فایل #pdf کتاب "زیست‌شناسی سلولی به وسیله اعداد"

#زیست_شناسی

✅ کانال بیوانفورماتیک ایران
@Iran_Bioinformatics💫

🌀آنالیز شبکه های همبستگی وزن دار با استفاده از پکیج WGCNA

👨🏻‍💻آنالیز شبکه های همبستگی به عنوان یک روش زیست شناسی سامانه ای کاربرد بسیاری در حوزه بیوانفورماتیک از جمله آنالیز شبکه های هم بیانی ژن دارد.

🧬این آنالیز ها می توانند نقش کلیدی در شناسایی ژن ها با الگوی بیانی مشابه ایفا کنند. اهمیت شناسایی این ژن ها در بررسی ارتباط میان ژن ها از جمله تاثیر آنها در بیان یکدیگر و شناسایی مسیر های متابولیسمی مرتبط می باشد و می توان از نتایج آن جهت انتخاب بایومارکر ها برای ساخت دارو ، ارائه روش درمانی و یا شناسایی زود هنگام سرطان ها استفاده کرد.

🕵🏽️‍♂️پکیج WGCNA جهت آنالیز شبکه های همبستگی وزن دار توسعه داده شده است. این پکیج ابتدا ژن ها را بر اساس ارتباط میان بیانشان در نمونه های مختلف دسته بندی می کند و سپس با بررسی ویژگی های توپولوژیکی شبکه، ژن های هم بیان (ماژول) شناسایی می شوند. جهت بررسی ارتباط میان ماژول ها درون شبکه ای، ارتباط میان شبکه ها و ارتباط ماژول ها با ویژگی های قابل اندازه گیری پزشکی از eigengene استفاده می شود. Eigengene برداری است که با استفاده از PCA بر روی ژن های هر ماژول بدست می آید.

💡با شناسایی ماژول های مهم در ارتباط با ویژگی های قابل اندازه گیری پزشکی می توان با استفاده از ابزارهایی نظیر DAVID به شناسایی مسیرهای متابولیسمی مرتبط پرداخت.

🔖از قابلیت های ویژه WGCNA می توان به پردازش موازی داده ها، خروجی جهت نمایش گرافیکی شبکه ها در نرم افزار های cytoscape و VisANT اشاره کزد.


📌توضیحات تکمیلی این پژوهش را می توانید از طریق لینک زیر دنبال کنید.
https://www.codecool.ir/journal%20detail?file=5171



📝 تهیه و تنظیم: #علیرضا_دوست_محمدی دانشجو ارشد #بیوانفورماتیک آزمایشگاه #بیوانفورماتیک دانشگاه #تربیت_مدرس

دوشنبه ها: #مقاله_هفته

📝تعداد کلمات: 278 کلمه

⏰زمان مطالعه: کمتر از 3 دقیقه

✅کانال بیوانفورماتیک ایران
@Iran_Bioinformatics💫


📌لینک مقاله:
https://bmcbioinformatics.biomedcentral.com/articles/10.1186/1471-2105-9-559

🔻 انجمن بیوانفورماتیک ایران با همکاری پژوهشگاه دانش های بنیادی نهمین همایش بیوانفورماتیک ایران را برگزار می کند.

✔️آخرین مهلت ارسال مقالات: ۱۵ دی
✔️تاریخ برگزاری: 20-22 اسفند
🌐 وب سایت:
https://icb9.ibis.org.ir/
📱 کانال تلگرام:
@icb9_ibis

📝 تهیه و تنظیم: #یاسمین_کیانیان دانشجوی دکتری #شیمی_آلی_محاسباتی دانشگاه تربیت مدرس

سه شنبه ها: #معرفی_موقعیت_شغلی

جهت کسب اطلاعات بیشتر از شرایط و مزایای این موقعیت شغلی و ارسال رزومه به سایت کدکول مراجعه فرمایید.

http://www.codecool.ir/journal%20detail?file=5172

✅کانال بیوانفورماتیک ایران

@Iran_bioinformatics 💫

⌛️طول دوره 6 هفته

👨‍💻#برنامه_نویسی_پایتون_مقدماتی

📜 با ارائه مدرک معتبر برای هر دوره

🔰10 درصد تخفیف دانشجویی
و 5 درصد تخفیف برای 3 نفر اول ثبت نامی

👈برای ثبت نام با شناسه زیر تماس برقرار فرمایید.

