📚طراحی‌ الگوریتم در مقیاس ژنوم

📝تهیه و تنظیم: #دانیال_خدیوی دانشجو ارشد بیوانفورماتیک آزمایشگاه #بیوانفورماتیک دانشگاه #تربیت_مدرس

یکشنبه ها: #معرفی_کتاب

#بیوانفورماتیک
#زیست_محاسباتی

✅کانال بیوانفورماتیک ایران
@Iran_Bioinformatics💫

فایل #pdf کتاب "طراحی الگوریتم در مقیاس ژنوم"
#طراحی_الگوریتم


✅ کانال بیوانفورماتیک ایران
@Iran_Bioinformatics💫

💻 دوره طراحی محاسباتی دارو

مدرس ها:
👨🏻‍🏫 دکتر سجاد قرقانی (عضو هیئت علمی گروه بیوانفورماتیک دانشگاه تهران و عضو هیئت مدیره انجمن بیوانفورماتیک ایران )
👨🏻‍🏫 دکتر مانی (عضو هیئت علمی گروه شیمی تجزیه دانشگاه تربیت مدرس )

🕰طول دوره: هشت هفته

💎10 درصد تخفیف دانشجویی
😃 برگزای کلاس به صورت آنلاین💻
♦️جهت کسب اطلاعات بیشتر میتوانید با شناسه زیر تماس برقرار کنید:
@codecool5

🌞کانال بیوانفورماتیک ایران 🌞
@Iran_Bioinformatics💫

🌀دسته بندی روش هاي استاندارد کشف و کاربرد يابي مجدد دارو

💊رویکرد سنتی کشف دارو نیازمند هزینه وزمان طولانی است. از این رو روش های محاسباتی بسیار حائز اهمیت هستند.

🔬روش هاي کشف دارو عبارت اند از : روش هاي استاندارد کشف دارو و روش هاي کاربرد يابي مجدد دارو

🕵🏽️‍♂️ آقای Hurle و همکارانش، روش هاي کشف استاندارد دارو را به دو دسته روش هاي غربالگري مبتني بر هدف و غربالگري مبتني بر فنوتيپ و روش هاي محاسباتي کاربرد يابي مجدد دارو را به سه دسته ترنسکريپتوميک، اثرات جانبي و ژنتيک تقسيم نموده اند.

👩🏼‍🔬روش هاي استاندارد کشف دارو به دو دسته تقسيم مي شوند:
روش هاي غربالگري هدف(Target-based screen): يک هدف(target) را به يک بيماري متصل مي کند و از پروسه غربالگري براي پيدا کردن مولکول هاي دارو متصل شده به هدف استفاده مي شود.
روش هاي غربالگري فنوتيپ(phenotypic screen): در اين روش هدف(target) ناديده گرفته می شود و به طور مستقيم سعي در يافتن مولکول هاي دارو دارند (غربالگري فنوتيپ مرتبط با بيماري).

👨🏻‍💻روش هاي کاربرد يابي مجدد دارو به سه دسته تقسيم مي شوند:
روش هاي ترنسکريپتوميک(Transcriptomic): مي توان يک دارو را با يک فنوتيپ پيوند داد. در اين روش اگر همبستگي منفي قوي بين امضاي ژن(gene signatures) و پروفايل بيان دارو باشد، داروها روي بيماري اثر درماني خواهند داشت.
روش هاي مبتني بر اثر جانبي(Side effect): با نشان دادن يک بيماري بر اساس اثرات جانبي مرتبط با درمان آن و شناسايي داروهاي ديگر با اثرات جانبي مشابه ارتباط بين يک دارو و بيماري جديد برقرار مي شود.
روش هاي مبتني بر ژنتيک: ارتباط بين يک هدف و يک فنوتيپ ژنتيکي برقرار مي شود که مي تواند، خود بيماري يا فنوتيپ مرتبط با بيماري باشد
این مقاله بر روش های محاسباتی که از داده های ترنسکریپتومک( Connectivity Map, CMap)، عوارض جانبی و ژنتیکی(genome‐wide association study, GWAS) استفاده می کنند، تاکید دارد و تا به تحلیلی جامع برای کشف کاربرد مجدد دارو برسند.

📌توضیحات تکمیلی این پژوهش را می توانید از طریق لینک زیر دنبال کنید.

https://www.codecool.ir/journal%20detail?file=5158



📝 تهیه و تنظیم: #غزاله_فهیمیان دانش آموخته ارشد #بیوفیزیک آزمایشگاه #بیوانفورماتیک دانشگاه #تربیت_مدرس

دوشنبه ها: #مقاله_هفته

#طراحی‌دارو

✅کانال بیوانفورماتیک ایران
@Iran_Bioinformatics💫


📌لینک مقاله:
https://ascpt.onlinelibrary.wiley.com/doi/pdf/10.1038/clpt.2013.1

⌛طول دوره ۶ هفته

👨‍💻#برنامه_نویسی_پایتون_مقدماتی

🔰۱۰ درصد تخفیف دانشجویی

📜 با ارائه مدرک معتبر برای هر دوره

👈برای ثبت نام با شناسه زیر تماس برقرار فرمایید.

