👋 Привіт, Геноміко!

🧬 Наш новий учасник спільноти, Сергій Науменко (PhD, Research Associate з Harvard T.H. Chan School of Public Health), запропонував зустрітися та оговорити дві статті:
1. Про нову збірку геному людини;
2. Та про те, як вона впливає на аналіз мінливостей.

✍️ Попри те, що геном людини був прочитаний ще у 2001 році й ця послідовність вдосконалювалась та використовувалась у всіх популяційних та генетико-медичних проєктах, він був фрагментований (майже 1000 контігів), та на 8% не закінчений (невідомі послідовності у subtelomeric and pericentromeric regions, недавні сегментні дуплікації, rDNA та ін.). Лише останніми роками технології ultralong sequencing reads (Oxford Nanopore and PacBio HIFI) дозволили прочитати довгі послідовності та "перестрибнути" через повтори та складні ділянки. Ще одною складовою успіху стало вдосконалення алгоритмів збірки геному основаних на string graphs (граф стрічок).

⌛ Коли: завтра, 16.04.22, о 18:00 за Київським часом (або 11:00 за EDT часом)
📍 Де: Zoom

Наша зустріч розпочнеться за 15 хвилин. Приєднуйтеся онлайн! :)

Якщо ви не змогли приєднатися до нашого Біомедичного журнального клубу у квітні, ми приготували запис зустрічі:

https://youtu.be/p5Nf3FKKybU

Підписуйтесь на ютуб-канал, де зберігаються записи наших минулих заходів, і приєднуйтеся до наступних! :)

Привіт, друзі. На цю суботу ми запланували вебінар з оглядом біоінформатики малих геномних варіантів.
На зустрічі розглянемо процеси визначення, анотації, та пріоритизації геномних варіантів.
У якості типів даних будуть геноми, екзоми, панелі глибокого покриття, амплікони, секвенування із UMI та подвійні UMI.
А ще поговоримо про безліч інструментів:
- пайплайни: GATK, Dragen, bcbio,Terra;
- анотація: snpEff, VEP, OpenCravat, vcfanno;
- пріоритизація: gemini, R/tidyverse, excel, oncoprints, SolveBio, cBioPortal;

Лектор: Сергій Науменко
Де: онлайн (посилання на Zoom)
Коли: 14 травня 2022, 17:00 (Київ) / 10:00 (Бостон)

Зустрічаємося за посиланням за годину: 17:00 (Київ) / 10:00 (Бостон)

Публікуємо запис вчорашнього вебінару. Екзоми, геноми, біоінформатичні пайплайни - дякуємо Сергію за класний матеріал!

https://youtu.be/2x5XLqU_U-A

Не забувайте підписуватися на наші YouTube та Телеграм канали і ділитися матеріалами з колегами. Цим ви нам дуже допоможете в плануванні наступних заходів! ❤️🧬

Привіт, друзі Геноміки!

Розповідаємо вам про два цікаві заходи, де наближається кінцевий термін реєстрації:

1. NGSymposium in Computational Biology (Варшава або онлайн, 23-24 вересня 2022). Дедлайн подачі тез: 23 травня. Ось тут можна подивитися програму минулого симпозіуму.

2. NGSchool2022 (Яблонна, 15-23 вересня 2022). Дедлайн реєстрації: 30 травня. Сама реєстрація містить декілька задачок з основ кодінгу, статистики та інтерпретації досліджень.

Також на сайті можна почитати про допомогу щодо реєстраційних внесків для тих, кому це необхідно.

Цікаво, що у спільноті Геноміки є учасники, які або брали участь у минулих заходах, або мають відношення до організації цих. Тому скористаємося цією можливістю і порекомендуємо додаватися до нашого чату (інформація в описі каналу) :)

UPD: назбирали :) Всім дякуємо, ви супер!

Всім привіт. Член нашої спільноти, військовослужбовець ЗСУ, збирає кошти на рацію для відправки на схід. Його повідомлення:

Добрий день. Потрібна рація Motorola DP 4400, (частоти 136-172 не 400+). Збираємо військовослужбовцю в Бахмут, де зараз активні бойові дії. Допомагає у встановленні шифрованого зв'язку, не допускаючи прослуховування. Глушаться засобами РЕБ важче, ніж мобільні телефони і любительські рації. В Україні добути зараз практично неможливо, особливо за адекватними цінами. Усе вже розкупили ЗСУ. Знайшли можливість придбати в Литві.