🆔 @codecool5


🌀 برای کسب اطلاعات بیش تر در مورد تخفیف های در نظر گرفته شده به کانال زیر مراجعه نمائید:

https://t.me/BioinformaticsSchools/190

🌀تشخیص زود هنگام آلزایمر

📝تیمی از دانشمندان بیمارستان عمومی ماساچوست وابسته به دانشگاه هاروارد روشی مبتنی بر نرم افزار، برای اسکن سوابق الکترونیکی سلامت (EHRs) تهیه کرده‌اند تا خطر ابتلا به بیماری آلزایمر را تشخیص دهند. الگوریتم ارائه شده توسط این گروه ابتدا با استفاده از یادگیری ماشین لیستی از اصطلاحات کلینیکی کلیدی ایجاد می‌کند. این اصطلاحات، مرتبط با علائم شناختی است که توسط متخصصین بالینی مشخص شده‌اند.

💻سپس با پردازش زبان طبیعی (NLP) سوابق الکترونیکی سلامت بیماران را جستجو می‌کند و سرانجام این الگوریتم با استفاده از نتایج مرحله‌ی قبل خطر ابتلا به آلزایمر را در بیماران ارزیابی می‌کند.

👨‍💻توماس جونیور، نویسنده اول مقاله گفته است: "نکته‌ی جالب روش مذکور این است که ما توانسته‌ایم ۸ سال زودتر خطر ابتلا به آلزایمر را پیش‌بینی کنیم."

💡تشخیص زودرس آلزایمر می تواند یک اقدام مهم در جهت بهبود مراقبت و یافتن درمان‌های مؤثر برای این بیماران باشد. آلزایمر در حال حاضر بیش از ۵.۵ میلیون آمریکایی را تحت تأثیر قرار داده‌است و انتظار می‌رود با افزایش سن جامعه، تعداد افراد بیشتری درگیر این بیماری شوند.

📚ابزارهای شناسایی و پیش‌بینی فعلی نیاز به جمع آوری داده‌های زیادی دارد که پرهزینه است. ابزارمعرفی شده توسط این گروه کاملاً مبتنی بر نرم افزار است تا از داده‌هایی که قبلاً در طول مراقبت‌های بالینی معمول ایجاد شده است، استفاده کند.

📝تهیه و تنظیم: #مریم_رفیعی‌پور
دانشجوی ارشد #بیوانفورماتیک آزمایشگاه #بیوانفورماتیک دانشگاه #تربیت_مدرس

چهارشنبه‌ها: #اخبار_فناوری

📌توضیحات تکمیلی این پژوهش را می‌توانید از طریق لینک زیر دنبال کنید.
https://www.codecool.ir/journal%20detail?file=5173

📝تعداد کلمات: ۴۲۸
⏰زمان مطالعه: ۲ دقیقه

📌منبع:
https://news.harvard.edu/gazette/story/2019/12/early-detection-of-alzheimers-possible-through-algorithm/

✅کانال بیوانفورماتیک ایران
@Iran_Bioinformatics💫

👨🏻‍🎓 دوره آموزشی: ژنتیک سرطان

👨🏻‍🏫مدرس: دکتر صادق باباشاه (عضو هیئت علمی دانشگاه تربیت مدرس)

📜 با ارائه گواهی معتبر

🔰10 درصد تخفیف دانشجویی
و 5 درصد تخفیف برای 3 نفر اول ثبت نامی


👈برای ثبت نام با شناسه زیر تماس برقرار فرمایید.

