📚ژنومیک و پزشکی شخصی شده: آنچه همه باید بدانند

یکشنبه ها: #معرفی_کتاب

#پزشکی_شخصصی_شده
#تحلیل_داده_های_بیان_ژن

✅کانال بیوانفورماتیک ایران
@Iran_Bioinformatics💫

فایل #pdf کتاب "ژنومیک و پزشکی شخصی شده: آنچه همه باید بدانند"

#پزشکی_شخصصی_شده
#تحلیل_داده_های_بیان_ژن

✅ کانال بیوانفورماتیک ایران
@Iran_Bioinformatics💫

🌀تبدیل سلول های سرطان سینه تهاجمی به سلول های چربی برای مهار متاستاز سرطان سینه

🔍پژوهشگران دانشگاه Basel سوئیس موفق شده اند تا سلول های سرطان سینه موش را جهت جلوگیری از گسترش سرطان به چربی تبدیل کنند. در این پروژه پژوهشگران موش های دارای سرطان سینه بدخیم را با استفاده از داروی دیابتی به نام Rosiglitazone و داروی درمان سرطان به نام Trametinib درمان کردند.

💊با کمک این داروها هنگامی که سلول های سرطانی از مسیرهای Epithilial-mesenchymal transition و mesenchymal-to-epithelial transition استفاده می کنند به جای گسترش، به چربی تبدیل می شوند که این فرآیند را آدیپوژنز می نامند.

اگر چه همه سلول های سرطانی به چربی تبدیل نمی شوند اما سلولهایی که به چربی تغییر یافته اند،به سلول سرطانی تبدیل نمی شوند. از طرفی سلول های سرطانی که به چربی تبدیل شده اند گسترش آنها نیر متوقف می شود.

🔬نحوه عمل این روش درمانی

👩🏼‍🔬داروی Trametinib باعث افزایش پروسه Transition سلول ها مانند تبدیل سلول های سرطانی به سلول های بنیادی و افزایش تبدیل این سلول های بنیادی به سلول های چربی می شود. داروی Rosiglitazone اهمیت کمتری داشته اما در ترکیب با داروی Trametinib به تبدیل سلولهای بنیادی به سلول های چربی کمک می کند.

📌توضیحات تکمیلی این پژوهش را می توانید از طریق لینک زیر دنبال کنید.
https://www.codecool.ir/journal%20detail?file=5192



📝 تهیه و تنظیم: #غزاله_فهیمیان دانش آموخته ارشد #بیوفیزیک آزمایشگاه #بیوانفورماتیک دانشگاه #تربیت_مدرس

دوشنبه ها: #مقاله_هفته

📝تعداد کلمات: 247

⏰زمان مطالعه: کمتر از 2دقیقه

✅کانال بیوانفورماتیک ایران
@Iran_Bioinformatics💫


📌لینک مقاله: https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1535610818305737

✅کانال بیوانفورماتیک ایران
@Iran_bioinformatics 💫

لینک سایت جهت دسترسی به اطلاعات بیشتر:
https://www.codecool.ir/journal%20detail?file=5193

🌀الگوریتم AlphaZero یاد میگیرد تا بر جهان کوانتوم حکم فرمایی کند

💻 جهان شطرنج بهت زده شد زمانی که الگوریتم کامپیوتری AlphaZero، بعد از تنها 4 ساعت به تنهایی، توانست بهترین برنامه های شطرنج جهان را که براساس تجربه های انسان ها ساخته شده بود شکست دهد. اکنون گروهی از پژوهشگران در دانشگاه Aarhus در دانمارک از همان الگوریتم برای کنترل یک کامپیوتر کوانتومی استفاده کردند.
در همه جای جهان، تعداد زیادی از پژوهشگران در حال تلاش برای ساخت کامپیوتر های کوانتومی می‌باشند. این کامپیوتر ها می‌توانند مسائلی را حل کنند که توسط کامپیوتر های کلاسیک فعلی قابل حل نمی‌باشد، حتی اگر تمام کامپیوتر های جهان را با هم ترکیب کنیم.

🔖 پژوهشگران دانشگاه Aarhus نیز به دنبال ساخت کامپیوتر کوانتومی هستند. برای همین منظور، گروهی از پژوهشگران با مدیریت پروفسور Jacob Sherson به تازگی از الگوریتم آلفازیرو برای یادگیری کنترل کامپیوتر کوانتومی استفاده کرده اند.

