#سخنراني
Irina Kareva: Math can help uncover cancer's secrets

در اين ويدئو کاربرد مدل‌‌سازی ریاضی در انکولوژی و توسعه داروهای ضدتوموری مطرح مي شود.

✅ آزمایشگاه بیوانفورماتیک پارس سیلیکو
@practicalbioinformatics

◽️سخنرانی TED در دانشگاه شهید بهشتی TEDMEDLive2018SBMU
شروع رویداد: شنبه ۸ دی
لینک ثبت نام👇
https://evand.com/events/tedmedlive2018sbmu-630220?icn=recom&ici=ap12

✅ آزمایشگاه بیوانفورماتیک پارس سیلیکو
@practicalbioinformatics

◽️کارگاه برنده ها و بازنده ها در جهان استارت آپ ها، موردِ خاصِ بیوتکنولوژی دارویی
🗓شروع رویداد: یک‌شنبه ۹ دی ساعت ۱۰:۰۰
📍برگزارکننده‌: دانشگاه علوم پزشکی ایران
لینک ثبت نام👇
https://evnd.co/zGtHW
✅ آزمایشگاه بیوانفورماتیک پارس سیلیکو
@practicalbioinformatics

◽️کاربرد تکامل جهت‌دار در مهندسی پروتئین و پپتید Directed Evolution in Peptide and Protein Engineering
🗓شروع رویداد: یک‌شنبه ۱۶ دی ۱۰:۳۰ساعت
📍برگزارکننده‌: دانشگاه علوم پزشکی ایران
لینک ثبت نام👇
https://evnd.co/CrgYY
✅ آزمایشگاه بیوانفورماتیک پارس سیلیکو
@practicalbioinformatics

◽️نوآوری‌ها و دست آوردهای جدید در زمینه Chemical Biology و کاربردهای آن در داروسازی و بیولوژی
🗓شروع رویداد: یک‌شنبه ۹ دی ساعت ۰۸:۳۰
📍برگزارکننده‌: دانشگاه علوم پزشکی ایران
لینک ثبت نام👇
https://evnd.co/jHKni
✅ آزمایشگاه بیوانفورماتیک پارس سیلیکو
@practicalbioinformatics

🛎کسر خدمت سربازی
▪️دانشجویان/ فارغ­التحصیلان تحصیلات تکمیلی متخصص در حوزه دینامیک مولکولی
▫️مرکز علوم محاسباتی نجم دانشگاه جامع امام حسین(ع)
🔸آدرس ایمیل جهت ارسال رزومه تخصصی:
Sci.info@chmail.ir

✅ آزمایشگاه بیوانفورماتیک پارس سیلیکو
@practicalbioinformatics

▪️لایه های جذاب ome
قبلا فکر می کردیم که که با دانستن توالی ژنوم انسان به دانش کافی از انسان میرسیم،
"چه تصور احمقانه ای "
▫️این مقاله بسیار زیبا که در مجله Cell منتشر شده را بخوانید.
https://www.cell.com/cell/fulltext/S0092-8674(14)00204-9
🛎آزمایشگاه پارس سیلیکو
@practicalbioinformatics

💎آزمایشگاه بیوانفورماتیک پارس سیلیکو با در اختیار داشتن سرور های محاسباتی قوی، آماده ارایه خدمات▫️دینامیک مولکولی▫️به متقاضیان می باشد.

