📌 سومین کنفرانس زیست شناسی سامانه های ایران

⭐️ارتباط با دانشمندان تراز اول دنیا
⭐️8 و 9 اسفند ماه


سایت همایش
icsb2018.modares.ac.ir

🥇آزمایشگاه بیوانفورماتیک پارس سیلیکو
@practicalbioinformatics

✅روش PGD و PGS همزمان؛ پایان یک دوگانگی
https://goo.gl/6qTMRN

◀️روش های PGD و PGS، دو مسیر مجزا

ازابتدای دهه 90 میلادی که اولین موارد PGD در انسان جنبه ی عملی به خود گرفت و تا سال 2006 که روش aCGH سنگ بنای روش های PGS را گذاشت، این دو روش تشخیص و غربالگری ژنتیکی پیش از لانه گزینی به صورت موازی با هم به رشد و گسترش مشغول بوده و هر کدام تکنولوژی هایی را حول خود پدید آوردند. در زمینه ی PGD روش FISH با تولید گسترده ی پروب های مختلف برای تک ژن ها، هر روز دایره ی تشخیص ژنتیکی را به ژن های جدیدتری تسری می دادند و تکنیک PCR توانست پای ژنتیک مولکولی را به عرصه ی تشخیص ژنتیکی پیش از لانه گزینی باز کند. در تشخیص آنیوپلوئیدی ها و PGS هر روز بر دقت روش های aCGH افزوده شده و گستره ی آن به تمام ژنوم رسید.

⏸مشکلاتی که پابرجا ماند

با تمام پیشرفت ها، مسائلی اساسی همچنان پابرجا بود که در ذات این روش ها بودند و آن ها را محدود می کردند. محدودیت تعداد و رنگ سیگنال ها در FISH، آرتفکتهای ناشی از آمپلیفیکشن و نیاز به یک تست مجزا برای بررسی هر ژن در روش های مبتنی بر PCR و مشکلاتی در بررسی جابجاییهای بالانس، عدم تشخیص موزائیسم و موارد دیگر در PGS باعث می شد تا تحقیقات برای یافتن راه های جدید متوقف نشود. گذشته از این موارد، تحقیقات اخیر نشان داده است که درصد بالایی از جنین هایی که تحت PGD برای ناهنجاری های تک ژنی قرار می گیرند، همچنان درگیر آنیوپلوئیدی های مختلف هستند و نیاز است تا بر روی آنها PGS و aCGh نیز انجام شود.

⏮ظهور روش های PGD و PGS همزمان

انقلابی که روش های توالی یابی پربازده و نسل بعد در دیگر زمینه های ژنتیک و ژنومیک ایجاد کرد، خیلی زود به تشخیص ژنتیکی پیش از لانه گزینی رسید. محققان با بکارگیری این روش توانستند بر موانع پیشین غلبه کرده و هر دو روش PGD و PGS را اینبار با هم انجام دهند، دامنه ی PGD را نیز همانند PGS به تمام اگزوم و ژنوم گسترش دهند و بی نهایت وضعیت مختلف را در آن واحد بررسی کنند. به اینها بیفزایید قابلیت های جدیدی را که در ارتقای PGS و تشخیص آنیوپلوئیدی ها از جمله تشخیص جابجایی های بالانس، قابلیت تشخیص جابجایی های چندگانه، تتراپلوئیدی ها، تریپلوئیدی ها، یونی پرنتال دایزومی ها، تشخیص جنین های مذکر سالم در بیماری های وابسته به ایکس و از همه مهمتر تشخیص منشا میتوزی و میوزی تریزومی ها رخ داده است. ماحصل تمام این قابلیت های جدید در افزایش نرخ باروری در روش های کمک باروری از میانگین جهانی 30-35 درصد به حدود 45-50 درصد خواهد بود.

کامل ترین نوع این روش های مبتنی بر توالی یابی نسل بعد در زمینه ی تشخیص ژنتیکی پیش از لانه گزینی #Haplarithmisis نام دارد و بر پایه ی بررسی میلیون ها SNP در ژنوم جنین، والدین و گراند پرنت ها بنا شده است و مهر پایانی خواهد بود بر روش های جداگانه و سنتی PGD وPGS.

✅خبر خوب اینکه این روش اکنون در #ایران و توسط شرکت نوژن اکسیر و آزمایشگاه ژنتیک جهاد دانشگاهی دانشگاه علوم پزشکی تهران مورد بهره برداری قرار گرفته است و تمامی مراکز درمان ناباروری و آزمایشگاه های ژنتیک کشور می توانند از آن استفاده کنند.