🆔 @codecool5

🧬 برای کسب اطلاعت بیش تر:
🌐 codecool.ir

✅کانال بیوانفورماتیک ایران
@Iran_bioinformatics💫

سه شنبه ها :#موقعیت_تحصیلی
📍جهت کسب اطلاعات بیشتر از مزایای این دوره به سایت ما مراجعه فرمایید :
https://codecool.ir/journal%20detail?file=5159

⌛طول دوره ۶ هفته

👨‍💻#برنامه_نویسی_R_مقدماتی

🔰۱۰ درصد تخفیف دانشجویی

📜 با ارائه مدرک معتبر برای هر دوره

👈برای ثبت نام با شناسه زیر تماس برقرار فرمایید.

🆔 @codecool5

🌞 کانال بیوانفورماتیک ایران 🌞
@Iran_Bioinformatics💫

💎فرهیختگان گرامی سلام

📝گواهی رسمی مربوط به دوره های سپری شده شما عزیزان در مجموعه "زیست داده کاو کدکول" در روز پنج شنبه 14 ام آذرماه (بین ساعت ۱۴ تا ۱۷) و در محل آموزشگاه تقدیم شما خواهد شد.

🗺 : خیابان پاسداران - خیابان بوستان ۸ - پلاک ۱۲۰ - واحد ۱۴ گروه زیست داده کاو کدکول

📌 لطفا پیش از مراجعه حضوری حتما با همکاران ما در تماس باشید.
🆒 @Codecool5

🎧 بخش دوم کتاب صوتی "فیزیک غیرممکن‌ها"

🔶 آن‌ها کجا هستند؟!

🖋نویسنده: میچیو کاکو

پنجشنبه ها: #کتاب_صوتی

#فیزیک_غیرممکن‌ها
#میچیو_کاکو

✅کانال بیوانفورماتیک ایران
@Iran_Bioinformatics💫

⌛️طول دوره ۶ هفته

👨‍💻#آشنایی_با_دستورات_پرکاربرد_لینوکس

🔰 ۱۰ درصد تخفیف دانشجویی

📜 با ارائه مدرک معتبر

👈 برای ثبت نام با شناسه زیر تماس برقرار فرمایید.

🆔 @codecool5

🌞 کانال بیوانفورماتیک ایران 🌞
@Iran_Bioinformatics💫

وقتی به استادم میگم میخوام نوشتن مقاله ام رو زودتر شروع کنم ولی نمیدونم چطوری… 😅

#طنز

✅ کانال بیوانفورماتیک ایران
@Iran_Bioinformatics💫

فرهیختگان سلام 🧩❤️
وبگاه اینترنتی ما:
http://www.codecool.ir/

🔷ما را در شبکه های اجتماعی دیگر دنبال کنید

🌱 - آدرس کانال تلگرام ما :
🧶 https://t.me/Iran_Bioinformatics
📺- یوتیوب - کدکول ( به روز ترین فیلم های آموزشی)
🧶 https://www.youtube.com/channel/UC57QhiIWYYHcggrDS1R0KPw/featured
🖇 - لینکداین – کدکول (بهترین ارتباط علمی - آکادمیک)
🧶 https://www.linkedin.com/company/codecool-bioinformatics
🎥 - آپارات – کدکول ( به روز ترین فیلم های آموزشی)
🧶 https://www.aparat.com/codecool_bioinformatics
📷 - اینستاگرام – کدکول
🧶 https://instagram.com/codecool_bioinformatics?igshid=18sf4fvz6g1z6

🔶 "دورنمای ترسناک" محققین برزیلی را مجبور به حذف اسم هایشان کرد


🏳️ محققان برزیلی که در باره علت و بزرگی آتش سوزی در آمازون تحقیق می کنند، آنقدر درباره از دست دادن شغل خود می‌ترسند که یافته های خود را در یک ژورنال پیشرو به طور ناشناس منتشر کرده اند.
مقاله جدید در مورد دلایل بحران آتش سوزی ماه آگوست در برزیل با روایت رسمی دولت برزیل که آتش سوزی ها در حد متوسط تاریخی قرار گرفته اند در تضاد است.


🔹 "متاسفانه این امر ضروری بود" منتشر شده توسط این تیم در نشریه تغییرات جهانی زیست شناسی در 15 نوامبر، به سرپرستی جوز بارلو دانشمند حفاظت از دانشگاه لنکستر انگلستان و دانشگاه فدرال لاوراس در برزیل.