⬅️اطلاعات بیشتر:
🌐 https://goo.gl/JLoL6o
📞 0910 666 55 90

http://bit.do/ePCeQ

📣 دوره های آموزشی بهاره پارس سیلیکو

📋دوره‌ ها:

▫️▫️طراحی دارو

⏳شروع دوره: ۱۷ اردیبشت ماه (روزهای برگزاری سه شنبه ها عصر)
هزینه دوره: ۸۵۰ هزار تومان

▫️▫️طراحی واکسن

⏳شروع دوره:۱۲ الی ۱۳ اردیبهشت
هزینه دوره: ۵۵۰ هزار تومان

▫️▫️کیوسار QSAR

⏳شروع دوره: ۴ الی ۵ خرداد (جمعه ها )
هزینه دوره: ۵۵۰ هزار تومان

▫️▫️دینامیک مولکولی

⏳شروع دوره :۲۳ اردیبهشت ماه ( روزهای برگزاری دوشنبه ها عصر)
هزینه دوره: ۸۵۰ هزار تومان

▫️▫️زیست شناسی سامانه ای

⏳شروع دوره : ۴اردیبهشت ماه (روزهای برگزاری سه شنبه ها صبح)
هزینه دوره:۸۵۰ هزار تومان

▫️▫️انالیز داده های متاژنومیکس

⏳شروع دوره: ۲۵ اردیبهشت ماه (روزهای برگزاری چهارشنبه ها صبح)
هزینه دوره:۸۵۰ هزار تومان

▫️▫️انالیز بیان ژن (Microarry و RNA-seq)

⏳شروع دوره : ۱۹ اردیبهشت ماه (روزهای برگزاری چهارشنبه ها عصر)
هزینه دوره:۸۵۰ هزار تومان

▫️▫️زبان برنامه نویسی پایتون (بایو پایتون)

⏳شروع دوره اردیبهشت ماه
هزینه دوره ۵۰۰ هزار تومان

▫️▫️زبان برنامه نویسی R

⏳شروع دوره اردیبهشت ماه
هزینه دوره ۵۰۰ هزار تومان

▫️▫️آمار زیستی و SPSS

⏳شروع دوره :اردیبهشت ماه
هزینه دوره: ۴۵۰ هزار تومان

▫️▫️بایولینوکس

⏳شروع دوره :اردیبهشت ماه
هزینه دوره: ۴۵۰ هزار تومان


📞 اطلاعات بیشتر:
‌‎👇
▫️۰۹۱۰۶۶۶۵۵۹۰
👇
▫️۰۲۱۸۸۵۹۴۱۰۴
👇
🌍 goo.gl/9ytXkG


🥇آزمایشگاه بیوانفورماتیک پارس سیلیکو
@practicalbioinformatics

🌍 25 آوریل روز جهانی DNA 🧬

🥇آزمایشگاه بیوانفورماتیک پارس سیلیکو
@practicalbioinformatics

❇️ چهارمین کنفرانس زیست شناسی سامانه های ایران (سیستم بیولوژی)

🔰پژوهشگاه ملی مهندسی ژنتیک و زیست فناوری
🔰ششم و هفتم اسفند ماه

✍️ آخرین مهلت ارسال مقالات: 15 دی ماه

🔗 @ICSB2020

💊دوره مجازی و انلاین طراحی دارو و کموانفورماتیک

📣(ویروس COVID-19 به عنوان پروژه تحقیقاتی مورد بررسی قرار می گیرد)

🕰شروع دوره از مرداد ماه

🧩سرفصل‌ ها:

مقدمه اي بر طراحی دارو
آشنایی با انواع روش های طراحی دارو (براساس ساختار،بر اساس لیگاند)
آشنایی با فرمت های مختلف مولکولهای شیمیایی
آشنایی با انواع دیتابیس های دارویی
آشنایی با دیتابیس های ماکرومولکولی
مبانی تئوری داکینگ، اصول غربال گري مجازي
آشنایی و آموزش روش های طراحی و بهینه سازی مولکولی
آموزش بهینه سازی و آماده سازی ماکرو مولکول
آشنایی و آموزش Autodock و Vina
آموزش داکینگ بروی پروتئین
آموزش کار با LIGPLOT
آموزش استخراج و آنالیز نتایج
آموزش استفاده از PyRx برای غربالگری مجازی
آموزش کار با LIGPLOT+
آشنایی و آموزش openbabel
آموزش غربالگری مجازی فارماکوفوری ساختار محور باZincPharmer
آموزش غربالگری مجازی فارماکوفوری لیگاند محور با PharmaGist
آموزش غربالگری مجازی بر اساس شکل ساختار محور با Pharmit



