🔔 مقاله برتر

⬅️ این مقاله جالب با عنوان "متاژنومیکس: ابزارها و بینش مورد نیاز برای آنالیز داده های توالی یابی نسل بعد (NGS) که از پژوهش های تنوع زیستی بدست آمده اند.
پیشرفت در روش توالی یابی نسل بعد (NGS) موجبات وقوع جهش های عظیمی در مطالعات اکولوژی میکروبی را فراهم آورده است. این امر به توسعه ی سریع پژوهشهایی در درون محیط طبیعی زندگی میکروبها و شکل گیری علمی با نام "متاژنومیکس" منجر شده است. این عبارت غالبا تحت عنوان "آنالیز DNA درون اجتماعات میکروبی و در نمونه های محیطی بدون نیاز به کشت دادن آنها" تعریف می شود. بسیاری از ابزارهای محاسباتی/آماری متاژنومیکس و پایگاه های داده ی مربوط به آنها به منظور بهره برداری از هجوم عظیم داده هایی که مرتبا تولید می شوند، ایجاد شده اند.
دراین مقاله ی مروری ما به بررسی این موضوع پرداخته ایم که چگونه فناوریهای توالی یابی به طرز بی نظیری با انواع مختلف پژوهش های متاژنومیکس وفق داده و سازگار شده اند. دراین میانه تمرکز ما بر تکنیک ها، ابزارها و روش های بیوانفورماتیکی بوده است که در حال حاضر در دسترس ما هستند تا بتوانیم هر بخش منحصر بفرد از آنالیز مجموعه داده های متاژنومیک خاص را انجام دهیم. از سوی دیگر، سرنوشت و روند آینده ی این مطالعات را با توجه به توسعه ی ابزارها و فناوری های موجود، مورد بررسی قرار داده ایم. علاوه بر تمام اینها، ما ابزارهای مدیریت، توزیع و یکپارچه سازی داده ها را مورد بحث قرار داده ایم. ابزارهایی که ظرفیت و توان بالقوه ی انجام تحلیل های مقایسه ای متاژنومیک را بر روی مجموعه داده های چندگانه، دارا هستند و این عمل را از طریق استفاده از دیتابیس های خوش ساخت و استانداردهای تفسیر موجود انجام می دهند.

📝 Metagenomics: Tools and Insights for Analyzing Next-Generation Sequencing Data Derived from Biodiversity Studies

💾 Bioinformatics and Biology Insights (2015)

💡 doi:10.1093/gbe/evw046

✨ #Metagenomics #NGS

🌐 www.ParsSilico.com

🖥 آزمایشگاه بیوانفورماتیک پارس سیلیکو
https://telegram.me/joinchat/BAf7RjvM0GlPgHBuk_JBEQ

📝 Metagenomics: Tools and Insights for Analyzing Next-Generation Sequencing Data Derived from Biodiversity Studies

💾 Bioinformatics and Biology Insights (2015)

✨ @practicalbioinformatics

🎥 Computing cancer
⏳ Duration: 2 min
💾 Size: 5 MB
✨ #cancer
🌐 www.ParsSilico.com
آزمایشگاه پارس سیلیکو

🔔 مجموعه ویدیو های آموزشی در زمینه توالی یابی نسل جدید از شرکت ®abm
https://goo.gl/ozrS0E
⬅️ این مجموعه کلیپ آموزشی در 4 قسمت ارایه شده است.
1) Next Generation Sequencing (NGS) - An Introduction
2) Next Generation Sequencing (NGS) - Sample Preparation
3) Next Generation Sequencing (NGS) - Coverage & Sample Quality Control
4) Next Generation Sequencing (NGS) - Data Analysis



👁@practicalbioinformatics

🔸تماشایی این کلیپ های آموزشی را برای آن دسته از دوستانی که آشنایی چندانی با مبحث Next Generation Sequencing ندارند، پیشنهاد میکنیم.
🔹بزودی کلیپ های آموزشی در سطح پیشرفته، در زمینه کنترل کیفیت و انالیز دیتای NGS خدمت اعضایی کانال ارائه خواهیم کرد.

🌐 www.ParsSilico.com

🖥 آزمایشگاه بیوانفورماتیک پارس سیلیکو
👁@practicalbioinformatics

🎥 1) Next Generation Sequencing (NGS) - An Introduction
⏳ Duration: 10 min
💾 Size: 17 MB
✨ #NGS
🌐 www.ParsSilico.com
آزمایشگاه پارس سیلیکو

🎥 2) Next Generation Sequencing (NGS) - Sample Preparation
⏳ Duration: 13 min
💾 Size: 20 MB
✨ #NGS
🌐 www.ParsSilico.com
آزمایشگاه پارس سیلیکو

🎥 3) Next Generation Sequencing (NGS) - Coverage & Sample Quality Control
⏳ Duration: 6 min
💾 Size: 11 MB
✨ #NGS
🌐 www.ParsSilico.com
آزمایشگاه پارس سیلیکو

🎥 4) Next Generation Sequencing (NGS) - Data Analysis
⏳ Duration: 7 min
💾 Size: 10 MB
✨ #NGS
🌐 www.ParsSilico.com
آزمایشگاه پارس سیلیکو

🔔آیا میدانستید که...

🎖تقریبا فیل ها به سرطان مبتلا نمی شوند.

