🔔معرفی اپلیکیشن موبایل

📱اپلیکیشن موبایل RNAtor جهت طراحی آزمایشات RNA-seq

✍توالی یابی RNA (RNA-seq) یک فناوری قدرتمند برای شناسایی ترنسکریپت های جدید (واریانت های کدشونده، غیر کد شونده و اسپلایس)، درک ساختارهای رونویسی و برآورد میزان بیان ژن و/یا آلل است. چالش های خاصی که بر سر راه زیست شناسان وجود دارد، عبارتند ازمسئله ی تعیین تعداد تکرارهای مورد استفاده، تعداد کلی خوانش های توالی یابی که باید تولید شوند تا بیان افتراقی رونویسی ها را بتوانیم تشخیص دهیم و تعداد خطوطی که باید در یک sequencing flow cell تعبیه شود تامقدار اطلاعات کافی را تولید کند. اگرچه مطالعات اخیر تلاش کرده است تا به بعضی از این سوالات پاسخ دهد، اما برای پاسخ به این سوالات جای خالی اپلیکیشن های موبایلی که به راحتی و در دسترس زیست شناسان باشد.
🔸از این رو، اپلیکیشن اندرویدی موبایل به نام RNAtor نوشته شده که به زیست شناسان برای طراحی درست آزمایشات RNA-seq کمک کنیم. RNAtor یک اپلیکیشن موبایل برای پلتفرم های اندرویدی است که بسیار راحت و مناسب استفاده برای زیست شناسان است تا بر اساس ورودی های خاص شخص استفاده کننده، آزمایشات RNA-seq را طراحی کند. جایی که محدودیت نمونه وجود دارد، RNAtor دستورالعمل هایی را ارائه می کند تا با استفاده از آن تعداد مورد نیاز از خوانش ها برای تشخیص افتراقی رونویسی ها را تعیین کنیم. این پیشنهادات و دستورالعمل های که از طرف RNAtor ارایه می شود براساس ترکیبی از مطالعات شبیه سازی و اعتبارسنجی با مجموعه داده های RNA-seq واقعی استوار می باشد.

Availability: The Android version of RNAtor is available on Google Play Store and the code from GitHub (goo.gl/2DBR3E https://github.com/binaypanda/RNAtor ).

✔️آزمایشگاه پارس سیلیکو
@practicalbioinformatics

📥 RNAtor (اندروید)
✨ #RNA_seq #موبایل
💾 2 MB
🏆ParsSilico Laboratory
🌐www.ParsSilico.com

https://goo.gl/tCcajH

🔔پژوهشگران دکمه ی “STOP” #کریسپر را کشف کردند.
December 29, 2016
دانشمندان روشی را کشف کردند که توانایی بلوکه کردن اثرات ابزار ویرایش ژنی را دارد و از ژنها در مقابل تغییرات تصادفی و دستکاری هایی که مطلوب دانشمندان نیست، محافظت می کند.
پژوهشگران در دانشگاه سانفرانسیسکو راهی را یافته اند که تاثیرات سیستم ویرایش ژنی CRISPR/Cas 9 را متوقف می کند. در حالیکه کریسپر دارای توانایی عظیمی در تغییر محصولات کشاورزی، ویروس ها و حتی سلولهای انسانی می باشد، اما گاهی ژنهایی که دانشمندان نمی خواستند را نیز تغییر می داد و این امر اثرات جانبی ناخواسته ای را ایجاد می کرد.
اما براساس مقاله ای که در نشریه ی Cell today منتشر شده است، چندین پروتئین آنتی کریسپر می توانند از سلولها در مقابل فرایند ویرایش ژنی محافظت کنند.
باندی دنومی می گوید: "دانشمندان و افکار عمومی در مورد استفاده از کریسپر برای مقاصد خطرناک نگرانی های فروانی دارند. این مهار کننده ها سازوکاری را مهیا کرده اند تا کاربردهای ناخواسته و غیر قابل کنترل کریسپر بلوکه شود و استفاده از این ابزار را امن تر سازد.
سیستم آنتی کریسپر با استفاده از پروتئین هایی کار می کند که از سیستم های طبیعی ویرایش ژنی بر جا می مانند و بسیار شبیه تاکتیکی است که ویروس ها برای مبارزه با باکتری ها ازآن استفاده می کنند. تیم دانشگاه سان فرانسیسکو سویه های لیستریا را مورد مشاهده و پروتئین های آن را مورد بررسی قرار دادند تا پروتئین های مناسب برای بلوکه کردن کریسپر را بیابند.

گذشته از همه ی اینها، وقتی دارید با یک ابزار قدرتمند کار می کنید، همیشه داشتن یک دکمه ی “STOP” بسیار مفید خواهد بود!

✔️آزمایشگاه پارس سیلیکو
@practicalbioinformatics

📽 #انیمیشن

🔸نوزادان طراحی شده
🔸درمان همه بیماری ها
🔸 انسان از لحاظ ژنتیکی تغییر یافته که هرگز پیر نمی شود
🔸و....
🔸چیزهای وحشتناکی که در داستان های علمی تخیلی بودند به طور ناگهانی به واقعیت تبدیل می شوند. !!
🔸تنها چیزی که ما مطمئن هستیم این است که که این راه بی برگشت است.