📞اطلاعات بیشتر:
۰۹۱۰۶۶۶۵۵۹۰

🌍 goo.gl/9ytXkG
آزمایشگاه پارس سیلیکو
@practicalbioinformatics

🎯دوره مجازی ایمونوانفورماتیک و طراحی واکسن

📣(ویروس COVID-19 به عنوان کیس مورد بررسی قرار می گیرد)

🕰شروع دوره از مرداد

🧩سرفصل‌ ها:

• آشنایی یا ایمونوانفورماتیک و بیوانفورماتیک ساختاری پروتئین ها

• آشنایی با پایگاههای داده های اختصاصی و عمومی ایمونوانفورماتیک و بیوانفورماتیک

• شبیه سازی و مدلینگ ساختارهای پروتئینی جهت آنالیزهای ایمونوانفورماتیک

• نحوه استخراج و بهینه سازی پروتئین ها و داکینگ پروتئین-پروتئین

• پیشگویی اپی توپ های سلولT

• پیشگویی اپی توپ های خطی و فضایی سلول B

• طراحی واکسن های پپتیدی (پلی توپی، اپی توپی)

• طراحی واکسن های کایمریک و واکسن های معکوس


📞اطلاعات بیشتر:
۰۹۱۰۶۶۶۵۵۹۰

🌐لینک ثبت نام

🌍 goo.gl/9ytXkG
آزمایشگاه پارس سیلیکو
@practicalbioinformatics

📣دوره مجازی پایتون برای زیست شناسی

🕰 شروع دوره از مرداد ماه



📞 اطلاعات بیشتر:
۰۹۱۰۶۶۶۵۵۹۰

🌐لینک ثبت نام
🌍 http://goo.gl/9ytXkG
آزمایشگاه پارس سیلیکو
@practicalbioinformatics

به استحضار می‌رساند، سلسله نشست‌های تخصصی "زیست شناسی: از دانش تا فناوری با چاشنی استارت‌آپ" با حضور جمعی از اساتید، مدیران، دانشجویان، فارغ‌التحصیلان و دانش‌آموزان، با هدف ارتقا‌بخشی سطح آگاهی دانشجویان و دانش آموزان در راستای مشاغل و کسب و کار‌های نوین و دانش‌بنیان در حوزه زیست‌شناسی، علی‌الخصوص گرایش‌های ژنتیک، میکروبیولوژی، بیوتکنولوژی، بیوشیمی و بیوانفورماتیک توسط دفتر کارآفرینی و فناوری موسسه آموزش عالی آل طه در تاریخ ۲ /۶/ ۱۴۰۰ لغایت ۱۷/ ۶/ ۱۴۰۰ برگزار خواهد گردید.

ارزیابی جامعی از اینکه چرا اثر بخشی واکسن ها در بین افراد مختلف اینقدر متغیر است و تیترهای آنتی بادی تا دو یا سه برابر اختلاف دارند و اینکه چگونه تمرکز بر روی ایمنی ذاتی بجای ایمنی اکتسابی می تواند به ما در رسیدن به یک واکسن جهانی کرونا کمک کند، همه در مقاله درخشان زیر:

https://www.nature.com/articles/s41590-022-01130-4

بافت چربی سفید یا بافت چربی قهوه ای؟

یک مقاله ی مروری جذاب در باره ی بافت چربی چند رنگی و آن نوعی که در در مرکز اپیدمی چاقی قرار دارد.
بافت چربی می تواند تا دوبرابر رشد کند و سپس به حالت اولیه برگردد. این مقاله درباره ی نقش های عملکردی بافت چربی سفید و قهوه ای صحبت می کند و اینکه نقش آنها در چاقی چیست. همچنین در مورد نقش مکمل، موثر و فیزیولوژیک آنها در غدد درون ریز اطلاعات بسیار دست اولی را ارائه می کند.
https://www.nejm.org/doi/full/10.1056/NEJMra2032804

