♦️نام گذاری کربن ها در امینواسید ها :

☑️ کربن الفا :یک کربن کایرال ( نامتقارن و با 4 استخلاف متفاوت ) می باشد .

❗️نکته : مولکولی با مرکز کایرال (n) میتواند 2 به توان n عدد ایزومر فضایی بسازد .

☑️ کربن های موجود در زنجیره R امینو اسید بعد از کربن الفا را طبق قرار داد به ترتیب کربن بتا و گاما و ... مینامند .
این نام گذاری از سمت کربنی شروع میشود که استخلاف های ان دارای عدد اتمی بالاتری باشند .

☑️زنجیره ی جانبی گلیسین تنها یک هیدروژن است.به همین دلیل کربن کایرال ندارد چون دو اتم هیدروژن به کربن آلفا وصل شده، پس 3 گروه مختلف به کربن وصل هستند جای 4 گروه.

#Numbering _carbon

@Essential_Biochemistry

☑️بار الکتريکي خالص (Net charge) پروتئين ها : يک ويژگي ذاتي و ناشي از ساختار اسيد هاي آمينه آنها است. پروتئين ها مولکولهايي آمفوتر هستند, يعني بسته به pH محيطي که در آن قرار می گيرند داراي بار الکتريکي خالص مثبت, منفي ويا خنثي مي شوند. نوع, تعداد و توالي اسيدهاي آمينه ي سازنده ي پروتئين, بار الكتريكي خالص آن را تعيين مي کند.

PI : PH از محیط که در ان بار خالص امینو اسید صفر باشد PH : PI☑️

☑️ر واقع بار الکتريکي خالص يک پروتئين, جمع جبري تمام بار هاي مثبت ومنفي زنجيره هاي جانبي اسيدهاي آمينه ي تشکيل دهنده ی آن و دو انتهاي آميني و کروبکسيلي اش است. به خصوص اسيدهاي آمينه ای كه داراي زنجيره هاي جانبي قابل يونيزه شدن هستند, نقش موثرتري در اين مسئله دارند. با توجه به اين نکته که واكنشهاي يونشي گروه هاي جانبي اسيدهاي آمينه برگشت پذيرند, تاثير pH محيط در بار اکتريکي آنها کاملا" قابل انتظار است.
@Essential_Biochemistry

☑️باید پیوند پپتیدی توسط انزیم ایزومراز بشکند و بعد از چرخش دوباره تشکیل شود .

☑️دو فرم sis و trans ( اتم نیتروژن و هیدروژن در دو سمت مختلف هستند ) درپیوند پپتیدی خواهیم داشت .
فرم مناسب trans است. cis به دلیل تداخل فضایی اتم ها خیلی فرم مناسبی نیست .
🔅 البته در پرولین هر دو فرم sis و trans معمول است.
#Peptide_bond
#aminoacide

@Essential_Biochemistry

☑️Backbone : ستون فقرات پروتئین که شامل گروه امین و کربن الفا و پیوند پپتیدی است . (صرف نظر از گروه های جانبی )

☑️Amide plane : همه ی 6 اتم ساختار پروتئین همواره نسبت به هم ساختار فضایی یکسانی دارند و همیشه در یک صفحه هستند که به این صفحه صفحه آمیدی گویند .
صفحه ها نسبت به هم میتوانند موقعیت متفاوتی داشته باشند درارتباط با همین مبحث با زاویه های فی (Ф) و سای (Ψ) اشنا میشویم .

#Peptide_bond #backbone
#Amideplane
#aminoacide

@Essential_Biochemistry

☑️♦️زاویه ی فی (Ф) :
حاصل از گردش حول پیوند یگانه کربن الفا و نیتروژن گروه امین (بین 180- تا 180 درجه میچرخد )

☑️♦️ زاویه سای (Ψ) :
حاصل از گردش حول پیوند یگانه کربن الفا و کربن گروه کربوکسیل (بین180- تا 180 درجه میچرخد )

🔅این زوایا مربوط به backbone هستند و ربطی به گروه های جانبی ندارند .
#Angle_fi(Φ)
#Angle_sai(Ψ)
#aminoacide

@Essential_Biochemistry