فیلها حیواناتی بزرگ با سلولهایی بسیار بیشتر از انسان ها هستند و بنابراین باید آسیب های DNA که مقدمه ی سرطان هستند را در ابعاد وسیعتری در مقایسه با انسان ها تجربه کنند. همچنین به عنوان یک موجود با عمر طولانی، فیلها چرخه های زیادی از تقسیم سلولی را در طول عمر خود متحمل می شوند که بطور بالقوه می تواند منجر به جهش هایی شود که به سرطان ختم شود. اما به نظر نمی رسد که سرطان مسئله ی عمده ای برای این غولهای دوست داشتنی باشد.
https://goo.gl/CRKzrY
این عدم ارتباط بین اندازه و سرطان در حیوانات بزرگ مانند فیل ها و وال ها را پارادوکس پتو (Peto’s paradox) نامیده اند.
@practicalbioinformatics
تا همین اواخراطلاعات اندکی درباره اینکه چگونه فیل ها سرطان را از خود دور می کنند، وجود داشت. مقاله ای که در ژورنال انجمن پزشکی آمریکا منتشر شده است آغاز گره گشایی از این راز است.
دکتر Joshua Schiffman از دانشگاه یوتا و همکارانش دریافته اند که فیل ها دارای 40 کپی از از ژن تومور پروتئین p53 هستند. انسان ها دو کپی از این ژن مهم مقابله کننده با تومور را دارند. TP53 مستقیما به DNAی آسیب دیده (که توسط توکسین ها، تشعشع UV،یا دیگر علل برسازنده ی سرطان صدمه دیده است) درون سلول متصل می شود و تعیین می کند که آیا این قسمت قابل تعمیر است یا نه. اگر DNA قابل تعمیر بود، TP53 فرایند تعمیر را کلید می زند. اگر DNA غیرقابل تعمیر تشخیص داده شد، پروتئین TP53 سیگنال مرگ برنامه ریزی شده ی سلولی یا آپوپتوز را صادر می کند.
@practicalbioinformatics
در فیل ها پروتئین های TP53 گرایش دارند که به سمت آپوپتوز تغییر جهت دهند که از هر رشد احتمالی تومور ناشی از تقسیم سلولی کنترل نشده جلوگیری می کند.
این امید وجود دارد که با این یافته ها بتوانیم به کاهش نرخ سرطان نزدیکتر شویم، بویژه برای آنهایی که دارای نسخه ی جهش یافته ی ژن TP53 هستند.
افراد دارای این نسخه ی جهش یافته با سندرم Li-Fraumeni تشخیص داده می شوند و ریسک بالاتری برای بروز بعضی سرطان های خاص (سرطان پستان و لوکمیا) را دارا هستند.
جای تعجب نیست که فیل ها نماد خوش شانسی لقب گرفته اند.
🖥آزمایشگاه بیوانفورماتیک پارس سیلیکو
@practicalbioinformatics

📢 خبر فوری

🔹اختصاصی از کانال پارس سیلیکو🔹

🔔امروز به تاریخ 11 آبان، 1 نوامبر 2016 ناشر مجلات نیچر 58 مقاله دانشمندان ایرانی را بخاطر جعل علمی و دستکاری توسط نویسندگان تعلیق کرد.

@practicalbioinformatics
💡ناشر مجلات نیچر 58 مقاله دانشمندان ایرانی را بخاطر دستکاری توسط نویسندگان تعلیق کرد.
گزینش این مقالات در ادامه ی موارد کشف شده ی مشابه در سال 2015 می باشد.
به گزارش سرویس خبری آزمایشگاه پارس سیلیکو ، قسمتی از این 58 مقاله که توسط 282 پژوهشگر ایرانی نوشته شده اند، امروز توسط یک ناشر علمی پیشرو جمع آوری شدند. گفته می شود نشانه هایی یافت شده اند دال بر اینکه در روندهای ارزیابی علمی و انتشار آنها تبانی صورت گرفته است.
موسسه ی BioMed Central (BMC تعداد 28 مقاله را جمع آوری کرده و 40 مورد دیگر را نیز مورد بررسی قرار داده است. در همین حال موسسه ی Springer نیز 30 مقاله را تعلیق و 9 مورد دیگر را نیز مورد بررسی قرار داده است. هر دوی این سازمانها تحت مدیریت Springer Nature هستند که ناشر مجلات Nature است.
@practicalbioinformatics
این اقدامات در پی یک تحقیق و توسط یک افشاگر انجام شده که به شواهدی دال بر سرقت ادبی، دستکاری در نام نویسندگان و نیز دستکاری درفرایند ارزیابی علمی دست یافته است که به هدف فریب سیستم ارزیابی علمی و انتشار و اختصاص غیرقانونی نویسندگی مقاله صورت گرفته است.
تمام مقالاتی که توسط Springer جمع آوری شده اند، دارای دستکاری هایی در نام نویسندگان و در فرایند داوری و ارزیابی علمی بودند و 70 درصد آنها نیز نشانی از سرقت ادبی و علمی را در خود داشتند. در مورد مقالات BMC نیز تمام موارد دارای دستکاری در نویسندگی بودند، 57 درصد آنها دارای شواهدی در مورد دستکاری در فرایند داوری و ارزیابی علمی و 93 درصد نیز دارای سرقت ادبی و علمی بودند.
https://goo.gl/sHC9Cn
سال پیش نیز Springer 64 مقاله را بعلت نگرانی هایی در مورد "ارزیابی علمی تقلبی" جمع آوری کرد که در آنها گزارشهای داوری و ارزیابی علمی از طریق ایمیل های جعلی منتسب به نام دانشمندان واقعی ثبت شده بودند. در همان سال موسسه ی BMC نیز 43 مورد دیگر را به دلایل مشابهی تعلیق و لغو کرد. چندین ناشر عمده ی دیگر نیز کشفیات مشایهی از ارزیابی های علمی جعلی را گزارش کرده بودند.
این دو سازمان می گویند که آنها در پی این رخدادها به مبارزه با ارزیابی علمی جعلی اقدام کرده اند و موسسه ی BMC در همین راستا به فرایند پیشنهاد دادن داوران و ارزیابی کنندگان مقاله توسط خود نویسندگان به طور مستقیم پایان داده است. حالا این پیشنهادات عموما از طریق یک نامه ی ضمیمه ارایه می شود که در آن سندیت و اعتبار داور و ارزیابی کننده محرز شده باشد. همچنین این موسسه شرایط سختگیرانه تری را برای تغییر نام نویسنده در طول فرایند انتشار وضع کرده است.
@practicalbioinformatics
نویسندگان این مقالات از این موضوع آگاه شده اند و بعضی نیز پاسخهایی داده اند. جمع آوری و تعلیق ها در سه نشریه ی اسپرینگر رخ داده است، یکی در Comparative Clinical Pathology، چهار تا در Journal of Parasitic Diseases و 25 مورد نیز در Tumour Biology
در موسسه ی BMC نیز 4 نشریه درگیر هستند.
23 مقاله در Diagnostic Pathology،
و دو تا در Cancer Cell International و Journal of Ovarian Research
و یکی در World Journal of Surgical Oncology

