🔴 نرم افزار InTAD : آنالیز هدایت شده ساختارهای کرموزومی در ژن های مورد هدف تشدیدکننده ها


🧬 فناوری های با ظرفیت بالا جهت آنالیز ساختارهای کروموزومی در مقیاس ژن آشکار کرده اند که کروماتین در دُمین های مرتبط از لحاظ توپولوژیکی سازمان یافته است که به آن TAD گفته می شود. TADها در همه انواع سلولی نسبتا پایدار هستند، در حالی که فعالیت های intra-TAD اختصاصی نوع سلول می باشد. پروفایل های اپی ژنتیک بافت ها و سلول های مختلف منجر به شناسایی عناصر تنظیمی غیرکدکننده متععدی تحت عنوان 'تشدیدکننده' شده است که با نواحی کدکننده فاصله زیادی دارند.


📈 تقریب خطی، معیار انتخابی رایجی برای بررسی وابستگی تشدیدکننده با ژن های هدف بالقوه شان می باشد. تشدیدکننده ها غالبا نزدیک ترین ژن را تنظیم می کنند، اما شناسایی بدون ابهام ژن های تنظیم شده توسط تشدیدکننده ها در غیاب نمونه داده های ساختارهای کروموزومی تطبیق یافته همچنان چالش برانگیز است.


🖥 در این پروژه، برای وابستگی تشدیدکننده ها و ژن های هدفشان روشی به کار گرفته شده است که همبستگی قابل توجه میان تشدیدکننده و بیان ژن در طول یک گروه از نمونه ها را آزمایش می کند. جهت کاهشِ تعداد آزمایش ها، این آنالیز به جفت های ژن-تشدید کننده قرار گرفته در TADهای مشابه محدود شده است و اطلاعات مربوط به این مرزهای TAD از داده های ساختارهای کروموزومی (Hi-c) که در دسترس عموم قرار دارند، برداشته شده است. این روش به صورت یک پکیج بیوکنداکتور R به نام InTAD پیاده سازی و با آنالیز داده های بیان ژن و تشدیدکننده حاصل از تومور مغزی ependymma ارزیابی شده است.


📝 تهیه و تنظیم: #سحر_برهانی
دانشجوی دکتری #بیوفیزیک آزمایشگاه #بیوانفورماتیک دانشگاه #تربیت_مدرس


دوشنبه ها: #مقاله_هفته


✅ کانال بیوانفورماتیک ایران
@Iran_Bioinformatics 💫


📌 منبع:
https://bmcbioinformatics.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12859-019-2655-2

📱اپلیکیشن #OligoCOOL

🔍 علاقه مندان جهت بدست آوردن اطلاعات بیشتر در خصوص نحوه کار با OligoCOOL می توانند از طریق لینک زیر مقاله اپلیکیشن را مطالعه کنند:
📰 https://rdcu.be/bikmG


📌لینک دسترسی جهت دانلود OligoCOOL
🌐 http://bioinf.modares.ac.ir/software/OligoCOOL/

📝تهیه و تنظیم: #مژگان_مظفری_لقا دانشجوی دکتری #بیوانفورماتیک دانشگاه #تهران

دوشنبه ها: #معرفی_ابزار_بیوانفورماتیکی

✅ کانال بیوانفورماتیک ایران
@Iran_Bioinformatics 💫

🦠🧬یه متخصص ژنتیک باید بتونه داده های ژنی رو آنالیز کنه🧬🦠

👩‍🏫👨‍🏫با ما تخصصهای لازم رو آکادمیک یاد بگیرید

👇👇👇👇👇👇👇👇👇👇👇
💫https://t.me/Iran_Bioinformatics
💫https://t.me/Iran_Bioinformatics
👆👆👆👆👆👆👆👆👆👆👆

📝 تهیه و تنظیم: #نیلوفر_سید_مجیدی دانشجوی ارشد #بیوانفورماتیک دانشگاه #تربیت_مدرس

سه شنبه ها: معرفی #موقعیت_تحصیلی

📌لینک:
https://lu.mynetworkglobal.com/en/what:job/jobID:246646/type:job/where:4/apply:1

✅ کانال بیوانفورماتیک ایران
@Iran_Bioinformatics💫

✨ شبیه سازی یک مدل کامپیوتری نظارت بر محیط زیست

👩‍💻دانشمندان دانشگاه کورنل یک برنامه کامپیوتری نظارت بر محیط‌زیست با یک مدل مبتنی بر عامل لیستریا (enable) را برای شبیه‌سازی محتمل‌ترین مکان‌ها در یک تأسیسات فرآوری جایی که پاتوژن های مربوط به مواد غذایی به Listeria monocytogenes ممکن است پیدا شود، ایجاد کرده‌اند.

