Connectosome
440 subscribers
26 photos
19 videos
19 files
49 links
Connectosome | Connect the dots. See the whole.


هابِ تخصصی پژوهشگران علوم زیستی.

گذر از اطلاعات سطحی؛ ارتقای استانداردهای پژوهشی و توسعه‌ی مهارت‌های پیشرفته‌ی آکادمیک.

🌐 Connectosome.com

▫️The Nexus: @Connectosome_group
Download Telegram
Connectosome
باندهایی یکسان، با برچسب‌هایی متفاوت؛ وقتی ارتباط میان تصویر Western blot و شرایط واقعی آزمایش از بین می‌رود. پرونده: یک باند؛ چند شرایط آزمایشی @Connectosome
CONNECTOSOME RETRACTION FILES
پرونده: یک باند؛ چند شرایط آزمایشی
━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━

هر lane در یک Western blot باید نماینده نمونه و شرایط آزمایشی مشخصی باشد؛ اما چه اتفاقی می‌افتد اگر یک باند یکسان، چند بار و با برچسب‌های درمانی متفاوت نمایش داده شود؟

ماجرا به مقاله‌ای برمی‌گردد که در سال ۲۰۱۴ در ژورنال Diabetes منتشر شد. این مطالعه گزارش کرده بود که حذف آنزیم Myeloperoxidase می‌تواند از چاقی و مقاومت به انسولین ناشی از رژیم غذایی پرچرب جلوگیری کند.

مقاله بعدها به درخواست University of Oklahoma Health Sciences Center (OUHSC) ریترکت شد. براساس اطلاعیه رسمی، بررسی دانشگاه درباره یکپارچگی داده‌های مقاله به این نتیجه رسید که چندین شکل Western blot جعل شده‌اند.

در اطلاعیه، موارد مشخصی فهرست شده بود:
▫️ در Fig. 7G، باندهای lanes 2 و 4 در blot مربوط به P-Akt (S473) تکراری بودند، اما با treatmentهای متفاوت نمایش داده شده بودند.

▫️ در Fig. 7H، باندهای lanes 3، 6 و 7 در blot مربوط به P85 تکراری گزارش شدند.

▫️ تصویر IRS-1 در Fig. 7H، در مقاله دیگری و با برچسب‌های درمانی متفاوت دوباره استفاده شده بود. چهار lane ابتدایی آن نیز در شکل دیگری از همان مقاله دوم ظاهر شده بودند.

▫️ در blot مربوط به P-IRβ، lanes 1 و 4 تکراری بودند.

▫️ در Fig. 7I نیز lanes 1، 3، 5 و 7 از blot مربوط به 3-NT تکراری گزارش شدند.

هیئت اخلاق علمی انجمن دیابت آمریکا نیز با گزارش تحقیق OUHSC موافقت و اطلاعیه ریترکشن را تأیید کرد.


💡 این پرونده چه درسی برای کاربران Western blot دارد؟
شباهت دو باند به‌تنهایی همیشه اثبات‌کننده دست‌کاری نیست؛ باندهای واقعی ممکن است ظاهری مشابه داشته باشند. اما در این پرونده، تکرارها در یک بررسی رسمی احراز شده بودند و تصاویر یکسان به شرایط آزمایشی متفاوت نسبت داده شده بودند.

هر lane باید زنجیره‌ای قابل‌ردیابی داشته باشد:
Sample ID → Experimental condition → Raw image → Processed image → Final figure

اگر این ارتباط از بین برود، دیگر نمی‌توان مشخص کرد که باند منتشرشده واقعاً متعلق به کدام نمونه و کدام آزمایش است.


برای پیشگیری از چنین مشکلاتی:
▫️ داده‌های Lane map را ثبت کنید
ترتیب نمونه‌ها، Treatment، غلظت و زمان تیمار را هنگام اجرای ژل ثبت کنید؛ نه در زمان آماده‌سازی مقاله.

▫️ فایل خام و Full-length blot را نگه دارید
تصاویر اصلی، همه Exposureها و blot کامل باید همراه با تاریخ، نام آزمایش و شناسه نمونه آرشیو شوند.

▫️ نسخه‌های پردازش‌شده را از Raw data جدا کنید
فایل اصلی را بازنویسی نکنید و مسیر تبدیل فایل خام به شکل نهایی را قابل‌ردیابی نگه دارید.

