🌀ساخت یک تراشه برای تشخیص سرطان در مراحل اولیه

🔅محققان موسسه‌ی پلی تکنیک Worcester یک تراشه از جنس نانولوله‌های کربنی تولید کرده‌اند که می‌تواند سلول‌های توموری در گردش خون (CTC) را بر اساس اندازه و نوع جذب کند و با حساسیت به مراتب بیشتری از فناوری‌های موجود این کار را انجام دهد.

📝سرپرست این تیم تحقیقاتی گفته‌است: "جداسازی CTC‌ها با خلوص بالا یک چالش مهم است، شبیه یافتن سوزن در انبار کاه. این سلول ها تقریباً یک تا 10 سلول را در بین یک میلیارد سلول خون تشکیل می‌دهند و جدا شدن CTC از تومورها یک فرایند بسیار ناپیوسته است."

طراحی منحصر به فرد این تراشه باعث شده‌است سلول‌های جذب شده به آسانی شناسایی و حتی کشت داده‌شوند، این امر می‌تواند تومورها را در مراحل اولیه تشخیص دهد و بر اثرات درمانی نظارت کند.

📚میزان بالای مرگ و میر ناشی از سرطان تا حد زیادی مربوط به تومورهایی است که تا رسیدن به مراحل پیشرفته یا غیرقابل درمان شناسایی نمی‌شوند. دانشمندان مدتهاست به دنبال روشی هستند که بتواند سلول‌های توموری که با جریان خون در رگ‌ها در حرکتند را به دام بیندازد. این فناوری می‌تواند تشخیص سرطان را در مراحل اولیه، هنگامی که احتمال درمان موفقیت آمیزتر است را ممکن سازد و تغییرات ژنتیکی سلول‌های تومور را هنگام شروع متاستاز تشخیص دهد.


✅کانال بیوانفورماتیک ایران
@Iran_Bioinformatics💫

📝تهیه و تنظیم: #مریم_رفیعی‌پور
دانشجوی ارشد #بیوانفورماتیک آزمایشگاه #بیوانفورماتیک دانشگاه #تربیت_مدرس

چهارشنبه‌ها: #اخبار_فناوری

📌لینک سایت:
http://codecool.ir/journal%20detail.aspx?file=5112

📌منبع:

https://www.wpi.edu/news/new-liquid-biopsy-chip-developed-wpi-detects-circulating-tumor-cells-100-percent-blood-samples

#داستان_طنز
اولین تلاش های (تحقیقات) یک دانشجو در راستای تهیه یک پروپوزال 😑😅

✅ کانال بیوانفورماتیک ایران
@Iran_Bioinformatics💫

🧩🛸🌠مشاهده یک سیاه چاله عظیم در حین تخریب یک ستاره📡

🛰 بسیار پیش می آید که برشی از فیلم های مربوط به وقایع آسمانی شبیه به صحنه هایی از بهشت است، مانند یک سیاهچاله بسیار بزرگ که ستاره ایی را تکه تکه و بخشی از آن را می بلعد. اکنون دانشمندان تصویری از اولین لحظات چنین واقعه ایی را دریافت کرده اند.

💫 این تنها یکی از هزاران پدیده این چنینی است که تحت عنوان "رویدادهای کِشنده مخرب" نامگذاری شده و ستاره شناسان مشاهده می کنند.

☄ چنین رویدادی زمانی رخ می دهد که یک ستاره به قدر کافی از نزدیکی یک سیاهچاله عبور کند تا به درون آن کشیده و تجزیه شود، که این اتفاق در هر کهکشان تنها هر ۱۰۰۰۰۰ سال یکبار به وقوع می پیوندد.

🔭اگر چنین رویدادی در کهکشان راه شیری اتفاق بیافتد ، بسیار پر نور خواهد بود به نحوی که تمام روز شاهد نور آن خواهیم بود.
مشاهدات از لحظات اولیه رویداد کِشنده مخرب، می تواند به فیزیکدانان کمک کند تا تخمینی که برای جرم و سرعت سیاه چاله ها می زنند را، بهبود بخشند.
چنین داده هایی کمک میکند تا دریابیم سیاه چاله ها چگونه شکل میگیرند و آیا تخریب این چنینی ستارگان در تکامل کهکشان نقشی دارد؟


تهیه تنظیم: #رایحه_وفایی
دانشجوی دکتری #بیوفیزیک آزمایشگاه #بیوانفورماتیک دانشگاه #تربیت مدرس
شنبه ها: #علمی_اجتماعی
📚منبع:
https://www.sciencenews.org/article/supermassive-black-hole-shredded-star-caught-act