🔔 انیمیشن بسیار زیبا درباره سیستم ویرایش ژنی #کریسپر و تاثیر آن بر حال و آینده بشر (در حدود 5 میلیون بازدید کننده در یوتیوب)

📢 Genetic Engineering Will Change Everything Forever – CRISPR
👁4,825,463 views
⏳16 min
🗂 45 mb
🎁هدیه ازمایشگاه پارس سیلیکو به اعضای محترم کانال
✔️آزمایشگاه پارس سیلیکو
@practicalbioinformatics

🎥 Genetic Engineering Will Change Everything Forever – CRISPR
⏳ Duration: 16 min
💾 Size: 45 MB
🌐 ParsSilico.com
آزمایشگاه پارس سیلیکو
@practicalbioinformatics

https://goo.gl/1VLcQn

✍دورنمای تکنولوژی توالی یابی در سال 2017

سال جدیدی پیش روی ماست! از انجایی که کنفرانس J.P. Morgan این هفته شروع می شود و کمی بعدتر هم نوبت AGBT خواهد بود. پس فرصت زیادی برای پیش بینی وقایع نداریم، و از همین الان هم اعلان ها و فراخوان ها شروع شده اند. نکته ی کلیدی برای پیش بینی سال 2017، تغییر مدیریت سیاسی در ایالات متحده است. هر گونه تغییری در دولت مانند موجی در سیاست گذاری های علمی نفوذ می کند. رییس جمهور منتخب بسیار غیر قابل پیش بینی است، بنابراین من به تمام پیش بینی های حتمی بی اعتمادم. اما با تغییرات احتمالی در سیاست های سازمان غذا و دارو، مالیات، مهاجرت و تجارت، سالی پر از غافلگیری در پیش رو خواهد بود. از آنجایی که اکثر بحث های سیاسی، بجای روشن کردن مسیر ،بیشتر تنش ایجاد میکند! بنابراین در این مورد دیگر صحبت نمی کنم اما خب باید اشاره ای می کردم.

🔹ایلومینا
ایلومینا رهبر بازار باقی خواهد ماند و به نظر می رسد بازار را به صورت انحصاری در اختیار داشته باشد، اما در نهایت آن درخشش سابق را نخواهد داشت. این نظریه ی مربوط به جیمز هادفیلد و دان کوبالت در حال پاگرفتن است که بازار توالی یابی به اشباع خواهد رسید. برای سطوح پایین بازار، ایلومینا در سال گذشته MiniSeq را معرفی کرد که البته شایعاتی در بازارهای پژوهشی حول آن منتشر شد. مباحثی حول زنجیره ی تامین و کیفیت ری اجنت ها بالا گرفت که از کمبود کیت های NextSeq گرفته تا مشکلاتی در رابطه باکیفیت کیت های 2*300 مربوط به MiSeq را شامل می شد. مشکلات فنی منتسب به قسمت شیمیایی آمپلیفیکیشن، آشکار گشت که به اشتباهاتی در وظایف مربوط به بارکدها منتهی می شد. شایعاتی نیز به صورت پیوسته ای منتشر می شد مبنی بر اینکه ربات آماده سازی NeoPrep library نتوانسته است تاییدات لازمه را کسب کند. ایلومینا مدیرعامل خود را در سال گذشته تغییر داد تا شاید سمت و سوی شرکت را تغییر دهد. نهایتا اینکه، ایلومینا به نظر می رسد، بیشتر بر سرمایه گذاری های جدیدش تمرکز کزده است: هلیکس (ژنومیکس فردمحور) و Grail (بایوپسی مایعات سرطانی).
تنها چیزی که ما قطعا می دانیم باید در ایلومینا به دنبال آن بگردیم ابزار جدیدی به نام کرم شب تاب است، یک وسیله ی غیر نوری توالی یابی مبتنی بر سنتز (a non-optical take on sequencing-by-synthesis) برای تولید یک جعبه ی کوچکتر و قابل حمل تر و ارزان تر! در یک اعلان عمومی، تاریخ شروع به کار کرم شب تاب در نیمه ی دوم سال 2017 اعلام شده است، گرچه می تواند تا سال بعدی میلادی هم به تاخیر بیفتد. بنابراین ایلومینا تحت فشار است تا از سیستم خود در کنفرانس J.P. Morgan یا در AGBT رونمایی کند. آیا این فقط یک رونمایی عمومی خواهد بود یا نمونه های اولیه هم به کار گرفته خواهند شد یا آیا حتی ممکن خواهد بود که داده هایی هم به معرض نمایش درآید؟
اگر به اشباع شدن و پیشی گرفتن عرضه بر تقاضا در بازار معتقد باشیم، پس ایلومینا باید سعی کند که بهره برداری از HiSeq X5 و X10 را بهبود ببخشد و می تواند این کار را از طریق برداشتن تمام محدودیت های نوع نمونه ی ورودی به دستگاه انجام دهد.
البته بسیار جالب خواهد بود پاسخ ایلومینا به افزایش روز افزون استفاده از تکنولوژی های توالی یابی با خوانش های بلند را ببینیم. تکنولوژوی The Moleculo در واقع امر یک تکنولوژی با خوانش بلند نیست و به زیر 10 کیلوباز محدود شده است (در عمل اغلب اوقات 5 کیلوباز ). ایلومینا یا در نهایت تکنولوژی خوانش پیوسته ی خود را تجاری سازی خواهد کرد یا می رود بیرون و یکی از آن شرکت های دارای تکنولوژی خوانش پیوسته (iGenomiX، 10X Genomics یا Dovetail) را خواهد خرید.
ایلومینا می تواند به تناوب اعلام کند که از پژوهش به سمت کاربردی سازی یک گام جلوتر رفته و محصول دیگری شبیه Grail و هلیکس را معرفی کند.

💥ادامه مطلب در وب سایت آزمایشگاه👇👇
🌐http://drugdesign.ir/index.php/j-blog/254-sequencing-technology-outlook-2017

✔️آزمایشگاه پارس سیلیکو
@practicalbioinformatics

📝مقاله ای جالب درباره کاربرد توالی یابی نسل جدید در میکروبیولوژی پزشکی و پیشگیری از عفونت

✍Application of next generation sequencing in clinical microbiology and infection prevention
📗Journal of Biotechnology
⌛️29 December 2016

Highlights
• Next generation sequencing makes it possible to standardise methods.
• Next generation sequencing has a large number of applications in clinical microbiology.
• Next generation sequencing can be used to track outbreak-specific clones.
• Next generation sequencing makes personalised microbiology possible.