▫️ پیش از ارسال، Figure audit انجام دهید
شکل‌ها را از نظر تکرار lane، استفاده مجدد از پنل، اشتباه در برچسب‌گذاری و ناسازگاری با سوابق آزمایش بررسی کنید.

▫️ استفاده مجدد از کنترل‌ها را بدیهی ندانید
یک Loading control فقط زمانی می‌تواند میان چند پنل مشترک باشد که داده‌ها واقعاً از همان blot و همان مجموعه نمونه‌ها آمده باشند و این موضوع شفاف گزارش شود.

در این پرونده، اطلاعیه رسمی از واژه falsified استفاده کرده است؛ بااین‌حال، از متن اطلاعیه نمی‌توان درباره نقش یا قصد تک‌تک نویسندگان نتیجه‌گیری کرد.



شما چطور؟
در آزمایشگاه شما، ارتباط میان فایل خام Western blot، ترتیب laneها و شکل نهایی چگونه ثبت و بازبینی می‌شود؟


🔗 اطلاعیه رسمی ریترکشن:
https://doi.org/10.2337/db21-rt08c
🔗 مقاله اصلی:
https://doi.org/10.2337/db14-0026

#Retraction_Files #WesternBlot
━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━
@Connectosome
6👍3🔥1
CONNECTOSOME CURATION: Western Blotting
━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━

ما در تیم کانکتوزوم تلاش کردیم در طول این هفته، چالش‌های عملی وسترن بلات را زیر ذره‌بین ببریم؛ از بک‌گراند بالا و باندهای ضعیف یا غیراختصاصی تا مشکلات انتقال، انتخاب آنتی‌بادی و خطاهای کمّی‌سازی تصویر.

اکنون به‌عنوان حسن ختام این هفته، اگر قصد دارید اجرای وسترن بلات را بهینه‌سازی کنید یا داده‌های خود را برای انتشار علمی به‌درستی کمّی‌سازی و گزارش کنید، این سه منبع بر اساس سطح نیاز شما پیشنهاد می‌شوند:

۱. برای اجرای صحیح روی بنچ (سطح پایه و متوسط)
▫️منبع: Bio-Rad Protein Blotting Guide

مسئله‌ای که حل می‌کند: انتخاب میان غشاهای PVDF و Nitrocellulose، آماده‌سازی بافرها، مونتاژ ساندویچ انتقال و تنظیم شرایط Transfer.

چگونه استفاده شود؟ این هندبوک را به‌عنوان مرجع سریع در آزمایشگاه نگه دارید. بخش‌های مربوط به انتخاب غشا، انتقال Wet و Semi-dry و جدول Troubleshooting آن برای بررسی انتقال ناقص، بک‌گراند بالا و نقاط سفید روی غشا کاربردی‌اند. شرایط انتقال را با توجه به وزن مولکولی و ویژگی‌های پروتئین هدف، نوع غشا و دستگاه خود بهینه کنید.


۲. برای درک عمیق و توسعه پروتکل (سطح متوسط و پیشرفته)
▫️منبع: Western Blotting: Methods and Protocols (از مجموعه Methods in Molecular Biology، انتشارات Springer)

مسئله‌ای که حل می‌کند: انتخاب و اصلاح روش برای نمونه‌ها و اهدافی که با پروتکل‌های روتین به نتیجه مطلوب نمی‌رسند.

چگونه استفاده شود؟ این کتاب را از ابتدا نخوانید؛ بر اساس مسئله خود به فصل‌های آماده‌سازی نمونه، انتقال، آشکارسازی کمولومینسانس یا فلورسنت و Multiplexing مراجعه کنید. در Stripping و Reprobing محتاط باشید؛ Stripping شدید یا چندباره ممکن است بخشی از پروتئین متصل به غشا را نیز حذف و کمّی‌سازی را مخدوش کند.


۳. برای کمّی‌سازی، نرمال‌سازی و طراحی آزمایش
▫️منبع اصلی: The Design of a Quantitative Western Blot Experiment (مقاله‌ای داوری‌شده از Taylor و Posch)

مسئله‌ای که حل می‌کند: خطاهای ناشی از اشباع سیگنال، خروج از محدوده خطی و نرمال‌سازی نامعتبر.