📋 چیزی که در مورد الگوریتم آلفازیرو جالب است این است که این الگوریتم می‌تواند به تنهایی بدون استفاده از هیچگونه تجربه و تخصص انسانی فرایند یادگیری را انجام دهد. به همین ترتیب آلفازیرو توانسته انسان ها و برنامه های تخصصی کامپیوتری را در بازی های مانند GO، Shogi و شطرنج شکست دهد ، در صورتی که فرایند یادگیری تنها با بازی کردن مقابل خود انجام شده است. بعد از تنها 4 ساعت بازی کردن در مقابل خودش آلفازیرو توانست برنامه پیشرو شطرنج (Stockfish) را شکست دهد. آلفازیرو آنقدر برتر بود که استاد بزرگ دانمارکی Peter Heine Nielsen این برنامه را با گونه های فضایی برتری مقایسه کرد که به زمین آمده اند تا مارا در شطرنج شکست دهند.

🗓 گروه پژوهشی در دانشگاه Aarhus با استفاده از شبیه سازی های کامپیوتری کاربرد های گسترده ای را با استفاده از آلفازیرو بر مسائل کنترلی به نمایش گذاشتند که هرکدام از این مسائل پتانسیل استفاده در کامپیوتر های کوانتومی را دارند. پژوهش آنها به تازگی در مجله Nature Quantum Information چاپ شده است.
این تیم با مشاهده توانایی یادگیری آلفازیرو به وجد آمدند، به عنوان دانشجوی دکتری سرگروه Mogens Dalgaard این گونه توصیف کرد: "وقتی که اطلاعات آلفازیرو را بررسی کردیم، دیدیم که الگوریتم از یکی از لایه های اساسی مسئله استفاده کرده بود که ما آنرا در نظر نگرفته بودیم. این خیلی تجربه خوبی بود."

🖊 تهیه و تنظیم: #سیدعلی_میرمصطفی دانشجوی ارشد #بیوانفورماتیک آزمایشگاه #بیوانفورماتیک دانشگاه #تربیت_مدرس

چهارشنبه ها: #اخبار_فناوری

📌توضیحات تکمیلی این پژوهش را می‌توانید از طریق لینک زیر دنبال کنید.
https://www.codecool.ir/journal%20detail?file=5194


📝 تعداد کلمات: 682
⏰ زمان مطالعه: 3 دقیقه و 24 ثانبه

✅کانال بیوانفورماتیک ایران
@Iran_Bioinformatics💫

📎 منبع: http://www.sciencedaily.com/releases/2020/01/200116101203.htm

فایل #pdf مقاله "الگوریتم AlphaZero یاد میگیرد تا بر جهان کوانتوم حکم فرمایی کند"

✅ کانال بیوانفورماتیک ایران
@Iran_Bioinformatics💫

🎧 بخش چهارم کتاب صوتی "فیزیک غیرممکن‌ها"

🔶به دنبال سیاره‌ای مثل زمین

🖋نویسنده: میچیو کاکو

پنجشنبه ها: #کتاب_صوتی

#فیزیک_غیرممکن‌ها
#میچیو_کاکو

✅کانال بیوانفورماتیک ایران
💠منبع: کانال خوانش کتاب برای انسان خردمند

@Iran_Bioinformatics💫
@Homosapiensfa💫

بعد از ارائه داغونم 😁
#طنز

✅ کانال بیوانفورماتیک ایران
@Iran_Bioinformatics💫

💀کابوس بازگشته است؟

🔎 این سوالی است که در روزهای ابتدایی سال میلادی 2020 بعد از ظهور ذات الریه جدید در ووهان چین افراد بسیاری از خود می‌پرسند. ویروسی که موجب این بیماری می گردد، متعلق به خانواده ویروس کُرُنا است که منجر به سندروم تنفسی حاد شدید (SARS)، سندروم تنفسی خاورمیانه (MERS) و سرماخوردگی‌های رایج می گردند.

🦠 این ویروس جدید با گونه‌های حیوانات فروخته شده در بازار در ارتباط است و تا کنون 800 نفر را مبتلا و موجب مرگ بیش از 40 نفر شده است. محققان چینی توالی ژنوم این ویروس را که به عنوان 2019ncov نام گذاری شده است را به اشتراک گذاشته‌اند تا دانشمندان سایر نقاط جهان برای توسعه تست های تشخیصی از آن بهره ببرند.