آیا توالی یابی RNA از نوع خوانش-بلند (long-read) می تواند آینده ی پروژه های کشف دارو را رقم بزند؟

توالی یابی خوانش بلند RNA در تحقیقات جدید توانسته بستری قوی برای کشف ایزوفرم ها و داروهای نسل جدید فراهم کند. این تشخیص دقیق ایزوفرم های جدید می تواند تارگت های دارویی را در مغز شناسایی کند.
ژنها دارای عناصر زیادی هستند مثل محل های اتصال مختلف که می توانند به روش های مختلف ترکیب شوند و رونوشت های متعددی از mRNA را ممکن کنند. تنظیم این امر یک ویژگی کلیدی برای تمایز سلولی و تشکیل بافت های پیچیده است. رونوشت های مختلف از یک ژن می توانند اثرات بسیار متفاوت و حتی متضادی داشته باشند. برخی از آنها به شدت در ایجاد بیماری دخالت دارند، بنابراین شناسایی و درک آنها بسیار مفید است. از زمان ظهور فناوری توالی یابی خوانش-بلند مثل آکسفورد نانوپور مینیون بحث های زیادی حول اینکه چه تعداد رونوشت بالقوه از یک ژن وجود دارد، شکل گرفته است. توانایی کشف ایزوفرم های کل ژن از طریق خوانش های بلند، توانسته است هزاران رونوشت جدید را به مجموعه ی عملکردهای بالقوه ی ژنها اضافه کند.
اما سوال اینجاست که چه تعداد از این مجموعه رونوشت های بالقوه، واقعی هستند؟ برای پیدا کردن جواب این پرسش دکتر ویلفرد هرتی و دکتر دیوید رایت و مجموعه ی بزرگی از همکاران آنها وارد عمل شده اند.

چگونه می توان به دقت رونوشت های جدید و ایزوفرم ها را شناسایی کرد؟
دکتر رایت می گوید امروزه همه از توالی یابی خوانش بلند استفاده می کنند اما افراد کمی برای بررسی حساسیت ها وقت می گذارند. بررسی حساسیت به این معنی که توالی یابی خوانش-بلند چقدر می تواند بیان ایزوفرم ها را از نظر کمی اندازه گیری کند. برای این کار از پایپ لاین TALON برای تولید یک انوتیشن سفارشی از 3274 رونوشت جدید استفاده شد، قبل از اینکه با استفاده از توالی یابی خوانش کوتاه اعتبارسنجی شوند.
برخلاف بسیاری از مقالاتی که به کشف رونوشت های جدید می پردازند و گاهی ده ها هزار رونوشت را معرفی می کنند، این مطالعه به رقم نهایی 2567 عدد رسید که یک سوم آنها احتمالا کد کننده ی پروتئین هستند. این روش نشان می دهد که چگونه می توان بدون ردیف کردن ارقام عجیب و غریب، تخمین های واقعی و محافظه کارانه ای از رونوشت های جدید تولید کرد و شانس بیشتری برای یافتن ایزوفرم های با اهمیت ارائه کرد.
این تیم مجموعه ای از مراحل کنترل و برخی فیلترهای سختگیرانه مانند پلتفرم spike-in را به کار گرفت. این پلتفرم می تواند سطوح خطا در توالی یابی RNA را تصحیح کند و میزانی از حساسیت را ارائه دهد. دکتر رایت می گوید پلتفرم spike-in سالهاست که وجود دارد اما کسی متوجه اعتبار و اهمیت آن برای این نوع کار نشده بود.
رونوشت ها می توانند ترکیب توالی متفاوت و پیامدهای کاملا متفاوتی داشته باشند. برخی از رونوشت ها مسیرهای پایین دستی بسیار خاصی را تنظیم می کنند. در مگس میوه یا ماهی این ترکیب های متنوع حتی می توانند باعث تغییر تمایز جنسیت شوند.
با استفاده از توالی یابی خوانش بلند می توانید این تنوع را کشف و ثبت کنید. حتی رونوشت هایی پیدا شده اند که در ژنهایی که ظاهرا این پتانسیل را ندارند هم به طور متفاوتی بیان شده اند.