📝تهیه و تنظیم: #دانیال_خدیوی دانشجو ارشد بیوانفورماتیک آزمایشگاه #بیوانفورماتیک دانشگاه #تربیت_مدرس

یکشنبه ها: #معرفی_کتاب

✅کانال بیوانفورماتیک ایران
@Iran_Bioinformatics💫

[ File : Richard Dawkins - The blind watchmaker.pdf ]
فایل #pdf کتاب "ساعت‌ساز نابینا"

✅ کانال بیوانفورماتیک ایران
@Iran_Bioinformatics💫

🔴 افق های ژنومی و دینامیکی سلول های T

پاسخ  سلول‌های تی cd8 مثبت به ویروس هپاتیت B موجب اختلال در عملکرد و یا تمایز به سلول های effector می‌گردد، اما سازوکاری پشت پرده این عواقب متنوع وجود دارد که به خوبی شناخته نشده است.

در این مقاله نشان داده شده است که پوشاندن (priming) با سلول‌های کوپفر، که اهداف طبیعی هپاتیت B نیستند منجر به تمایز سلول‌های T به سلول‌های effector می‌شود و خوشه‌ای فشرده و خارج عروقی از سلول‌های بی تحرک پراکنده در کبد را شکل می‌دهد.

در مقابل پوشاندن با هپاتوسیت‌ها که اهداف طبیعی هپاتیت B هستند باعث فعالیت موضعی و تکثیر سلول‌های T می‌گردد، این سلول‌ها خوشه‌ای نرم و داخل عروقی از سلول‌های متحرک در اطراف سیاهرگ کبدی شکل می‌دهند.

آنالیزهای دسترسی کروماتین و ترنسکریپتوم جنبه‌های منحصربه‌فردی از سلول‌های T دارای اختلال عملکرد را نشان می‌دهند. سلول‌های T پوشانده‌شده با هپاتوسیت‌ها  با داروهای ضد PD-L1 قابل درمان نیستند اما به IL-2 پاسخ می‌دهند. این یافته‌ها رویکردهای ایمونوتراپی در مقابل آلودگی‌های مزمن هپاتیت B را پیشنهاد می‌کنند.

📍ادامه مطلب:
http://codecool.ir/journal%20detail.aspx?file=5113



✅کانال بیوانفورماتیک ایران
@Iran_Bioinformatics💫



📝تهیه و تنظیم: #سحر_برهانی
دانشجوی دکتری #بیوفیزیک آزمایشکاه #بیوانفورماتیک دلنشگاه #تربیت_مدرس


دوشنبه ها: #مقاله_هفته


📌منبع:
https://www.nature.com/articles/s41586-019-1620-6

💢 شروع کلاس جمعه

📆 ۱۷ آبان ماه

⏰ ساعت ۱۷ تا ۱۹

⌛️طول دوره ۶ هفته

👨‍💻#برنامه_نویسی_پایتون_مقدماتی

🔰 ۱۰ درصد تخفیف دانشجویی

📜 با ارائه مدرک معتبر

👈برای ثبت نام با شناسه زیر تماس برقرار فرمایید.

🆔 @codecool4

📝 تهیه و تنظیم: #یاسمین_کیانیان دانشجوی دکتری #شیمی_آلی_محاسباتی دانشگاه تربیت مدرس

سه شنبه ها: #معرفی_موقعیت_شغلی

✅ کانال بیوانفورماتیک ایران
@Iran_Bioinformatics 💫

📌 منبع:
https://www.nature.com/naturecareers/job/bioinformatician-european-molecular-biology-laboratory-embl-708057

🇮🇷🇮🇷ساخت دستگاه PCR با کمک فناوری میکروفلوئیدیک

🧬روش “PCR” به منظور تکثیر ژن مورد استفاده قرار می‌گیرد.. اخیراً به همت تیم پژوهشی دکتر امیر شاملو دانشیار دانشگاه صنعتی شریف از یک روش جدید به منظور تولید دستگاه‌های میکروفلوئیدیک استفاده شده است که قابلیت تعمیم در تمامی دستگاه‌های دیگر ساخته شده توسط پژوهشگران در حوزه میکرو و نانو را دارد. مزیت این روش، تولید دستگاه‌های میکروفلوئیدیک با قابلیت تحمل فشارهای بسیار بالا است.