🔻سپس مدیران ایمنی مواد غذایی می‌توانند این مناطق را برای حضور باکتریای مربوطه تست کنند و یک ابزار مهم برای جلوگیری از آلودگی مواد غذایی و قرار گرفتن انسان به پاتوژن مواد غذایی ایجاد کنند.

🖥 مدل کامپیوتری که مقاله چاپ شده در مورخ ۲۴ ژانویه در نشریه گزارش‌های علمی توصیف شده‌است، پتانسیل تغییر در گستره وسیعی از میکروب‌ها و مکان‌ها را دارد.


📝تهیه و تنظیم : #سینا_صامتی دانش آموخته بیوفیزیک آزمایشگاه #بیوانفورماتیک دانشگاه #تربیت_مدرس

چهارشنبه ها: #اخبار_فناوری

✅ کانال بیوانفورماتیک ایران
@Iran_Bioinformatics 💫

📌منبع : science daily

📝تهیه و تنظیم : #سمیه_آزادیان دانش آموخته بیوفیزیک آزمایشگاه #بیوانفورماتیک دانشگاه #تربیت_مدرس

چهارشنبه ها: #اینفوگرافیک

✅کانال بیوانفورماتیک ایران
@Iran_Bioinformatics💫

📌منبع:
https://www.pinterest.com/pin/462181980482360549/

📍#شروع کلاس
✅#شبکه_های_زیستی

🗓نیمه بهمن ماه

💻برگزاری دوره به صورت انلاین و حضوری

✅برای کسب اطلاعات بیشتر از سایر دوره ها به کانال زیر مراجعه فرمایید:

@BioinformaticsSchools💫

👈برای ثبت نام با شناسه زیر تماس برقرار فرمایید
@codecool1

❄️🔥کانال بیوانفورماتیک ایران 🔥❄️
@Iran_Bioinformatics💫

#داستان_طنز
#من_و_هم_آزمایشگاهیام!

👈 تصور من برای جشن بعد از دفاع
😂

✅ کانال بیوانفورماتیک ایران
@Iran_Bioinformatics💫

📍#شروع کلاس
✅#رنامه_نویسی_پایتون

🗓نیمه بهمن ماه

💻برگزاری دوره به صورت انلاین و حضوری

✅برای کسب اطلاعات بیشتر از سایر دوره ها به کانال زیر مراجعه فرمایید:

@BioinformaticsSchools💫

👈برای ثبت نام با شناسه زیر تماس برقرار فرمایید
@codecool1

❄️🔥کانال بیوانفورماتیک ایران 🔥❄️
@Iran_Bioinformatics💫

🦝 فراوانی حیات وحش در چرنوبیل


🐿 مطالعه ای با تصویربرداری یک ماهه منجر به مشاهده ۱۰ گونه پستاندار و ۵ گونه پرنده شد. جمیز بسلی استادیار آزمایشگاه اکولوژی رودخانه ساوانا مدرسه جنگلبانی و منابع طبیعی وارنل در گزارشی بیان می کند که این حیوانات در زمان مصرف لاشه های ماهی بر روی خط ساحلی رودخانه و کانال در منطقه چرنوبیل تصویربرداری شدند. مطالعات گذشته نیز وجود تنوع حیات وحش مانند گرگ های خاکستری در ناحیه ای به مساحت یک مایل مربعی که بعد از حادثه هسته ای در سال ۱۹۸۶ ورود عموم به آن ممنوع شده بود را نشان داده بودند. اما در مطالعه اخیر عقاب های دم سفید، راسو آمریکایی و سمور رودخانه ای نیز دیده شدند.

🦔 نتایج نشان می دهند که منابع غذایی آبی به سمت مناطق زمینی جریان دارند. بنابراین به همان اندازه که حیات وحش نیمه آبی ( مانند سمور و راسو) از آن بهره می برند، در دسترس حیات وحش زمینی نیز قرار می گیرند. فعالیت لاشه خواری ( مردارخواری) شبکه های غذایی متعددی را به یکدیگر متصل می سازد، اما چگونگی این فرآیند همچنان ناشناخته باقی مانده است.