متن کامل مقاله در لینک زیر:
https://bmcgenomics.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12864-021-08261-2

@practicalbioinformatics

کامل ترین شبیه سازی کامپیوتری یک سلول برای بررسی قوانین پنهان حیات

یک مدل دیجیتالی سه بعدی از یک "سلول حداقلی" توانسته است دانشمندان را به درک ساده ترین نیازهای حیات نزدیکتر کند. دانسته های حداقلی ما از نحوه ی عملکرد ساده ترین سلول ها از موجودات اعماق اقیانوسها تا باکتری های داخل بدن ما هنوز کافی نیست.
اما تیمی از دانشگاه ایلینویز در مقاله ای در نشریه ی Cell کامل ترین شبیه سازی کامپیوتری یک سلول زنده را ایجاد کرده اند. با این مدل دیجیتال، حالا زیست شناسان می توانند محدودیت های طبیعت را پشت سر بگذارند و کاوش های خود در مورد عملکرد اساسی ترین واحد حیات را تسریع کنند.
شولتن رهبر این تیم گفته است که تصور کنید که بتوانید از یک شبیه سازی به نتایجی برسید که قبلا آزمایش های زیادی لازم داشت! با استفاده از این مدل آنها اکتشافات شگفت انگیزی در مورد فیزیولوژی و چرخه ی تولید مثل سلول مدل سازی شده، انجام داده اند و ایده های زیادی هم برای آزمایشات بعدی گرفته اند.
کیت آدالاما که یک زیست شناس سنتتیک و استادیار است می گوید این اولین بار است که می توانیم یک نگاه محاسباتی واقعا دقیق به متابولیسم یک سیستم پیچیده داشته باشیم، نه فقط در مورد یک واکنش شیمیایی بلکه در مورد تمام واکنش های یک سلول زنده ی کامل! سالها بود که زیست شناسان در تلاش بوده اند که کل سلول ها را مدل سازی کنند و فرایند های زیست شناسی آن ها را به طور دقیق پیش بینی کنند اما به دلیل پیچیدگی بالای سلول ها ناموفق بوده اند. آدالاما گفته است که اگر ندانید که چه آجرهایی لگویی در آن وجود دارد، ساختن یک مدل سخت خواهد بود.
اما سلولی که گروه ایلینویز با آن کار می کند بسیار ساده است و ژن های بسیار کمتری نسبت به سلول های دیگر دارد که فیزیولوژی آن راحت تر قابل اندازه گیری است و آن را به یک پلتفرم ایده آل مدل تبدیل می کند.
سلول مورد بحث یک "سلول حداقلی" است که در خط مرزی بین حیات و عدم حیات قرار دارد و فقط تعداد محدودی ژن را که برای بقا ضروری هستند، حمل می کند. این شبیه سازی با تکرار فرایند های بیوشیمیایی شناخته شده در داخل این سلول پایه ای و ردیابی تمام مواد مغذی، مواد زائد، تولیدات ژنی و سایر مولکول هایی که در آن در فضایی سه بعدی در حرکتند، داشمندان را به درک این مسئله نزدیکتر می کند که چگونه ساده ترین شکل حیات، خود را زنده نگه می دارد و برخی از پیش نیازهای زیربنایی زندگی را آشکار می کند.
این یافته ها پله ای برای ساختن مدل های سلول های طبیعی خواهد بود که پیچیده تر و مهمتر هستند. به عنوان مثال اگر دانشمندان بتوانند در نهایت یک مدل شبیه سازی شده از باکتری روده اشریشیا کلی بسازند، بنا به گفته ی آدالاما بازی به طور کلی عوض می شود زیرا تمام تولیدات علمی زیستی از روی E. coli ساخته می شوند.
متن کامل مقاله را در لینک زیر ببینید:
https://linkinghub.elsevier.com/retrieve/pii/S0092867421014884