🆔 @codecool5


🌀 برای کسب اطلاعات بیش تر در مورد تخفیف های در نظر گرفته شده به کانال زیر مراجعه نمائید:

https://t.me/BioinformaticsSchools/190

⚛️ آیا تا به حال یک اتم را دیده‌اید؟

✅ کانال بیوانفورماتیک ایران
@Iran_Bioinformatics 💫

📝 ترجمه :
#سارا_فیاض‌زاده
دانشجوی دکتری #بیوفیزیک آزمایشگاه #بیوانفورماتیک دانشگاه #تربیت_مدرس

🎙صداگذاری: #عطیه_احمدی
دانشجوی کارشناسی ارشد #بیوفیزیک آزمایشگاه #بیوانفورماتیک دانشگاه #تربیت_مدرس

پنجشنبه ها: #فیلم

زیست شناسی داریم تا زیست شناسی!!😅

#طنز

✅ کانال بیوانفورماتیک ایران
@Iran_Bioinformatics💫

🌀آشکار شدن میکروبیوم 5700 ساله با کشف یک آدامس باستانی جویده شده

👨‍🔬محققان دانشگاه کپنهاگ موفق به استخراج ژنوم کامل یک انسان از "آدامس جویده شده" هزاران ساله شده اند. به گفته محققان این اولین بار است که ژنوم کامل یک انسان باستانی از چیزی غیر از استخوان های انسان استخراج شده است.

🙎🏽‍♀️این DNA متعلق به زنی با پوست تیره، موهای قهوه ای رنگ و چشمان آبی است که در اواخر دوران نوسنگی در جنوب دانمارک زندگی می کرده است.

🔸اگر چه هنوز هیچ گونه بقایای انسانی در محل حفاری کشف نشده است، اما DNA موجود در این آدامس باستانی، ظاهر این زن، این که چه غذایی می خورده و چه باکتری ها و ویروس هایی را با خودش حمل می کرده را آشکار می کند.

🔹محققان دریافتند که این زن حامل ویروس تبخال و ذات الریه بوده و همچنین مبتلا به بیماری عدم تحمل لاکتوز که در میان جوامع شکارچی–گردآورنده و قبل از ظهور دامپروری شایع بوده است.

🔸این نتایج که در ژورنال Nature Communications نیز منتشر شده است، توانایی بالقوه صمغ جویده شده درخت غان را به عنوان یک منبع DNA میکروبی و انسان باستانی نشان می دهد که می تواند برای روشن کردن سرگذشت جمعیت ها، اوضاع بهداشتی و راهکارهای معیشتی مردم باستان مورد استفاده قرار گیرد.

🎯 این مطالعه می تواند فصل جدیدی را در مورد تکامل انسان های باستان و میکروبیوم آن ها و بحث هم تکاملی میکروبیوم انسان و ژنوم انسان بگشاید.


📌توضیحات تکمیلی این پژوهش را می توانید از طریق لینک زیر دنبال کنید.
https://www.codecool.ir/journal%20detail?file=5174


🔖 1106 کلمه
⏰ زمان مطالعه: کمتر از 6 دقیقه


📝 تهیه و تنظیم: #سمیه_آزادیان دانش آموخته ارشد #بیوفیزیک آزمایشگاه #بیوانفورماتیک دانشگاه #تربیت_مدرس

شنبه ها: #علمی_اجتماعی

✅کانال بیوانفورماتیک ایران
@Iran_Bioinformatics💫

📌منبع:
https://www.scientificamerican.com/article/ancient-chewing-gum-reveals-a-5-700-year-old-microbiome1/

📚مقدمه ای بر حرکت، عملکرد و ساختار پروتئین ها

یکشنبه ها: #معرفی_کتاب

✅کانال بیوانفورماتیک ایران
@Iran_Bioinformatics💫

فایل #pdf کتاب "مقدمه ای بر حرکت، عملکرد و ساختار پروتئین ها"

#بیوانفورماتیک_ساختاری

✅ کانال بیوانفورماتیک ایران
@Iran_Bioinformatics💫

💎تشخیص محاسباتی پپتیدهای ضد رگ زایی با استفاد از پکیج AntAngioCOOL

🌡آنژیوژنز(Angiogenesis) فرایند رگ زایی از عروق موجود برای تهیه مواد مغذی و مسیر دفع سموم است و نقش اساسی در رشد و نمو دارد. این فرآیند در هنگام تشکیل تومور های سرطانی می تواند نقش مهمی در پیشرفت سرطان ایفا کند و موجب گسترش تومور و تبدیل تومور خوش خیم به بدخیم شود.

🧫شناسایی پپتیدهای ضد آنژیوژنز برای مهار فرایند رگ زایی در طی سال های اخیر نظر محققان زیادی در حوزه سرطان را به خود جلب کرده است با این حال مطالعات بسیار نادری در تشخیص محاسباتی این پپتیدها انجام شده است.