🔸لینک دسترسی به مقاله👇
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/28042011?dopt=Abstract
✔️آزمایشگاه پارس سیلیکو
@practicalbioinformatics

📢گزارش ویژه پارس سیلیکو
🔔مقاله مجله گاردین با عنوان:
💫 نوزادان طراحی شده

Designer babies: an ethical horror waiting to happen?
The Guardian
2017
آزمایشگاه پارس سیلیکو
@PracticalBioinformatics

https://goo.gl/f1PrtD

✍ نوزادان طراحی شده : در انتظار یک رخداد وحشتناک اخلاقی!

▫️بعد از گذشت حدود 40 سال از اولین نوزاد حاصل از لقاح آزمایشگاهی، تا چه حد به ویرایش تمام عیوب ژنتیکی خود نزدیک شده ایم؟ و آیا اصلا باید چنین تلاشی را انجام دهیم؟

براحتی در یک کلینیک باروری نشسته اید، در حالی که آهنگ ملایمی از ویوالدی در پس زمینه به گوش می رسد. برای شما و همسرتان یک قهوه و یک پوشه می آورند. درون پوشه یک منویی از جنین ها وجود دارد. هر جنین یک توضیح کوتاهی در کنار خود دارد، چیزی شبیه به این:
جنین شماره 78- مذکر
- هیچ بیماری دارای شروع زودرسی ندارد، اما برای فنیل کتونوریا (یک نقص متابولیکی که باعث ناهنجاری های ذهنی و رفتاری می شود) ناقل است. ناقل ها فقط یک کپی از ژن را دارند پس خودشان دچار آن بیماری نمی شوند.
- ریسک دیابت نوع 2 و سرطان کولون بالاتر از میانگین
- ریسک آسم و اوتیسم کمتر از میانگین
- چشمان تیره، موی قهوه ای روشن و تاسی مردانه
- شانس 40 درصد برای قبولی در کنکورها
200 عدد از ااین جنین ها برای انتخاب وجود دارد و تمام آنها توسط روش IVF و از تخمک و اسپرم شما و همسرتان تهیه شده اند. حالا انتخاب با شماست. کدام را می پسندید؟ آیا می توانیم برای " نوزادان طراحی شده" آینده ای را متصور باشیم؟ راه درازی است، از زمانی که برای اولین بار، لقاح و حتی بارداری مصنوعی به صورت علمی امکانپذیر شد، تا زمانی که تصویر معجزه گونه ی بالا به حقیقت بپیوندد. پیش گویی های دو زیست شناس به نام های هالدان و جولیان هاکسلی، در مورد تکنولوژی باروری، الهام بخش نوشته شدن رمانی طنزآمیز به دست برادر هاکسلی شد.
آن کتاب با نام دنیای جدید شجاع، در سال 1932 منتشر شد. داستان در سال 2540 می گذرد و جامعه ای را شرح می دهد که جمعیت آن درون خمره های بزرگی در یک مرکز جوجه کشی مرکزی و عمومی رشد می کنند، به 5 ردیف مختلف از میزان هوش طبقه بندی می شوند که به وسیله ی تیمارهای شیمیایی روی جنین ها اعمال می شود. هیچ پدر و مادری وجود ندارد و خانواده امری زشت در نظر گرفته می شود. در عوض، جنین ها و نوزادان توسط کارگرانی سرتا پا سفیدپوش پرستاری می شوند. دست های آنان با یک لاتکس رنگ پریده پوشیده شده بود، زیر نورهای پوشیده شده با روکش سفید.
جهان جدید شجاع، مرجع غیر قبال انکار تمام رسانه هایی شده است که در مورد پیشرفت های جدید در تکنولوژی های باروری بحث می کنند. از مقاله ی نیوزویک در 1978 در مورد تولد اولین جنین آزمایشگاهی گرفته تا مقاله ی نیویورک تایمز در 2014 در مورد جهان جدید شجاع IVF سه والدی، یک مفهوم برداشت می شود و آن این است که ما همچنان در مسیری گام بر می داریم که به دستگاه های جوجه کشی هاکسلی ختم می شود، با همان قفسه های پر از نوزادان سفارشی در لوله های آزمایش شماره دار!
شبح یک ناکجاآباد خشن، مستبد و بی احساس همیشه بر سر مباحث حول انتخاب و کنترل باروری سایه افکنده است. رمان نویس معروف، کازو ایشیگورو، در سال 2005 رمانی با نام "هرگز مگذار بروم" نوشت که در آن کودکانی را توصیف می کند که با هدف اهدای عضو تولید و نگهداری می شوند. وی بعد از اینکه شنید بشر در ماه های اخیر به یک ابزار ویرایش ژنی دست یافته است هشدار داد که ما در حال نزدیک شدن به نقطه ای هستیم که بتوانیم افرادی را خلق کنیم که از دیگران برتر هستند.
اما چشم انداز داستان جنین های IVF که در اول بحث گفته شد، این تصویر را به گونه ی دیگری رنگ آمیزی می کند. اگر چنین داستانی به حقیقت بپیوندد هدف آن مهندسی جوامع انسانی نخواهد بود، فقط برای جذب مشتریان است. آیا باید اجازه ی چنین کاری را بدهیم؟ حتی اگر چنین اجازه ای بدهیم، آیا لیستی از دهها جنین که تغییرات و تفاوت های بسیار اندکی در آنها اعمال شده باشد، به کار کسی خواهد آمد؟
در دهه های 1970 و 80 سایه ی هیولای وحشتناک فرانکشتاین روی مباحث مربوط به IVF سایه افکنده بود و اصطلاح غلط انداز نوزاد 3 والدی که فقط اشاره ای بود به انتقال میتوکندری ها از یک شخص ثالث، این امر را در اذهان عامه القا کرد که چیزی غیرطبیعی و غیر انسانی در جریان است.
هر پیشرفت جدیدی باز مباحث مربوط به پیش بینی های وحشتناک هاکسلی را بر سر زبان ها می انداخت. پیش بینی شوم ایشیگورو، با کشف روش ویرایش ژن کریسپر در سال 2012 باز هم زنده شد. کریسپر از آنزیم های طبیعی برای هدف گیری و برش ژنها با دقت بسیار بالا استفاده می کند. با تشکر از روش کریسپر که به نظر می رسد احتمالا درخت ژن تراپی (حذف ژنهای جهش یافته که باعث بیماری های نادر و سخت می شود) را به بار نشانده است، البته اگر بتواند بی خطر و امن بودن خود را اثبات کند. آزمایشات بالینی در این زمینه هم در راه هستند.