💠🌀در سیستم های تجاری “PCR”، سیال در ظرفی قرار داده می‌شود و دمای آن توسط دستگاه بالا و پایین می‌شود اما در دستگاه ساخته شده که از نوع جریان پیوسته است، بر خلاف سیستم‌های تجاری، سیال بر روی بخش‌هایی با دمای ثابت که دارای دمای مخصوص به فرآیند PCR هستند جریان پیدا می‌کنند و به دمای آن بخش‌ها می‌رسند. به این ترتیب سیال با عبور مکرر از بخش‌هایی با دمای مشخص سیکل‌های حرارتی “PCR” را طی می‌کند.

💡🔦🥇از مزایای پیوسته بودن جریان دستگاه ساخته شده می‌توان به تغییر سریع دما، کاهش هزینه ساخت، کاهش نیاز به مواد اولیه‌ی واکنش، عدم ورود آلودگی‌ها و مواد اضافه موجود بر روی دیواره‌ها به داخل سیال نمونه و امکان اجرای روشهای “PCR” مختلف نظیر “Digital PCR” اشاره کرد.

📝نتایج حاکی از آن است که با استفاده از نانوذرات، دستگاه ساخته شده می‌تواند کارایی مشابه دستگاه‌های تجاری را همراه با کاهش زمان فرایند حاصل نماید. همچنین نشان داده شده است که نانوذرات می‌توانند تا 5 برابر (وحتی بیشتر) نتایج “PCR” را بهبود دهند.

✅کانال بیوانفورماتیک ایران
@Iran_bioinformatics 💫

📝تهیه و تنظیم: #علیرضا_دوست_محمدی دانشجوی #ارشد_بیوانفورماتیک آزمایشگاه #بیوانفورماتیک دانشگاه #تربیت_مدرس

چهارشنبه ها : #فناوری

📌ادامه مطلب :
http://codecool.ir/journal%20detail.aspx?file=5114

📌منبع:
https://zist-fan.ir/%d8%b3%d8%a7%d8%ae%d8%aa-%d8%af%d8%b3%d8%aa%da%af%d8%a7%d9%87-pcr-%d9%81%d9%86%d8%a7%d9%88%d8%b1%db%8c-%d9%85%db%8c%da%a9%d8%b1%d9%88%d9%81%d9%84%d9%88%d8%a6%db%8c%d8%af%db%8c%da%a9/

تولدمون مبارک
😄😀😃😁
🎂🎉🎉🎂

🌺نخستین سالگرد تأسیس کانال 🌺


با نهایت درود و احترام خدمت تمام کاربران گرامی 🌹🌹🌹

🎉 سابقه فعالیت گروه زیست داده کاو کدکول به سال 1395 بر می گردد و یک سال پیش نیز در چنین روزی این گروه با هدف ارائه خدمات آموزشی و پژوهشی و همچنین انتشار مطالب و اخبار علمی به دانش پژوهان و علاقه مندان به زیست شناسی و بویژه بیوانفورماتیک اقدام به راه اندازی سایت و کانال تلگرامی خود نمود.

🙏 در اینجا بر خود لازم می دانیم که از تمامی شما کاربران عزیز و گرانقدر که همیشه همراه ما بودید و با پیشنهادات ارزشمندتان ما را در جهت بهبود هر چه بهتر خدمات این گروه یاری رساندید نهایت تشکر و سپاسگزاری را داشته باشیم.

🎉 امید است که با آغاز دومین سال فعالیت گروه زیست داده کاو کدکول، در کنار شما عزیزان که هیچگاه نظرات سازنده خود را از ما دریغ نمی کنید و همچنین با زحمات بی دریغ تمامی دوستانی که در این گروه فعالیت دارند بتوانیم خدمتگزاران بهتری برای شما دانش پژوهان عزیز بوده و موجبات رضایت شما را فراهم آوریم.
🌷🌷🌷💐💐💐💐🌷🌷🌷

#طنز_تلخ
#دیتابیس

و اینگونه شد که همه پایگاه های داده یک کار انجام میدهند!!!

✅ کانال بیوانفورماتیک ایران
@Iran_Bioinformatics💫

🌀ابداع یک ابزار جدید برای بازسازی تکامل پروتئین ها


🔸آیا قلمرو، فرمانرو، شاخه، رده، راسته، خانواده، جنس و گونه و استعاره درخت زندگی داروین که در زیست شناسی دبیرستان آموخته ایم را به خاطر می آورید؟
➖ این روش بهترین حدس علم برای توصیف دودمان های موجودات زنده است که چگونه ژن ها به مرور زمان جهش یافته و تقسیم می شوند تا موجودات را به آن چه امروزه هستند تغییر دهند.

