🏳راهنمای کسب دانش در زمینه های کموانفورماتیک و طراحی دارو

🌐DrugDesign.ir

🔔آزمایشگاه بیوانفورماتیک پارس سیلیکو
@practicalbioinformatics

🏳راهنمای کسب دانش در زمینه های ژنومیکس و آنالیز های پیشرفته ژنوم

🌐DrugDesign.ir

🔔آزمایشگاه بیوانفورماتیک پارس سیلیکو
@practicalbioinformatics

goo.gl/jvUtRd
📝 معرفی مقاله

🔔 انالیز متاپروتئومیک جمعیت میکروبی فلور نرمال (میکروبیتا) روده انسانی: به چه سمتی می رویم؟

✍️ روده انسان منزلگاه جمعیت های میکروبی پیچیده ای است که در پاسخ به محرک های خارجی و داخلی های مختلف به صورت پویا تغییر می کنند.میکروبیوتا روده مزایای کاربردی متعدد و حیاتی را برای سلامتی انسان مهیا می کنند. اما با بهم خوردن این تعادل و آشفته شدن، جامعه میکروبی می تواند باعث نتایج زیان اوری مانند بیماری ها و سرطان ها شوند. شناسایی و توصیف فعالیت ها و عملکردهای میکروبیوتا روده انسانی برای درک نقش آنها در سلامتی انسان و بیماری ها حیاتی است است. Metaproteomics، که به مطالعه تمامی پروتئین های جامعه میکروبی یک نمونه اشاره دارد یک حیطه تحقیقاتی نوظهور می باشد که اطلاعات جامعی درباره عملکردهای میکروبیوتا به ما می دهد. در این مقاله مروری کوتاه، نویسندگان خلاصه ای از پیشرفت ها در انالیز metaproteomic برای مطالعه نقش عملکردی میکروبیوتا روده ارایه می دهید. همچنین درباره چالش های موجود در مطالعات متاپروتئومیکس و جهت گیری ها و آینده این زمینه تحقیقاتی بحث شده است.
▫️میکروبیتا به مجموعه موجودات ریز شامل باکتری ها، ارکی باکتری ها، قارچ ها و ویروس ها که در بدن انسان بصورت طبیعی وجود دارند، گفته می شود.
▫️میکروبیوم به محتوای ژنومی میکروبیتا اشاره دارد.

📎پی نوشت (پارس سیلیکو): مطالعه میکروبیوتا و میکروبیوم انسان جزء زمینه های جذاب و آینده دار علوم پزشکی و زیست شناسی می باشد. اهمیت میکروبیوم در پزشکی شخصی بر کسی پوشیده نیست و تخمین زده میشود بازار میکروبیوم انسانی به خاطر نقش آنها در بیماری های مانند چاقی و سرطان، کاربرد آنها در تشخیص و درمان، و تولیدات و محصولات حاصل از آنها در پروبیوتیک ،دارو و غذا ، تا سال 2025 قریب به 900 میلیون دلار در سال برسد.
شایسته است که مراکز تحقیقاتی، تصمیم گیران، اساتید دانشگاهی و محققان زمینه های تحقیقاتی خود را به این سمت هدایت کنند، و امید است که محققان کشور ما بتواند نقشی در آینده علم میکروبیوم داشته باشند.
🙏 آزمایشگاه پارس سیلیکو آمادگی خود را جهت همکاری در پروژه و طرح های تحقیقاتی در این زمینه اعلام میکند.

🔝آزمایشگاه بیوانفورماتیک پارس سیلیکو
@practicalbioinformatics

📝 Metaproteomic analysis of human gut microbiota: where are we heading?

💾 Journal of Biomedical Science

⏳Published online: 12 June 2017
🔝آزمایشگاه بیوانفورماتیک پارس سیلیکو
@practicalbioinformatics