چگونه استفاده شود؟ پیش از مقایسه شدت باندها، خطی بودن پاسخ نسبت به مقدار پروتئین و غیراشباع‌بودن سیگنال را بررسی کنید. استفاده از GAPDH، β-actin یا Tubulin فقط زمانی معتبر است که پایداری بیان و محدوده خطی آن‌ها در همان بافت، تیمار و شرایط آزمایش تأیید شده باشد. نرمال‌سازی بر اساس پروتئین کل در بسیاری از آزمایش‌ها گزینه مقاوم‌تری است، اما آن نیز باید برای روش و دامنه بارگذاری مورد استفاده اعتبارسنجی شود.


💡 مکمل پیشنهادی: برای نرمال‌سازی، LI-COR Western Blot Normalization Handbook و برای آشنایی با چارچوب‌های اعتبارسنجی آنتی‌بادی، مقاله A proposal for validation of antibodies را مطالعه کنید. مشاهده یک باند در وزن مولکولی مورد انتظار، به‌تنهایی اختصاصیت آنتی‌بادی را اثبات نمی‌کند.

همچنین «ماتریس عیب‌یابی وسترن بلات» منتشرشده در کانال را برای ریشه‌یابی مرحله‌به‌مرحله مشکلات نمونه، ژل، انتقال، آنتی‌بادی و آشکارسازی در کنار این منابع به کار ببرید.

🔗 لینک دسترسی به منابع
1-
Bio-Rad Protein Blotting Guide
2- Western Blotting: Methods and Protocols
3- The Design of a Quantitative Western Blot Experiment

#Curation #Western_Blot
━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━

فراتر از اطلاعات سطحی و ژورنال‌خوانی روزمره؛
هاب تخصصی پژوهشگران علوم زیستی.
@Connectosome
7👏2👍1
Western Blot — Evidence Base.v.1.0.pdf
3.9 MB
Western Blot — EVIDENCE BASE

فایل پیوست، شامل تمام مدارک و مستندات علمی‌ای است که محتوای هفته سوم وسترن بلات کانکتوزوم بر اساس آن‌ها تهیه شده؛ از مقالات معتبر و راهنماهای فنی گرفته تا پایگاه‌های داده تخصصی و ابزارهای اعتبارسنجی.

━━━━━━━━━━━━━━━━━━━
@Connectosome
6🔥2👍1
CONNECTOSOME REPOSITORY

WEEK 03 — Western Blot
━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━

پرونده‌ی «Western Blot» در کانکتوزوم تکمیل شد؛

از استخراج و سنجش پروتئین تا الکتروفورز، انتقال، انتخاب آنتی‌بادی، آشکارسازی، تحلیل کمی و عیب‌یابی، حالا در یک نقشه‌ی واحد در دسترس‌اند.


╭─ CONTENT MAP

│├── Western Blot Troubleshooting
│ ↳ [Diagnostic Guide — Master Note]
│ ↳ [Troubleshooting Cheat Sheet]

│├── Equipment Audit
│ ↳ [Hardware Troubleshooting Guide]
│ ↳ [Troubleshooting Cheat Sheet]
│ ↳ [Pierce ECL Kit]

│├── Tech Radar
│ ↳ [Evidence-Based Antibody Selection]
│ ↳ [Protein Expression & Band Size]
│ ↳ [Fiji Band Quantification — Part 1]
│ ↳ [Fiji Band Quantification — Part 2]

│├── Research Integrity Files
│ ↳ [Retraction Case File 01]
│ ↳ [Retraction Case File 02]

│├── Curated Reading & Protocols
│ ↳ [Selected Books & References]

└─── Evidence Base
↳ [Western Blot: Source Library]


برای دسترسی سریع‌تر، این پست را ذخیره کنید.

NEXT WEEK: Nucleic Acid Extraction & Purification

━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━
فراتر از اطلاعات سطحی و ژورنال‌خوانیِ روزمره؛
هاب تخصصی پژوهشگران علوم زیستی.

@Connectosome
👏42👍2
THEME OF THE WEEK: Nucleic Acid Extraction & Purification
━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━

استخراج DNA و RNA صرفاً پایان‌یافتن یک پروتکل نیست؛ آغاز زنجیره‌ای از تصمیم‌هاست که اعتبار تمام مراحل بعدی را تعیین می‌کند.

