فایل #pdf کتاب "مقدمه ای بر حرکت، عملکرد و ساختار پروتئین ها"

#بیوانفورماتیک_ساختاری

✅ کانال بیوانفورماتیک ایران
@Iran_Bioinformatics💫

💎تشخیص محاسباتی پپتیدهای ضد رگ زایی با استفاد از پکیج AntAngioCOOL

🌡آنژیوژنز(Angiogenesis) فرایند رگ زایی از عروق موجود برای تهیه مواد مغذی و مسیر دفع سموم است و نقش اساسی در رشد و نمو دارد. این فرآیند در هنگام تشکیل تومور های سرطانی می تواند نقش مهمی در پیشرفت سرطان ایفا کند و موجب گسترش تومور و تبدیل تومور خوش خیم به بدخیم شود.

🧫شناسایی پپتیدهای ضد آنژیوژنز برای مهار فرایند رگ زایی در طی سال های اخیر نظر محققان زیادی در حوزه سرطان را به خود جلب کرده است با این حال مطالعات بسیار نادری در تشخیص محاسباتی این پپتیدها انجام شده است.

🔑در این مقاله یک پکیج R کارآمد مبتنی بر یادگیری ماشین (AntAngioCOOL) جهت تشخیص پپتیدهای آنژیوژنز پیشنهاد شده است. این پکیج جهت پیش بینی پپتید ها از پنج ویژگی PseAAC, k-mer composition, k-mer composition (reduced alphabet), Physico-chemical profile, Atomic profile استفاده می کند.

🔖با توجه به نتایج به دست آمده ، AntAngioCOOL به عملکرد رضایت بخشی در پیش بینی پپتیدهای ضد رگ زایی در یک مجموعه داده آزمایش رسیده است و می تواند در تشخیص پپتیدهای ضد رگ زایی موثر باشد.

🌀این پکیج در آزمایشگاه بیوانفورماتیک دانشگاه تربیت مدرس توسعه داده شده است.

📌توضیحات تکمیلی این پژوهش را می توانید از طریق لینک زیر دنبال کنید.
http://www.codecool.ir/journal%20detail?file=5176

📝 تهیه و تنظیم: #علیرضا_دوست_محمدی دانشجو ارشد #بیوانفورماتیک آزمایشگاه #بیوانفورماتیک دانشگاه #تربیت_مدرس

دوشنبه ها: #مقاله_هفته

📝تعداد کلمات: 259 کلمه

⏰زمان مطالعه: کمتر از 3 دقیقه

✅کانال بیوانفورماتیک ایران
@Iran_Bioinformatics💫


📌لینک مقاله:
https://translational-medicine.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12967-019-1813-7

🌀 تولید سوخت هیدروژنی بسیار ارزانتر از گذشته

📚 دانشمندان اعلام کردند که چگونه با استفاده از آب، آهن، نیکل و الکتریسیته میتوانند انرژی هیدروژنی بسیار ارزانتری را ایجاد کنند.

🔖 بعد از اینکه تیمی از دانشمندان تحت نظارت UNSW راهی ارزانتر و پایدار برای تولید سوخت هیدروژنی ارائه کردند، اتومبیل های هیدروژنی ممکن است به زودی به چیزی فراتر از یک پدیده نو تبدیل شوند.

💻 در پژوهشی که اخیرا در Nature Communications منتشر شده است،‌ دانشمندانUNSW سیدنی، دانشگاه گریفیت و دانشگاه صنعتی سوینبورن نشان دادند که گرفتن هیدروژن با شکستن آن از اکسیژن موجود در آب می تواند با استفاده از فلزات کم هزینه مانند آهن و نیکل به عنوان کاتالیزور حاصل شود ، که باعث افزایش سرعت واکنش شیمیایی و کاهش انرژی آن میشود.
آهن و نیکل که به وفور در زمین یافت می شوند ، فلزات گرانبها راتنیم، پلاتین و ایریدیم را جایگزین می کنند که تاکنون به عنوان کاتالیزور معیار در فرآیند "شکافت آب" در نظر گرفته شده اند.

