علوم پزشکی شهید بهشتی
ارتباط با ما :
@mdadyar75
@Rezaei7117
09225436238
09224541460
🧩محققان دانشگاه كانازاوا، انتشار نور سبزآبی از مولكولهای محلول در آب تتراپنیلتنن را كه در یك رابط مایع- مایع جذب شده اند، مشاهده کردند.این مولکولها که با فسفولیپید ساخته شدهاند، به بیو ممبران شبیه اند. آنها پی بردند که این فرآیند می تواند به طور برگشت پذیر توسط یک پتانسیل اعمال شده از خارج (ولتاژ) کنترل شود ، که این امکان را برای ورژن جدیدی از کاوشگرهای مولکولی(molecular probes) و سیستم های انتقال داروی هدفدار فراهم می کند.
🧩محققان دانشگاه کانازاوا رفتار AIE مشتقات TPE محلول در آب را بر روی یک سطح غشای سلول مصنوعی که توسط مونتاژ خود مولکول های فسفولیپید تشکیل شده است را که هر کدام دارای سر آب دوست و آبگریز هستند،مطالعه کردند. از فسفولیپیدها می توان در ساخت حبابهایی به نام وزیکول نیز استفاده کرد که می تواند با غشای سلول زنده ترکیب شده و یک داروی یا محموله DNA را تحویل دهد.
🖇جزئیات بیشتر دلیوری😉
#Drug_delivery #medicinal_biotech
@primerSBU/📱instagram
🧩محققان دانشگاه کانازاوا رفتار AIE مشتقات TPE محلول در آب را بر روی یک سطح غشای سلول مصنوعی که توسط مونتاژ خود مولکول های فسفولیپید تشکیل شده است را که هر کدام دارای سر آب دوست و آبگریز هستند،مطالعه کردند. از فسفولیپیدها می توان در ساخت حبابهایی به نام وزیکول نیز استفاده کرد که می تواند با غشای سلول زنده ترکیب شده و یک داروی یا محموله DNA را تحویل دهد.
🖇جزئیات بیشتر دلیوری😉
#Drug_delivery #medicinal_biotech
@primerSBU/📱instagram
#اخبار_هفته 🌏
🦠چرا به نظر میرسد نرخ مرگ کووید در حال کاهش است؟
***
🔧ابزار جدید alignment ژنوم، مطالعات گسترده را در مورد تکامل مهره داران توانمند میکند.
***
🧑🦳پیری سلول میتواند توسط oxidantها آرام شود.
***
🌡شیمیست ها ساختار یک پروتئین کلیدی کروناویروس را کشف کردند.
***
⏰ساعت های داخلی باعث بازسازی سلول های بتا میشوند.
***
🔬محققان اندامک های مصنوعی سلول را برای بیوتکنولوژی ساختند.
***
🔍محققان یک" ژن پنهان شده" در کووید-۱۹ پیدا کردند.
***
🔥ژن تحمل گرما در مرجان ها،با استفاده از ویرایش ژنوم پیدا شد.
**
📱@primerSBU/instagram
🦠چرا به نظر میرسد نرخ مرگ کووید در حال کاهش است؟
***
🔧ابزار جدید alignment ژنوم، مطالعات گسترده را در مورد تکامل مهره داران توانمند میکند.
***
🧑🦳پیری سلول میتواند توسط oxidantها آرام شود.
***
🌡شیمیست ها ساختار یک پروتئین کلیدی کروناویروس را کشف کردند.
***
⏰ساعت های داخلی باعث بازسازی سلول های بتا میشوند.
***
🔬محققان اندامک های مصنوعی سلول را برای بیوتکنولوژی ساختند.
***
🔍محققان یک" ژن پنهان شده" در کووید-۱۹ پیدا کردند.
***
🔥ژن تحمل گرما در مرجان ها،با استفاده از ویرایش ژنوم پیدا شد.
**
📱@primerSBU/instagram
Nature
Why do COVID death rates seem to be falling?
Hard-won experience, changing demographics and reduced strain on hospitals are all possibilities — but no one knows how long the change will last.
Forwarded from انجمن علوم و فناورى زيستى دانشگاه شهيدبهشتى
انجمن علمی زیستشناسی دانشگاه تهران برگزار میکند :
🔷کارگاه آنلاین آشنایی با تحلیل داده ها با استفاده از Galaxy🔷
👩🏫👨🏫مدرس: دکتر علیرضا خان تیموری (محقق پسادکتری در گروه بیوانفورماتیک دانشگاه فرایبورگ آلمان)
لاله ابراهیمی (پژوهشیار دانشگاه اصفهان و مدیر اجرایی سابق بانک سلول های بنیادی بند ناف رویان)
🟠هدف از این کارگاه معرفی پلتفرم Galaxy و استفاده از آن برای تحلیل دادهها است. در این کارگاه ویژگیهای اصلی Galaxy به همراه برخی ابزارها، نحوه استفاده از داده و ایجاد workflow ها در Galaxy به همراه مثال عملی شرح داده خواهد شد.
📱برای آشنایی با Galaxy به مصاحبه اینستاگرامی انجمن مراجعه کنید:
https://www.instagram.com/tv/CD1uffmp7Hm/?igshid=3blx8z82nmpq
📄اعطای مدرک معتبر با تأیید دانشگاه تهران، گروه آموزشی-پژوهشی امیترین و گروه گلکسی فرایبورگ آلمان
💳هزینه: ۹۵ هزار تومان
📆تاریخ: ۲۹ آبان ۱۳۹۹
⏰زمان: ۱۰:۳۰ تا ۱۲:۳۰ (دکتر خان تیموری)و۱۴ تا ۱۶( خانم ابراهیمی)
💻 لینک ثبت نام:
http://biologysa.ir/shop/کارگاه-آنلاین-آشنایی-با-تحلیل-داده-ها-ب/
🆔 @SBUbiotechnology
🔷کارگاه آنلاین آشنایی با تحلیل داده ها با استفاده از Galaxy🔷
👩🏫👨🏫مدرس: دکتر علیرضا خان تیموری (محقق پسادکتری در گروه بیوانفورماتیک دانشگاه فرایبورگ آلمان)
لاله ابراهیمی (پژوهشیار دانشگاه اصفهان و مدیر اجرایی سابق بانک سلول های بنیادی بند ناف رویان)
🟠هدف از این کارگاه معرفی پلتفرم Galaxy و استفاده از آن برای تحلیل دادهها است. در این کارگاه ویژگیهای اصلی Galaxy به همراه برخی ابزارها، نحوه استفاده از داده و ایجاد workflow ها در Galaxy به همراه مثال عملی شرح داده خواهد شد.
📱برای آشنایی با Galaxy به مصاحبه اینستاگرامی انجمن مراجعه کنید:
https://www.instagram.com/tv/CD1uffmp7Hm/?igshid=3blx8z82nmpq
📄اعطای مدرک معتبر با تأیید دانشگاه تهران، گروه آموزشی-پژوهشی امیترین و گروه گلکسی فرایبورگ آلمان
💳هزینه: ۹۵ هزار تومان
📆تاریخ: ۲۹ آبان ۱۳۹۹
⏰زمان: ۱۰:۳۰ تا ۱۲:۳۰ (دکتر خان تیموری)و۱۴ تا ۱۶( خانم ابراهیمی)
💻 لینک ثبت نام:
http://biologysa.ir/shop/کارگاه-آنلاین-آشنایی-با-تحلیل-داده-ها-ب/
🆔 @SBUbiotechnology