بیشتر بدانید:
1️⃣ویژگی های روش PGD&PGS همزمان :
https://t.me/exirlabs/81

2️⃣Combining PGD and PGS to Select Embryos
Increases Pregnancy Rate:
https://t.me/exirlabs/29
3️⃣مقاله چاپ شده در نشریه American Journal of Human Genetics:
https://goo.gl/AnxOG7

www.ExirLabs.com
@ExirLabs

🏆دوره آموزشی بایو پایتون

▫️مدت: 4 هفته 12 جلسه

▫️شروع دوره پنجشنبه 14 دی


📞 اطلاعات بیشتر:
۰۹۱۰۶۶۶۵۵۹۰
۰۲۱۸۸۵۹۴۱۰۴
🌍goo.gl/ZSbJM2
⏳ آزمایشگاه پارس سیلیکو
@practicalbioinformatics

🔴 هم اکنون ما را در اینستاگرام دنبال کنید...

🔔صفحه اینستاگرام "آزمایشگاه بیوانفورماتیک پارس سیلیکو"
👇👇👇
https://www.instagram.com/pars_silico

📣 در هفتمین «همایش بیوانفورماتیک ایران» پذیرا شما هستیم.

⏳13 الی 15 دی ماه
📌تهران - دانشگاه تربیت مدرس - دانشکده علوم زيستی

@Practicalbioinformatics

🔔 13 موقعیت تحصیل دکترا در سراسر اروپا
در مرکز COSMIC (COmbatting Disorders of Adaptive Immunity with Systems MedICine)
تخصص در زمینه مدلسازی های محاسباتی و ایمونولوژی آزمایشگاهی

Applications are invited for 14 ESRs (Early Stage Researchers) funded by the Marie-Skłodowska-Curie Innovative Training Network COSMIC (COmbatting Disorders of Adaptive Immunity with Systems MedICine) within the European Horizon 2020 Programme. COSMIC is an international consortium of high profile universities, research institutions and companies. We are looking for 13 PhD positions and 1 industrial researcher with profiles in experimental immunology and computational modelling. COSMIC aims to deliver the next generation of leading, entrepreneurial, and creative systems medicine professionals having expertise, skills, and experience to successfully combat complex human disorders. In COSMIC we will focus on the role of the germinal center in B-cell lymphoma and rheumatoid arthritis, diseases that originate from abnormal functioning of immune cells. For more information please visit www.cosmic-h2020.eu.
https://cosmic.bioinformaticslaboratory.nl/index.php?option=com_k2&view=item&layout=item&id=54&Itemid=621

⏳ آزمایشگاه پارس سیلیکو
@practicalbioinformatics

🔔جدیدترین و ارزانترین دستگاه توالی یابی نسل جدید ایلومینا امروز معرفی شد.

✍️ایلومینا امروز اعلام کرد که سیستم توالی یابی iSeq ™ 100 را راه اندازی کرده است. سیستم توالی یابی جدید (NGS) با دقت بالا و با قیمت بسیار پایین این امکان را میدهد که فناوری Illumina در هر آزمایشگاهی در دسترس قرار گیرد. iSeq 100 از روش سیکونسینگ بر پایه (SBS) به همراه تکنولوژی آشکار سازی (CMOS) ایلومینا بهره می برد. قیمت این دستگاه تنها 20 هزار دلار می باشد.
البته این دستگاه تنها برای تحقیقات قابل استفاده می باشد و نه برای تشخیص!

https://www.businesswire.com/news/home/20180108006943/en/Illumina-Launches-iSeq-100-Sequencing-System


⏳ آزمایشگاه پارس سیلیکو
@practicalbioinformatics

📣 هم اکنون بصورت زنده (پایان یافت)
💡درباره نسخه جدید GATK4 بیشتر بدانید

LIVE NOW on http://broad.io/facebook : #GATK4 launch event. Learn about the Genome Analysis Toolkit's newest version

🏆 آزمایشگاه بیوانفورماتیک پارس سیلیکو
@practicalbioinformatics

https://www.facebook.com/broadinstitute/videos/1932835950089859/?notif_id=1515518223718790

