سپس در ادامه ماژول ساختاری AlphaFold2 هم نمایش جفتی به‌روزشده و هم توالی اصلی (که اولین ردیف MSA به‌روزشده است) را از الگوریتم Evoformer می‌گیرد. ماژول ساختاری ابتدا این داده‌ها را به یک ساختار مرکزی یا (backbone) برای ساختار سه‌بعدی تبدیل می‌کند. سپس مدل‌سازی را با قرار دادن زنجیره‌های جانبی آمینواسیدها و بهبود موقعیت آن‌ها تکمیل می‌کند.
@irbioinformatics
سپس AlphaFold2 یک فرآیند تکراری به نام "بازیافت" (recycling) را انجام می‌دهد. این فرآیند شامل بازخورد دادن MSAها -مانند همان کاری که در بر دادن ورق های بازی ورق انجام می دهید- انجام می دهد، نمایش‌های جفتی و ساختار سه‌بعدی به شبکه عصبی است و ساختار سه‌بعدی جدیدی تولید می‌کند. این فرآیند سه بار تکرار می‌شود و به AlphaFold2 اجازه می‌دهد تا دقت ساختار نهایی را بهبود بخشد.در نهایت الفافولد با بدست اوردن یک الگوی خروجی زمینه را برای تعیین کنفورماسیون نهایی توالی اعمال شده به آن فراهم می کند و کاربر می تواند به ساختار فرضی پروتئینی که به نرم افزار داده است تا تعیین ساختار شود دست پیدا می کند. البته بایستی گفت همیشه الفا فولد به صورت موفق عمل نمی کند و در نهایت ممکن یک ساختار سه بعدی متشکل از random coils در اختیار شما قرار دهد که شباهت به ساختار هیچ پروتئینی ندارد و فاقد کنفورماسیون مشخصی است. در نتیجه شما با مراجعه به pLDDT خروجی نرم افزار می توانید تصمیم بگیرید که ایا ساختاری که توسط الفافولد مدل شده است ساختار درستی است یا خیر...

تا چشم کار میکنه والدینی رو میبینم که از زمانی که آزمایش بارداریشون مثبت شده رفتن کلاس فرزندپروری و مدرسه ی مادری و حاصل؟ تقریبا هیچ.
بچه ها بیست و چاری پای تلویزیون و گوشی و به شدت دعوایی و پرخاشگر.
بچه به پدر و مادر میره عزیزان نه به دوره و کلاس.
امیدوارم متوجه منظورم شده‌باشید

قابل توجه همکاران و دانشجویان عزیز که علاقمند به طراحی شکل در مقالات و گزارشات خود هستند
با استفاده از این لینک که برای NIH هست
بیش از ۵۰۰ شکل رایگان در اختیار شماست تا در ارائه ها و شکل ها تون استفاده کنید. این وکتورها رایگان بدون و نیاز به permission برای استفاده از انها در مقالات منتشر شده وجود ندارد

https://bioart.niaid.nih.gov/

@irbioinformatics

‏هالووین مال پولداراست.. ما بی پول ها کل روزهای سالمون گرفتار یه خون آشام واقعی به اسم مشکلات مالی هستیم

😂😏🎃

New Scientist - November 2, 2024

‏اولین تانکِ محیطِ زیست دوست!
شرکت هیوندای از اولین تانک جنگی با سوخت هیدروژنی رونمایی کرد که به محیط زیست کمترین اسیب را وارد می‌کند
این‌مثل اینه که ‏مثلا یه جلادی خیلی مودب باشه و قبل‌از گردن زدن دستاشو بشوره و به مقتول بگه «با اجازه»😂🤏🪓

عکس شماره ۱: یک اسکن از دهان موش نشان می‌دهد که چگونه و چه زمانی سقف دهان در مدل موش شکل می‌گیرد تا حفره‌های دهانی و بینی را جدا کند. این تحقیق می‌تواند به روشن‌تر شدن مسئله شکاف کام، که یک نقص مادرزادی رایج در انسان‌ها است، کمک کند.

عکس شماره ۲: یک مدل از قلب، ریه‌ها و رگ‌های خونی گوسفند در دهه ۱۹۶۰ توسط دکتر وسلی اندرسون، دامپزشک دانشگاه مینه‌سوتا، ساخته شد. او از روشی به نام پلاستی‌سازی استفاده کرد که منجر به ایجاد یک مدل پلاستیکی دقیق از ساختارها و رگ‌های داخلی شد. این مدل به محققان در ساخت «دستگاه‌های کمکی بطن» کمک کرد که پس از آسیب قلب، در پمپاژ خون به آن کمک می‌کنند.

عکس شماره ۳: از دهه ۱۹۵۰ تا ۱۹۷۰، محققان در مؤسسه ملی دیابت و بیماری‌های گوارشی و کلیوی از این کلاهک‌ها برای جمع‌آوری داده‌هایی درباره مصرف اکسیژن استفاده کردند. سپس از این داده‌ها برای مطالعه نحوه مصرف انرژی توسط بدن انسان استفاده شد.

عکس شماره ۴: این قورباغه سمی که به نام Phyllobates aurotaenia نیز شناخته می‌شود، توسط دکتر جان دیلی، بیوشیمی‌دان NIH، جمع‌آوری شد. او در حال مطالعه شیمی سموم بود تا چگونگی اثر سموم بر انسان‌ها را بررسی کند و روشی که ممکن است به آن‌ها کمک کند را کشف کند. دکتر دیلی ترکیب شیمیایی اپیباتیدین را کشف کرد. اگرچه اپیباتیدین درد را کاهش می‌دهد، اما ۲۰۰ برابر قوی‌تر از مورفین است و به همین دلیل هرگز به‌عنوان یک درمان دارویی توسعه نیافت.
@irbioinformatics

یک کتاب فوق العاده عالی برای درک ماهیت ژنتیک و عملکرد ژن ها

✅دریافت فایل کتاب(کلیک کنید).