goo.gl/3oP8YX

📣معرفی پکیج

📚پکیج BatchQC

✍️اغلب جمع آوری و تهیه نمونه های سیکونسینگ و میکرواری در دسته های متعدد و یا بدست آمده در زمان های مختلف صورت می گیرد. اغلب این ها باعث ایجاد بایاس تکنیکی می شوند که منجر به نتایج غلط در انالیز های پایین دستی می شود. چندین ابزاربرای انالیز و تحلیل داده -omics گروهی وجود دارد، اما آنها نشان نمی دهد که چه تنظیماتی لازم است و یا چه اصلاحاتی باید صورت بگیرد. در حال حاضر نرم افزار،BatchQC ارایه شده است که مشکلات مطرح شده را رفع میکند و با استفاده از نمودارها و تصاویر نتایج آماری اثرات دسته ها را در یک مجموعه داده ژنوم ارزیابی میکند و نشان میدهد که کدام دسته باعث بایاس و خطا در داده ها می شوند، و چه روش برای رفع خطا و تصحیح نتایج باید استفاده شود.
این پکیج دارای تحلیل ها و انالیز های
Differential Expression, Median Correlations, Heatmaps, Circular Dendrogram, PCA Analysis, Shape, ComBat and SVA
می باشد.
▫️این پکیج بروی نرم افزار R با دستور زیر به راحتی نصب می شود.

source("https://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("BatchQC")

▫️دستورهای استفاده از این پکیج در اسکریپت زیر قابل استفاده می باشد. ( فایل BatchQC_usage_advanced.R )

🔝آزمایشگاه بیوانفورماتیک پارس سیلیکو

@practicalbioinformatics

📎R Script

🔹BatchQC_usage_advanced

⏳Version: 1.4.0
🔝آزمایشگاه بیوانفورماتیک پارس سیلیکو
@practicalbioinformatics

goo.gl/csD8Ka

✍️لیست تعدادی ازمجلات مهم در زمینه بیوانفورماتیک، زیست شناسی محاسباتی و کموانفورماتیک + تعدادی از مجلات مهم حوزه زیست شناسی را خدمت اعضای محترم کانال پارس سیلکو ارایه می دهم. (اپدیت ۲۰۱۶)

▪️Name Impact Factor
▫️Bioinformatics IF=7.307
▫️BMC Bioinformatics IF=2.448
▫️BMC Systems Biology IF=2.303
▫️Briefings in Bioinformatics IF=5.134
▫️Computational Biology and Chemistry IF=1.331
▫️Computers in Biology and Medicine IF=1.836
▫️Current Bioinformatics IF=0.600
▫️Evolutionary Bioinformatics IF=1.500
▫️Genome Biology IF=11.908
▫️Genome Research IF=11.922
▫️Journal of Computational Biology IF=1.032
▫️Journal of Biomedical Informatics IF=2.753
▫️Journal of Bioinformatics and Computational Biology IF=0.800
▫️Molecular Systems Biology IF=9.750
▫️Microbiome IF=8.496
▫️Nature Genetics IF=27.959
▫️Nature Reviews Genetics IF=40.282
▫️Nucleic Acids Research IF=10.162
▫️PLOS Computational Biology IF=4.542
▫️PLOS Genetics IF=6.100
▫️Scientific Reports IF=4.259
▪️International Journal of Data Mining and Bioinformatics IF=0.624
▪️IEEE-ACM Transactions on Computational Biology and IF=1.955
▪️Journal of Molecular Graphics and Modelling IF=1.754
▪️Theoretical Biology and Medical Modelling IF=1.460
▪️Journal of Molecular Modeling IF=1.425
▪️Journal of Chemical Information and Modeling IF=3.760
▪️Algorithms for Molecular Biology IF=1.786
▪️Molecular Informatics IF=1.955
▪️Wiley Interdisciplinary Reviews-Systems Biology and Medicine IF=2.385
▪️Systems Biology in Reproductive Medicine IF=1.176
▪️IET Systems Biology IF=1.048
▪️PLOS Biology IF=9.797
▪️PLoS One IF=2.806
▪️Nature Reviews Molecular Cell Biology IF=46.602
▪️Frontiers in Microbiology IF=4.076
▪️RNA Biology IF=3.900
▪️CA-A Cancer Journal for Clinicians IF=187.040
▪️Nature Reviews Drug Discovery IF=57.000
▪️Nature Biotechnology IF=41.667
▪️Nature reviews Immunology IF=39.932
▪️CELL IF=30.410
▪️Nature Medicine IF=29.886

🔔متاسفانه اکثر مجلات در حوزه بیوانفورماتیک و زیست شناسی محاسباتی با کاهش ایمپکت فکتور مواجه شدند. یکی از مهمترین عامل در این کاهش، پذیرش مقالات با کیفیت پایین در این مجلات می باشد. بطور مثال می توان به مجلات
scientific reports
Briefing in Bioinformatics
اشاره کرد، که کاهش زیادی داشتند.
مجلاتی مثل
Bioinformatics
Nucleic Acid Research
افزایش ایمپکت فکتور داشتند.