Реквізити:

Карта привата: 4731219116174008
ПІП одержувача: Кутах Олена Анатоліївна (Olena Kutakh)

Питання в особисті: +380 95 380 97 86 (краще Signal на цей же номер, Артем)

UPD: назбирали :) Всім дякуємо, ви супер!

Всім привіт. Цієї суботи ми зустрінемося, щоб поговорити про секвенування РНК (RNA-seq).

Використання даних RNA-seq допомагає встановити молекулярний діагноз, зокрема при нервово-м'язових дистрофіях.

Під час зустрічі Сергій Науменко розгляне декілька статей за цим напрямом, включно зі статтею, в якій він зробив внесок як один з перших авторів.

Коли: 11 червня о 17:00 (Київ)
Лектор: Сергій Науменко, PhD, Research Associate з Harvard T.H. Chan School of Public Health)
Де: Zoom

Вже зовсім скоро ми зустрінемося, щоб поспілкуватися про РНК-секвенування. Приєднуйтеся о 17:00 за київським часом 🧬 🖥

We are happy to announce our next webinar - a lecture by Shamil Sunyaev, professor at Harvard Medical School

Shamil is one of the world leaders in biomedical genomics.
Shamil Sunyaev's research group is famous for its research in the population and medical genomics, especially in studying the origin, inheritance, and manifestation of genetic variants.
Shamil's group has developed tools such as PolyPhen, SNPtrack, and others that are used widely.

Language: English
Lecturer: Shamil Sunyaev
When: June 30, 11:00 EDT, 18:00 EEST
Where: Online (zoom link)

Dear community.
Due to unforeseen circumstances, we have to reschedule the webinar.
A new date will be provided soon. Stay in touch and keep safe.

Привіт, спільното!
Пишемо про нову дату запланованого заходу: 8-го серпня, о 21:00 за Києвом / 14:00 за Бостоном, в нас запланова зустріч з професором Шамілем Суняєвим.
Посилання на зустріч: лінк
Лекція буде англійською мовою.
Опис заходу: тут.

Ми розпочинаємо вебінар на тему "Methods to discover genes driving rare diseases and cancer".
Лекцію прочитає Shamil Sunyaev, професор в Harvard Medical School.
Посилання на зум: https://us02web.zoom.us/j/81009140061?pwd=YYyVMmPpRlTTN12dR4_b9kwcuqgg4t.1

Відео вебінару Сергія Науменка вже доступно на нашому каналі. Приємного перегляду.
https://youtu.be/qSW5xjH0mQ0

Учасники нашої спільноти поділилися можливістю: Тюбінгенський університет отримав фінансування DAAD на дистанційний курс для українських студентів. Деталі нижче.

Вони пропонують:
1. Інтегративний курс біологічних дисциплін. Дедлайн реєстрації: 5 вересня, лінк: https://lifesciencescourse.utrigg.net/f/integrative-life-sciences

2. Курс біоінформатики. Дедлайн реєстрації: 10 вересня, лінк: https://lifesciencescourse.utrigg.net/f/bioinformatics

Це настільки класна можливість, що нашій команді навіть важко якось прокоментувати.

Там навіть є опція отримати стипендію та ECTS кредити. Деталі та відповіді на часті запитання можна почитати ось тут:
https://www.facebook.com/shvadchak/posts/pfbid023ndhFKxdbnuYGm6scoRL13tw9cN6RFrnZqDGNd4X6umMcqJgxV4ucUWwurgPzGBml

Та ось тут:
https://www.facebook.com/yurko.rebets/posts/pfbid02CXuzNihmsuFxwZktkPYFaUK3nwhRPS8nCgXtnWzmSAndgPgGdGUH5hz1tF5J2Wiil

Можливість для українських дослідників: стипендії (в тому числі remote) для роботи в університетах Данії на рівні Research Assistant або Postdoc. Будь ласка, допоможіть розповсюдити серед колег: лінк.

Додатково, з нами зв'язався професор Дженсен (https://jensenlab.org/people/larsjuhljensen/), який очолює дослідницьку групу з біоінформатики в Копенгагені. Заохочуємо українських дослідників, яким було б цікаво працювати в цьому напрямку, зв'язуватися:
lars.juhl.jensen@cpr.ku.dk