🏆 رکورد FDA در تایید تعداد قابل توجهی دارو جدید در سال 2017

🥇 آزمایشگاه بیوانفورماتیک پارس سیلیکو
@practicalbioinformatics

🔔مدرسه تابستانی سیستم بیولوژی درسدن

🏆 آزمایشگاه بیوانفورماتیک پارس سیلیکو
@practicalbioinformatics

🏳برای تابستان خود مدرسه تابستانی سیستم بیولوژی درسدن را مدنظر داشته باشید

🔔این مدرسه شامل سخنرانی و آموزش های عملی در مدل سازی فضایی زمانی و شبیه سازی سیستم های بیولوژیکی برای دانش آموزان با پس زمینه محاسباتی / کمی فراهم می کند. در درجه اول برای دانشجویان کارشناسی و کارشناسی ارشد در علوم کامپیوتر، فیزیک، مهندسی، ریاضیات، و رشته های مرتبط میباشد
▫️فرم درخواست باید تا 20 آوریل 2018 ارسال شود.

▪️سرفصل ها:
-Analyze the dynamic behavior of systems with spatial structure
(“How do I formalize the dynamics of a biological system in a mathematical model?”)
-Simulate the model in the computer using numerical methods
(“How do I simulate emergent behavior from simple model constituents?”)
-Analyze model output and compare with experiments
(“How do I validate a model and use it to plan the next experiments?”)
اطلاعات بیشتر:
http://www.imprs-celldevosys.de/join/summer-school/introduction/

🏆 آزمایشگاه بیوانفورماتیک پارس سیلیکو
@practicalbioinformatics

📣در این جدول اطلاعات کاملی برای پلتفورم های مختلف توالی یابی نسل جدید گردآوری شده
این اطلاعات شامل قیمت دستگاه، طول خوانش و.. می باشد.

🏆 پارس سیلیکو پیشرو در بیوانفورماتیک
@practicalbioinformatics

🥇پارس سیلیکو
اولین آزمایشگاه خصوصی بیوانفورماتیک کشور
ارائه کننده خدمات آموزش، پژوهش، مشاوره و تحلیل داده در زمینه های بیوانفورماتیک، NGS و ...
ParsSilico.com

@practicalBioinformatics

🎂امروز زادروز «سیدنی برنر» کاشف مرگ برنامه ریزی شده سلول apoptosis و محقق نماتودها، متولد 13 ژانویه 1927 .

🥇پارس سیلیکو پیشرو در بیوانفورماتیک
@practicalBioinformatics

https://goo.gl/2opWt5

▪️معرفی ابزار
ابزار Bowtie برای الایمنت توالی استفاده می شود
این ابزار دارای دو نسخه است. Bowtie2 به طور معمول به Bowtie1 ترجیح داده شده است زیرا الگوریتم آن بهتر است (برای طول خوانش بیشتر از 50bp)؛ با این حال، bowtie1 هنوز برای ChIP-seq با خوانش کوتاه تر (به عنوان مثال 36bp SE) بیشتر مورد استفاده قرار می‌گیرد.

🥇آزمایشگاه بیوانفورماتیک پارس سیلیکو
@practicalBioinformatics

https://goo.gl/arYiYR


📣اولین توالی یابی مستقیم RNA
💥(The first direct RNA sequencing)
Direct sequencing of RNA: no cDNA/amplification + very long reads. Huge potential to change the future of RNA-Sequencing


✍️دیروز مقاله ای بسیار برجسته و جالبی در مجله Nature Methods منتشر شد که انجام توالی یابی RNA بصورت مستقیم را توسط دستگاه نانوپور گزارش می کند :🔥 بدون نیاز به رونویسی معکوس، ⚡️ آماده سازی آسان،⚡️ بایاس کم،⚡️ رونوشت های با طول کامل و..

عنوان مقاله:
📖highly parallel direct rna sequencing on an array of nanopores
🗞Nature Methods
📏doi:10.1038/nmeth.4577
📅Published online: 15 January 2018


▪️آزمایشگاه پارس سیلیکو
@practicalbioinformatics

اولین توالی یابی مستقیم rna
📖highly parallel direct rna sequencing on an array of nanopores
🗞Nature Methods
📏doi:10.1038/nmeth.4577
📅 15 January 2018


▪️آزمایشگاه پارس سیلیکو
@practicalbioinformatics

🎞اگر می خواهید بیشتر درباره نانو پور و توالی یابی مستقیم RNA بدانید،این ویدیو را مشاهده کنید.

▪️آزمایشگاه بیوانفورماتیک پارس سیلیکو
@practicalbioinformatics