📋 پروفسور چوان ژائو استاد دانشکده شیمی UNSW می گوید در شکافت آب ، دو الکترود بار الکتریکی را بر روی آب اعمال می کنند که باعث می شود هیدروژن از اکسیژن جدا شود و به عنوان انرژی در یک سلول سوخت استفاده شود. او می گوید: آنچه ما انجام می دهیم این است که الکترودها را با کاتالیزور خود بپوشانیم تا مصرف انرژی کاهش یابد. وی افزود: در این کاتالیزور یک رابط نانو در مقیاس کوچک وجود دارد که آهن و نیکل در سطح اتمی در آن قرار می گیرند، که به یک مکان فعال برای شکافت آب تبدیل می شود. اینجاست که هیدروژن را می توان از اکسیژن جدا کرد و به عنوان سوخت مورد استفاده قرار داد و اکسیژن می تواند به عنوان پسماندهای سازگار با محیط زیست آزاد شود.

تهیه و تنظیم :#الهام_افخمی دانشجوی ارشد #بیوانفورماتیک آزمایشکاه #بیوانفورماتیک دانشگاه #تربیت_مدرس


چهار شنبه ها : #اخبار_فناوری


📌توضیحات تکمیلی این پژوهش را می‌توانید از طریق لینک زیر دنبال کنید.
https://www.codecool.ir/journal%20detail?file=5178

تعداد کلمات :606
زمان مطالعه : کمتر از 3 دقیقه

📌منبع :
https://scitechdaily.com/new-way-to-make-hydrogen-energy-out-of-water-much-more-cheaply/

🎧 بخش سوم کتاب صوتی "فیزیک غیرممکن‌ها"

🔶 فیزیک تمدن‌های برتر

🖋نویسنده: میچیو کاکو

پنجشنبه ها: #کتاب_صوتی

#فیزیک_غیرممکن‌ها
#میچیو_کاکو

✅کانال بیوانفورماتیک ایران
💠منبع: کانال خوانش کتاب برای انسان خردمند

@Iran_Bioinformatics💫
@Homosapiensfa💫

🎉 آنچه در سال 2020 میلادی پیش خواهد آمد.


🔹 آشفتگی‌های بی حدوحصر سیاسی در انگلستان، ایالات متحده و سایر کشورها احتمالا در سال جدید هم تداوم خواهد داشت. انتخابات ماه گذشته انگلستان و نزدیک‌تر شدن این کشور به خروج از اتحادیه اروپا، دانشمندان این کشور را با از دست دادن کمک‌ها و همکاری‌های علمی اتحادیه اروپا روبه‌رو کرده است. در ایالات متحده انتخابات ریاست جمهوری ماه نوامبر نقش دانشمندان در سیاست‌های محیط زیستی آینده را تعیین می‌کند. در این مقاله به برخی از مسائل و تحقیقاتی که انتظار می‌رود منجر به تولید خبر در سال جاری گردند اشاره شده است.


🦏 اهداف جدید برای نجات تنوع زیستی:
انتظار می رود امسال تلاش برای احیای اهداف سند تنوع زیستی Aichi که حدود ده سال پیش در ژاپن تصویب شده است صورت گیرد. در پیشبرد این اهداف از جمله جلوگیری از کاهش گونه‌های در خطر انقراض، پیشرفت‌های کمی صورت گرفته است. اما کشورهای جهان در ماه اکتبر امسال هنگام دیدار در شهر کونمینگِ چین فرصتی برای تعیین مسیرهای موثرتر و بررسی کنواسیون‌های تنوع زیستی در اختیار دارند.


🧬 آزمایشات بالینی کریسپر:
ابزار ویرایش ژن کریسپر امسال در مواجه با آزمایشات کلیدی وعده خود برای درمان سرطان و بیماری‌های ژنتیکی را تحقق خواهد بخشید. در یک آزمایش بالینی در ایالات متحده با استفاده از کریسپر سه ژن در سلول‌های T را غیرفعال می کنند و در مرحله بعد به بدن بیمار سرطانی بازمی‌گردانند، رویکردی که به این سلول‌های دفاعی کمک می کند تا سلول‌های بدخیم را از رشد و گسترش در بدن بیمار بازدارند. نتایج بیشتری از آزمایشات سرطان کریسپر در چین بدست خواهد آمد.
پژوهشگران دیگری نیز بر روی درمان افراد با کم خونی داسی شکل و تالاسمی با استفاده از این ویرایشگرهای DNA و فعال کردن ژن هموگلوبینِ رویانی جهت جبران نقص پروتئین حامل اکسیژن در بزرگسال فعالیت می‌کنند. پاییز گذشته دانشمندان گزارش موفقی از 2 بیمار را ارائه کردند و در سال 2020 انتظار گزارش نتایج بیشتری می‌رود. آزمایش دیگری که در ایلات متحده در حال انجام است بر روی نقش کریسپر در بهبود بینایی افراد با اختلال مادرزادی نابینایی پیشرونده تمرکز دارد.