غلظت بالا یا نسبت‌های خلوص ظاهراً مطلوب نیز به‌تنهایی تضمین نمی‌کنند که نمونه، سالم و عاری از مهارکننده‌های واکنش‌های پایین‌دستی است.

این هفته در کانکتوزوم، مسیر استخراج و خالص‌سازی اسیدهای نوکلئیک را از «نمونه» تا «داده‌ی قابل‌اعتماد» دنبال می‌کنیم:
▫️ عوامل مؤثر بر بازده، خلوص و یکپارچگی DNA/RNA
▫️ شناسایی آلودگی‌ها و مهارکننده‌های همراه استخراج
▫️ تفسیر سنجش‌های کمی و کیفی و کنترل‌های ضروری
▫️ عیب‌یابی فرایند، انتخاب روش نجات و معیارهای تکرار یا رد نمونه
▫️ چیت‌شیت‌ها و ابزارهای تصمیم‌گیری برای استفاده کنار بنچ

پرونده‌ی Nucleic Acid Extraction & Purification امروز باز می‌شود؛ جایی که کیفیت داده، پیش از PCR و sequencing شکل می‌گیرد.

@Connectosome
4👌2👍1🔥1
Connectosome_BenchBook_Nucleic_Acid_Extraction_&_Purification_v1.pdf
5.2 MB
NUCLEIC ACID EXTRACTION & PURIFICATION TROUBLESHOOTING NOTE
━━━━━━━━━━━━━━━━━━━

غلظت بالا، نسبت‌های خلوص مناسب و حتی یک باند واضح، هیچ‌کدام به‌تنهایی سلامت DNA یا RNA را تضمین نمی‌کنند.

نمونه ممکن است ظاهراً قابل‌قبول باشد، اما به‌دلیل تخریب، آلودگی متقاطع یا باقی‌ماندن مهارکننده‌های استخراج، در کاربردهای downstream شکست بخورد.
این راهنما، مسیر عارضه‌یابی را از مشاهده تا تصمیم دنبال می‌کند:

▫️ Yield & Quantification
تفکیک بازده پایین واقعی از خطای اندازه‌گیری.

▫️ Purity & Inhibitors
تفسیر نسبت‌های نوری، طیف و آلاینده‌های استخراجی.

▫️ Integrity & Contamination
شناسایی تخریب و آلودگی DNA، RNA یا نمونه‌ها.

▫️ Rescue or Reject
انتخاب میان رقیق‌سازی، پاک‌سازی، استخراج مجدد یا رد نمونه.


در این فایل، کیفیت فقط یک عدد نیست؛ کیفیت یعنی مناسب‌بودن نمونه برای کاربرد نهایی.

Prepared by: Connectosome Protocol Troubleshooting & Optimization Desk

#Nucleic_Acid #Troubleshooting
━━━━━━━━━━━━━━━━━━━
فراتر از ژورنال‌خوانی روزمره؛
هاب تخصصی پژوهشگران علوم زیستی.
@Connectosome
👍4👏21
CONNECTOSOME CHEAT SHEET: DNA/RNA Integrity & Contamination
━━━━━━━━━━━━━━━━━━

تخریب DNA/RNA، آلودگی متقاطع و مثبت‌شدن کنترل‌ها ممکن است خروجی‌های مشابهی ایجاد کنند؛ اما اقدام اصلاحی هرکدام متفاوت است.

این ماتریس، نشانه‌های bench-level و نتایج کنترل‌ها را به تشخیص افتراقی و اقدام مناسب متصل می‌کند:

▫️ Integrity Assessment
بررسی تخریب RNA، fragmentation یا shearing در DNA و آسیب ناشی از freeze–thaw یا جابه‌جایی نامناسب.

▫️ Cross-Contamination
شناسایی gDNA در RNA، RNA در DNA و آلودگی ناشی از نمونه، معرف یا محیط کار.

▫️ Control-Based Investigation
تفسیر NTC و extraction blank برای تفکیک آلودگی PCR، آلودگی معرف و carryover بین نمونه‌ها.


بخش پایانی، الگوی کنترل‌ها را به منشأ محتمل آلودگی و تصمیم بعدی متصل می‌کند.