✔️آزمایشگاه بیوانفورماتیک پارس سیلیکو
@practicalbioinformatics

🍹

🔝آزمایشگاه بیوانفورماتیک پارس سیلیکو
@practicalbioinformatics

🔔 موقعیت تحصیل در رشته بیوانفورماتیک مقطع دکتری و فرصت پسادکتری

🏢مرکز Genomics Coordination Center، هلند

💎با موضوع : گسترش و توسعه روش ها، مدل ها و ابزار بیوانفورماتیک

📢 توضیح :
Dear friends,
We have vacancies, please share:
The UMC Groningen is the world's leading provider of mobile communications technology. We have openings for a PhD student or postdoc in DataScience in Health Bioinformatics ( http://ow.ly/15jy30cLUF3 ), a Data Manager ( http://ow.ly/7eKh30cNqHJ ) and a ICT system administrator ( http: / / /ow.ly/5qkU30cDyKZ ) who wants to contribute to FAIR data and personalized healthcare with exciting cohort, biobank, and genome data with ao UMCG, BBMRI, CORBEL, LifeCycle, RD-connect, ELIXIR.

▪️Job description:
We are looking for a Postdoc or PhD candidate data scientist to develop new models, methods and software tools for promoting the reuse and reproducibility of scientific research in accordance with F.A.I.R. principles (i.e. ensure that data and methods are Findable, Accessible, Interoperable and Reusable)

▪️What do we need:
The ideal candidate is a MSc or PhD in Data Science, Bioinformatics, Computer Science or a related field
▫️اطلاعات بیشتر:
ow.ly/15jy30cLUF3

🔝آزمایشگاه بیوانفورماتیک پارس سیلیکو
@practicalbioinformatics

🔔آزمایشگاه پارس سیلیکو برگزار می کند:
🔸کاملترین و جامعترین دوره آموزشی بیوانفورماتیک
🔹اطلاعات بیشتر:
📱موبایل: ۰۹۱۰۶۶۶۵۵۹۰

💎 drugdesign.ir
⏳ آزمایشگاه پارس سیلیکو
@practicalbioinformatics

goo.gl/coMMzz


🔔آزمایشگاه پارس سیلیکو اولین آزمایشگاه بیوانفورماتیک ایران و تنها ارایه دهنده خدمات تخصصی بیوانفورماتیک در خاورمیانه برگزار می کند.

🔸کاملترین و جامعترین دوره آموزشی بیوانفورماتیک

✅سرفصل‌ ها:
▫️بیوانفورماتیک مقدماتی
▫️بیوانفورماتیک ساختاری 
▫️مدلسازی پروتئین
▫️داکینگ مولکولی
▫️فیلوژنی مولکولی
▫️بایو لینوکس
▫️طراحی پرایمر
▫️شبکه های زیستی
 
▪️مدت دوره: 2 ماه 30 جلسه
▪️شروع دوره : نیمه دوم تیر ماه
▪️هزینه دوره: 850 هزار تومان (پرداخت اقساطی)

▪️گروه اول: ( روز برگزاری دوشنبه - عصر ) 
▪️گروه دوم: ( روز برگزاری پنجشنبه - عصر ) 

برای اطلاعات بیشتر لطفا از طریق شماره تلفن های آزمایشگاه با ما تماس بگیرید
📱موبایل: ۰۹۱۰۶۶۶۵۵۹۰
☎️تلفن : ۰۲۱۸۸۳۴۷۷۲۳

🎁لینک ثبت نام👇👇
💎 goo.gl/rLfHqU
⏳ آزمایشگاه پارس سیلیکو
@practicalbioinformatics

🔔 موقعیت تحصیل در رشته بیوانفورماتیک مقطع دکتری و فرصت پسادکتری

🏢 آزمایشگاه ژنتیک و سیتوژنتیک مرکز تحقیقاتی ژنوم انسانی دانشگاه لوون، بلژیک

💎با موضوع : LIQUID BIOPSIES IN PRENATAL AND CANCER DIAGNOSIS

📢 توضیح :
The Laboratory for Cytogenetics and Genome research at the Center for Human Genetics is looking for a:

▫️POSTDOC OR PH.D BIOINFORMATICS: LIQUID BIOPSIES IN PRENATAL AND CANCER DIAGNOSIS

The Laboratory for Cytogenetics and Genome research at the Center for Human Genetics develops tools for preimplantation, prenatal and cancer diagnosis. Currently, we are developing new approaches to improve non-invasive prenatal and cancer diagnosis.

