ExoBioGene💊🧬
1.15K subscribers
757 photos
22 videos
6 files
1.02K links
🔬 اگزوبایوژن | علم و نوآوری
ارائه‌دهنده خدمات بیوانفورماتیک و آزمایشگاهی، مواد و وسایل موردنیاز تحقیقات شما و راهکارهای پژوهشی در حوزه علوم زیستی.
کیفیت پژوهشتان را با ما ارتقا دهید.
📩 برای سفارش خدمات و همکاری با ما تماس بگیرید.
@exobiogen
Download Telegram
🧬💻 مدل هوش مصنوعی جدید می‌تواند عملکرد ژن‌ها را در سلول‌هایی که داده‌های آموزشی ندیده، پیش‌بینی کند.

پژوهشگران در مطالعه‌ای جدید مدلی به نام Corgi معرفی کرده‌اند که برای پیش‌بینی عملکرد ژنوم از ترکیب DNA sequence و اطلاعات مربوط به تنظیم‌کننده‌های ترانس‌عمل‌کننده استفاده می‌کند.

مدل‌های قبلی معمولاً از توالی DNA برای پیش‌بینی مواردی مانند gene expression، chromatin accessibility و histone modifications استفاده می‌کردند؛ اما یک محدودیت مهم داشتند: اگر نوع سلول یا شرایط آزمایشی در داده‌ها وجود نداشت، عملکرد افت می‌کرد.

در واقع Corgi با ترکیب توالی DNA با expression تنظیم‌کننده‌های ترانس تلاش می‌کند این مشکل را برطرف کند. این مدل روی مجموعه‌ای از داده‌های bulk و single-cell sequencing آموزش داده شده است.

این رویکرد در functional genomics، تفسیر واریانت‌های ژنتیکی، طراحی آزمایش‌های CRISPR و مطالعه regulatory elements جالب است؛ چون می‌توانیم بررسی کنیم که در یک زمینه سلولی مشخص چه عملکردی خواهد داشت.
🔗 منبع
اگزوبایوژن همراه همیشگی شما🌱
📩 @ExoBioGen
🌐 http://Exobiogene.ir
ble: @exobiogene
📸 exobiogen
3
زبان برنامه‌نویسی R؛ استاندارد تحلیل داده در علوم زیستی

در اصل R یک زبان برنامه‌نویسی متن‌باز است که به‌طور اختصاصی برای تحلیل داده، آمار و مصورسازی داده‌های علمی توسعه یافته است. امروزه R یکی از پرکاربردترین ابزارها در پژوهش‌های زیست‌شناسی، ژنتیک، بیوانفورماتیک، اپیدمیولوژی و پزشکی محسوب می‌شود.

آنچه R را از بسیاری از نرم‌افزارهای آماری متمایز می‌کند، قابلیت انجام تحلیل‌های آماری پیشرفته و تولید نمودارهای با کیفیت انتشار (Publication-ready) است.

چرا R برای پژوهشگران اهمیت دارد؟
- انجام تحلیل‌های آماری قابل تکرار (Reproducible Analysis)
- پردازش و مدیریت داده‌های حجیم
- تولید نمودارهای علمی با کیفیت بالا
- دسترسی به هزاران بسته تخصصی برای حوزه‌های مختلف علوم زیستی

📌 آر/ R تنها یک نرم‌افزار آماری نیست؛ بلکه یک محیط کامل برای تحلیل و تفسیر داده‌های پژوهشی است.

#️⃣ #Bioinformatics_Tools

اگزوبایوژن همراه همیشگی شما🌱
📩 @ExoBioGen
🌐 http://Exobiogene.ir
ble: @exobiogene
📸 exobiogen
2👍1
آنالیز با R در پروژه‌های آزمایشگاهی چه کاربردی دارد؟

در بسیاری از پروژه‌های علوم زیستی، داده‌ها پس از جمع‌آوری وارد مرحله تحلیل می‌شوند و R یکی از قدرتمندترین ابزارها برای این مرحله است.

