Генетический паспорт

На фоне прошлой новости ко мне резко увеличилось количество вопросов про «а надо ли делать себе генетический паспорт?»

Год назад я писал на эту тему, и мое мнение не изменилось - все зависит от цели ✅

Но давайте еще раз и подробнее
▶️Генетический паспорт – маркетинговое название. Каждая лаборатория включает в этот анализ разное содержание. По меркам генетики это дешевый анализ, который дает небольшой объем информации о человеке.
▶️Эта информация (по крайней мере бОльшая ее часть) не лженаучна – исследуются те генетические точки (мутации), для которых в научных исследованиях описана связь с той или иной характеристикой здоровья и способностей.
▶️Эти научные исследования проводятся утрировано так: изучают ДНК 100 гроссмейстеров и 100 людей, не умеющих играть в шахматы. То, что будет отличать генетически гроссмейстеров, может рассматриваться как важные для шахмат «гены шахматиста». Вот только помните, что 1) в формировании наших достижений более важным является влияние внешней среды, обучение и опыт; 2) большинство таких научных публикаций базируются на маленьких генетических анализах, на маленькой группе людей – большинство современных полногеномных исследований большой случайной выборки людей опровергают такие ассоциации
▶️Чтобы нагляднее показать, какую часть ДНК анализируют генпаспорта, я нарисовал картинку 📤. Оранжевое – весь геном; красное – его наиболее важная часть, называемая экзом; маленькие зеленые кружочки – точки (мутации), исследуемые паспортом. Их сумма в 1000 раз меньше, чем маленький прямоугольник экзом.
▶️Я делал себе и своим родственникам такой генпаспорт известной российской компании ради интереса и любопытной информации о происхождении и способности к бегу на короткие дистанции. И с полным пониманием, что это не медицинский анализ, необходимый для планирования беременности или определения причины заболевания - своим пациентам я его НЕ рекомендую.

PS мой генпаспорт выявил высокие шансы иметь IQ > 170 🤓 и паранойю 🤨 ну и в чем они ошиблись? 😅😅😅

Короткое видео про то, все ли определяется генетикой 👀
Почти в продолжение прошлой темы)

Генетические данные человека постоянны, поэтому большинство генетических тестов (например, секвенирование) нужно выполнять всего 1️⃣раз в жизни.

🕯 Но вот их интерпретация может меняться с развитием науки. Поэтому в случаях неясных заболеваний и отрицательных результатов применяется повторный биоинформатический анализ - он позволяет снова пересмотреть "сырые" данные последовательности ДНК и выловить то, что было неизвестно ранее. Например, бывают ситуации, когда в 2019 году секвенирование генома не выявило мутаций, а спустя 5 лет биоинформатический анализ, потому ранее не было данных о связи такой мутации с заболеванием.
Его стоимость значительно ниже первичного обследования (не требуется повторный забор крови и сложные дорогостоящие лабораторные этапы).

Научные исследования показывают, что у 7–12% пациентов без установленного диагноза после первичного секвенирования экзома обнаруживаются генетические заболевания при повторном анализе. В 2023 году опубликован результат повторного анализа данных 114 пациентов с патологиями почек и печени неясного генеза, который показал увеличение на 7% выявления причин заболеваний.

☄️ А совсем недавно международная группа ученых, в которую вошли мои уважаемые коллеги из НИИ нейронаук Университета Лобачевского, описала новый синдром - SPOUT1-ассоциированное нарушение нейропсихического развития.
Это означает, что ранее это нарушение могло быть пропущено просто в связи с неизвестностью... А ведь каждый год до сих пор появляется информация о ранее неописанных в международных базах данных мутациях и заболеваниях

❓ Мне задали вопрос:
"Гастроэнтеролог заподозрила у моего ребенка синдром Жильбера и сказала сдать генетический анализ. Надо ли?"