💫ادامه مقاله در لینک زیر 👇
http://drugdesign.ir/index.php/j-blog/258-designer-babies
💡آزمایشگاه پارس سیلیکو
@practicalbioinformatics

❇️مجموعه کارگاه های زمستان
🖥بیوانفورماتیک، طراحی دارو،لینوکس، NGS ،بایو مارکرها miRNA و..
10%تخفیف دانشجویی
10%تخفیف ثبت نام تا اخر دی
ParsSilico.com
💎آزمایشگاه پارس سیلیکو
@practicalbioinformatics

https://goo.gl/Sc28Pf
✍اوریگامی مولکولی: ظهور مهندسی پروتئین برای مبارزه با بیماریها
👤امریکا، سیاتل-مهندس پروتئین آرون کاوالیر، عقیده دارد که اوریگامی می تواند انقلابی در طراحی دارو باشد.
او و تیمی از دانشگاه واشنگتن تمامی وقتشان را بر روی طراحی زنجیره های تا خورده ی پیچیده ای از اسیدهای آمینه صرف می کنند تا مولکولهایی را خلق کنند که در طبیعت وجود ندارد. هدف آنها طراحی پروتئینی است که بتواند به ویروس هایی مانند آنفوآنزا بچسبد و آنها را از آلوده کردن سلول ها باز دارد. یا پروتئینی که بتواند گلوتن را بشکند.و اثرات حساسیت زایی آن را از بین ببرد.
"می توانید آینده ای را تصور کنید که ما در آن قادر هستیم به صورت نامحدودی پروتئین های جدیدی بسازیم که اساس داروهای آینده و واکسن های آینده خواهند بود". اینها گفته های دیوید بیکر، بیوشیمیدانی است که موسسه ی طراحی پروتئین دانشگاه را رهبری می کند.
به طور طبیعی هشدارهای فراوانی هم وجود دارد.بطور نمونه: مشخص نیست که سسیستم ایمنی ما پروتئین های جدیدی را که تابحال ندیده است را می پذیرد ! آنها می توانند باعث حساسیت های جدیدی شوند. بدن ممکن است آنها را پس بزند. یا کارایی خود را در شرایط طبیعی بدن از دست بدهند علی رغم اینکه در کامپیوتر شما بخوبی کار می کنند. از نظر عملی سالها فاصله داریم با عصری که این پروتئین های طراحی شده ی جدید در سبد دارویی ما قرار بگیرند.
👤یانگ ژانگ استاد بیوشیمی در دانشگاه میشیگان نیز به مهندسی پروتئین مشغول است. او کارهای بیکر را امیدبخش می داند اما تبدیل یک پروتئین از حالت تئوری به یک ابزار درمان کاربردی زمان می خواهد، زیرا این پروتئین با تمام یک سیستم میانکنش خواهد داشت، نه فقط با هدفی که برایش در نظر گرفته ایم.
او می گوید: "یک فرایند پیچیده برای هر دارو وجود دارد. نه تنها باید این میانکنش ها را در نظر بگیرید بلکه باید حواستان به اثرات جانبی یا میانکنش با محیط و بسیاری از مسیرهای پروتئینی دیگر نیز باشد".
در یک بعدالظهر تابستانی، کاوالیر پایه و اساس فولد شدن پروتئین را به کمک تا کردن و باز کردن یک اوریگامی برای دانشجویان توضیح می دهد. او می گوید که این کار بسیار سختی است. اما طراحی یک مولکول برای مبارزه با بیماری سخت تر است.
"نه تنها باید مثلا یک لیوان را طراحی کنید بلکه آن لیوان باید محکم باشد و بتواند مقدار زیادی آب را در خود نگه دارد و مدت زمان زیادی دوام بیاورد!".
👤دان هیلورت استاد شیمی آلی دانشگاه زوریخ در سویس و از همکاران بیکر می گوید که پروتئین ها، اسب های کاری بدن انسان هستند. میلیونها عدد از آنها هستند که از فرایند تکامل بوجود آمده و بدن ما را با دقت ساعت های سوئیسی تنظیم می کنند. هدف از مهندسی پروتئین این است که پروتئین های طراحی شوند که با همکاری با یکدیگر، با بیماریها بجنگند.
در گذشته، دانشمندان با استفاده از دانش ترمودینامیک و بیوشیمی و با بکارگیری نتایج شهودی و سعی و خطا، درمان های جدید را کشف می کردند. امروزه، تیم بیکر می تواند از یک برنامه ی نرم افزاری بخواهد تا برایش پروتئینی با اندازه و شکل دلخواه را بسازد که خصوصیات شیمیایی خاصی داشته باشد و در مسیر خاص فعالیت کند. نرم افزار آنها یعنی "روزتا" به کاندید های پروتئینی امتیاز میدهد تا انها بتوانند بر اساس این امتیاز بندی کاندید مناسب را انتخاب و برای ساخت و ازمایش آن اقدام کنند.