⛔️ پروازها و قطارها به سمت ووهان و از این شهر به سایر نقاط متوقف شده است و منع مسافرت برای سایر شهرها نزدیک نیز اعلام شده است. موارد ابتلا به این ویروس در سایر کشورها مانند تایلند، کره جنوبی، ژاپن و ایالات متحده مشاهده شده است. سوالات بسیاری بی پاسخ مانده است، پژوهشگران هنوز حیوان میزبان این ویروس را نیافته اند، زمان دقیق پدیدار شدن بیماری و تعداد دقیق افراد مبتلا مشخص نیست.

🔹دانشمندان با چه سوالاتی رو به رو هستند؟
🐍 آیا مارها عامل انتقال این ویروس هستند؟

🧷ادامه این مطلب را در لینک زیر دنبال کنید:

https://www.codecool.ir/journal%20detail?file=5195

✅کانال بیوانفورماتیک ایران
@Iran_Bioinformatics💫

📝 تهیه و تنظیم: #سحر_برهانی
دانشجوی دکتری #بیوفیزیک آزمایشگاه #بیوانفورماتیک دانشگاه #تربیت_مدرس

شنبه ها: #علمی_اجتماعی

📌 منابع:
https://www.nature.com/articles/d41586-020-00166-6

https://science.sciencemag.org/content/367/6475/234

https://www.nature.com/articles/d41586-020-00180-8

⌛️طول دوره 6 هفته

⏰ زمان برگزاری: یازدهم بهمن ماه

👨‍💻#برنامه_نویسی_پایتون_مقدماتی

📜 با ارائه مدرک معتبر برای هر دوره

🔰ظرفیت باقی مانده: 2 نفر

👈برای ثبت نام با شناسه زیر تماس برقرار فرمایید.

🆔 @codecool5


🌀 برای کسب اطلاعات بیش تر در مورد تخفیف های در نظر گرفته شده به کانال زیر مراجعه نمائید:

https://t.me/BioinformaticsSchools/190

📚توالی، ساختار و عملکرد RNA: روش های محاسباتی و بیوانفورماتیکی

یکشنبه ها: #معرفی_کتاب

#بیوانفورماتیک_ساختاری

✅کانال بیوانفورماتیک ایران
@Iran_Bioinformatics💫

فایل #pdf کتاب "توالی، ساختار و عملکرد RNA: روش های محاسباتی و بیوانفورماتیکی"

#بیوانفورماتیک_ساختاری

✅ کانال بیوانفورماتیک ایران
@Iran_Bioinformatics💫

📝 تهیه و تنظیم: #سمیه_آزادیان دانش آموخته ارشد بیوفیزیک آزمایشگاه #بیوانفورماتیک دانشگاه #تربیت_مدرس

سه شنبه ها: #معرفی_موقعیت_شغلی


✅ کانال بیوانفورماتیک ایران
@Iran_Bioinformatics 💫


🔻برای کسب اطلاعات بیشتر در مورد شرایط و مزایای این موقعیت به لینک زیر مراجعه نمائید:

https://www.codecool.ir/journal%20detail?file=5198


📌منبع:
https://www.nature.com/naturecareers/job/machine-learning-data-scientist-or-bioinformatics-fellow-buck-institute-for-research-on-aging-718040

🌀ساخت دستگاهی که کبد انسان را به مدت یک هفته خارج از بدن زنده نگه می‌دارد.

📝محققان دانشگاه بیمارستان زوریخ، ETH زوریخ، Wyss زوریخ و دانشگاه زوریخ دستگاهی ساخته‌اند که کبد آسیب دیده‌ی انسان را ترمیم و آن را به مدت یک هفته در خارج از بدن زنده نگه می‌دارد. تاکنون امکان نگه‌داری کبد خارج از بدن، فقط به مدت چند ساعت بوده‌است. با استفاده از این فنآوری جدید حتی کبد آسیب دیده هم می‌توان به مدت یک هفته خارج از بدن سالم نگه داشت.

این یک پیشرفت بزرگ در پیوند اعضاست که می‌تواند تعداد اندام‌ها برای پیوند را افزایش دهد و جان بسیاری از بیماران شدید کبدی یا مبتلا به سرطان را نجات دهد. کبدهای cadaveric آسیب دیده برای پیوند مناسب نبودند و این دستگاه طی چند روز ممکن است بتواند عملکرد کامل کبد را بازیابی کند. اساس این فناوری یک سیستم پیچیده‌ی تزریق است که بیشتر عملکردهای فیزیولوژیک بدن را تقلید می‌کند. این مطالعه در تاریخ سیزده ژانویه در مجله‌ی Nature Biotechnology منتشر شده‌است.