Сегодня, кстати, всемирный день здоровья. Всем всегда хочется знать о своем здоровье больше. И картинка сверху тому подтверждение 🙂

Подобные вопросы поступают очень часто, поэтому хочу ответить здесь для всех

Но! Отвечу только через 48 часов 😁
А пока мне интересно узнать мнения моих коллег, поэтому предлагаю опрос:

У меня синдром Жильбера

🟡Моя супруга поставила мне этот диагноз, будучи ещё на II курсе медицинского (она тогда ещё не знала, что мы поженимся 😁). На старших курсах это констатировала преподаватель, только начав занятие по болезням печени у моей группы. И мой научный руководитель тоже сразу обратила на это внимание.
Просто по лёгкой желтизне склер моих глаз, даже без измерения уровня билирубина (мои значения почти всегда 20-30 мкмоль/л)
🧬Только потом, изучая результаты секвенирования своего генома, я подтвердил это генетически.

❓ Опрос выше оказался очень интересным: врачи разделились ровно на 2 лагеря во мнениях. Так где же истина?

Как в моем личном примере, так и в мировой практике показано, что синдром Жильбера можно выявить без генетического теста. Он не нужен для диагностики, а его масштабного применения лучше избегать, чтобы не порождать лишнее беспокойство у пациентов

❗️В редких случаях анализ может быть полезен: как часть диагностики более агрессивной гипербилирубинемии - синдрома Криглера-Найяра; а также при назначении лекарств, которые хуже метаболизирутся при повреждении гена UGT1A1 (их относительно немного!)
‼️ Лично по моему мнению (принимаю критику) в большинстве случаев генетический анализ на синдром Жильбера опасен: он может дать ложное представление о доброкачественности повышения билирубина, что позволит упустить действительно тяжелое заболевание печени.

🔜Подробно про синдром Жильбера, его проявления и лечение (спойлер: оно не требуется) я писал раньше https://t.me/DenProGen/99
🔜И делюсь очень подробной статьей про это состояние - https://www.journal-of-hepatology.eu/article/S0168-8278(23)00421-X/fulltext

Стратегии секвенирования: как врачи выбирают метод


NGS – это не одна конкретная методика, а целый спектр стратегий секвенирования, которые различаются по объему анализируемой информации, показаниям и стоимости. В этом посте – короткий разбор стратегий высокопроизводительного секвенирования, которые применяются в медицинской генетике.

Генетические панели
⚫️Количество генов: от 2 до ~2000 генов
⚫️Когда применяется: клиническая картина позволяет заподозрить конкретную группу заболеваний (например, кардиомиопатии, эпилепсии, иммунодефицит и т.д.)
⚫️Особенности: высокая чувствительность, но ограниченность – в генах, не входящих в панель, варианты не найти
⚫️Цена: от ~30 000 руб (зависит от типа панели и количества входящих в нее генов)

Секвенирование клинического экзома (clinical exome sequencing, CES)
⚫️Количество генов: ~4000-5000 генов, связанных с заболеваниями согласно OMIM и другим базам фенотип-генотипических ассоциаций
⚫️Когда применяется: при подозрении на большой спектр заболеваний
⚫️Особенности: охватывает только клинически значимые гены, поэтому варианты в недавно описанных генах не найти
⚫️Цена: ~40 000 руб

Полноэкзомное секвенирование (whole-exome sequencing, WES)
⚫️Количество генов: ~20000 экзонов белок-кодирующих генов
⚫️Когда применяется: при подозрении на большой спектр заболеваний
⚫️Особенности: покрывает все известные и потенциально значимых гены (включает только ~1.5-3% от последовательности всего генома, однако с помощью обнаруживается до ~85% всех причин наследственных заболеваний!)
⚫️Цена: ~45 000 руб

