☑️باید پیوند پپتیدی توسط انزیم ایزومراز بشکند و بعد از چرخش دوباره تشکیل شود .

☑️دو فرم sis و trans ( اتم نیتروژن و هیدروژن در دو سمت مختلف هستند ) درپیوند پپتیدی خواهیم داشت .
فرم مناسب trans است. cis به دلیل تداخل فضایی اتم ها خیلی فرم مناسبی نیست .
🔅 البته در پرولین هر دو فرم sis و trans معمول است.
#Peptide_bond
#aminoacide

@Essential_Biochemistry

☑️Backbone : ستون فقرات پروتئین که شامل گروه امین و کربن الفا و پیوند پپتیدی است . (صرف نظر از گروه های جانبی )

☑️Amide plane : همه ی 6 اتم ساختار پروتئین همواره نسبت به هم ساختار فضایی یکسانی دارند و همیشه در یک صفحه هستند که به این صفحه صفحه آمیدی گویند .
صفحه ها نسبت به هم میتوانند موقعیت متفاوتی داشته باشند درارتباط با همین مبحث با زاویه های فی (Ф) و سای (Ψ) اشنا میشویم .

#Peptide_bond #backbone
#Amideplane
#aminoacide

@Essential_Biochemistry

☑️♦️زاویه ی فی (Ф) :
حاصل از گردش حول پیوند یگانه کربن الفا و نیتروژن گروه امین (بین 180- تا 180 درجه میچرخد )

☑️♦️ زاویه سای (Ψ) :
حاصل از گردش حول پیوند یگانه کربن الفا و کربن گروه کربوکسیل (بین180- تا 180 درجه میچرخد )

🔅این زوایا مربوط به backbone هستند و ربطی به گروه های جانبی ندارند .
#Angle_fi(Φ)
#Angle_sai(Ψ)
#aminoacide

@Essential_Biochemistry

☑️مارپیچ آلفاهلیکس (α_helix) :
حاصل از پیوند هیدروژنی بین NH( امین ) یک ریشه و CO (کربوکسیل ) پنجمین ریشه
🔅همیشه راستگرد
🔅همه گروه های جانبی به سمت خارج مارپیچ قراردارند .
🔅در هر دور 3.6 امینواسید وجود دارد .
🔅هر کربن الفا (کایرال ) امینواسید با کربن الفا بعدی که درست در بالای ان یا پایین ان قرار دارد 1.54 انگستروم فاصله دارد .
🔅پیوند های هیدروژنی موازی محور فرضی است که backbone دور ان چرخیده است .
🔅در نمودار Ramachandran هر دو زاویه فی (Ф) و سای (Ψ) تقریبا برابر 60- می باشند که طبیعتا مجاز است .
#Proteins
#structural_levels

@Essential_Biochemistry

☑️صفحات β-strand :
حاصل از پیوند هیدروژنی بین دو بخش از یک زنجیره( پیوند هیدروژنی بین گروه کربوکسیل کربن الفا بخش بالایی و هیدروژن گروه امین کربن الفا بخش پایین که به صورت عمود بر جهت حرکت رشته پروتئینی قرارگرفته است .)
🔅گروه های جانبی یک درمیان به صورت بالا و پایین قرار دارند .
🔅در نمودار Ramachandran زاویه فی (Ф) برابر 120- و زاویه سای (Ψ) برابر 120 درجه است یعنی یک امینواید راست و دیگری در چپ.
🔅با اتصال رشته های بتا صفحه ای فرضی به نام β-shit به وجود می اید . که به دو صورت همسو و یا ناهمسو است .
🔅 در صفحات همسو loop ها رابط های خیلی بلندی بین رشته های β-strand است که جز ساختار های نامنظم هستند .
**پیوند های هیدروژنی برخلاف ناهمسو اندکی زاویه دارد و عمود نیستند .
🔅در صفحه ناهمسو β-turn رابط بین رشته هایβ-strand است که چون به نسبت طول کمتری دارند جز ساختار های منظم هستند .
**دارای 4 امینواسید که بین امینواسید 1 و 4 پیوند هیدروژنی برقرار است .
**خود β-turn ها دارای دو نوع 1 و 2 هستند که تفاوت انها در نحوه قرار گیری صفحه پپتیدی است .
#Proteins
#structural_levels

@Essential_Biochemistry

☑️به دو نمونه motif در پایین اشاره شده است :
☑️اولین Zinc_finger motif که ساختار ان به ترتیب α_helix⬅️β-strand⬅️ β-strand می باشد .
🔅این motif حاوی روی بوده و به DNA متصل میشود و در تنظیم همانند سازی DNA نقش دارد .
🔅روی با گروه جانبی 4 امینواسید ( دو تا هیستیدین از بخش نامنظم (loop) و دو تا سیستئین از بخشα_helix می باشد ) ارتباط دارد .
🔅بین باز های DNA و گروه جانبی پرولین الفا هلیکس اتصال برقرار میشود .
#Proteins
#structural_levels
#zinc_finger_motif

@Essential_Biochemistry