🦡 در این مطالعه به تقلید از فعالیت های طبیعی لاشه ها بر لبه آزاد رودخانه و نزدیک کانال های آبیاری قرار داده شدند. نتایج حاکی از آن بود که ۹۸ درصد لاشه های ماهیان طی یک هفته اول توسط حیوانات لاشه خوار مصرف شدند. نرخ بالای مصرف لاشه ها توسط گونه های زمینی و نیمه آبی بیانگر حرکت منابع غذایی بین اکوسیستم های آبی و زمینی فراتر از حد موردانتظار محققان است.

🔸 در سال ۱۹۸۶ نیروگاه هسته ای روسیه در چرنوبیل اوکراین منفجر و ناحیه ای ۱ مایل مربعی اطراف آن تخلیه گردید.


📝 تهیه و تنظیم: #سحر_برهانی
دانشجوی دکتری #بیوفیزیک آزمایشگاه #بیوانفورماتیک
دانشگاه #تربیت_مدرس


شنبه ها: #علمی_اجتماعی


✅ کانال بیوانفورماتیک ایران
@Iran_Bioinformatics 💫


📌منبع:
https://www.sciencedaily.com/releases/2019/01/190131143410.htm

📍#شروع کلاس
✅#آنالیز_بیان_ژن

🗓26 بهمن ماه

💻برگزاری دوره به صورت انلاین

✅برای کسب اطلاعات بیشتر از سایر دوره ها به کانال زیر مراجعه فرمایید:

@BioinformaticsSchools💫

👈برای ثبت نام با شناسه زیر تماس برقرار فرمایید
@codecool1

❄️🔥کانال بیوانفورماتیک ایران 🔥❄️
@Iran_Bioinformatics💫

📝 تهیه و تنظیم: #سمیه_آزادیان دانش آموخته ارشد بیوفیزیک آزمایشگاه #بیوانفورماتیک دانشگاه #تربیت_مدرس

یکشنبه ها: #معرفی_کتاب

✅کانال بیوانفورماتیک ایران
@Iran_Bioinformatics💫

فایل #pdf کتاب "تکامل زیبایی"

✅ کانال بیوانفورماتیک ایران
@Iran_Bioinformatics💫

📍#شروع کلاس
✅#برنامه_نویسی_R

🗓26 بهمن ماه

💻برگزاری دوره به صورت انلاین و حضوری

✅برای کسب اطلاعات بیشتر از سایر دوره ها به کانال زیر مراجعه فرمایید:

@BioinformaticsSchools💫

👈برای ثبت نام با شناسه زیر تماس برقرار فرمایید
@codecool1

❄️🔥کانال بیوانفورماتیک ایران 🔥❄️
@Iran_Bioinformatics💫

♒️ 11 فوریه، روز "بین المللی زنان و دختران در علم" گرامی باد.


👩🏻‍⚕️پرفسور باربارا مک کلین تاک برنده جایزه نوبل پزشکی:
"اگر می دانید که در مسیر درست قرار دارید، اگر این دانش درونی را دارید، پس هیچ کس نمی تواند شما را متوقف کند ... مهم نیست که دیگران چه می گویند. "


✅ کانال بیوانفورماتیک ایران
@Iran_Bioinformatics💫

📌 منبع:
https://www.monash.edu/science/home/womensinscience

💻 ساخت شبکه های PPI برای گونه ی لیشمانیا از طریق اطلاعات ساختاری پروتئین

💊 تجزیه و تحلیل سیستماتیک انگل ها کلیدی برای درک بهتر فرآیندهای زیستی است. چراکه باعث می شود مکانیسم بیماری ها روشن شده و عملکرد پروتئین ها روشن شود و هدف دارو به درستی انتخاب شود.

🔬 درحال حاضر،چندین روش برای پیش بینی واکنش های متقابل بین پروتئین ها برای گونه های غیر مدل، وجود دارد اما فقط شامل بخش کوچکی از کل پروتئوم و واکنش های موجود می شود.