🔑در این مقاله یک پکیج R کارآمد مبتنی بر یادگیری ماشین (AntAngioCOOL) جهت تشخیص پپتیدهای آنژیوژنز پیشنهاد شده است. این پکیج جهت پیش بینی پپتید ها از پنج ویژگی PseAAC, k-mer composition, k-mer composition (reduced alphabet), Physico-chemical profile, Atomic profile استفاده می کند.

🔖با توجه به نتایج به دست آمده ، AntAngioCOOL به عملکرد رضایت بخشی در پیش بینی پپتیدهای ضد رگ زایی در یک مجموعه داده آزمایش رسیده است و می تواند در تشخیص پپتیدهای ضد رگ زایی موثر باشد.

🌀این پکیج در آزمایشگاه بیوانفورماتیک دانشگاه تربیت مدرس توسعه داده شده است.

📌توضیحات تکمیلی این پژوهش را می توانید از طریق لینک زیر دنبال کنید.
http://www.codecool.ir/journal%20detail?file=5176

📝 تهیه و تنظیم: #علیرضا_دوست_محمدی دانشجو ارشد #بیوانفورماتیک آزمایشگاه #بیوانفورماتیک دانشگاه #تربیت_مدرس

دوشنبه ها: #مقاله_هفته

📝تعداد کلمات: 259 کلمه

⏰زمان مطالعه: کمتر از 3 دقیقه

✅کانال بیوانفورماتیک ایران
@Iran_Bioinformatics💫


📌لینک مقاله:
https://translational-medicine.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12967-019-1813-7

🌀 تولید سوخت هیدروژنی بسیار ارزانتر از گذشته

📚 دانشمندان اعلام کردند که چگونه با استفاده از آب، آهن، نیکل و الکتریسیته میتوانند انرژی هیدروژنی بسیار ارزانتری را ایجاد کنند.

🔖 بعد از اینکه تیمی از دانشمندان تحت نظارت UNSW راهی ارزانتر و پایدار برای تولید سوخت هیدروژنی ارائه کردند، اتومبیل های هیدروژنی ممکن است به زودی به چیزی فراتر از یک پدیده نو تبدیل شوند.

💻 در پژوهشی که اخیرا در Nature Communications منتشر شده است،‌ دانشمندانUNSW سیدنی، دانشگاه گریفیت و دانشگاه صنعتی سوینبورن نشان دادند که گرفتن هیدروژن با شکستن آن از اکسیژن موجود در آب می تواند با استفاده از فلزات کم هزینه مانند آهن و نیکل به عنوان کاتالیزور حاصل شود ، که باعث افزایش سرعت واکنش شیمیایی و کاهش انرژی آن میشود.
آهن و نیکل که به وفور در زمین یافت می شوند ، فلزات گرانبها راتنیم، پلاتین و ایریدیم را جایگزین می کنند که تاکنون به عنوان کاتالیزور معیار در فرآیند "شکافت آب" در نظر گرفته شده اند.

📋 پروفسور چوان ژائو استاد دانشکده شیمی UNSW می گوید در شکافت آب ، دو الکترود بار الکتریکی را بر روی آب اعمال می کنند که باعث می شود هیدروژن از اکسیژن جدا شود و به عنوان انرژی در یک سلول سوخت استفاده شود. او می گوید: آنچه ما انجام می دهیم این است که الکترودها را با کاتالیزور خود بپوشانیم تا مصرف انرژی کاهش یابد. وی افزود: در این کاتالیزور یک رابط نانو در مقیاس کوچک وجود دارد که آهن و نیکل در سطح اتمی در آن قرار می گیرند، که به یک مکان فعال برای شکافت آب تبدیل می شود. اینجاست که هیدروژن را می توان از اکسیژن جدا کرد و به عنوان سوخت مورد استفاده قرار داد و اکسیژن می تواند به عنوان پسماندهای سازگار با محیط زیست آزاد شود.