آزمایشگاه بیوانفورماتیک پارس سیلیکو
https://telegram.me/joinchat/BAf7RjvM0GlPgHBuk_JBEQ

📢آیا میدانستید که ...

🔔بیشترین طول عمر در بین مهره داران متعلق به یک نوع کوسه می باشد.

💥کوسه های "گرین لند" 400 سال عمر می کنند!
یک مقاله اعجاب آور در آخرین شماره ی نشریه ی ساینس منتشر شده که با استفاده از سنجش رادیوکربن نشان داده است که کوسه گرین لند توانایی زیستن تا 400 سال را دارد. این یافته، این موجود را تبدیل به رکورددار طول عمر در میان مهره داران می کند.
@practicalbioinformatics
چه کسی فکر می کرد روزی به کمک بمب های هسته ای بتوانیم طول عمر کوسه های دریایی را تعیین کنیم؟ نویسندگان مقاله ایزوتوپ های رادیو کربن C14 را در هسته عدسی چشم مورد بررسی قرار داده اند تا طول عمری در حدود 300 سال را در موجودی با عمر حدود 392 سال تخمین بزنند.
https://goo.gl/npszT9
اما پیچیدگی خاص این ماجرا مربوط است به "اثر بمب": یعنی اثر کربن 14 ای که بوسیله ی آزمایشات هسته ای در دهه ی 1950 تولید شد. این آزمایشات باعث افزایش سطوح رادیوکربن در محیط شده .و در نتیجه دانشمندان اثرات وجود این رادیو ایزوتوپ را در عدسی چشم کوسه ها مشاهده کردند. اگرچه فقط دو تا از کوچکترین و جوانترین حیوانات از میان 28 جانور مورد آزمایش، این سطوح بالای C14 مرتبط با این آزمایشات هسته ای را داشتند.
چرا هسته ی عدسی چشم؟: به نظر می رسد که عدسی ها از پروتئین های کریستالی ساخته شده اند و در طول زمان به صورت لایه های برروی عدسی چشم تشکیل می شوند مانند لایه های تنه درخت که برای شمارش سن گیاهان استفاده میشود از این لایه های پروتئینی نیز برای تخمین سن این کوسه ها استفاده می شود.
@practicalbioinformatics
ما این عمر دراز کمی گران تمام شده است و این گرانی برای کوسه ی گرین لند به معنای این است که تا مدت های طولانی بلوغ جنسی رخ نمی دهد، یعنی تا زمانی که کوسه های ماده تولد 156 سالگی خود را جشن بگیرند!
حیواناتی با این طول عمر بسیار نادرند و نسبت به فعالیت های انسانی بشدت حساس اند. مخصوصا صید، کشتیرانی و آلودگی برای مهره داران دریایی! بیشتر جانورانی که در این تحقیق استفاده شده اند از طریق جمع آوری کوسه های مرده در طی چندین سال بدست آمده اند و بسیاری از آنان هم به صورت تصادفی در ماهیگیری های تجاری با تور صید شده اند.