Prepared by: Connectosome Protocol Troubleshooting & Optimization Desk

#Nucleic_Acid #Cheat_Sheet

🔗 High-Resolution Print File
🔗 TROUBLESHOOTING NOTE
━━━━━━━━━━━━━━━━

فراتر از ژورنال‌خوانی روزمره؛
هاب تخصصی پژوهشگران علوم زیستی.
@Connectosome
4👍2🔥2
CONNECTOSOME TECH-RADAR: NUCLEIC ACID EXTRACTION & PURIFICATION
معرفی دیتابیس | ردیابی اثر متغیرهای پیش‌تحلیلی با NCI BRD
━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━

آیا کیفیت پایین DNA یا RNA فقط به کیت استخراج مربوط است؟
خیر. زمان سپری‌شده تا تثبیت یا انجماد، دمای نگهداری، نوع ظرف جمع‌آوری، دفعات Freeze–thaw و روش پردازش اولیه می‌توانند پیش از آغاز استخراج، کیفیت اسید نوکلئیک را تغییر دهند.

دیتابیس Biospecimen Research یا BRD، متعلق به National Cancer Institute، شواهد منتشرشده درباره اثر متغیرهای پیش‌تحلیلی بر نمونه‌های زیستی را گردآوری می‌کند.

این دیتابیس به پژوهشگر کمک می‌کند بررسی کند که یک متغیر مشخص، مانند زمان ایسکمی، دمای نگهداری یا نوع ماده تثبیت‌کننده، در مطالعات قبلی چه اثری بر DNA ،RNA و سایر آنالیت‌ها داشته است.

⚙️ در BRD چه چیزهایی می‌توان جست‌وجو کرد؟
▫️ نوع Biospecimen مانند خون، پلاسما، سرم یا بافت
▫️ نوع آنالیت؛ از جمله DNA و RNA
▫️ شرایط جمع‌آوری و پردازش نمونه
▫️ زمان و دمای نگهداری
▫️ نوع Anticoagulant یا Preservative
▫️ تعداد چرخه‌های Freeze–thaw
▫️ روش استخراج و خالص‌سازی
▫️ روش ارزیابی کیفیت
▫️ پیامد مشاهده‌شده در آزمون پایین‌دستی

برای مثال، پیش از طراحی استخراج RNA از بافت، می‌توان شواهد مربوط به تأخیر تا انجماد، شرایط تثبیت و مدت نگهداری را جست‌وجو کرد. در پروژه‌های cfDNA نیز می‌توان اثر نوع لوله، تأخیر در جداسازی پلاسما و شرایط حمل نمونه را بررسی کرد.


📌 دیتابیس Biospecimen Research (BRD) یک موتور جست‌وجوی مقاله عمومی نیست. تمرکز آن بر Biospecimen science و ارتباط میان متغیرهای پیش‌تحلیلی و کیفیت نمونه است.


🔬 مسیر پیشنهادی
تعریف نوع نمونه و آنالیت
⬇️
شناسایی متغیر پیش‌تحلیلی موردنظر
⬇️
جست‌وجوی شواهد در BRD
⬇️
بررسی نوع مطالعه و روش سنجش کیفیت
⬇️
مقایسه شرایط گزارش‌شده با Workflow آزمایشگاه
⬇️
تعریف محدوده قابل‌قبول برای جمع‌آوری، حمل و نگهداری
⬇️
ثبت این متغیرها همراه نتیجه استخراج


▫️ قانون میز کار:
اگر تاریخچه پیش‌تحلیلی نمونه ثبت نشده باشد، پایین‌بودن Yield یا Integrity را مستقیماً به کیت استخراج نسبت ندهید.

⚠️ وجود یک ارتباط در مقاله به معنای تعیین یک آستانه عمومی برای تمام نمونه‌ها نیست. اثر متغیرهای پیش‌تحلیلی به نوع نمونه، آنالیت، روش اندازه‌گیری و کاربرد پایین‌دستی وابسته است.