در آزمایشگاه محاسباتی در حالی که مهندسان پروتئین روی مانیتورها، طرح های تولید شده را بررسی میکنند و کد های روزتا را بهبود میدهند. روزتا، امتیازهای ترکیبات مختلف از آمینواسیدها را آنالیز می کند تا ان های که دارای اندازه، شکل و پارامترهای شیمیایی اختصاصی هستند را پیدا کنند. البته انهایی که قابلیت ساخت داشته و با قوانین فیزیک ضدیتی نداشته باشد.

روزتا می تواند تعداد زیادی مولکول را به سرعت بسازد. وقتی بیکر و همکارانش در مقاله ای که در نشریه ی ساینس درباره ی یکی از این طرح هایشان به نام "قفس مولکولی برای دارورسانی"، به چاپ رساندند، تنها یک طرح را مطرح نکردند بلکه ده نسخه ی مختلف از آن را به چاپ رساندند. آنها مطمئن بودند که این مولکول ها در طبیعت وجود ندارد.
در همان حال که روزتا در حال طراحی پروتئین است، دانشمندان این پروتئین ها را آزمایش می کنند. آنها توالی DNAی مورد نیاز را به صورت آنلاین سفارش داده و سپس آن را به درون باکتری یا مخمر شلیک می کنند تا از سازوکارهای ژنتیکی آنها برای ساختن این پروتئین جدید استفاده کنند.
کاوالیر توانسته است با این روش، یک پروتئین بسیار پایدار را در موش آزمایش کرده است. آن پروتئین ویروس انفلوآنزا را متوقف کرد.
کاوالیر و بیکر برای مطالعات بیشتر یک شرکت بیوتکنولوژی به نام "Virvio" را پایه گذاری کرده اند.

✍آزمایشگاه پارس سیلیکو
@practicalbioinformatics

✍دیتابیس Ligandbook

یک پایگاه داده عمومی حاوی پارامترهای میدان نیروی مولکول های کوچک و شبه دارویی است.
این مجموعه پارامترها را می توان به راحتی دریافت و بلافاصله در شبیه سازی دینامیک مولکولی استفاده می شود. Ligandbook این امکان را به محققان می دهد که شبیه سازی دینامیک مولکولی سریع و تکرار پذیر برروی لیگاند و کمپلکس پروتئین - لیگاند برپا کنند.

آدرس دسترسی به این پایگاه داده:
▫️https://ligandbook.org/

مقاله این دیتابیس در مجله Bioinformatics منتشر شده است.
▫️Ligandbook — an online repository for small and drug-like molecule force field parameters
▫️Bioinformatics
▫️Published: 27 January 2017

✍آزمایشگاه پارس سیلیکو
@practicalbioinformatics

HIV Capsid
made with VMD
✍آزمایشگاه پارس سیلیکو
@practicalbioinformatics

https://goo.gl/RKJLW5
✍پایگاه miRandb، منبعی آنلاین برای مطالعات miRNA

کشف هزاران RNAی کوچک و بزرگ غیرکدکننده ی جدید و همزمان بهبود تکنیکها، دانشمندان را قادر ساخته است که به مطالعه ی ترانسکریپتوم در سطحی عمیقتر بپردازند و این امر به تولید داده های بسیار حجیمی انجامیده است. این انفجار اطلاعات نیاز به گسترش مخازنی سهل الوصول برای ذخیره، بازیابی و آنالیز داده های خام و فرآوری شده را افزایش داده است و صدها ابزار مبتنی بر وب مختص این فعالیت ها اکنون در دسترس قرار گرفته است. اگرچه شمار رو به ازدیاد و تنوع ابزارهای بیوانفورماتیکی که هرکدام ناحیه ی خاص و ویژه ای را پوشش می دهند، پیچیدگی زیادی را بر استفاده کنندگان نهایی تحمیل می کند.
برای غلبه بر این مشکلات،▫️ پژوهشگران دانشگاه علوم پزشکی مشهد ▫️دسته بندی ساده و سرراستی از ابزارهای بیوانفورماتیکی مربوط به miRNAها را ارائه داده اند تا زیست شناسان علاقمندبه مطالعه ی این زیرمجموعه ی مهم از RNAهای غیر کد کننده براحتی از آن استفاده کنند. آنها همچنین پایگاه شبکه ای داده های الگوریتمیک مربوط به miRNAها را نیز ایجاد کرده اند که یک متا دیتابیس محسوب می شود و نمایشگر بیش از 180دیتابیس مبتنی بر وب می باشد. این دیتابیس ها دربرگیرنده ی توالی miRNA، کشف، پیشبینی تارگت، سنجش صحت تارگت، بیان و تنظیم، عملکرد و نقش آنها در بیماریها، میانکنش های مسیرهای سلولی و شبکه ها و توالی یابی عمیق است. miRandb فهرستی از امکانات متنوع و تسهیلاتی است که در دسته بندی های مختلف مخازن miRNA قابل دسترسی است. پژوهشگران می توانند به سهولت بخش های مختلف اطلاعات مربوط به miRNA و ارگانیسم دلخواه خود را از میان دیتابیس های ارائه دهنده ی این اطلاعات، انتخاب کنند. این پایگاه داده انتخاب منبع مناسب برای ابزارهای بیوانفورماتیکی مربوط به miRNA را تسهیل می کند. نهایتا این محققان کمبودهای فعلی و نیازهای آتی استفاده ی آسان از این ابزارها را شرح داده اند.