🖥 آزمایشگاه بیوانفورماتیک پارس سیلیکو
@practicalbioinformatics

.
🔔نکته هایی برای دانشجویان PhD و پژوهشگرانی که در ابتدای راه هستند

🔹داریم وارد اکتبر می شویم و اینجا در Roslin شروع سال تحصیلی است و بسیاری از دانشجویان PhD جدیدالورود کارشان را آغاز می کنند. ما اینجا در هر دوره، بیش از 100 دانشجوی PhD داریم و بهمین دلیل محیطی بسیار هیجان انگیز و پویا در اینجا شکل می گیرد. اگرچه برای بعضی یا شاید برای بسیاری، دوره ی PhD یکی از پر استرس ترین دوره هایی است که تا بحال تجربه کرده اند. خب حالا ما چگونه آن استرس را از خودمان دور کنیم؟ در ادامه چند نکته برای دانشجویان جدید PhD می گوییم.
@practicalbioinformatics
1- قدرت رهبری:
پروژه های PhD و استادان آن در شکل ها و انواع مختلفی وجود دارند و به شیوه های متفاوتی عمل می کنند. برای بعضی پروژه ها از ابتدا یک نقشه ی راه پر از جزئیات برای تمامی طول سه، چهار سال تحصیل وجود دارد که دارای اهداف و بخشهای کاملا معین هستند. بعضی دیگر از پروژه ها چیزی بیش از مجموعه ای از ایده های خام نیستند که ممکن است به نتیجه برسند یا نرسند! و تعدادی نیز جایی بین این دو قرار دارند. هر نوع از پروژه ها یا استادان را که داشته باشید، آن کسی که باید آن را به سرانجام برساند شما دانشجویان هستید. برای عده ای این امر ساده ای نیست زیرا همه ی افراد رهبران "بالفطره" نیستند و تازه آنهایی هم که هستند ممکن است فرصت تمرین بدست نیاورده باشند. بنابراین ما باید متوجه شویم که دوره PhD یک دوره آموزشی نیست بلکه پروژه ای است که از طریق آن، دانشجو می آموزد که چگونه پژوهش خودش را پیش ببرد، در مورد ایده های خود تحقیق کند و پژوهش خودش را برنامه ریزی و اجرا کند. خب اگر یک نفر باشد که به شما بگوید هر مرحله را چگونه انجام دهید، دیگر شما چیزی نخواهید اموخت. پس، رهبری کنید. رهبری را بر عهده بگیرید، این پروژه ی شماست. حتی اگر شما ایده هایی دارید که فراتر از پروپوزال مکتوب شماست، الان فرصت دارید که انها را پیگیری کنید. البته که مشاوره بگیرید، با استاد خود صحبت بکنید، با متخصصان دیگر صحبت بکنید، بررسی کنید که ایا این ایده ها خوب هستند یا نه، کارها را بر اساس قواعد و قوانین انجام دهید تا سالم و ایمن بمانید. اگر ایده هایتان خوب بود و ارزش پیگیری را داشت، "بروید تو کارش"، و انجام دهید. اگر یک طرح آماده است، "آن را اجرا کنید". "منتظر نمانید"، "سوال بیخود نپرسید"، "یکجا ننشینید" و با عصبانیت منتظر استادتان نمانید که به شما بگوید چکار کنید. "بروید تو کارش" و "انجامش دهید". "رهبری کنید".
https://goo.gl/WhsWtj
2- بخوانید
منابع را بخوانید. در زمینه ها و موضوعاتی مانند ژنومیکس و بیوانفورماتیک، که سرعت رشد بالایی دارند ، مقالات بعد از دو سال از رده خارج می شوند. این بدین معنی است که اگر می خواهید بروز باشید، باید مقالات زیادی بخوانید. این چیزی است که شما نیاز دارید و باید انجام بدهید. اگر به زمینه کاری تان عشق می ورزید، پس کار دشواری پیش رو ندارید. با منابع خبری و توییتر در ارتباط مداوم باشید تا بتوانید اولویت ها در خواندن را تشخیص بدهید. همانطور که قبلا گفتم، شما باید دانشجویی باشید که به استادتان ایمیل می زنید و در آن می گویید " این مقاله ی جدید جالب رو دیدی؟". نه اینکه دانشجویی باشید که اینجور ایمیل ها را از دیگران دریافت می کند! یک قهوه بریزید، یک دسته مقاله را بردارید، یک گوشه ی دنج پیدا کنید و آنها را بخوانید.
@practicalbioinformatics
3- بنویسید
بنویسید. محض رضای خدا و هر آن چیز دیگری که برایتان مقدس است. "بنویسید!" یاد بگیرید که "سریع و درست بنویسید". علم تنها شامل پیپت ها، تیوب ها، پلیت ها، آزمایشگاه ها و کامپیوترها نیست، در مورد نوشتن هم هست. بعنوان یک پژوهشگر، نوشتن چیزی است که من بیشتر از هر کار دیگری برایش وقت صرف می کنم. کمک هزینه های تحصیلی، مقالات، مقالات مروری، گزارش ها، برنامه ریزی ها، ایمیل ها و غیره. اینکه از شما بخواهند، سه صفحه مطلب منسجم رفرنس دار در 24 ساعت آماده کنید،نه تنها چیز عجیبی نیست، بلکه خیلی هم رایج است که از شما بخواهند، همین چند صفحه را در چند ساعت آماده کنید. نوشتن مهم است. من نمی توانم به اندازه کافی بر آن تاکید کنم. اگر از نوشتن متنفرید، صادقانه و واقعا باید بگویم پس شاید شما برای پژوهش و علم ساخته نشده اید. در موردش فکر کنید. یک دانشمند بودن یعنی نویسنده بودن. اگر همه ی نتایج را دارید، دیگر نوشتن یک مقاله را ماه ها طول ندهید. ساختن یک پوستر را باید بتوانید در چند ساعت انجام دهید......

ادامه مطلب را در وب سایت آزمایشگاه مطالعه بفرمایید. 👇👇

http://drugdesign.ir/index.php/j-blog/239-tips-for-phd-students

🔔 گزارش سایت دیده بان مقالات در مورد رسوائی مقالات تعلیق شده ایرانی :