✔️ اریکا برنگوئر یکی از محققین که اسمش در پژوهش درج شده است، می گوید که محققان محلی به دلیل اخراج غیر منتظره ریکاردو گالوائو، مدیر موسسه تحقیقات فضایی برزیل (INPE)، چنان تحت تاثیر قرار گرفته اند که دیگر می‌ترسند که یافته هایشان را به صورت عمومی گزارش دهند.



🔻ادامه این مطلب را در لینک زیر دنبال کنید:

https://codecool.ir/journal%20detail?file=5160

📝تعداد کلمات: 415
⏰زمان مطالعه: کمتر از ۳ دقیقه

✅ کانال بیوانفورماتیک ایران
@Iran_Bioinformatics💫




📝 تهیه و تنظیم: #سیدعلی_میرمصطفی
دانشجوی دکتری #بیوانفورماتیک آزمایشگاه #بیوانفورماتیک دانشگاه #تربیت_مدرس


شنبه ها: #علمی_اجتماعی


📌منبع:
https://www.natureindex.com/news-blog/landscape-of-fear-forces-brazilian-forest-researchers-into-anonymity?utm_source=Nature+Briefing&utm_campaign=6cddda34dd-briefing-dy-20191206&utm_medium=email&utm_term=0_c9dfd39373-6cddda34dd-44439713

📚برنامه نویسی پایتون برای زیست شناسی و بیوانفورماتیک و فراتر

📝تهیه و تنظیم: #مسلم_عسگری پژوهشگر حوزه #بیوانفورماتیک

یکشنبه ها: #معرفی_کتاب
#برنامه_نویسی

✅کانال بیوانفورماتیک ایران
@iran_bioinformatics 💫

فایل #pdf کتاب "برنامه نویسی پایتون برای زیست شناسی و بیوانفورماتیک و فراتر"
#برنامه_نویسی

✅ کانال بیوانفورماتیک ایران
@Iran_Bioinformatics💫

🌀ارائه ابزاری به نام BEST برای تجزیه و تحلیل الگوی بیان ژن سلول‌های مغز

📝بی‌نظمی در الگوهای بیان ژن در چندین اختلال روانی گزارش شده است. تحقیقات در حوزه‌ی مکانیسم مولکولی روانپزشکی به دلیل دشوار بودن نمونه‌برداری، به اطلاعات تحقیقات ژنتیکی متکی است. با استفاده از داده‌های مرجع از مطالعات بیان ژن سلول‌های مغز، آنالیز جامعی روی الگوهای بیان ژن در نتایج ژنتیکی روانپزشکی انجام شده است.

این الگوی بیان مکانی- زمانی، شواهدی در بعضی از مناطق مغز ارائه می‌دهد و نشان دهنده‌ی مراحل رشد و مسیرهای مولکولی است که احتمالاً در آسیب روانی درگیر هستند.

در حال حاضر، ابزار آنلاینی برای تجزیه و تحلیل سیستماتیک این گونه از داده‌ها وجود ندارد، که مانع استفاده از آنالیز داده ها توسط محققان غیر انفورماتیک مانند زیست شناسان آزمایشگاهی و زیست شناسان مولکولی بالینی می شود.

💻 در این مقاله یک وب سرور جهت تجزیه و تحلیل الگوی بیان ژن سلول های مغز در سطح زمان-مکان را توسعه داده‌شده است.

این تحقیقات کمک می کند تا ارتباطی بین مطالعات ژنتیکی و مکانیسم بیماری پیدا شود، ایجاد سرنخ هایی برای شناسایی ژن های کلیدی و سیستم مولکولی فراهم می کند و تجزیه و تحلیل مربوط به منطقه‌ی حساس به بیماری در مغز و مرحله بیماری را پشتیبانی می کند.

📝تهیه و تنظیم: #مریم_رفیعی‌پور
دانشجوی ارشد #بیوانفورماتیک آزمایشگاه #بیوانفورماتیک دانشگاه #تربیت_مدرس

دوشنبه‌ها: #مقاله


📌برای مطالعه بشتر به سایت کدکول مراجعه کنید.
https://codecool.ir/journal%20detail?file=5164

📝تعداد کلمات: ۳۴۰
⏰زمان مطالعه: کمتر از ۲ دقیقه


📌منبع:
https://bmcbioinformatics.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12859-019-3222-6

📝 تهیه و تنظیم: #یاسمین_کیانیان دانشجوی دکتری #شیمی_آلی_محاسباتی دانشگاه تربیت مدرس