کاربردهای رایج R
🧬 تحلیل داده‌های RNA-seq، Microarray و NGS

📊 رسم نمودارهایی مانند Volcano Plot، Heatmap، PCA، Box Plot، Violin Plot و Bubble Plot

📈 اجرای آزمون‌های آماری و تحلیل داده‌های آزمایشگاهی

🧪 پردازش و مصورسازی داده‌های حاصل از qPCR، ELISA و سایر آزمایش‌های زیستی

📣نکته پژوهشی:
یکی از مزایای مهم R این است که تمام مراحل تحلیل در قالب کد ثبت می‌شوند؛ بنابراین تحلیل‌ها قابل بازبینی، اصلاح و تکرار خواهند بود و این موضوع در پژوهش‌های علمی اهمیت بالایی دارد.

اگزوبایوژن همراه همیشگی شما🌱
📩 @ExoBioGen
🌐 http://Exobiogene.ir
ble: @exobiogene
📸 exobiogen
3
📊 تحلیل داده‌های زیستی و رسم پلات‌های علمی با R

از تحلیل داده‌های آزمایشگاهی تا تولید نمودارهای استاندارد برای مقاله، R یکی از قدرتمندترین ابزارهای تحلیل داده در پژوهش‌های علوم زیستی و بیوانفورماتیک است.

در اگزوبایوژن این خدمات به‌صورت تخصصی ارائه می‌شود:

✔️ تحلیل آماری داده‌های پژوهشی
✔️ رسم نمودارهای Publication-ready (Volcano Plot، Heatmap، PCA، Box Plot، Violin Plot و ...)
✔️ آماده‌سازی خروجی‌های مناسب برای مقاله، پایان‌نامه و ارائه‌های علمی

🎓 اگر می‌خواهید این مهارت را خودتان یاد بگیرید، کارگاه تخصصی R را از دست ندهید. در این کارگاه، تحلیل داده‌های زیستی و رسم نمودارهای علمی به‌صورت کاربردی و مرحله‌به‌مرحله آموزش داده می‌شود.

لینک اطلاعات بیشتر و ثبت‌نام :

https://exobiogene.ir/workshop/detail/R-programming-workshop

📌 چه برای اجرای پروژه پژوهشی و چه برای یادگیری تحلیل داده با R، اگزوبایوژن همراه شماست.
اگزوبایوژن همراه همیشگی شما🌱
📩 @ExoBioGen
🌐 http://Exobiogene.ir
ble: @exobiogene
📸 exobiogen
3
🧠 کشف یک اندام ایمنی پنهان در جمجمه

پژوهشگران در مطالعه‌ای جدید که در ژورنال Nature منتشر شده، ساختارهایی شبیه گره‌های لنفاوی را در مغز استخوان جمجمه شناسایی کرده‌اند؛ ساختارهایی که به‌طور اختصاصی در پاسخ ایمنی مغز نقش دارند.

این کشف می‌تواند نگاه ما به ارتباط سیستم ایمنی و مغز را تغییر دهد و راه را برای توسعه درمان‌های جدید در بیماری‌هایی مانند گلیوبلاستوما و سایر اختلالات نورولوژیک هموار کند.

📚 منبع: مطالعه منتشرشده در ژورنال Nature

اگزوبایوژن همراه همیشگی شما🌱
📩 @ExoBioGen
🌐 http://Exobiogene.ir
ble: @exobiogene
📸 exobiogen
1
🐁مدل حیوانی دیابت در موش؛ روشی کلیدی در تحقیقات پیش‌بالینی

مدل‌های حیوانی دیابت نقش مهمی در بررسی مکانیسم‌های بیماری، ارزیابی داروهای جدید و مطالعه عوارض ناشی از دیابت دارند. یکی از پرکاربردترین روش‌ها، القای دیابت با استرپتوزوتوسین (Streptozotocin; STZ) در موش است.

اما STZ چیست؟استرپتوزوتوسین ترکیبی است که به طور انتخابی سلول‌های بتای پانکراس را هدف قرار می‌دهد. تخریب این سلول‌ها موجب کاهش تولید انسولین و در نتیجه افزایش قند خون می‌شود؛ بنابراین این مدل شباهت زیادی به دیابت نوع ۱ دارد.