در یک عملیات پاکسازی گسترده، Springer و BioMed Central اعلام کردند که 58 مقاله را به چندین دلیل از جمله دستکاری در روند داوری و درج نادرست نام نویسندگان تعلیق کرده اند.
این مقالات در هفت نشریه منتشر شده بودند و تعداد بیشتری نیز در دست بررسی هستند.
در بیانه منتشر شده، این ناشران گفته اند:
بعد از دریافت اتهاماتی در مورد سرقت علمی درباره ی دو نشریه، ما بدون فوت وقت بررسی های گسترده ای را درباره ی تمام زیرمجموعه های خود آغاز کردیم. در این راستا، دو تیم مامور بررسی موضوعات مربوط به صحت و امانت پژوهشها شدند. این دو گروه با نام های Research Integrity Group در BioMed و Springer Ethics Team به گروهی از مقالات در هفت نشریه برخورد کردند که نگرانی هایی را در چند زمینه برانگیختند.
@practicalbioinformatics
مجلات BioMed Central تعداد 28 مقاله را مورد شناسایی قرار داد که تعلیق خواهند شد و در مورد 40 مقاله دیگر بررسی ها ادامه خواهد داشت. Springer نیز 30 مقاله را شناسایی کرد که تعلیق خواهند شد و 9 مقاله نیز به بررسی های بیشتر نیاز دارند.
بررسی ها نشان داد:
شواهدی دال بر سرقت علمی، دستکاری روندهای درج نویسندگان در مقالات و داوری که نشاندهنده ی تلاش برای فریب سیستم داوری و ارزیابی و انتشار به منظور اختصاص نادرست نویسنده به مقاله می باشد.
این مسئله ناشران را وادار کرد تا اقدامات اصلاحی زیر را انجام دهند:
در کنار بررسی مقالات یافت شده، ما اقداماتی را اتخاذ کردیم تا مطمئن شویم مقالات زیر حد استاندارد دیگر نتوانند در نشریه قابلیت انتشار بیابند. به علاوه ما سیاست هایمان را در رابطه با تغییرات لیست نویسندگان بروز کردیم.
https://goo.gl/5k89cr
در ابتدای سال جاری ما بررسی هایی را در نشریات BioMed Central آغاز کردیم تا التزام آنها به سیاست های سردبیر را پیگیری کنیم. این امر اکنون به جستجوی نشانه های بالقوه ی سوء استفاده تغییر ماهیت داده است. سوء استفاده هایی نظیر استفاده از ایمیل جعلی یا ایمیل های مشترک در مقالات، ارزیابی کیفیت داوری و ارزیابی و جستجو برای تغییر عنوان های نسخه ی اصلی مقاله، نام نویسندگان و محتویات.
علاوه بر این، Springer نیروهای ویژه ای را به کار گمارده است تا به درک بهتری از روش ها و الگوهای رایج در موارد مربوط به سوء استفاده و تقلب دست پیدا کند تا بتوانیم کنترل ونظارت ها را گسترش دهیم.
ما از سخنگوی این ناشران پرسیدیم که چرا این مقالاتی که جدیدا تعلیق شده اند در بازرسی های پیشین کشف نشده بودند. او پاسخ داد:
تقلب ها و دستکاری های بسیار پیچیده تری از سوی این دسته از مولفان رخ داده است. فرایند انتشار اساسا "بر مبنای اعتماد " قرار دارد و اگر تلاش های تعمدی برای دور زدن سیستم انجام شود، بسیار سخت خواهد بود تا شناسایی شوند.
@practicalbioinformatics
وی در مورد چرایی کشف نشدن سرقت علمی در این مقالات چنین گفت:
این یک سرقت علمی ساده مانند کپی و پیست نبوده بلکه دربرگیرنده ی تقلب پیچیده در سیستم های داوری و ثبت مقاله ی ما بوده است.
وی توضیح داد که : ما هر ادعای سرقت علمی را پیگیری میکنیم . در این مورد خاص ما بی نظمی هایی را شناسایی کردیم که ما را نسبت به وجود یک الگوی گسترده تری از تقلب مشکوک می کرد. گاهی اوقات شناسایی الگوهای سوء استفاده برای یک ناشر در میان مجلات زیرمجموعه هایش امکان پذیر است در حالیکه یک سردبیر مجله تنها قادر به این کار نیست.
@practicalbioinformatics
وی تاکید کرد که یکی از مقالاتی که نقطه ی آغاز این بررسی بزرگ بود، جزء مقالاتی بوده است که در سال 2015 تحت عنوان مقالات تحت بررسی، توسط BMC دسته بندی شده بود. این مقاله با عنوان
Decrease expression and clinicopathological significance of miR-148a with poor survival in hepatocellular carcinoma tissues.
که اکنون مورد تعلیق قرار گرفته است، توسط یک کتابدار مورد اتهام قرار گرفته بود مبنی بر اینکه از یک مقاله به سال 2014 برای سرقت استفاده شده است.
👁 آزمایشگاه پارس سیلیکو
https://telegram.me/joinchat/BAf7RjvM0GlPgHBuk_JBEQ

⬅️ این سخنگو به ما گفت که ناشران تصمیم گرفتند تا تمام موارد را یکجا اعلام کنند زیرا قسمتی از یک تحقیقات یکپارچه بود. هر کدام از این تقلب ها با جزئیات بطور جداگانه در طول هفته ی آینده منتشر خواهد شد و توضیح داده خواهد شد که آن مقاله چه نوع دستکاری و تقلب را دارد، سرقت علمی، مسائل مربوط به نویسنده گان، بازخوانی جعلی یا ترکیبی از این موضوعات
@practicalbioinformatics
این مقالات توسط Clarivate Analytics’ Web of Science, formerly part of Thomson Reuters ایندکس نشده بودند این مقالات برای اولین بار به صورت آنلاین و بین می 2013 و ژانویه ی 2016 منتشر شده بودند. این تعلیق ها تقریبا 200 نویسنده را در بر می گیرد. بیش از یک سوم انها در بیش از یک مقاله تعلیق شده، همکار نویسنده اصلی بودند. بیشتر نویسندگان در موسساتی در ایران مستقر هستند.
https://goo.gl/5k89cr

چندین مقاله دارای یک نویسنده مسئول بوده اند : "جواد ج. " که وابستگی (affiliation ) وی در سال 2013 دانشگاه تهران قید شده است. نام دیگری که به کرات به عنوان نویسنده مسئول ذکر شده " آرام م." است که وابستگی وی در سال 2015 مربوط به دانشگاه علوم پزشکی کردستان است. نامی که بیشترین تکرار را در میان نویسندگان همکار دارد "عماد ی. " است که در دانشگاه علوم پزشکی بقیه الله مستقر است و نیز عضو شورای سردبیری نشریه
Annals of Medical and Biomedical Sciences
نیز می باشد. آرام م. و عماد ی. هر دو نویسنده ی همکار مقاله ای بودند که نقطه آغاز بازرسی ها بود.
👁 آزمایشگاه پارس سیلیکو
https://telegram.me/joinchat/BAf7RjvM0GlPgHBuk_JBEQ