تهیه و تنظیم :#الهام_افخمی دانشجوی ارشد #بیوانفورماتیک آزمایشکاه #بیوانفورماتیک دانشگاه #تربیت_مدرس


چهار شنبه ها : #اخبار_فناوری


📌توضیحات تکمیلی این پژوهش را می‌توانید از طریق لینک زیر دنبال کنید.
https://www.codecool.ir/journal%20detail?file=5178

تعداد کلمات :606
زمان مطالعه : کمتر از 3 دقیقه

📌منبع :
https://scitechdaily.com/new-way-to-make-hydrogen-energy-out-of-water-much-more-cheaply/

🎧 بخش سوم کتاب صوتی "فیزیک غیرممکن‌ها"

🔶 فیزیک تمدن‌های برتر

🖋نویسنده: میچیو کاکو

پنجشنبه ها: #کتاب_صوتی

#فیزیک_غیرممکن‌ها
#میچیو_کاکو

✅کانال بیوانفورماتیک ایران
💠منبع: کانال خوانش کتاب برای انسان خردمند

@Iran_Bioinformatics💫
@Homosapiensfa💫

🎉 آنچه در سال 2020 میلادی پیش خواهد آمد.


🔹 آشفتگی‌های بی حدوحصر سیاسی در انگلستان، ایالات متحده و سایر کشورها احتمالا در سال جدید هم تداوم خواهد داشت. انتخابات ماه گذشته انگلستان و نزدیک‌تر شدن این کشور به خروج از اتحادیه اروپا، دانشمندان این کشور را با از دست دادن کمک‌ها و همکاری‌های علمی اتحادیه اروپا روبه‌رو کرده است. در ایالات متحده انتخابات ریاست جمهوری ماه نوامبر نقش دانشمندان در سیاست‌های محیط زیستی آینده را تعیین می‌کند. در این مقاله به برخی از مسائل و تحقیقاتی که انتظار می‌رود منجر به تولید خبر در سال جاری گردند اشاره شده است.


🦏 اهداف جدید برای نجات تنوع زیستی:
انتظار می رود امسال تلاش برای احیای اهداف سند تنوع زیستی Aichi که حدود ده سال پیش در ژاپن تصویب شده است صورت گیرد. در پیشبرد این اهداف از جمله جلوگیری از کاهش گونه‌های در خطر انقراض، پیشرفت‌های کمی صورت گرفته است. اما کشورهای جهان در ماه اکتبر امسال هنگام دیدار در شهر کونمینگِ چین فرصتی برای تعیین مسیرهای موثرتر و بررسی کنواسیون‌های تنوع زیستی در اختیار دارند.


🧬 آزمایشات بالینی کریسپر:
ابزار ویرایش ژن کریسپر امسال در مواجه با آزمایشات کلیدی وعده خود برای درمان سرطان و بیماری‌های ژنتیکی را تحقق خواهد بخشید. در یک آزمایش بالینی در ایالات متحده با استفاده از کریسپر سه ژن در سلول‌های T را غیرفعال می کنند و در مرحله بعد به بدن بیمار سرطانی بازمی‌گردانند، رویکردی که به این سلول‌های دفاعی کمک می کند تا سلول‌های بدخیم را از رشد و گسترش در بدن بیمار بازدارند. نتایج بیشتری از آزمایشات سرطان کریسپر در چین بدست خواهد آمد.
پژوهشگران دیگری نیز بر روی درمان افراد با کم خونی داسی شکل و تالاسمی با استفاده از این ویرایشگرهای DNA و فعال کردن ژن هموگلوبینِ رویانی جهت جبران نقص پروتئین حامل اکسیژن در بزرگسال فعالیت می‌کنند. پاییز گذشته دانشمندان گزارش موفقی از 2 بیمار را ارائه کردند و در سال 2020 انتظار گزارش نتایج بیشتری می‌رود. آزمایش دیگری که در ایلات متحده در حال انجام است بر روی نقش کریسپر در بهبود بینایی افراد با اختلال مادرزادی نابینایی پیشرونده تمرکز دارد.