▫️Project

The postdoc/Ph.D will implement and develop bioinformatics tools to improve genome wide haplotyping within liquid biopsies.She/he will develop novel methods enabling epigenetic analysis of liquid biopsy material.She/he will improve proprietary methods to broaden the medical scope of liquid biopsies.

▫️Profile

You have a masters/doctoral degree in bioinformatics or biology but with strong bioinformatic skills.You have experience with massive parallel sequencing data analysis and genomics.You can work independently.You have a proven scientific track record and have strong scientific interests.


▫️اطلاعات بیشتر:
https://icts.kuleuven.be/apps/jobsite/vacatures/54203866

🔝آزمایشگاه بیوانفورماتیک پارس سیلیکو
@practicalbioinformatics

🔸دوره کارآموزی آنالیز بیان ژن
▫️مدت دوره: 2 ماه 20 جلسه

🔔آزمایشگاه بیوانفورماتیک پارس سیلیکو
@practicalbioinformatics

🗳کدام شیوه برگزاری کارگاه و دوره آموزشی را بیشتر می پسندید؟
anonymous poll

2⃣ مجازی و آنلاین – 121
👍👍👍👍👍👍👍 57%

1⃣ حضوری – 91
👍👍👍👍👍 43%

👥 212 people voted so far.

📝 معرفی مقاله

🔔 ارزیابی دقت و سرعت ابزار های انالیز متاژنومیکس

✍️با توجه به اهمیت مطالعات متاژنومیکس در این مقاله سعی شده با مقایسه ابزارهای انالیز متاژنومیکس و تهیه بنچمارک برای این ابزار، راهنمای مناسب در اختیار محققان قرار دهند.
▫️نتایج به وضوح نشان می دهد که ابزار های که به طور گسترده ای مورد استفاده قرار می گیرند لزوما دقیق ترین ابزارها نیستند، و دقیق ترین ابزارها هم لزوما وقت گیرترین نیست
▫️لیست ابزار های مورد بررسی قرار گرفته شده 👇👇
▫️CLARK
▫️EBI
▫️Genometa
▫️GOTTCHA
▫️Kraken
▫️LMAT
▫️MEGAN2
▫️MetaPhlAn
▫️MetaPhyler
▫️MG-RAST
▫️mOTU
▫️One Codex
▫️QIIME6
▫️Taxator-tk


▫️مجموعه داده ها و نتایج بصورت آزاد از طریق آدرس زیر در دسترس است.
🌐ucbioinformatics.org/metabenchmark.html

🔝آزمایشگاه بیوانفورماتیک پارس سیلیکو
@practicalbioinformatics

📝 An evaluation of the accuracy and speed of metagenome analysis tools

💾 Scientific Reports

⏳Published online: 18 January 2016
🔝آزمایشگاه بیوانفورماتیک پارس سیلیکو
@practicalbioinformatics

💽نرم افزار +LigPlot به همراه لایسنس یک ساله اکادمیک تا July 2018

✍️برنامه ای برای نمایش اینتراکشن بین پروتئین و لیگاند

💎 آزمایشگاه بیوانفورماتیک پارس سیلیکو

@practicalbioinformatics

◾️ سایت Udemy دوره های آموزشیشو حراج کرده... 14 ساعت دیگه تموم میشه.
دور ه های پایتون، جاوا، دیپ لرنینگ، ماشین لرنینگ، Learn Bioinformatics in 6 Days و ...

◽️ دوره هاشو تو این لینک ببینید:
udemy.com/courses
💎 آزمایشگاه بیوانفورماتیک پارس سیلیکو

@practicalbioinformatics

🎙پادکست
🎼مصاحبه با دکتر Matthew Fuchter محقق بخش شیمی دارویی کالج لندن درباره مهار کننده های اپی ژنتیک
▪️سوالاتی که در این پادکست پاسخ داده می شود.