🔔متخصصان بالینی از آزمایشات مبتنی بر NGS چه می خواهند؟

فناوریهای توالی یابی نسل جدید (NGS) دو تغییر اساسی را به پزشکی ژنومیک معرفی کرده است. اول، این فناوریها کشف واریانت های پاتوژنتیک و ژنهای مرتبط با بیماری را برای ده ها هزار بیماری ارثی سرعت بخشیده اند. این امر زیربنایی است برای گسترش آزمایشات ژنتیک و غربالگری ناقلین. دوم اینکه آنها روش های بهتری را برای انجام این نوع آزمایشات در زمینه ی بالینی فراهم کرده اند.
از نقطه نظر یک پژوهشگر این یک امر بدیهی است که NGS به عنوان بخش روتینی از درمان های بالینی تبدیل خواهد شد. بعد از آن، این فناوری ها به طور اساسی چگونگی مطالعات علل ژنتیکی بیماری ها را تغییر خواهند داد. باز هم از نقطه نظر یک پژوهشگر باید بگویم که نمی توانم بفهمم که چرا این ابزارهای قدرتمند به سرعت و بصورت سرتاسری توسط تامین کنندگان خدمات سلامت به کار گرفته نمی شوند. در کاوش های جدیدم این شانس را یافتم که مستقیما با متخصصان بالینی و مشاوران ژنتیک کار کنم و این امر بسیار کمک کرد تا چشم انداز فکری آنها را درک کنم.
در اینجا یک تصویر مفید از این مطلب را به شما ارائه خواهم کرد.
پنل های آزمایشات ژنتیک (روش های تشخیصی متمرکز است که بدنبال مجموعه ژنهای مشخص مرتبط با بیماری یا فنوتیپ می گردند) تبدیل به بخش روتینی از درمان های بالینی برای چند دهه ی آینده شده اند. NGS دارای این توانایی است که سرعت، قیمت و کارایی تشخیصی این پنل ها را بهبود ببخشد. در حقیقت، بسیاری از تامین کنندگان خدمات تشخیصی، آزمایشات مبتنی بر NGS را پیشنهاد می کنند. برای هر موردی، بیش از 10 تست تجاری وجود دارد.
این یک خبر خوب برای متخصصان بالینی است زیرا آنها قدرت مقایسه ی چندین گزینه را دارند و بر اساس نیاز خود بهترین را انتخاب می کنند.
چهار نکته کلیدی در مورد پنل ها
@practicalbioinformatics
1- جامعیت
در رابطه با پنل ها، مجموعه ژنهای مورد آزمایش تا جایی که ممکن است باید کامل باشند. تعداد تست ها اولین معیار برای پنل ها هستند که متخصصان بالینی در باره ان می پرسند و زمانی که یک ژن مرتبط با بیماری جدیدی شناسایی می شود، آنها انتظار دارند که این ژن در تست ها قرار گرفته باشد.
به دلایل تاریخی متخصصان بالینی انتظار دارند که ژنهای موجود در یک پانل به طور صد درصد پوشش داده شده باشند، به طوری که هر باز کد کننده مورد بررسی قرار گرفته باشد. در روزگار توالی یابی 3730 (48-capillary 3730 DNA Analyzer )، ارائه کنندگان خدمات آزمایشگاهی اطمینان می دادند که با تکرار آزمایش ( یا حتی با طراحی پرایمرهای جدید) پوشش کامل توالی یابی برای تمام بازهای کدکننده قابل دستیابی است. حتی اخیرا بعضی از ارائه دهندگان خدمات آزمایشگاهی که به NGS روی آورده اند از توالی یابی capillary برای پر کردن شکاف های موجود در Coverage استفاده می کنند.
https://goo.gl/xecMKn
این مدل قطعا برای یک آزمایش سریع و با قیمت معقول که بر NGS تکیه دارد، غیر قابل دفاع است. در توالی یابی هدفمند، کم بودن یا نداشتن پوشش برای بعضی مناطق و در بعضی نمونه ها، طبیعی است. برای من جالب است که بعضی متخصصان بالینی پانل ها را بجای تمام-اگزوم انتخاب می کنند زیرا گمان می کنند که پوشش توالی یابی به یک نوعی در پانل ها کامل تر است. با این حال اکثر تامین کنندگان خدمات آزمایشگاهی در واقع توالی یابی اگزوم را انجام می دهند، اما گزارش هایشان را به ژنهای پانل محدود می کنند.
به بیان دیگر، میزان پوشش یک ژن خاص از آزمایش پانل یک شرکت، احتمالا همان مقداری است که شما از آزمایش تمام-اگزوم آنها بدست می آورید. مگر اینکه که پروب های خاص به کار گرفته شوند،
2- آزمایش Del/Dup
آزمایش های پانلی نه تنها باید واریانت های تک نوکلئوتیدی و حذف و اضافه شدن تک بازی را گزارش کنند، بلکه می بایست واریانت های ساختاری (حذف و دوبرابر شدن ها) که ممکن است اگزون ها یا تمام ژن را دربر گیرند، را نیز گزارش کنند. این امری ضروری است که زمانی که ژنهای شناخته شده برای یک بیمار خاص را بررسی می کنیم بسیاری از این آسیب های شناخته شده را بعنوان یک عامل موثر، در این دسته بندی قرار دهیم. ..