📋پروفسور فیلیپ رودولف فون ره، استاد مهندسی فرآیند در ETH زوریخ و همكارش استاد كلاوین می‌گویند بزرگترین چالش مراحل اولیه انجام پروژه یافتن یک زبان مشترک بین پزشکان و مهندسان بود.

مطالعه‌ای نشان می‌دهد شش تا از ده کبد کیفیت پایین انسان که تمام مراکز پیوند اروپا آن‌ها را نپذیرفته بودند، توسط این دستگاه عملکرد کامل خود را بازیافته‌اند. قدم بعدی این پژوهش استفاده از این اندام‌ها برای پیوند خواهد بود.

📝تهیه و تنظیم: #مریم_رفیعی‌پور
دانشجوی ارشد #بیوانفورماتیک آزمایشگاه #بیوانفورماتیک دانشگاه #تربیت_مدرس

چهارشنبه‌ها: #اخبار_فناوری

📌توضیحات تکمیلی این پژوهش را می‌توانید از طریق لینک زیر دنبال کنید.
https://www.codecool.ir/journal%20detail?file=5199

📝تعداد کلمات: ۳۴۲
⏰زمان مطالعه: کمتر از ۲ دقیقه

📌منبع:
https://www.media.uzh.ch/en/Press-Releases/2020/Liver.html

✅کانال بیوانفورماتیک ایران
@Iran_Bioinformatics💫

🎧بخش اول کتاب صوتی "روانشناسی تکاملی"

🔶 مقدمات و تعاریف
🔶 روانشناسی شناختی چیست؟

🖋نویسنده: دیلان ایوانز، اسکار ساراته

پنجشنبه ها: #کتاب_صوتی

#روانشناسی_تکاملی
#دیلان_ایوانز
#اسکار_ساراته

✅کانال بیوانفورماتیک ایران
💠منبع: کانال خوانش کتاب برای انسان خردمند

@Iran_Bioinformatics💫
@Homosapiensfa💫

🔷 قابل توجه دانش پژوهان گرامی

📝 برنامه کلاسهای روز جمعه 11 بهمن:

🌕 11 الی 14:30 : پایتون مقدماتی

🌗 14:30 الی 18: آر پیشرفته 1


🔰دپارتمان اجرایی گروه زیست داده کاو کدکول 🔰

#طنز
👈 منو استاد راهنمام بعد از تایید پروپوزالم🤦‍♂️

✅کانال بیوانفورماتیک ایران
@Iran_Bioinformatics💫

🌀الگوریتم یادگیری ماشینی که مانند رویا (بسیار عالی) کار می‌کند

💻پژوهشگران در دانشگاه تسوباکا برنامه هوش مصنوعی جدیدی طراحی کرده اند که با استفاده از ترکیب دو روش یادگیری ماشین می‌تواند مراحل مختلف خواب موش را دسته بندی کند. این الگوریتم که "MC-SleepNet," نام دارد به دقت 96% دست یافته است. استفاده از این سیستم برای لیبل گذاری خودکار اطلاعات میتواند به پژوهشگران برای آنالیز نتایج آزمایشاتشان کمک شایانی ارائه دهد.

🔖 پژوهشگران دانشگاه تسوباکا برنامه ای برای دسته بندی خودکار مراحل خواب موش معرفی کرده اند که از اطلاعات الکتروسفالوگرام (EEG) و الکترومایوگرام (EMG) که به ترتیب اطلاعات فعالیت های الکتریکی مغز و بدن را ضبط می‌کنند. آنها از ترکیب دو روش یادگیری ماشین به نام های شبکه های عصبی کانولوشنی (CNN) و شبکه های عصبی مکرر حافظه کوتاه مدت بلند (LSTM) استفاده کرده اند تا به دقتی بالاتر از تمام روش های خودکار موجود برسند.