سه شنبه ها: #معرفی_موقعیت_شغلی

✅ کانال بیوانفورماتیک ایران
@Iran_Bioinformatics 💫

📌 منبع:
https://www.nature.com/naturecareers/job/bioinformaticsdata-scientist-channing-division-of-network-medicine-bwh-713519

💬مشاوره موقعیت شغلی:
https://instagram.com/codecool_bioinformatics?igshid=18sf4fvz6g1z6

🇮🇷🇮🇷رنگ آمیزی مولکول‌ های زیستی با رنگ های نسل جدید

🎯فرزاد ارجمندی‌راد، استادیار شیمی معدنی و عضو هیئت علمی دانشگاه آزاد اسلامی واحد بناب در آذربایجان شرقی موفق به تولید نسل جدیدی از رنگ‌های فلورسانس برای رنگ‌آمیزی مولکول‌های زیستی شده است. از این رنگ‌ می‌توان در فرایند pcr برای آشکارسازی مولکول‌های DNA و … استفاده نمود.

📝این رنگ گیاهی با ساختار نانو برای تشخیص DNA و RNA و اسیدهای نوکلئیک در روش ژل آگارز و دستگاه‌های تشخیص فلورسانسی طراحی و سنتز شده است و قابلیت رقابت با محصولات شیمیایی مشابه ساخت امریکا مانند gel green و sybr green را دارد.

📋روش استفاده از این ماده مشابه روش دیگر مواد فلورسانسی است . 3 الی 5 میکرولیتر در سی الی پنجاه سی‌سی محلول ژل آگارز یک الی دو درصد با بافر نیم ایکس TBE در همان شرایط ولتاژ و زمان معمول دستگاه‌های الکتروفورز.

💡شرایط نگهداری آن نیاز به دماهای پایین ندارد و در دمای معمولی و دماهای زیر 20درجه و یا حتی بالای 80 درجه سانتی‌گراد نیز پایدار است و بدون هراس از قرار گرفتن در مقابل نور خورشید، قابل استفاده می‌باشد. البته این رنگ به‌صورت اضافه شدن به نمونه DNA در حین بارگذاری در چاهک‌های ژل به میزان نیم الی یک میکرولیتر هم کارایی خوبی دارد.

📝تهیه و تنظیم: #علیرضا_دوست_محمدی
دانشجوی ارشد #بیوانفورماتیک آزمایشگاه #بیوانفورماتیک دانشگاه #تربیت_مدرس

چهارشنبه‌ها: #اخبار_فناوری

📌توضیحات تکمیلی این پژوهش را می‌توانید از طریق لینک زیر دنبال کنید.
https://codecool.ir/journal%20detail?file=5165

📝تعداد کلمات: 427 کلمه
⏰زمان مطالعه: کمتر از سه دقیقه

📌منبع:
https://zist-fan.ir/%d8%b1%d9%86%da%af-%d8%a2%d9%85%db%8c%d8%b2%db%8c-%d9%85%d9%88%d9%84%da%a9%d9%88%d9%84%e2%80%8c-%d9%87%d8%a7%db%8c-%d8%b2%db%8c%d8%b3%d8%aa%db%8c-%d8%a8%d8%a7-%d8%b1%d9%86%da%af-%d9%87%d8%a7%db%8c/

✅کانال بیوانفورماتیک ایران
@Iran_Bioinformatics💫

💻 دوره طراحی محاسباتی دارو

مدرس ها:
👨🏻‍🏫 دکتر سجاد قرقانی (عضو هیئت علمی گروه بیوانفورماتیک دانشگاه تهران و عضو هیئت مدیره انجمن بیوانفورماتیک ایران )
👨🏻‍🏫 دکتر مانی (عضو هیئت علمی گروه شیمی تجزیه دانشگاه تربیت مدرس )

🕰طول دوره: هشت هفته

💎10 درصد تخفیف دانشجویی
😃 برگزای کلاس به صورت آنلاین💻
♦️جهت کسب اطلاعات بیشتر میتوانید با شناسه زیر تماس برقرار کنید:
@codecool5

🌞کانال بیوانفورماتیک ایران 🌞
@Iran_Bioinformatics💫

⌛️طول دوره 6 هفته

👨‍💻#برنامه_نویسی_R_مقدماتی

📜 با ارائه مدرک معتبر برای هر دوره

🔰10 درصد تخفیف دانشجویی
و 5 درصد تخفیف برای 3 نفر اول ثبت نامی

👈برای ثبت نام با شناسه زیر تماس برقرار فرمایید.

🆔 @codecool5


🌀 برای کسب اطلاعات بیش تر در مورد تخفیف های در نظر گرفته شده به کانال زیر مراجعه نمائید:

@BioinformaticsSchools

پیشرفت در شناسایی فرآیند folding😅

#طنز

✅ کانال بیوانفورماتیک ایران
@Iran_Bioinformatics💫