🔹ادامه مطلب👇👇
🌐http://drugdesign.ir/index.php/j-blog/241-clinicians-want-from-ngs-based-tests
👁 آزمایشگاه پارس سیلیکو
ParSeq Lab
https://telegram.me/joinchat/BAf7RjvM0GlPgHBuk_JBEQ

🔔 نقش بیوانفورماتیک در علوم دارویی

💡"آیا رشته ی مجزایی به نام بیوانفورماتیک دارویی وجود دارد؟"
@practicalbioinformatics

ما فکر می کنیم که وجود دارد و اینکه نیازمند آن هم هستیم. بیوانفورماتیک رشته ای برای فهم داده های زیستی است. سرآغاز آن بر میگردد به دهه ی 1960 و تحلیل داده های توالی یابی و از آن زمان به چندین شاخه ی پراهمیت تکامل پیدا کرده است. این شاخه ها عبارتند از تحلیل ژنوم، ترانسکریپتوم، پروتئوم و متابولوم، بیوانفورماتیک ساختاری، بیولوژی شبکه و سیستم و چند مورد دیگر که در عملکرد فهم و درک زیست شناسی، بیماری ها و تکامل غیر قابل چشم پوشی هستند. کموانفورماتیک از سوی دیگر بخش مهمی از شیمی و داروشناسی است که خاستگاه آن در دسته بندی ونمایه سازی داده های شیمیایی است که سالها پیش از اختراع کامپیوتر نیز وجود داشته است و در سال های پایانی قرن نوزدهم تحت عنوان چکیده های شیمیایی ( بعدها CAS) شناخته می شد و سپس به مطالعه ی شیمی و ترکیبات شیمیایی با کامپیوتر ارتقا یافت.
@practicalbioinformatics

داروها اساس و بنیاد پزشکی هستند اما هنوز نیازهای برآورده نشده ی زیادی در مورد مولکولهای جدید (NMEs) (new molecular entities) برای درمان بیماری های سخت، نادر، ناشناخته، مبارزه با مقاومت دارویی و ازین قبیل موارد وجود دارد. از1930 تا امروز، FDA حدود 1400 مورد NMEs را تایید کرده است که در ارتباط با 400 هدف تعریف و تهیه شده بودند و در همین حال سالیانه در حدود 23 تا 30 NMEs جدید ثبت میشود. در حال حاضر تنها 3 درصد از ژنوم هدف داروها، توسط داروهای موجود پوشش داده شده اند. ازین رو پوشش دادن تمام موارد زمانی طولانی را طلب می کند، این را هم در نظر بگیرید که افزایش هزینه های تولید و محدودیت های شدید بودجه های دولتی، تامین هزینه ی این پروژه ها را، بویژه در مورد بیماری های نادر و ناشناخته، هر روز مشکل تر می کند. با این وضع فعلی، شاید این اتفاق هرگز رخ ندهد.
علاقه مندی ما به استفاده از انفورماتیک برای تولید و کشف با صرفه تر و کم هزینه تر داروها از کشف پروتئوکمومتریکس در سال 2002 آغاز شد. به طور خلاصه پروتئوکمومتریکس، اطلاعات توالی یا اطلاعات ساختاری را با مفاهیم کموانفورماتیکی مواد شیمیایی (chemical entity) ترکیب می کند. ازین طریق می توان "فضای میانکنش" را محاسبه کرد، که به همراه داده های فعالیت های اندازه گیری شده می تواند مدل های انفورماتیکی یکپارچه ای را بوجود آورد که به میانکنش دارو با گروه های هدف گسترده ای حتی به کل ژنوم، تعمیم داده شود.
@practicalbioinformatics

اگرچه این مدل ها تاثیر فوق العاده ای بر فهم ما از زیست شناسی دارد، و برای بهبود روند تولید داروها بسیار مفید است، اما به اشتراک گذاشتن نتایج ما با اهالی جامعه ی زیست شناسی، پزشکی، داروسازی و شیمی بسیار سخت و مشکل است. نیاز به آموزش هر روز آشکارتر می شود و در پاسخ به این نیاز ما در مرکز خودمان رشته ی بیوانفورماتیک دارویی را تشکیل دادیم. کموبیوانفورماتیک امروزه تقریبا در تمام صنایع دارویی و در فرایند تولید آنها (علوم آینده نگر) استفاده می شود، محاسبات پیشگویانه در فرایندهای کنترلی اجباری است و انفورماتیک تقریبا در تمام زمینه های بایومدیسین به کار گرفته می شود. ما بر این عقیده هستیم که مطالعه ی انفورماتیکی در تمام زمینه های مرتبط با دارو لازم است، چه در فرایند کشف و چه در فرایند تولید، برای روشن کردن و فهم عملکرد آنها (داروشناسی) و برای بهبود ایمنی و استفاده در درمان باید یک فضای گفتگوی بین رشته ای بوجود بیاید تا پیشرفت ها، کاربردها، آموزش و تبادلات به اشتراک گذاشته شود. گرچه افراد تا حدی می توانند خودشان دست به این کار بزنند، ما پیشنهاد می کنیم که از بیوانفورماتیک دارویی بعنوان یک پلاتفرم برای این منظور استفاده شود.
امیدواریم افراد زیادی به این رشته ی هیجان انگیز بپیوندند.
👁 آزمایشگاه پارس سیلیکو

🔹https://telegram.me/joinchat/BAf7RjvM0GlPgHBuk_JBEQ
🌐www.DrugDesign.ir
🌐www.ParsSilico.com

📢موقعیت پسا دکتری ،در زمینه لوسمی ‌میلوئید حاد

🔔تقاضا کننده : دانشگاه مینسوتا، امریکا

💫واجدین شرایط: متقاضیان باید دارای سابقه در زمینه های زیست شناسی سرطان ، ایمونولوژی و تخصص و تجربه کار با فلوسایتمتری و مدل های حیوانی و... داشته باشند