📍ادامه این مطلب را در لینک زیر دنبال کنید:
https://www.codecool.ir/journal%20detail?file=5179


✅کانال بیوانفورماتیک ایران
@Iran_Bioinformatics💫



📝تعداد کلمات: 653 کلمه

⏰زمان مطالعه: کمتر از 4 دقیقه



📝 تهیه و تنظیم: #سحر_برهانی
دانشجو دکتری #بیوفیزیک آزمایشگاه #بیوانفورماتیک دانشگاه تربیت مدرس

شنبه ها: #علمی_اجتماعی


📌منبع:
https://science.sciencemag.org/content/367/6473/6

📚پرسش ها و پاسخ ها در تحلیل توالی زیستی

📝تهیه و تنظیم: #دانیال_خدیوی دانشجو ارشد بیوانفورماتیک آزمایشگاه #بیوانفورماتیک دانشگاه #تربیت_مدرس

یکشنبه ها: #معرفی_کتاب

#زیست_شناسی_محاسباتی

✅کانال بیوانفورماتیک ایران
@Iran_Bioinformatics💫

فایل #pdf کتاب "پرسش ها و پاسخ ها در تحلیل توالی زیستی"

#زیست_شناسی_محاسباتی

✅ کانال بیوانفورماتیک ایران
@Iran_Bioinformatics💫

📝 تهیه و تنظیم:
#زینب_محمدتبار
دانشجوی ارشد #بیوانفورماتیک

سه شنبه ها: #معرفی_موقعیت_تحصیلی

برای اطلاعات بیشتر به سایت ما سر بزنید.

https://www.codecool.ir/journal%20detail?file=5185

✅کانال بیوانفورماتیک ایران

@Iran_bioinformatics 💫

⌛️طول دوره 6 هفته

👨‍💻#برنامه_نویسی_R_مقدماتی

📜 با ارائه مدرک معتبر برای هر دوره

🔰10 درصد تخفیف دانشجویی
و 5 درصد تخفیف برای 3 نفر اول ثبت نامی

👈برای ثبت نام با شناسه زیر تماس برقرار فرمایید.

🆔 @codecool5


🌀 برای کسب اطلاعت بیش تر در مورد تخفیف های در نظر گرفته شده به کانال زیر مراجعه نمائید:

https://t.me/BioinformaticsSchools/190

🖱 ساخت دستگاه ورودی کوچک انگشتی بدون نیاز به باتری برای کامپیوترها

☝️ محققان علوم کامپیوتر دانشگاه واترلو کانادا از ساخت ورودی رایانه‌ی پوشیدنی خبر دادند که بر روی نوک انگشت نصب می‌شود.

📳 این وسیله که «تیپ تپ» نام دارد، از فناوری برچسب شناسایی فرکانس رادیویی (RFID) بهره می برد.

🔋❌ این وسیله نیازی به باتری ندارد و تنها با لمس کردن نوک انگشتان به طرق مختلف، فعال می‌شود. برای سهولت در استفاده از آن انگشت اشاره و شست انتخاب شده‌اند به طوریکه برروی هر انگشت یک نوار شامل 3 تراشه نصب می‌شود و هر تراشه در یک طرف می‌تواند با هرکدام از تراشه‌ها در طرف دیگر تماس پیدا کرده و سیگنال الکتریکی مختلفی را تولید کند.

💵 از آنجایی ک این وسیله هزینه‌ی چندانی ندارد می‌توان با اضافه کردن آن به دستکش‌های یکبار مصرف جراحی امکان دسترسی جراحان به نمودار طرح و برنامه‌ی پیش از عمل را در اتاق جراحی فراهم کرد.

✅ در حال حاضر نمونه‌ی اولیه‌ی این دستگاه ساخته شده که می‌تواند به دستکش یا مستقیما به پوست بچسبد و محققان این طرح تنها محدودیت آن را عدم امکان فاصله گرفتن زیاد از خوانشگر RFID اعلام کرده‌اند (این فاصله در حال حاضر حدود 4متر است).

برای ادامه‌ی مطلب به لینک زیر مراجعه کنید:
https://www.codecool.ir/journal%20detail?file=5187

✅ کانال بیوانفورماتیک ایران
@Iran_Bioinformatics 💫

📝تهیه و تنظیم : #سارا_فیاض_زاده
دانشجوی دکتری #بیوفیزیک آزمایشگاه #بیوانفورماتیک دانشگاه #تربیت_مدرس

چهارشنبه ها: #اخبار_فناوری

📌منبع :
https://uwaterloo.ca/news/news/new-device-enables-battery-free-computer-input-tip-your

⌛️طول دوره 6 هفته

👨‍💻#برنامه_نویسی_پایتون_مقدماتی

📜 با ارائه مدرک معتبر برای هر دوره

🔰10 درصد تخفیف دانشجویی
و 5 درصد تخفیف برای 3 نفر اول ثبت نامی

👈برای ثبت نام با شناسه زیر تماس برقرار فرمایید.