مراحل کلی ایجاد مدل:
انتخاب گونه و نژاد مناسب موش
محاسبه دوز STZ بر اساس وزن حیوان
تزریق STZ مطابق پروتکل مطالعه (معمولاً داخل صفاقی)
پایش قند خون در روزهای بعد
کاربردهای پژوهشی:
ارزیابی اثربخشی داروهای ضد دیابت
مطالعه ترمیم زخم در شرایط دیابتی
بررسی عوارض دیابت بر کلیه، اعصاب، قلب و سایر بافت‌ها
انتخاب دوز STZ می‌تواند نوع و شدت مدل دیابتی را تحت تأثیر قرار دهد؛ بنابراین طراحی پروتکل باید متناسب با هدف پژوهش انجام شود.
اگزوبایوژن همراه همیشگی شما🌱
Bot:@QuickExo_bot
Web:http://Exobiogene.ir
TEL & Ble: @exobiogene
1
آشنایی با رژیم‌های غذایی مورد استفاده در مطالعات حیوانی

در بسیاری از تحقیقات، علاوه بر روش‌های جراحی یا دارویی، رژیم غذایی برای ایجاد مدل بیماری یا بررسی اثر مداخلات تغذیه‌ای استفاده می‌شود.

🔴 رایج‌ترین رژیم‌ها در مطالعات حیوانی

🔹Normal Chow Diet (NCD):
رژیم استاندارد نگهداری حیوانات که به عنوان گروه کنترل استفاده می‌شود.

🔹High-Fat Diet (HFD):
رژیم پرچرب که برای ایجاد چاقی، مقاومت به انسولین و دیابت نوع ۲ کاربرد گسترده‌ای دارد.

🔹High-Fat High-Sucrose Diet (HFHS):
رژیم پرچرب و پرقند که اختلالات متابولیک را سریع‌تر و شدیدتر القا می‌کند.

🔹High-Cholesterol Diet:
برای مطالعه هیپرکلسترولمی، آترواسکلروز و بیماری‌های قلبی‌عروقی استفاده می‌شود.

🔹Methionine-Choline Deficient Diet (MCD):
مدلی رایج برای القای کبد چرب و التهاب کبدی.

چرا انتخاب رژیم اهمیت دارد؟
نوع رژیم غذایی می‌تواند بر متابولیسم، وزن بدن، التهاب، ترکیب میکروبیوتای روده و پاسخ به درمان تأثیر بگذارد؛ بنابراین در انتخاب رژیم مناسب باید دقت شود.

اگزوبایوژن همراه همیشگی شما🌱
Bot:@QuickExo_bot
Web:http://Exobiogene.ir
TEL & Ble: @exobiogene


2
آنچه از سر گذراندم.......😱🫪
این قسمت پایان نامه..!

از بیرون همه فکر میکنن قراره یه کتابچه جمع و جور تحویل بدی و تمام.
ولی خودت میدونی پشت همین کتابچه نازک، یه کوه از تجربه‌های نگفته خوابیده. از روزهایی که دسترسی به استاد راهنما خودش یه پروژه بود.....

ادامه مطلب رو در پست زیر دنبال کن
لینک پست:
https://www.instagram.com/p/DcdmbBjh6jc/?igsi=MW03eWptZjh5MG5jeg==

اگزوبایوژن همراه همیشگی شما🌱
Bot:@QuickExo_bot
Web:http://Exobiogene.ir
TEL & Ble: @exobiogene


3
آشنایی با Molecular Docking؛ پیش‌بینی نحوه اتصال دارو به هدف زیستی

داکینگ مولکولی یکی از مهم‌ترین روش‌های بیوانفورماتیک ساختاری و طراحی دارو است که برای پیش‌بینی نحوه اتصال یک مولکول کوچک (Ligand) به یک پروتئین یا گیرنده (Receptor) استفاده می‌شود.