Post-doc position available – acute myelogenous leukemia
https://goo.gl/QwTXsn

🔹Employer – University of Minnesota
🔹Website – http://twin-cities.umn.edu/
🔸Location – Minneapolis, MN, United States
🔸Expires – January 13, 2017
🔸Job type – PostdoctoralSalary – $45,000 – $55,000
🔸Qualifications – Postgraduate – Doctorate/PhD
🔸Employment type – Permanent
🔸Job hours – Full-time
@practicalbioinformatics
💫A post-doctoral associate is sought to lead a basic and translational project in acute myelogenous leukemia (AML). Our goal is to identify the molecular pathways required for self-renewal in a murine model of AML and in primary human AML samples. Our lab focuses on unraveling the signaling and gene expression behavior at the single-cell level using whole transcriptome single-cell RNA sequencing and high dimensional mass cytometry in murine models and primary human samples. This position is ideal for a motivated scientist with training in the field of cancer biology or immunology, experience with flow cytometry and animal models, and an interest in using large-scale datasets to address biological questions. Please include specific information regarding your interest in this position in the text of your reply email.
APPLY👇👇
http://www.nature.com/naturejobs/science/jobs/597991-post-doctoral-associate

👁 آزمایشگاه پارس سیلیکو
https://telegram.me/joinchat/BAf7RjvM0GlPgHBuk_JBEQ

🎦 گزارش زنده از سمینار کاربرد NGS در تشخیص پیش از لانه گزینی (PGS )
🎙نکات عمده ای که در سخنرانی خانم سهیلا انصاری پور مطرح شد:
📝آیا تکنیک های فریز هم به موازات ان جی اس بهبود پیداکرده؟
📝فریز یک روش تشخیصی درمانی است که برای اندومتریوز توصیه میشود.
📝برای توصیه ان جی اس باید بفهمیم اصلا تا بحال جنینی که تا مرحله ی بلاستوسیست پیش رفته داشته یا نه؟
📝بحث سر موافقان و مخالفان تجویز پی جی اس به طور گسترده ای ادامه دار بوده است.
📝 اکثرا گفته می شد برای اندیکاسیون AMA توصیه پی جی اس فایده ندارد
گرچه مقالاتی هم هست که مفید بودن پی جی اس رو نتیجه می گرفت.
@practicalbioinformatics
📝از سال 2013 به بعد با گسترش تکنیک ان جی اس این اکثریت دارد کاهش پیدا می کند و کلیت پی جی اس تحت تاثیر این تکنیک دارد قرار می گیرد.
📝در مقالات جدید پریگنانسی ریت 84 درصد هم گزارش شده
البته 84 درصد از جنین هایی که یوپلویید تشخیص داده میشه و منتقل میشه نه 84 درصد بیماران یا کل تخمک ها!
📝نتیجه نهایی این که PGS یا تکیه بر NGS می تواند برای کسانی بیشتر مفید باشد که پروگنوز خوبی دارند و برای افراد پور پروگنوز کمتر مفید است.
📝تمام این موارد کاملا متکی است به محیط کشت مناسب و افراد آموزش دیده و شرایط فنی مناسب
📝ضمنا این روش می تواند کاهش هزینه و زمان را در پی داشته باشد
⏳ آزمایشگاه پارس سیلیکو
@practicalbioinformatics

شروع سمینار دکتر صادقی
جنین شناس

📝هدف از جنین شناسی در IVF یافتن بهترین جنین جهت انتقال به رحم است.
اما هدف امروزی افزایش نرخ بارداری تنها نیست بلکه بهترین دوره بارداری و سلامت آینده جنین نیز مطرح شده است.
📝درین راه باید بایومارکرهایی برای بهترین تشخیص یافت شوند.
📝سابق بر این تکیه بر مورفولوژی بعنوان یک مارکر مطرح بوده است، اما ان جی اس ابزار بسیار جدیدتری است در بحث بیومارکر ژنتیکی.
📝بررسی متابولیسم جنین هم می تواند بیومارکر جدیدی باشد.
📝پروتءوم جنین نیز در آینده بسیار مطرح شود.
📝بیومارکرهای کیفیت اسپرم و تخمک هم قبل از لقاح بسیار مهم هستند.
📝در مورد تخمک به علت محدودیت در تعداد، روش های غیر مستقیم مطرح هستند.
📝سیستم های تایم لپس جنین را در خارج از رحم بصورت مداوم چک می کنند تا مورفولوژی بصورت کاراتری بررسی شود.
📝بررسی های ژنتیکی invasive محسوب می شود و نیازمند بیوپسی است.
📝روش بررسی میکروفلویدیک روش جدید دیگریست که غیر تهاجمی است.
📝تمام این روشها در کنار هم مفید هستند.
📝از مزایای بیوپسی از بلاستوسیست اینست که چون تنها 50 درصد جنین ها به این مرحله می رسند، اگر در مرحله قبل بیوپسی انجام شود، شاید آن جنین اصلا به مرحله ی بعد نرسد. بنابراین این انتظار بی فایده نیست.
آزمایشگاه پارس سیلیکو
https://telegram.me/joinchat/BAf7RjvM0GlPgHBuk_JBEQ

🔔سامانه اطلاع رسانی تخصصی همایش، کنفرانس و کارگاه

⬅️ علوم زیستی، پزشکی و داروسازی

🏆مجهز به سامانه ارسال ایمیل📩 و پیامک 📞

📝عضویت در سامانه از طریق تکمیل فرم زیر👇
🌐http://goo.gl/leBmuB