🆔 @codecool5


🌀 برای کسب اطلاعات بیش تر در مورد تخفیف های در نظر گرفته شده به کانال زیر مراجعه نمائید:

https://t.me/BioinformaticsSchools/190

⚛️کاربرد کلان داده در کارهای مختلف از جمله پزشکی شخصی

✅ کانال بیوانفورماتیک ایران
@Iran_Bioinformatics 💫

📝🎙ترجمه و صداگذاری: #مسلم_عسگری پژوهشگر در حوزه بیوانفورماتیک

پنجشنبه ها: #فیلم

به ازای تمام نقاط یک فیل راه برای انتخاب پایان نامه وجود دارد
#fear_not
#طنز

✅ کانال بیوانفورماتیک ایران
@Iran_Bioinformatics💫

🖤🖤🖤گروه زیست داده کاو کدکول جان باختن جمعی از هموطنان در حادثه دلخراش سقوط هواپیمای بوئینگ ۷۳۷ را به خانواده های داغدیده این عزیزان و جامعه علمی کشور تسلیت عرض مینماید ⚘🙏

✅ کانال بیوانفورماتیک ایران
@Iran_Bioinformatics💫

📚دوران ماشین های زنده

📝تهیه و تنظیم: #سمیه_آزادیان
دانش آموخته ارشد بیوفیزیک آزمایشگاه #بیوانفورماتیک دانشگاه #تربیت_مدرس

یکشنبه ها: #معرفی_کتاب

📌جهت مطالعه جزئیات این کتاب به لینک زیر مراجعه کنید:
https://www.codecool.ir/journal%20detail?file=5188

✅کانال بیوانفورماتیک ایران
@Iran_Bioinformatics💫

فایل #pdf کتاب "دوران ماشین های زنده"

#بیوانفورماتیک_ساختاری

✅ کانال بیوانفورماتیک ایران
@Iran_Bioinformatics💫

👨🏻‍🎓 دوره آموزشی: ژنتیک سرطان

👨🏻‍🏫مدرس: دکتر صادق باباشاه (عضو هیئت علمی دانشگاه تربیت مدرس)

📜 با ارائه گواهی معتبر

🔰10 درصد تخفیف دانشجویی
و 5 درصد تخفیف برای 3 نفر اول ثبت نامی


👈برای ثبت نام با شناسه زیر تماس برقرار فرمایید.

🆔 @codecool5


🌀 برای کسب اطلاعات بیش تر در مورد تخفیف های در نظر گرفته شده به کانال زیر مراجعه نمائید:

https://t.me/BioinformaticsSchools/190

💎یادگیری عمیق، تکنولوژی سه بعدی برای بهبود مدل سازی ساختاری و ایجاد داروهایی بهتر

🌀پروتئین ها به عنوان مولکول های مهم و کاربردی در بدن انسان شناخته شده اند. به طور معمول در بدن بیش از 20000 نوع پروتئین مختلف وجود دارد که هرکدام در بسیاری از فرآیندهای زیستی ضروری برای حیات انسان مشارکت دارند.

💠محققان دانشگاه پوردو با استفاده از یادگیری عمیق مسیر جدیدی طراحی کرده اند تا به درک بهتری از چگونگی برهمکنش پروتئین ها در بدن دست یابند. این مسیر جدید زمینه ی ایجاد مدل هایی با صحت بالا از برهمکنش های پروتئینی دخیل در بیماری های مختلف را محیا می سازد تا بتوان با استفاده از آن داروهایی کارآمد تر و بهتر طراحی نمود که به صورت کاملا اختصاصی، برهمکنش های پروتئینی را هدف قرار دهند.

💡دایسوک کیهارا استاد علوم زیستی و کامپیوتر دانشگاه پوردو و تیم اش سیستمی را توسعه به نام DOVE را توسعه داده اند که از "DOcking decoy selection deep neural nEtwork" برگرفته شده است. این سیستم سطح مشترک پروتئین-پروتئین را اسکن می کند و با استفاده از اصول یادگیری عمیق، ویژگی های ساختاری مدل های درست از نادرست را شناسایی و ثبت می کند.