در این روش، الگوریتم‌های محاسباتی موقعیت‌های مختلف اتصال لیگاند را بررسی کرده و پایدارترین حالت اتصال را بر اساس Binding Affinity یا انرژی اتصال پیش‌بینی می‌کنند.

💠 کاربردهای Molecular Docking
طراحی و غربالگری داروهای جدید.
بررسی برهم‌کنش دارو با پروتئین‌های هدف.
مطالعه ترکیبات طبیعی و گیاهی.
اولویت‌بندی ترکیبات پیش از انجام آزمایش‌های آزمایشگاهی (In vitro).

داکینگ یک روش پیش‌بینی‌کننده است و نتایج آن معمولاً در کنار مطالعات آزمایشگاهی و سایر تحلیل‌های محاسباتی تفسیر می‌شود.
اگزوبایوژن همراه همیشگی شما🌱
Bot:@QuickExo_bot
Web:http://Exobiogene.ir
TEL & Ble: @exobiogene


3
ابزارهایی که در داکینگ مولکولی بیشتر استفاده می‌شوند

برای انجام Molecular Docking نرم‌افزارهای مختلفی توسعه یافته‌اند که هر کدام کاربرد و ویژگی‌های خاص خود را دارند.

🛠AutoDock & AutoDock Vina:
از پرکاربردترین ابزارهای رایگان برای داکینگ پروتئین–لیگاند با سرعت و دقت مناسب.

🛠PyMOL:
برای مشاهده سه‌بعدی ساختار پروتئین و تحلیل نتایج داکینگ.

🛠UCSF Chimera / ChimeraX:
آماده‌سازی ساختارها، حذف مولکول‌های اضافی و بررسی برهم‌کنش‌ها.

🛠 Discovery Studio Visualizer:
نمایش و تحلیل انواع پیوندها و برهم‌کنش‌های لیگاند با اسیدهای آمینه پروتئین.

🛠Schrödinger Glide:
یک نرم‌افزار تجاری با دقت بالا که در بسیاری از پروژه‌های طراحی دارو استفاده می‌شود.

در یک پروژه داکینگ، معمولاً ساختار پروتئین از Protein Data Bank (PDB) و ساختار لیگاند از پایگاه‌هایی مانند PubChem یا ZINC دریافت و سپس برای تحلیل آماده‌سازی می‌شوند.

#Bioinformatics #MolecularDocking

اگزوبایوژن همراه همیشگی شما🌱
Bot:@QuickExo_bot
Web:http://Exobiogene.ir
TEL & Ble: @exobiogene
3
🧬 خدمات تخصصی Molecular Docking در اگزوبایوژن

اگر قصد بررسی برهم‌کنش یک ترکیب دارویی، متابولیت گیاهی یا مولکول زیستی با یک پروتئین هدف را دارید، اگزوبایوژن خدمات تخصصی داکینگ مولکولی را از مرحله آماده‌سازی ساختارها تا تحلیل نتایج ارائه می‌دهد.

خدمات ما شامل:
- آماده‌سازی ساختار Ligand و Protein برای داکینگ.
- انجام Molecular Docking با نرم‌افزارهای تخصصی.
- محاسبه و تحلیل Binding Affinity و انرژی اتصال.
- بررسی برهم‌کنش‌های مولکولی مانند Hydrogen Bond، Hydrophobic Interaction و سایر تعاملات.

- تهیه تصاویر سه‌بعدی و گزارش علمی مناسب برای مقاله و پایان‌نامه.

📊 این خدمات در پروژه‌های طراحی دارو، فارماکولوژی محاسباتی، بیوانفورماتیک ساختاری و مطالعات پروتئین–لیگاند کاربرد گسترده‌ای دارند.

📌 تمامی تحلیل‌ها همراه با گزارش قابل استناد و تصاویر آماده انتشار ارائه می‌شوند.

اگزوبایوژن همراه همیشگی شما🌱
📩 @ExoBioGen
🌐 http://Exobiogene.ir
ble: @exobiogene
📸 exobiogen
2