آدرس دسترسی به این پایگاه داده:
▫️http://mirandb.ir

مقاله این دیتابیس در مجله Briefings in Bioinformatics با ایمپکت فاکتور 8 منتشر شده است.
▫️miRandb: a resource of online services for miRNA research
▫️Seyed Hamid Aghaee-Bakhtiari، Ehsan Arefian، Pierre Lau
▫️Published: 03 January 2017

▫️این پایگاه داده توسط دکتر حمید اقایی بختیاری از اعضای هیات علمی دانشگاه علوم پزشکی مشهد طراحی و پیاده سازی شده است در دیداری که با ایشان در همایش بیوانفورماتیک داشتم . این فرصت مهیا شد تا در زمینه پایگاه داده mirandb با ایشان گفتگو و درباره این دیتابیس اطلاعات بیشتری کسب کنم. البته متاسفانه مقاله miRandb ایشان در همایش بیوانفورماتیک ایران تنها به عنوان پوستر پذیرفته شده بود!!! با توجه به سخنرانی های ارایه شده در این همایش، عدم تخصیص زمانی برای ارایه این کار ، از طرف کمیته علمی همایش جای سوال داشت. به هر حال از طرف پارس سیلیکو به ایشان تبریک میگوییم و برایشان موفقیت های بیشتر ارزومندیم.

✍آزمایشگاه پارس سیلیکو
@practicalbioinformatics

🔔صد مقاله ی برتر تاریخ
✍در این مقاله نیچر پژوهش های دارای بیشترین ارجاع در طول تاریخ را بررسی می کند. و سفری کوتاه در میان مقالات دارای بیشترین ارجاع در تاریخ را دارد.

کشف ابررساناهای دمای بالا، تعیین ساختار دو رشته ای DNA، اولین مشاهداتی که نشان داد انبساط جهان هستی در حال سرعت گرفتن است؛
تمام این موارد برجسته، جوایز نوبل و تحسین های جهانی را به همراه داشت. اما هیچکدام از مقالاتی که این موارد را اعلام می کرد، هنوز به میان 100 مقاله ی پرارجاع تر تاریخ راه پیدا نکرده اند.
ارجاع، که به معنای ارجاع یک مقاله به کارهایی قبل تر از خودش است، روش استانداردی است که از طریق آن نویسندگان منبع روش، ایده یا یافته های خودشان را اعلام می کنند و اغلب به عنوان یک روش ارزش گزاری اهمیت مقالات به کار گرفته می شود. پنجاه سال قبل یوگن گارفیلد Science Citation Index (SCI) را منتشر کرد که اولین تلاش سیستماتیک برای پیگیری منشا ارجاعات در متون علمی بود. برای بزرگداشت سالروز انتشار آن، نیچر از تامسون روترز که اکنون مجموعه ی SCI را در اختیار دارد درخواست کرد که 100 مقاله ی پر ارجاع تاریخ را فهرست کند. این جستجو در برگیرنده ی تمام نسخه ی آنلاین SCI بود که شامل دیتابیس های علوم اجتماعی، هنر و علوم انسانی، شرح مذاکرات کنفرانس ها و بعضی از کتاب ها می شد. این فهرست ها مقالات منتشره از 1900 تا به امروز را در بر می گرفت.
این تلاش چند غافلگیری را در خود داشت، بویژه اینکه رقم 12199 ارجاع را برای ورود به لیست 100 تایی مقالات در نظر گرفت و بسیاری از معروفترین مقالات جهان به این حد نرسیدند. تعداد کمی که رسیدند هم در واقع کشف های کلاسیک بودند مانند اولین مشاهدات نانوکربن ها (شماره 36). اما بخش عمده ی آنها مربوط به توصیف یک روش یا نرم افزاری بودند که در زمینه ی کاری خودشان ضروری هستند.
پر ارجاع ترین کار در طول تاریخ، مثلا، مقاله ای مربوط به سال 1951 تلاشی است برای تعیین مقدار پروتئین در یک محلول. این مقاله تاکنون 305000 ارجاع را به خود اختصاص داده است. میزان ارجاعی که همیشه نویسنده آن مقاله یعنی الیور لوری را گیج می کرد. او در سال 1977 گفت: "من می دانم که آن یک مقاله ی عالی و بزرگ نبود اما از این بازخورد یکه خوردم".
وبسایت علمی تامسون روتر 58 میلیون مورد را در خود نگهداری می کند. اگر این حجم عظیم را به اندازه ی کوه کلیمانجارو در نظر بگیریم، این 100 مقاله پر ارجاع، تنها یک سانتیمتر بالای قله را نشان می دهد. تنها 14499 مقاله (به اندازه ی یک متر و نیم از کوه) بیش از هزار ارجاع دارند. در عین حال، دامنه ی کوه که شامل مقالاتی است که تنها یک ارجاع دارند که در حدود نیمی از تمام مقاله می باشند.
موضوعات مهمی که در این 100 مقاله پر ارجاع مورد توجه نویسندگان نیچر قرار گرفته در دسته بندی زیر قرار میگیرند.( به همراه یکی دو نمونه از مقالات مهم در این زمینه)
▫️Biological techniques
1- Protein measurement with the folin phenol reagent.
2- Cleavage of structural proteins during the assembly of the head of bacteriophage T4.

▫️Bioinformatics
10- Clustal W: improving the sensitivity of progressive multiple sequence alignment through sequence weighting,
12- Basic local alignment search tool.

▫️Phylogenetics
20- The neighbor-joining method: A new method for reconstructing phylogenetic trees.

▫️Statistics
29- Statistical methods for assessing agreement between two methods of clinical measurement.

▫️Crystallography
13- A short history of SHELX.