⁉️چه می شود اگر بتوانید مدل بهتری از تغییر تکاملی را ایجاد کنید که می تواند تصویر واضح تری از گذشته به شما ارائه دهد؟
🔹کریستن نایگل و رومن اسلوتسکی همین کار را انجام داده اند. کار آن ها نشان می دهد که چگونه می توان مدل هایی را ساخت که قادر هستند تغییرات تکاملی را بسیار دقیق تر از گذشته بازسازی کنند، که نویدبخش پیشرفت در درک چگونگی عملکرد بیماری ها در بدن انسان است.

👨‍🔬اسلوتسکی گفت: من می دانستم كه مجبورم روشی را برای ترکیب کردن اطلاعات همه این مدل ها بیابم، زیرا من نمی توانستم تنها از رایج ترین آن ها استفاده كنم. این چالش غیر منتظره ای بود که منجر به ارائه ی این کار شد.

👨‍💻محققان می توانند از ابزار جدید نایگل و اسلوتسکی برای درک این که چگونه پروتئین های بسیار مشابه تکامل می یابند استفاده کرده و سپس داروهای بهتری را برای هدف قرار دادن اختصاصی یک پروتئین طراحی نمایند.

🔖 مقاله این دو پژوهشگر تحت عنوان "ASPEN، روشی برای بازسازی تکامل پروتئین با دقت بهتر و با استفاده از مدل های ترکیبی" پنجشنبه 17 اکتبر در مجله eLife منتشر شده است.

📌ادامه مطلب :
http://codecool.ir/journal%20detail?file=5115


📝تهیه و تنظیم: #سمیه_آزادیان دانش آموخته ارشد بیوفیزیک آزمایشگاه #بیوانفورماتیک دانشگاه #تربیت_مدرس

شنبه ها: #علمی_اجتماعی


✅کانال بیوانفورماتیک ایران
@Iran_Bioinformatics💫


📌 منبع:
https://www.sciencedaily.com/releases/2019/10/191017135740.htm
http://codecool.ir/journal%20detail?file=5115

💢 شروع کلاس جمعه

📆 ۱۷ آبان ماه

⏰ ساعت ۱۳ تا ۱۵:۳۰

⌛️طول دوره ۵ هفته

👨‍💻#برنامه_نویسی_پایتون_مقدماتی

🔰 ۱۰ درصد تخفیف دانشجویی

📜 با ارائه مدرک معتبر

👈برای ثبت نام با شناسه زیر تماس برقرار فرمایید.

🆔 @codecool3

📝تهیه و تنظیم: #ح_ن

یکشنبه ها: #معرفی_کتاب

✅کانال بیوانفورماتیک ایران
@Iran_Bioinformatics💫

🌺 به مناسبت نخستین سالگرد تاسیس کانال، مدیریت گروه کدکول تصمیم دارد در سه بخش مجزا به معرفی مختصری از اعضای تخصصی این گروه و فعالیت های آن ها بپردازد.

📌گروه زیست داده کاو کدکول از سال 1395 به طور رسمی کار خود را آغاز نمود. آموزش مهارت های بیوانفورماتیکی و خدمات تحلیل داده های حجیم از ابتدا بیشترین تقاضای مخاطبین مجموعه کدکول بوده است.

🔶در هسته مرکزی گروه، اساتید برتر کشور در حوزه بیوانفورماتیک حضور دارند.
💎دکتر سید شهریار عرب از اعضای هیئت علمی دانشگاه تربیت مدرس و فعالین پارک علم و فناوری این دانشگاه هستند.
💎 دکتر جواد ظهیری عضو دیگر هیئت علمی دانشگاه تربیت مدرس از برجسته ترین مدرسین علوم کامپیوتر و بیوانفورماتیک هستند.
💎 دکتر سجاد قرقانی عضو هیئت علمی دانشگاه تهران (مرکز تحقیقات بیوشیمی بیوفیزیک = IBB) از اعضای هیات مدیره انجمن بیوانفورماتیک ایران می باشند.

✏️وفق دادن روش یادگیری ماشین کلاسیک و مدرن

📚علی رغم اینکه پیشرفت‌ها در حوزه‌ی یادگیری ماشین و هوش مصنوعی در حال تغییر جامعه است، درک اساسی ما از موضوع هماهنگ با این پیشرفت‌ها نیست.