Полногеномное секвенирование (whole-genome sequencing, WGS)
⚫️Количество генов: весь геном, это все гены, некодирующие последовательности, регуляторные регионы, митохондриальная ДНК
⚫️Когда применяется: при подозрении на большой спектр заболеваний и особенно сложных случаях, когда другие методы не дали результата, для поиска вариантов в некодирующих областях
⚫️Особенности: самый полный охват, возможность анализа структурных перестроек, регуляторных регионов, однако высокая стоимость
⚫️Цена: ~95 000 руб

Секвенирование митохондриальной ДНК
⚫️Количество генов: вся последовательность митохондриальной ДНК
⚫️Когда применяется: при подозрении на митохондриальные заболевания (например, мышечная слабость, офтальмоплегия, лактат-ацидоз и др.)
⚫️Особенности: специфичный метод для выявления митохондриальных патологий, но не выявляет варианты в ядерных генах, кодирующих митохондриальные белки
⚫️Цена: ~35 000 руб

Выбор метода зависит от специфичности симптомов и уровня генетической гетерогенности предполагаемого заболевания.
Специфичность — это степень, с которой симптомы указывают на конкретное заболевание. Например, повышение уровня хлорида натрия в секрете потовых желез — специфичный признак муковисцидоза. А вот судороги — симптом неспецифичный, поскольку может встречаться при множестве разных состояний.
Генетическая гетерогенность — это количество разных генов, мутации в которых могут вызывать одно и то же заболевание. Например, муковисцидоз связан только с одним геном. А вот детская фокальная эпилепсия может быть вызвана мутациями во множестве различных генов, поэтому это генетически гетерогенное заболевание.
В вопросе выбора оптимальной стратегии секвенирования очень важно тесное взаимодействие врача-генетика и лаборатории.

В прошлую субботу отмечался международный день здоровья печени

Мне кажется, что заподозрить болезнь печени не трудно: осмотр, печеночные ферменты в крови и визуализация (УЗИ/МРТ) выдадут информацию быстро.
⚠️ А вот лечение - задача трудная. И ключевой его этап - понимание конкретной причины.

За последние 40 лет медицина значительно продвинулась в понимании причин заболеваний печени, но до сих пор, увы, существует диагноз «гепатит неуточненной этиологии/причины» 🤷‍♂️.
По данным мировой литературы (и опыта Института педиатрии ПИМУ) примерно в половине случаев этот диагноз, на самом деле, скрывает генетические изменения (мутации).

Когда я занялся диссертацией по генетическими заболеваниями печени, мой научный руководитель, д.м.н. Алла Евгеньевна Лаврова, прислала мне очень интересную статью: в ряде зарубежных медицинских центров предложен подход, называемый геномно-гепатологические консилиумы (hepatology genome rounds). 

📎Прикрепляю ниже иллюстрирующую схему, она очень обширная. Основной смысл - необходим междисциплинарный подход, коллегиальное обсуждение информации о генотипе и фенотипе печени каждого пациента и принятия индивидуальных решений по их оптимальному ведению.

Сегодня и завтра рассказываю о генетических заболеваниях у детей
🔍 Фокус на программы бесплатной диагностики, современном лечении и важности врача-генетика для выявления причины.

☄️ А в это самое время компания Microsoft заявляет, что открыла бесплатный доступ к нейросети DxGPT для диагностики редких болезней. Любой человек может описать симптомы и получить несколько предположений - я пока совсем чуть-чуть успел опробовать, но результаты многообещающие!
На сайте написано, что один из разработчиков - Julián Isla, чей сын страдает синдромом Драве.

👀 Так что сегодня генетики нужны, а что будет завтра - никто не знает...

...подождите... или вы знаете, какой завтра день? 😁🎉

Теперь я знаю 2000+ людей, готовых потратить Минутку на Генетику 🥳

В честь такого события предлагаю предлагаю формат "вопрос-ответ" в комментариях к этому посту. Коллеги, не-коллеги, все желающие, спрашивайте всё, что пожелаете (заодно узнаю, какие темы интересны 😉)

PS если вопросов нет, то просто оцените необычную композицию этого фото 😁 ему ровно 1️⃣0️⃣ лет