برای مطالعه بیشتر به لینک زیر مراجعه بفرمایید
http://www.nature.com/news/the-top-100-papers-1.16224

✍آزمایشگاه پارس سیلیکو
@practicalbioinformatics

🔔صد مقاله ی برتر تاریخ

✍آزمایشگاه پارس سیلیکو

@practicalbioinformatics

🎥 The top 100 papers
⏳ Duration: 1.30 min
💾 Size: 19 MB

آزمایشگاه پارس سیلیکو
@practicalbioinformatics

📢دانشگاه علوم پزشکی شهید بهشتی با همکاری پارس سیلیکو برگزار می کند:
▫️کارگاه مدل سازی و مهندسی پروتئین
⏱۵ اسفند
▫️کارگاه طراحی دارو داکینگ مولکولی
⏱۱۲و۱۳ اسفند
ParsSilico.com
@practicalbioinformatics

goo.gl/X6bP3H

✍️استفاده از پزشکی دقیق برای مقابله با سرطان


وقتی برایس اولسون در سال 2014 در مرحله ی 4 سرطان پروستات متاستازی شناسایی شد، تحت درمان های سنتی استاندارد قرار گرفت، جراحی، شیمی درمانی، هورمون تراپی و مواردی از این دست، تا بیماری را تحت کنترل نگه دارند. این راهکارها به متوقف کردن سرطان کمک کرد اما عوارض جانبی آن بسیار بی رحم بودند و کیفیت زندگی وی را بسیار پایین آوردند.
و وقتی سرطان اولسون با قدرت بیشتری عود کرد، او برای راه حلی هدفمندتر و جدید انتخاب شد که طی آن سرطان او تحت کنترل در می آمد اما این بار بدون بیماری های ویران کننده و غیر ضروری وابسته به شیمی درمانی.
نام آن روش "پزشکی دقیق با پیروی از آزمایشات مولکولی" بود.
آزمایشات مولکولی سرطان که با نام توالی یابی یا ژنومیک تومور نیز شناخته می شود، قسمتی از همان عصر جدید سلامت است که پزشکی دقیق نام گرفته است. این رویکرد سفارشی شده و منحصر به هر فرد در سلامت و درمان، به خدمات دهندگان این توانایی را می بخشد که لباس درمان را به طور اختصاصی برای هر فرد و نیازهای مختص به او بدوزند و توالی یابی ژنومی سرطان، تاریخچه ی سلامت، سبک زندگی و موارد دیگری را در این راه به خدمت بگیرند.
اوباما بعد از افتتاح برنامه ی "مراقبتهای بهداشتی دقیق" خود در ژانویه ی 2015 گفت: "پزشکی دقیق یکی از بزرگترین فرصت ها را به ما برای پیشرفت اساسی در پزشکی می بخشد که تا به اکنون ندیده ایم".
اوباما همچنین گفت که زندگی های بسیاری نجات خواهد یافت. بیماران دارای لوکمیا خواهند دید که شمار سلول های خونی سفید آنها به مقدار طبیعی برخواهد گشت زیرا داروی جدیدی می تواند یک ژن خاص را هدف بگیرد و آزمایشات ژنتیک مربوط به HIV به پزشکان کمک می کند تا صحیح ترین داروی ضد ویروسی را به کار گیرند.
همانطور که سلامت از مدل "یک روش برای همه" به درمان فردمحور تحول می یابد، دسترسی به پزشکی دقیق نیز تسریع می شود. هزینه ها و زمان انجام فرایندها به شدت کاهش یافته اند. زمانی که اولین ژنوم انسانی در دو دهه قبل توالی یابی شد، این کار 13 سال طول کشید و تقریبا سه میلیارد دلار هزینه تراشید. اما امروز این فرایند در زمانی نزدیک به یک روز و هزینه ای برابر با هزار دلار قابل انجام است.
اما هنوز بسیاری از بیماران نمی دانند که چنین امکانی در اختیار آنهاست.
اولسون می گوید: "ارائه دهندگان خدمات خیلی تلاش نمی کنند که آزمایشات تشخیصی عوامل و فاکتور های بیماری را ارایه دهند". او به دلایل دیگری نیز در این زمینه اشاره می کند از جمله نداشتن زمان کافی پزشکان، فقدان آموزش در حوزه ژنتیک برای آنکولوژیستها، سوء برداشت ها درباره ی پوشش های بیمه ای و مواردی از این گونه.
▫️تبدیل سرطان به یک بیماری قابل کنترل
اولسون امیدوار است که پزشکی دقیق در طول زمان به سمتی پیش رود که بیماری سرطان قابل کنترل باشد . به کمک توالی یابی ژنومیک، او احتمالا تا آن موقع زنده خواهد بود. او همین الان هم در حال غلبه بر ناممکن هاست.

✍️وقتی اولسون مورد تشخیص قرار گرفت حدود 44 سال داشت، یعنی بیست سال پایینتر از متوسط سنی تشخیص سرطان پروستات و سرطانش متاستاز هم داده بود. به او گفته بودند احتمال اینکه 5 سال دیگر زنده بماند، 28 درصد است. "دکتر من به من گفت که فکر می کند پروستات من یکی از سریعترین نرخ های رشدی را دارد که تا بحال دیده است و انتظار نداشت که بیشتر از 21 ماه زنده بمانم".
اولسون که مدیر بازاریابی جهانی شرکت اینتل است و در عین حال یک همسر و پدر نیز هست، نمی خواست بنشیند تا "درمانهای استاندارد" که دهه ها قبل ابداع شده بودند، کار او را بسازند!
او به موسسه ی سرطان شوالیه در دانشگاه علم و سلامت اورگان رفت که یک مرکز بین المللی پیشرو در مطالعه و درمان سرطان است تا تومورش را مورد مطالعه قرار دهند. او می گوید: " ما فهمیدیم که سرطان من از یک مسیر سیگنالینگ سلولی ای استفاده می کند که درمان های استاندارد رایج هیچ اطلاعی از آن نداشتند". او با داشتن داده های DNA خود، مرکزی در لس آنجلس را یافت که در حال کار آزمایشی بر روی دقیقا همان نوع از سرطان بودند. اگرچه آن مرکز مملو از بیماران سرطانی بود، اما او تنها کسی بود که داده های توالی یابی ای خودش را در اختیار داشت که نشان می داد که مسیر اثر داروی جدید آزمایشی، منطبق با مسیر سیگنالینگ سلولی ایجاد کننده سرطان او می باشد.
بنابراین مسئولان آن آزمایش، دارو را به وی اختصاص دادند...