▫️From an inhibitor development standpoint, what methods do you use for discovery to lead?
▫️Why do you choose natural products to aid in targeting epigenetic modifiers and is there limited chemical matter in this space?
▫️What opportunities are there for infectious disease and other indications?
▫️What has ignited all this interest in developing second generation epigenetic inhibitors – particularly targeting Histone Methyltransferases, Demethylases and BET Bromodomains?
▫️Have we learned anything from approved compounds?
▫️What are major challenges seen in the development of novel epigenetic inhibitors?
▫️What about safety and toxicity of compounds – is this a major concern?
▫️What talks/topics are you looking forward to during the Epigenetic Inhibitor Discovery Meeting?
▫️How quickly can we expect to see these novel medicines reaching patients in need?
▫️Is combination therapy where we will see the greatest impact in this space?
▫️Some compare the epigenetic enzymes to kinases, where they will provide years of fertile grounds for discovery. What do you think?
🔝آزمایشگاه بیوانفورماتیک پارس سیلیکو
@practicalbioinformatics

goo.gl/Bwc5ku

📈 گزارش بازار بیوانفورماتیک از ۲۰۱۶ تا ۲۰۲۰

✍️گزارشی که به تازگی درباره بازار بیوانفورماتیک منتشر شده نشان می دهد که نرخ رشد مرکب سالانه بازار بیوانفورماتیک ۲۰/۴ درصد می باشد. این گزارش با بررسی بازار بیوانفورماتیک از سال ۲۰۱۶ تا به اکنون و پیش بینی این بازار تا سال ۲۰۲۰ صورت گرفته در این گزارش، علت افزایش این نرخ رشد، به افزایش کاربردهای بیوانفورماتیک در کشف و توسعه داروها و افزایش حمایت بیوانفورماتیک از پزشکی شخصی و تشخیص های بالینی می باشد.
نیاز به ابزار های جامع و یکپارچه بیوانفورماتیک در حوزه پروتئومیکس و ژنومیکس نیز باعث افزایش نرخ رشد بازار شده. اما از طرفی عدم وجود متخصصین کافی و آموزش دیده و هزینه ها و دستمزد های بالای آنها از رشد بیشتر بازار بیوانفورماتیک جلوگیری کرده است. بخش های فعال بازار بیوانفورماتیک می توان به حوزه های :
▫️genomics
▫️chemoinformatics & drug design
▫️proteomics
▫️transcriptomics
▫️metabolomics
▫️molecular phylogenetics
و همچنین کاربرد های آن در (glycomics, cytomics, physiomics, and interactomics) اشاره کرد.
این گزارش نشان می دهد که بزرگترین بازار برای بیوانفورماتیک، امریکای شمالی می باشد. بیوتکنولوژی پزشکی بزگترین حوزه بازار بیوانفورماتیک است و ژنومیکس بزرگترین حوزه کاربردی بیوانفورماتیک می باشد.
اروپا رشد متوسطی در زمینه بیوانفورماتیک داشته. اما آسیا بیشترین نرخ رشد را داشته است ، افزایش کمک های دولتی برای تحقیق و توسعه و بهبود زیر ساخت های فناوری اطلاعات از عوامل اصلی این رشد بالا می باشد. بازار های دارای رشد سریع در منطقه آسیا شامل کشور های ژاپن، چین و هند می باشند.
از بازیگران اصلی در بازار بیوانفورماتیک می توان به شرکت های زیر اشاره کرد:
▪️Illumina, Inc. (U.S.)
▪️Thermo Fisher Scientific Inc. (U.S.)
▪️QIAGEN N.V. (Netherlands)
▪️ Agilent Technologies (U.S.)

دیگر شرکت های مهم حاضر در بازار بیوانفورماتیک :
▫️Baseclear
▫️Macrogen Clinical Laboratory
▫️EcSeq
▫️Clinical-Microbiomics
▫️MR DNA (Molecular Research Lp)
▫️Molzym
▫️Zymo Research
▫️Rancho Biosciences
▫️Microbiome Insights
▫️Openbiome
▫️Resphera Biosciences
▫️Openbiome
▫️Resphera Biosciences
▫️Shanghai Realbio Technology
▫️Diversigen
▫️Merieux Nutrisciences
▫️Metabiomics
▫️Norgen Biotek
▫️Rancho BioSciences

🌐 www.DrugDesign.ir
🖥 آزمایشگاه بیوانفورماتیک پارس سیلیکو
@practicalbioinformatics