📍ادامه این مطلب را در لینک زیر دنبال کنید:
https://www.codecool.ir/journal%20detail?file=5179


✅کانال بیوانفورماتیک ایران
@Iran_Bioinformatics💫



📝تعداد کلمات: 653 کلمه

⏰زمان مطالعه: کمتر از 4 دقیقه



📝 تهیه و تنظیم: #سحر_برهانی
دانشجو دکتری #بیوفیزیک آزمایشگاه #بیوانفورماتیک دانشگاه تربیت مدرس

شنبه ها: #علمی_اجتماعی


📌منبع:
https://science.sciencemag.org/content/367/6473/6

📚پرسش ها و پاسخ ها در تحلیل توالی زیستی

📝تهیه و تنظیم: #دانیال_خدیوی دانشجو ارشد بیوانفورماتیک آزمایشگاه #بیوانفورماتیک دانشگاه #تربیت_مدرس

یکشنبه ها: #معرفی_کتاب

#زیست_شناسی_محاسباتی

✅کانال بیوانفورماتیک ایران
@Iran_Bioinformatics💫

فایل #pdf کتاب "پرسش ها و پاسخ ها در تحلیل توالی زیستی"

#زیست_شناسی_محاسباتی

✅ کانال بیوانفورماتیک ایران
@Iran_Bioinformatics💫

📝 تهیه و تنظیم:
#زینب_محمدتبار
دانشجوی ارشد #بیوانفورماتیک

سه شنبه ها: #معرفی_موقعیت_تحصیلی

برای اطلاعات بیشتر به سایت ما سر بزنید.

https://www.codecool.ir/journal%20detail?file=5185

✅کانال بیوانفورماتیک ایران

@Iran_bioinformatics 💫

⌛️طول دوره 6 هفته

👨‍💻#برنامه_نویسی_R_مقدماتی

📜 با ارائه مدرک معتبر برای هر دوره

🔰10 درصد تخفیف دانشجویی
و 5 درصد تخفیف برای 3 نفر اول ثبت نامی

👈برای ثبت نام با شناسه زیر تماس برقرار فرمایید.

🆔 @codecool5


🌀 برای کسب اطلاعت بیش تر در مورد تخفیف های در نظر گرفته شده به کانال زیر مراجعه نمائید:

https://t.me/BioinformaticsSchools/190

🖱 ساخت دستگاه ورودی کوچک انگشتی بدون نیاز به باتری برای کامپیوترها

☝️ محققان علوم کامپیوتر دانشگاه واترلو کانادا از ساخت ورودی رایانه‌ی پوشیدنی خبر دادند که بر روی نوک انگشت نصب می‌شود.

📳 این وسیله که «تیپ تپ» نام دارد، از فناوری برچسب شناسایی فرکانس رادیویی (RFID) بهره می برد.

🔋❌ این وسیله نیازی به باتری ندارد و تنها با لمس کردن نوک انگشتان به طرق مختلف، فعال می‌شود. برای سهولت در استفاده از آن انگشت اشاره و شست انتخاب شده‌اند به طوریکه برروی هر انگشت یک نوار شامل 3 تراشه نصب می‌شود و هر تراشه در یک طرف می‌تواند با هرکدام از تراشه‌ها در طرف دیگر تماس پیدا کرده و سیگنال الکتریکی مختلفی را تولید کند.

💵 از آنجایی ک این وسیله هزینه‌ی چندانی ندارد می‌توان با اضافه کردن آن به دستکش‌های یکبار مصرف جراحی امکان دسترسی جراحان به نمودار طرح و برنامه‌ی پیش از عمل را در اتاق جراحی فراهم کرد.

✅ در حال حاضر نمونه‌ی اولیه‌ی این دستگاه ساخته شده که می‌تواند به دستکش یا مستقیما به پوست بچسبد و محققان این طرح تنها محدودیت آن را عدم امکان فاصله گرفتن زیاد از خوانشگر RFID اعلام کرده‌اند (این فاصله در حال حاضر حدود 4متر است).

برای ادامه‌ی مطلب به لینک زیر مراجعه کنید:
https://www.codecool.ir/journal%20detail?file=5187

✅ کانال بیوانفورماتیک ایران
@Iran_Bioinformatics 💫

📝تهیه و تنظیم : #سارا_فیاض_زاده
دانشجوی دکتری #بیوفیزیک آزمایشگاه #بیوانفورماتیک دانشگاه #تربیت_مدرس

چهارشنبه ها: #اخبار_فناوری

📌منبع :
https://uwaterloo.ca/news/news/new-device-enables-battery-free-computer-input-tip-your