@practicalbioinformatics

نمایی از سلول شبیه سازی شده در دانشگاه ایلینویز در 20 دقیقه ی اول چرخه ی سلولی و واکنش های مربوط به پردازش اطلاعات ژنتیکی
@practicalbioinformatics

⏪ظهور سریع انواع جدید ویروس کرونا به علت توانایی ویروس در افزایش لحظه ای سرعت تکامل خود

یکی از تفاوت های بزرگ ویروس کرونا یا همان SARS-CoV2 توسط تیم دکتر سباستین دوشن در دانشگاه ملبورن مورد بررسی قرار گرفته است. آنها دریافته اند که ویروسی که باعث بیماری کووید 19 می شود در واقع دچار انفجارهای جهشی کوتاه مدت می شود و سپس به سرعت "عادی" خود باز می گردد. منظور از سرعت عادی سرعتی است که معمولا همه ی ویروسها جهش می یابند و این سرعت جهش ها نسبتا ثابت است و بیشتر ویروس ها یک سال یا بیشتر طول می کشد تا یک گونه ی جدید تولید کنند.
دکتر دوشن گفت که با این حال آنچه ما در مورد انواع SARS-CoV2، به ویژه انواع نگران کننده مشاهده کردیم این است که آنها بیش از آنچه که ما در سرعت تکامل طبیعی ویروس های کرونا انتظار داریم دچار جهش شده اند. برای مثال نوع دلتا تنها در عرض شش هفته از شکل اجدادی خود پدیدار شد.

برای درک چرایی این اتفاق، آزمایشگاه دکتر دوشن روی صدها توالی ژنومی از سویه های SARS-CoV2 تجزیه و تحلیل های محاسباتی انجام داد تا مکانیسم های ظهور انواع نگران کننده ی ویروس یعنی چهار مورد اول: آلفا، بتا، گاما و دلتا را دریابد. در ابتدا اعتقاد بر این بود که SARS-CoV2 احتمالا سرعت تکامل خود را به طور کلی افزایش داده باشد، اما مشخص شد افزایش موقت سرعت خود است که باعث تفاوت در سرعت کلی تکامل شده است. دکتر دوشن گفته است که ماجرا مثل اینست که کسی پایش را روی پدال گاز فشار داده باشد. این انفجارهای جهشی می تواند بخاطر چند عامل رخ داده باشد مثل عفونت های طولانی مدت در افراد و یا انتخاب طبیعی قوی که باعث می شود ویروس توانایی فرار از سیستم ایمنی را پیدا کند. دلیل دیگر می تواند افزایش قابلیت انتقال در جمعیت های واکسینه نشده باشد که به ویروس اجازه می دهد به سرعت گسترش و تکامل یابد.
این کشف اهمیت ادامه ی تلاش ها برای نظارت و پیگیری ژنومی برای تشخیص زودهنگام انواع جدید ویروس را برجسته می کند. دکتر دوشن گفت با توجه به اینکه این ویروس به سرعت در حال تکامل است، بسیار مهم است که به تشخیص زودهنگام برای نظارت و پاسخ سریع به ویروس بپردازیم.

وی همچنین بر افزایش واکسیناسیون تاکید کرد و گفت هر کاری که بتوانیم انجام دهیم تا ویروس کمتری در جامعه وجود داشته باشد به کاهش ظهور گونه های جدید کمک می کند.

متن کامل این مقاله و محاسبات انجام شده را در لینک زیر ببینید:
https://academic.oup.com/mbe/article/39/2/msac013/6509545


@practicalbioinformatics