🎯ژیائو وانگ، دانشجوی عضو تیم تحقیقاتی می گوید: "کار ما یک پیشرفت بزرگ در زمینه بیوانفورماتیک است. احتمالا این اولین باری است که محققان به طور موفقیت آمیزی با استفاده از یادگیری عمیق و ویژگی های سه بعدی، مدل های پروتئینی موثر را با سرعت بیشتری می یابند. این اطلاعات می تواند برای ایجاد داروهای هدفمند استفاده شود تا به طور خاص برهم کنش های پروتئین-پروتئین مورد نظر را بلاک کند."

📌توضیحات تکمیلی این پژوهش را می توانید از طریق لینک زیر دنبال کنید.
https://www.codecool.ir/journal%20detail?file=5189

📝 تهیه و تنظیم: #رایحه_وفایی دانشجو دکتری #بیوفیزیک آزمایشگاه #بیوانفورماتیک دانشگاه #تربیت_مدرس

دوشنبه ها: #مقاله_هفته

📝تعداد کلمات: 370 کلمه

⏰زمان مطالعه: کمتر از 2 دقیقه

✅کانال بیوانفورماتیک ایران
@Iran_Bioinformatics💫


📌لینک مقاله:
https://www.sciencedaily.com/releases/2020/01/200110101031.htm

🌀 اولین ماشین زنده جهان با استفاده از سلول های قورباغه و هوش مصنوعی ساخته شد.

💻 دانشمندان از الگوریتمهای کامپیوتری برای تکامل ارگانیسمی که صد درصد از DNA قورباغه ساخته شده اما قورباغه نیست استفاده کردند .

🔖 چه اتفاقی میافتد زمانی که شما سلولها را از جنین قورباغه میگیرید و آنها را در ارگانیسم‌های جدید که توسط الگوریتمها تکامل یافته اند پرورش می دهید؟ آنچه شما مشاهده خواهید کرد چیزیست که محققان آنرا اولین ماشین زنده دنیا می‌نامند.

📋 اگرچه سلولهای بنیادی اصلی از قورباغه های پنجه‌دار آفریقایی(xenopus laevies ) گرفته شده است اما این به اصطلاح xenobot ها هیچ شباهتی به دو زیستان شناخته شده ندارد. بر اساس یک مطالعه جدید، حباب‌های کوچکی با قطر یک میلیمتر که از بافت زنده ساخته شده‌اند توسط زیست‌شناسان در بدنهای طراحی شده توسط مدلهای کامپیوتری قرار گرفتند.

🗓 این ارگانیسم های متحرک می توانند به طور مستقل و جمعی حرکت کنند، می توانند زخم های خود را بهبود بخشیده و به مدت چند هفته زنده بمانند و به طور بالقوه می توانند برای انتقال داروها در بدن بیمار استفاده شوند.
جوشوا بونگارد، دانشمند رایانه و کارشناس روباتیک در دانشگاه ورمونت، در بیانیه ای گفت: "آنها نه ربات سنتی هستند و نه گونه شناخته شده ای از حیوانات. این یک کلاس جدید از مصنوعات است، یک ارگانیسم زنده و قابل برنامه ریزی."

🖊 تهیه و تنظیم: #الهام_افخمی دانشجوی ارشد #بیوانفورماتیک آزمایشگاه #بیوانفورماتیک دانشگاه #تربیت_مدرس

چهارشنبه ها: #اخبار_فناوری

📌توضیحات تکمیلی این پژوهش را می‌توانید از طریق لینک زیر دنبال کنید.
https://www.codecool.ir/journal%20detail?file=5178

📝 تعداد کلمات: ۲۳۷
⏰ زمان مطالعه: کمتر از دو دقیقه

✅کانال بیوانفورماتیک ایران
@Iran_Bioinformatics💫

📎 منبع: https://www.livescience.com/frogbots-living-robots.html

🎧 #پادکست "تأثیر ذهن بر ژنتیک"

🔷 این قسمت: هنر نفس کشیدن🌬

📝🎙 تهیه و تنظیم: #محمد_افشاری
دانشجوی ارشد #بیوانفورماتیک آزمایشگاه #بیوانفورماتیک دانشگاه #تربیت_مدرس

پنجشنبه ها: #پادکست

✅ کانال بیوانفورماتیک ایران
@Iran_Bioinformatics 💫

🎧 #پادکست "هنر نفس کشیدن"🌬

✅ کانال بیوانفورماتیک ایران
@Iran_Bioinformatics 💫