آیا هنگام عیب‌یابی استخراج، فقط مراحل کیت را بررسی می‌کنید یا تاریخچه نمونه را نیز در نظر می‌گیرید؟


🔗 لینک دیتابیس:
NCI Biospecimen Research Database:
https://brd.nci.nih.gov/

#Tech_Radar #Nucleic_Acid
━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━
@Connectosome
👍3🔥21
تاریخ ثبت‌نام و برگزاری آزمون‌های دکتری و کارشناسی ارشد سال ۱۴۰۶

دکتری:
▫️ثبت‌نام: ۳ تا ۹ آبان ۱۴۰۵
▫️آزمون: ۱۶ بهمن ۱۴۰۵

کارشناسی ارشد:
▫️ثبت‌نام: ۱۶ تا ۲۲ آذر ۱۴۰۵
▫️آزمون: ۱۶ و ۱۷ اردیبهشت ۱۴۰۶
7
وقتی داده خام در دسترس نیست، یک تصویر تا چه اندازه می‌تواند قابل‌اعتماد باشد؟

مقاله‌ای در Scientific Reports ادعا می‌کرد با جداسازی cfDNA خالص از خون، کاهش متیلاسیون LINE‑1 را در روند پیری نشان داده است. اما تنها یک ماه پس از انتشار، شباهت‌های غیرمنتظره‌ای میان لاین‌های ژل در شکل‌های ۲ و ۵ در PubPeer گزارش شد.

نویسندگان نتوانستند داده‌های اصلی این تصاویر را برای راستی‌آزمایی ارائه کنند و مقاله در فوریه ۲۰۲۲ پس گرفته شد.

در پست بعدی بررسی می‌کنیم:
▫️کدام بخش‌های تصاویر مورد سؤال قرار گرفتند؟
▫️مجله دقیقاً چه چیزی را تأیید کرد؟
▫️این مسئله چگونه ادعای «خلوص cfDNA» را تضعیف کرد؟
━━━━━━━━━━━━━━━━━
@Connectosome
3👌3🔥2
Connectosome
وقتی داده خام در دسترس نیست، یک تصویر تا چه اندازه می‌تواند قابل‌اعتماد باشد؟ مقاله‌ای در Scientific Reports ادعا می‌کرد با جداسازی cfDNA خالص از خون، کاهش متیلاسیون LINE‑1 را در روند پیری نشان داده است. اما تنها یک ماه پس از انتشار، شباهت‌های غیرمنتظره‌ای…
CONNECTOSOME RETRACTION FILES
وقتی شواهد «خلوص cfDNA» قابل‌راستی‌آزمایی نیستند
━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━

مقاله‌ای با عنوان:
Aging-associated distinctive DNA methylation changes of LINE-1 retrotransposons in pure cell-free DNA from human blood
در سال ۲۰۲۰ در Scientific Reports منتشر شد. پژوهشگران گزارش کردند که متیلاسیون LINE‑1 در DNA سلولی خون تقریباً با سن ثابت می‌ماند، اما در cfDNA با افزایش سن کاهش پیدا می‌کند.

پیش‌نیاز این نتیجه‌گیری، اطمینان از خلوص cfDNA بود؛ زیرا ورود DNA سلول‌های خونی می‌توانست الگوی متیلاسیون نمونه را مخدوش کند.

نقش شکل‌های ۲ و ۵ چه بود؟
▫️در Figure 2، نویسندگان مدعی بودند که cfDNA نامرئی را براساس اندازه از ژل جدا کرده و پس از تیمار بیزولفیت، توالی LINE‑1 و لوکوس OR52J3 را تکثیر کرده‌اند.
▫️در Figure 5 نیز چهار کیت استخراج مقایسه شده بود. براساس مقاله، فقط QIAamp MinElute ccfDNA در حد حساسیت ژل آگارز رنگ‌آمیزی‌شده با اتیدیوم بروماید، آلودگی قابل‌مشاهده با DNA ژنومی ایجاد نکرده بود.

اما در ژانویه ۲۰۲۱، چند شباهت تصویری در PubPeer گزارش شد:
🟡 دو لاین cfDNA در Figure 2A بیش از حد انتظار شبیه یکدیگر بودند و یکی از آن‌ها به لاینی در Figure 5 شباهت داشت.
🟣 دو لاین gDNA در Figure 2A نیز مشابه به نظر می‌رسیدند و نمونه مشابهی در Figure 5 دیده می‌شد.
🔵 لدرهای DNA در دو ژلی که باید حاصل آزمایش‌های مستقل باشند، شباهت غیرمنتظره‌ای داشتند.
⚪️ در Figure 2B نیز الگوهای تکراری در حاشیه نواحی ادعاشده به‌عنوان قطعات برش‌خورده ژل مشاهده شد.