✍️آزمایشگاه پارس سیلیکو
@practicalbioinformatics

اینتل : استفاده از تکنولوژی و تحقیقات زیست پزشکی برای مقابله با سرطان

✍️آزمایشگاه پارس سیلیکو
@practicalbioinformatics

goo.gl/yxJH1x


✍️امروز، 16 ماه بعد از آن تاریخ، 5 ماه بعد از تاریخی که انتظار داشتند او بمیرد، اولسن تنها فردی از افراد آن مطالعه است که تحت درمان با آن دارو قرار دارد و هیچ نشانه ای از فعالیت بیماری ندارد.
▫️به اشتراک گذاری آن داده ها
یکی از اهداف پزشکی دقیق به اشتراک گذاری داده هاست به طوری که مثلا پزشکان در کلیولند بتوانند در مورد آنچه در مثلا هلسینکی در جریان است، آگاه شوند. امروزه، داده های اولسون در رایانش ابری سرطان، که زیرساختی برای تحلیل پزشکی دقیق است و توسط شرکت اینتل و مرکز سرطان شوالیه ایجاد شده، بارگذاری شده است. این کار به موسسات امکان می دهد تا به صورتی ایمن، داده های بالینی، تصویربرداری و ژنومیک را برای فهم بهتر ریشه های سرطان با هم به اشتراک بگذارند و کشف روش های درمانی را تسریع کنند.
.
دکتر برایان دروکر، مدیر موسسه ی سرطان شوالیه می گوید: "در حال حاضر ما نزدیک به دو هزار ژنوم سرطانی را توالی یابی کرده ایم". او در پروژه ی ساخت Gleevec یعنی اولین داروی هدفمند مولکولی که سلول های سرطانی را می کشد اما بافت های سالم را بدون آسیب باقی می گذارد، نیز دخالت دارد.
او می گوید: "نه تنها به تکنولوژی ای نیاز داریم که این حجم عظیم از داده ها را ذخیره سازی کند، بلکه باید عمل تحلیل این داده ها را هم انجام دهد. این تکنولوژی باید تمام داده های DNA را یکپارچه سازی کند، آن را مطابقت دهد، سلول های نرمال با سلول های توموری را مقایسه کند و تفاوت های مولکولی که سرطان هر شخص را بی همتا می کند را بیاید.
موسسه ی Broad یکی از مراکز بزرگ مطالعات ژنومیک در جهان، پیش بینی کرده است که این بازار تا سال 2025، هر سال معادل یک زتابایت داده تولید می کند. این بدین معنی است که این صنعت نیازمند راه جدیدی برای مدیریت این داده های کلان است.
اریک دیشمن، مدیر گروه علوم زندگی و سلامت شرکت اینتل، در یکی از کمیته های سنا در مورد پزشکی دقیق، تایید کرده است که موضوعات چندگانه ای باید در هم تنیده شوند تا زیرساخت فنی و پشتیبانی برای درگیر ساختن بیماران در این پروسه فراهم آید. دیشمن می گوید: "موضوع اصلی تغییر رفتارها و دخالت دادن بیماران است تا افراد در درمان بیماری خود و بیماری اعضای خانواده ی خود سهیم شوند".
دیشمن که اکنون مدیر برنامه ی مشترک طرح پزشکی دقیق در NIH است، از تجربیات شخصی خود درسهایی آموخته است. پزشکان برای او در حالی که 19 سال داشت، دو بیماری کلیوی نادر را تشخیص دادند. بعد از استفاده از پزشکی دقیق و تحمل یک پیوند کلیه در 2012، او اکنون از سرطان رها شده است.
همچنان که پزشکی دقیق همگانی می شود، درمان باید سریعتر و آسانتر شود. کمپین "تماما در یک روز" در اینتل به منظور ایجاد اکوسیستمی بوجود آمده است که در آن یک بیمار بتواند پیش یک دکتر برود، تشخیص انجام شود و با پلان درمان اختصاصی خودش به خانه برگردد. اولسون می گوید ما فکر می کنیم دستیابی به این امر تا سال 2020 حتمی است. اگر از یک بیماری رنج می برید شما باید امکان کشف آن و تشخیص آن و سپس پلان روند درمان هدفمند آن بیماری را در طی 24 ساعت داشته باشید.
بیمار به همراه علت بیماری
مانند اولسون، دیشمن نیز مصمم است به دیگران کمک کند تا از پزشکی دقیق برای مبارزه با بیماری شان استفاده کنند. اولین گام به نظر او، آموزش است. او می گوید: "من دائما با بیماران دارای سرطان پیشرفته در حال صحبت هستم، هیچیک از انها حتی نام توالی یابی را هم نشنیده اند و یا به اندازه ی کافی در مورد آن اطلاعات ندارند چه برسد که آن را درخواست کنند".
بیماران با داشتن داده های ژنتیکی می توانند به سازمان هایی نظیر NCI Match و Cure Forward مراجعه کنند تا داروهای اختصاصی برای سرطان خودشان را دریافت کنند. اولسون می گوید: "این موسسات امکان شرکت مردم در درمان های آزمایشی با داروهای جدید را فراهم می کنند.
اولسون مردی است با یک ماموریت. او می گوید: "من می بایست 5 ماه پیش می مردم. اما اکنون مرگ بسیار از من دور است. من راه زیادی برای رفتن در پیش رو دارم"

✍️آزمایشگاه پارس سیلیکو
@practicalbioinformatics