در مدل‌های کلاسیک یادگیری ماشین اعتقاد بر این است که مدل مناسب مدلی است که کاملاً با داده‌های آموزش مطابقت نکند زیرا این موضوع منجر به کارایی ضعیف مدل روی داده‌های تست می‌شود. با این وجود مدل‌های طبقه‌بندی کننده‌ی مدرن تقریباً بر داده‌های آموزش منطبق هستند. در واقع یکی از اصول اساسی در روش‌های یادگیری ماشین کلاسیک ایجاد موازنه بین خطای آموزش و خطای تست است در حالی که در روش‌های مدرن مانند شبکه عصبی که با دقت بالایی پیش‌بینی می‌کنند، این گونه نیست.

📝 این تناقض باعث بحث و گفت‌وگو بین پژوهشگران شده و آن‌ها را با این سوال‌ها مواجه کرده است که آیا اساساً این تئوری عملی است؟ ارتباط مبانی ریاضی یادگیری ماشین و مسائل دنیای واقعی چیست؟

💡پژوهشگران در این مقاله به این سوال پاسخ و درک روش کلاسیک و مدرن را در یک منحنی عملکرد یکپارچه وفق داده‌اند. آن‌ها طیف گسترده‌ای از مدل‌ها و مجموعه داده‌ها را بررسی کرده‌ و ارتباط بین عملکرد، ساختار مدل‌های یادگیری ماشین، محدودیت‌های تحلیل کلاسیک و مفهوم تئوری و عملی یادگیری ماشین را شرح داده‌اند.


📝تهیه و تنظیم: #مریم_رفیعی‌پور
دانشجوی ارشد #بیوانفورماتیک_آزمایشگاه #بیوانفورماتیک دانشگاه #تربیت_مدرس

دوشنبه ها: #مقاله_هفته

📌لینک سایت:
http://codecool.ir/journal%20detail?file=5116


📌منبع:
https://www.pnas.org/content/116/32/15849.short

✅کانال بیوانفورماتیک ایران
@Iran_Bioinformatics💫

🛠 تیم های تخصصی گروه زیست داده کاو کدکول در حوزه های زیر فعلالیت دارند:
🔶 آنالیز داده های حجیم زیستی
🔶 مشاوره پروژه های تحقیقاتی
🔶 طراحی و توسعه نرم افزار های تخصصی
🔶 طراحی و پیاده سازی وب سایت
🔶 طراحی و توسعه اپلیکیشن موبایل
🔶 تصویر سازی حرفه ای مقالات علمی
🔶 طراحی گرافیک
🔶 ترجمه تخصصی متون علمی

👨‍👨‍👦‍👦 اعضای تخصصی ما در کدکول که به بیش از 20 متخصص رسمی و انحصاری و 40 عضو پاره وقت می رسد، از برجسته ترین نخبگان برنامه نویسی، تحلیل داده، هوش مصنوعی (یادگیری ماشین)، داده کاوی و بیوانفورماتیک در بهترین دانشگاه های کشور هستند که در3 دپارتمان پژوهش، آموزش و توسعه و تولید ابزار های تحلیل داده گرد آمده اند.

🔶 سابقه فعالیت این عزیزان به سال های قبل از همکاری با گروه زیست داده کاو کدکول بر می گردد اما گروه زیست داده کاو کدکول مفتخر است که با بیش از 10 دانشگاه برتر کشور فعالیت داشته و توانسته در حوزه های آموزش و پژوهش به اساتید و دانشجویان خدمات علمی خود را ارائه کرده است.

📝 تهیه و تنظیم: #سمیه_آزادیان دانش آموخته ارشد بیوفیزیک آزمایشگاه #بیوانفورماتیک دانشگاه #تربیت_مدرس

سه شنبه ها: #معرفی_موقعیت_پسادکتری


✅ کانال بیوانفورماتیک ایران
@Iran_Bioinformatics 💫


📌منبع:
http://novinscholarships.com/?p=11382

📑ازجمله فعالیت های یک سال اخیر مجموعه کدکول می توان به طور خلاصه به موارد زیر اشاره کرد:
👨‍🎓پذیرش بیش از 300 نفر دانشجوی علاقه مند به مهارت های علمی برتر در طول دو سال
👨‍🏫 برگزاری بیش از 1000 ساعت کلاس آموزشی در حوزه های برنامه نویسی، تحلیل داده های ژنتیکی، کار با داده های امیکس (پروتئومیکس-ژنومیکس).
👨‍💻 همکاری در بیش از ده ها پروژه داده کاوی و تحلیل داده
👨‍🔧 بیش از 100 ساعت مشاوره تخصصی در حوزه بیوانفورماتیک، طراحی وب و تحلیل داده