مجله چه چیزی را رسماً تأیید کرد؟
اطلاعیه Retraction وارد جزئیات رنگ‌بندی و نوع هر لاین نشد، اما صراحتاً اعلام کرد که نگرانی‌هایی درباره:
“duplication of lanes within Figure 2 and between Figure 2 and Figure 5”

مطرح شده است.

نویسندگان نیز دیگر قادر به یافتن داده‌های اصلی زیربنای این تصاویر نبودند. در نتیجه، مقاله در ۲۲ فوریه ۲۰۲۲ پس گرفته شد. هشت نویسنده با ریترکشن و متن آن موافقت کردند و Wardah Mahmood به مکاتبات سردبیران پاسخ نداد.

اثر علمی این مشکل چه بود؟
اشکال ۲ و ۵ پشتوانه تصویری دو ادعای مهم بودند:
1️⃣ جداسازی cfDNA از DNA سلولی
2️⃣ مقایسه عملکرد کیت‌های استخراج

با تکراری‌بودن لاین‌ها و نبود داده‌های اصلی، این شواهد دیگر قابل‌راستی‌آزمایی نبودند. بنابراین، ادعای دستیابی به cfDNA کاملاً خالص و برتری گزارش‌شده برای یک کیت، پشتوانه تصویری قابل‌اعتمادی نداشت.

این موضوع به‌معنای اثبات آلودگی نمونه‌ها یا نادرستی اصول استخراج cfDNA نیست؛ بلکه نشان می‌دهد شواهد ارائه‌شده برای اثبات خلوص، قابل اتکا نبودند. همچنین نتایج متیلاسیون Figures 1 و 3 مستقیماً موضوع Retraction Note نبودند، اما تفسیر آن‌ها به هویت و خلوص cfDNA وابسته بود.

نکته مهم‌تر اینکه ندیدن باند gDNA روی ژل، فقط نبود آلودگی قابل‌مشاهده در حد حساسیت همان روش را نشان می‌دهد؛ نه نبود قطعی هرگونه DNA سلولی.


درس این پرونده:
نگهداری داده‌های خام بخشی فرعی از پژوهش نیست. وقتی تصویر منتشرشده محل تردید باشد، داده اصلی تنها راه بازسازی آزمایش و تشخیص خطا از سایر احتمالات است.
تصویر بدون داده خام، شواهدی است که امکان ممیزی آن از بین رفته است.

🔗 اطلاعیه رسمی ریترکشن:
https://www.nature.com/articles/s41598-022-07275-4
🔗 مقاله اصلی:
https://www.nature.com/articles/s41598-020-79126-z


#Retraction_Files #Nucleic_Acid
━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━
@Connectosome
2👍2👌2
CONNECTOSOME CHEAT SHEET: Extraction Yield, Purity & Process Failures
━━━━━━━━━━━━━━━━━━

بازده پایین، نسبت‌های خلوص نامطلوب یا باقی‌ماندن pellet همیشه یک علت واحد ندارند؛ خطا ممکن است از لیز، اتصال، شست‌وشو، الوشن یا خود روش اندازه‌گیری ناشی شده باشد.

این ماتریس، خطاهای فرایند استخراج و خالص‌سازی DNA/RNA را به یک مسیر عیب‌یابی عملی متصل می‌کند:

▫️ Yield & Measurement
تفکیک بازده پایین واقعی از خطای UV/فلورومتری و اثر blank نامتناسب.

▫️ Purity & Carryover
تفسیر A260/280 و A260/230 و بررسی carryover فنول، نمک، الکل و مواد شوینده.

▫️ Pellet, Column & Elution
عیب‌یابی pellet نامحلول، گرفتگی ستون، باقی‌ماندن wash و بازیابی ضعیف در elution.

همراه با جدول اقدامات ممنوع و اصلاح صحیح برای جلوگیری از تشدید خطا.