📚براساس این تحقیق،روش های زیست شناسی محاسباتی، پیش بینی شبکه پروتئینی و آنالیز مقایسه ای برای مطالعه ی
Leishmania braziliensis
و
Leishmania infantum
بکارگرفته شده است.

🤒 این انگل ها عامل لیشمانیوزیز هستند، بیماری که درسطح جهانی اپیدمیک می باشد و داروهای موجود برای درمانش کافی نیستند.


🚺 تهیه و تنظیم : #عطیه_احمدی دانشجوی ارشد بیوفیزیک آزمایشگاه #بیوانفورماتیک دانشگاه #تربیت_مدرس

دوشنبه ها: #مقاله_هفته


✅ کانال بیوانفورماتیک ایران
@Iran_Bioinformatics💫

🔊منبع:
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5840830/

📍#شروع کلاس
✅#بسته_جامع_طراحی_دارو

🗓30 بهمن ماه

💻برگزاری دوره به صورت انلاین و حضوری

✅برای کسب اطلاعات بیشتر از سایر دوره ها به کانال زیر مراجعه فرمایید:

@BioinformaticsSchools💫

👈برای ثبت نام با شناسه زیر تماس برقرار فرمایید
@codecool1

❄️🔥کانال بیوانفورماتیک ایران 🔥❄️
@Iran_Bioinformatics💫

✨روز داروین مبارک✨

✴️ اگر امروز با جزئیات می دانیم که ما گونه انسان و میلیون‌ها گونه جاندار دیگر چگونه بر روی کره زمین تا به این نقطه از حیات رسیده‌ایم را مدیون شروع چارلز داروین هستیم. امروز تولد این دانشمند بزرگ است.

چارلز داروین:
"این نیرومند ترین گونه ما نیست که زنده می ماند هوشمندترین هم نیست، کسی زنده می ماند که بیش از همه شایستگی سازگاری با دگرگونی را دارد."

✅ کانال بیوانفورماتیک ایران
@Iran_Bioinformatics💫

📝 تهیه و تنظیم: #سحر_برهانی
دانشجوی دکتری #بیوفیزیک آزمایشگاه #بیوانفورماتیک دانشگاه #تربیت_مدرس

دوشنبه ها: #معرفی_بیوانفورماتیک

📌منبع:
http://www.synergielyoncancer.com/glossary/bioinformatics

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/26764471

قبلنا فقط داروساز ها میتونستن دارو بسازن ولی الان مدرسه زمستونی ما به زیست شناسا و برنامه نویس ها هم یاد میده چطوری دارو بسازن👨‍🔬👩🏻‍🔬
اگه میخوای دارو طراحی کنی دوره طراحی دارو مدرسمونو از دست نده
👇👇👇👇
https://t.me/Iran_Bioinformatics💫

👨🏻‍💻امواج الکترومغناطیس با دو منشأ طبیعی و انسانی، نقش مهمی در زندگی امروزه‌ی ما بازی می‌کنند.

📵از این امواج برای ارتباطات رادیویی، تلویزیونی، شبکه‌های مخابراتی و تمامی ارتباطات بی‌سیم استفاده می‌کنند.

🥵 تأثیرات ترموژنیکی (تولید گرما در بدن) این میدان‌ها با شدت میدان که با شاخصی به اسم SAR یا نرخ جذب ویژه اندازه‌گیری می‌شود رابطه‌ای مستقیم دارد. نرخ جذب ویژه با واحد وات بر کیلوگرم، نشان می‌دهد که چقدر از انرژی موجود درمیدان الکترومغناطیس جذب بدن می‌شود.

⚠️ اثرات گرمایی این میدان‌ها بر فرآیند تخریب سلولی تأثیرگذار خواهد بود.در این بین میزان تأثیرگذاری میدان‌های الکترومغناطیس بر برخی افراد بسیار بالا است و منجر به سندرومی به نام Electrohypersensitivy یا EHS می‌شود.


📝تهیه و تنظیم : #سینا_صامتی
دانش آموخته کارشناسی ارشد بیوفیزیک آزمایشگاه #بیوانفورماتیک دانشگاه #تربیت_مدرس

چهارشنبه ها: #اخبار_فناوری


✅کانال بیوانفورماتیک ایران
@Iran_Bioinformatics 💫

📌منبع :
https://www.statista.com/chart/12797/the-phones-emitting-the-most-radiation/