📋 پیشرفت اصلی در این پروژه تقسیم کار بین دو الگوریتم یادگیری ماشین بود. ابتدا از یک شبکه عصبی کانولوشنی برای استخراج ویژگی های قابل توجه از اطلاعات فعالیت های الکتریکی بدن و مغز استفاده شد. این اطلاعات به یک LSTM داده شد تا بفهمیم چه ویژگی هایی بهترین نمایشگر برای فاز خوابی بود که موش در حال تجربه کردن بود. نویسنده ارشد هیرویوکی هیتاگاوا می‌گوید: "ما خوشبین هستیم که می‌توانیم این کار را برای دسته بندی مراحل خواب انسان ترجمه کنیم." در عین حال، این الگوریتم می‌تواند کار محققان در زمینه خواب را سرعت ببخشید که می‌تواند منجر به درک چگونگی عملکرد خواب شود.


🖊 تهیه و تنظیم: #سیدعلی_میرمصطفی دانشجوی ارشد #بیوانفورماتیک آزمایشگاه #بیوانفورماتیک دانشگاه #تربیت_مدرس

شنبه ها: #علمی_اجتماعی

📌توضیحات تکمیلی این پژوهش را می‌توانید از طریق لینک زیر دنبال کنید.
https://www.codecool.ir/journal%20detail?file=5200


📝 تعداد کلمات: 250
⏰ زمان مطالعه: 1 دقیقه و 24 ثانبه

✅کانال بیوانفورماتیک ایران
@Iran_Bioinformatics💫

📎 منبع: https://www.sciencedaily.com/releases/2019/12/191203094818.htm

📚طرح بزرگ: درباره منشا حیات، معنای آن و جهان

📝تهیه و تنظیم: #سحر_برهانی دانشجو دکتری بیوفیزیک آزمایشگاه #بیوانفورماتیک دانشگاه #تربیت_مدرس

یکشنبه ها: #معرفی_کتاب



✅کانال بیوانفورماتیک ایران
@Iran_Bioinformatics💫

فایل #pdf کتاب "طرح بزرگ: ددباره منشا حیات، معنای آن و جهان"

#تکامل

✅ کانال بیوانفورماتیک ایران
@Iran_Bioinformatics💫

🌀 دیپ مالاریا: هوش مصنوعی که به کشف ضد پلاسمودیوم های قوی کمک می کند.

🦟مالاریا از جمله مرگبارترین بیماری های انگلی است که سالانه بیش از 200 میلیون مورد ابتلای جدید و بیش از 400000 مرگ و میر از آن گزارش می شود.

💊اثر داروهای ضد مالاریا به دلیل مشکل "مقاومت دارویی" کاهش یافته است. مقاومت دارویی به تمام داروهای موجود برای مالاریا از جمله آرتمیسینین گزارش شده است. بنابراین تلاش برای ساخت داروهای جایگزین ضروری است.

📌در این مقاله به ساخت داروی ضد مالاریا با استفاده از هوش مصنوعی پرداخته شده است. رویکرد قدیمی کشف و طراحی دارو یعنی غربالگری توان بالا(HTS) از کتابخانه های دارو برای تشخیص ترکیب های پیشگام(lead) وقت گیر است و دسترسی به حجم بالایی از داده ها نیاز دارد.

🔍هوش مصنوعی با استفاده از روشهای مبتنی بر ساختار یا لیگاند نتایج بسیار دقیقی را در زمینه پیش بینی خواص شیمایی به دست آورده و با استفاده از داده های موجود هوش مصنوعی جایگزین مناسبی برای جستجوی کورکورانه HTS یا غربالگری مجازی خواهد بود. مدل هوش مصنوعی، الگوهای موجود در داده ها را می آموزد و به جستجوی موثر در ترکیبات کمک می کند.

✨در این پژوهش محققان DeepMalaria را معرفی کرده اند؛ فرآیندی که قادر است خواص ممانعتی ضد پلاسمودیوم فالسیپاروم ترکیبات را با استفاده از SMILES آنها پیش بینی کند.

📌توضیحات تکمیلی این پژوهش را می توانید از طریق لینک زیر دنبال کنید.

https://www.codecool.ir/journal%20detail?file=5202



📝 تهیه و تنظیم: #غزاله_فهیمیان دانش آموخته ارشد #بیوفیزیک آزمایشگاه #بیوانفورماتیک دانشگاه #تربیت_مدرس

دوشنبه ها: #مقاله_هفته

📝تعداد کلمات: 247

⏰زمان مطالعه: کمتر از 2دقیقه

✅کانال بیوانفورماتیک ایران
@Iran_Bioinformatics💫


📌لینک مقاله: https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fphar.2019.01526/full