Prepared by: Connectosome Protocol Troubleshooting & Optimization Desk

#Nucleic_Acid #Cheat_Sheet

🔗 High-Resolution Print File
🔗 TROUBLESHOOTING NOTE
━━━━━━━━━━━━━━━━

فراتر از ژورنال‌خوانی روزمره؛
هاب تخصصی پژوهشگران علوم زیستی.
@Connectosome
5🔥2🙏1
Connectosome_AuditDesk_Nucleic_Acid_Extraction_&_Purification_Hardware.pdf
4.1 MB
CONNECTOSOME SOP: Nucleic Acid Hardware & Consumables Troubleshooting
━━━━━━━━━━━━━━━━━━━

در استخراج و سنجش اسیدهای نوکلئیک، یک نتیجه غیرعادی همیشه به معنای خرابی دستگاه نیست؛ خطا ممکن است از Blank، مواد مصرفی، شرایط اپتیکی، کالیبراسیون یا اجزای فرایند استخراج ناشی شود.

این راهنما مسیر عیب‌یابی چهار سیستم پرکاربرد را ارائه می‌کند:

▫️ NanoDrop 2000
خطاهای Blank، تشکیل ستون مایع، نوسان قرائت و نگهداری پدستال.

▫️ Qubit 4 Fluorometer
خطاهای Calibration، استانداردها، تیوب، Working Solution و نتایج خارج از محدوده.

▫️ SPECORD 50
بررسی Baseline، کووت، نویز و آزمون‌های اعتبارسنجی اپتیکی.

▫️ QIAamp Systems
رفع گرفتگی ستون، باقی‌ماندن اتانول، Elution ضعیف و خطاهای سانتریفیوژ یا خلأ.

▫️ Stop / Replace / Repeat / Service
تعیین مرز اصلاح کاربر، تعویض مصرفی، تکرار آزمون و ارجاع فنی.


Prepared by: Connectosome Hardware & Technology Audit Desk
#Nucleic_Acid #Hardware_Audit
━━━━━━━━━━━━━━━━━━━

فراتر از اطلاعات سطحی و ژورنال‌خوانی روزمره؛
هاب تخصصی پژوهشگران علوم زیستی.
@Connectosome
5👏3🔥2👍1
هر مسیر علمی، واقعیتی فراتر از نام یک رشته یا گرایش دارد.

پشت هر انتخاب، اساتیدی با دیدگاه‌ها و تجربه‌های متفاوت، تیم‌هایی با مسیرهای پژوهشی مشخص و فرصت‌هایی وجود دارند که در معرفی‌های رسمی کمتر دیده می‌شوند.

«آن‌سوی انتخاب رشته» روایتی مستقیم از همین بخش کمتر دیده‌شده است؛ از اساتید و تیم‌های علمی فعال و شاخص کشور در حوزه‌های زیست‌شناسی و بیوتکنولوژی؛ از زمینه‌های تخصصی و پروژه‌های پژوهشی تا امکانات، فضای فعالیت تیم‌ها و فرصت‌های پیش روی دانشجویان.

این مجموعه برای کسانی شکل گرفته است که می‌خواهند پیش از انتخاب رشته کارشناسی ارشد، کارآموزی یا آغاز یک همکاری پژوهشی، نه فقط نام‌ها، بلکه مسیر واقعی پژوهش را بشناسند.

محتوای این مجموعه با دسترسی آزاد و رایگان در کانکتوزوم منتشر خواهد شد.



آن‌سوی انتخاب رشته؛ برای شناختن آنچه در انتخاب‌ها دیده نمی‌شود.
تابستان ۱۴۰۵ | کانکتوزوم
@Connectosome
🔥10👏2💯1
Media is too big
VIEW IN TELEGRAM
آن‌سوی انتخاب رشته | قسمت 1


در این قسمت، دکتر بیژن بمبئی، عضو هیئت علمی پژوهشگاه ملی مهندسی ژنتیک و زیست فناوری، از مسیر پژوهشی تیم خود در حوزه توسعه سویه و بیوتکنولوژی پروتئین می‌گوید.

━━━━━━━━━━━━━━━━━

آن‌سوی انتخاب رشته؛ برای شناختن آنچه در انتخاب‌ها دیده نمی‌شود.

تابستان ۱۴۰۵ | کانکتوزوم
@Connectosome
19👏6🔥2