📝 #خلاصه_ارائه
🧬 #پیش_بینی_بی_نظمی_پروتئین


یک پروتئین ذاتا بی‌نظم، پروتئینی است که فاقد ساختار سه بعدی ثابت یا منظم است. یافتن پروتئین‌های ساختاری ناپایدار یا پروتئین‌های نامنظم، یک مسئله مهم در طول سه دهه گذشته بوده است. روش‌های آزمایشگاهی معمولاً زمان‌بر و پرهزینه هستند و به همین دلیل نیاز است تا از روش‌های محاسباتی برای پر کردن شکاف بین توالی‌ها و ساختارهای کشف‌شده برای یافتن پروتئین‌های ذاتا بی‌نظم استفاده شود.
در این سمینار مدلی ارائه می‌شود که با استفاده از روش‌های محاسباتی، بی‌نظمی پروتئین‌ها را پیش بینی کند.

👩🏻‍💻 #ارائه_دهنده: #فاطمه_مردانی
⏰ چهارشنبه، ۱۰ آذرماه ۱۴۰۰، ساعت ۱۸

@CBRC_aut

🔔پنجمین شماره از نشریه "به توان سلول" منتشر شد.✨
🧬🔬🧫🧪

🔅صاحب امتیاز: انجمن سلول‌های بنیادی و پزشکی بازساختی دانشگاه الزهرا تهران

🔅سال دوم، شماره پنجم، پاییز ۱۴۰۰

🔅مدیرمسئول و سردبیر:
شایسته مقدم‌راد

•°•°•°•°•°•°•°•°•°•°•°•°•°•°•°•°•°•°•

🔰در این شماره خواهید خواند:

🌀نقش اگزوزوم‌ها در پزشکی بازساختی

🌀کاشفان ایدز: دو دانشمند افسانه‌ای

🌀هوش مصنوعی به جنگ کرونا می‌رود

🌀سلول بنیادی، پایانی بر کابوس بیماری EB

🌀 ذخیره‌سازی اطلاعات روی DNA

🌀دارورسانی هدفمند

🌀نقش HSP70 در حفاظت از تاردیگریدها

🌀زیست نگار

🧬📚✨
📚نشریه دانشجویی به توان سلول
📚@Btavancell_AUT

🔹 دومین دوره از سمینارهای هفتگی آزمایشگاه زیست محاسباتی CBRC

طراحی پروتئین

🧬 جلسه چهارم : بررسی تعامل پروتئین-متابولیت با استفاده از شبکه متابولیک

👩🏻‍💻 ارائه دهنده: فیاض سلیمانی

⏰ چهارشنبه، ۱۷ آذر ماه ۱۴۰۰، ساعت ۱۸

👥 شرکت در این جلسات برای عموم آزاد و رایگان است.

🌐 لینک برگزاری: http://meeting.aut.ac.ir/bioinformatic

@CBRC_aut

📝 #خلاصه_ارائه
🧬 بررسی تعامل پروتئین-متابولیت با استفاده از شبکه‌های متابولیک

شبکه‌های متابولیک در سطح ژن برای میکروارگانیسم های مختلف به سرعت در حال دسترسی‌پذیری هستند. در نتیجه ابزارهای محاسباتی گوناگونی  به خصوص برای بهینه‌سازی ریاضی درحال توسعه هستند که کمک قابل ملاحظه‌ای برای آنالیز شبکه‌های متابولیکی می‌کنند.
در این ارائه ابتدا تعاریف و مفاهیم پایه‌ای شبکه‌های متابولیک بیان می‌شود. در ادامه پایگاه داده BiGG برای استفاده از شبکه‌های در سطح ژن معرفی می‌گردد. سپس  نحوه مدلسازی شبکه‌های متابولیک با استفاده از ماتریس استکیومتری بیان می‌شود. سپس مسئله تعامل بین متابولیت و پروتئین بیان گردیده و روش‌های آزمایشگاهی و محاسباتی بررسی می‌شوند و پایگاه داده مورد نیاز برای مسئله، STITCH مورد بررسی قرار می‌گیرد.

🧑🏻‍💻#ارائه_دهنده : #فیاض_سلیمانی
⏰ چهارشنبه، ۱۷ آذرماه ۱۴۰۰، ساعت ۱۸

@CBRC_aut

تمامی ویدئوهای مربوط به دوره "طراحی پروتئین" از سلسله سمینارهای آزمایشگاه زیست‌شناسی محاسباتی CBRC بارگذاری شده است.
هم اکنون با کلیک بر روی لینک زیر، می‌توانید آن‌ها را مشاهده نمایید:

🌐https://www.aparat.com/v/cQIjS?playlist=1383510&Weekly_Online_Seminars_-_2021-_Protein_Desig

📢 سومین دوره از سمینارهای هفتگی آزمایشگاه زیست محاسباتی CBRC


🔔 سومین دوره از این جلسات، با موضوع "RNA"برگزار می‌گردد.



📝 سرفصل ارائه ها به شرح زیر می باشد:

🔹 ابزار CRISPER

🔸 طراحی سه بعدی RNA

🔹 تنظیم اپی ژنیتیکی بیان ژن در سرطان

🔸 تعامل پروتئین و RNA

🔹 رمزگذار RNA

🔸 Read Mapping

🔹 شناسایی توالی‌های کات به وسیله یادگیری ماشین


📅 از چهارشنبه، ۸ دی ماه ۱۴۰۰

@cbrc_aut

📢 شروع سمینارهای زمستانه آزمایشگاه CBRC

پس از برگزاری سمینارهای پاییزه با موضوعات "طراحی دارو" و "پروتئین"، مفتخریم به اطلاع شما برسانیم سمینارهای زمستانه آزمایشگاه CBRC از چهارشنبه، هشتم دی ماه، در دو دسته RNA و بیماری آغاز خواهد شد.

@CBRC_aut

برای آشنایی با مفاهیم مرتبط با RNA، می توانید با کلیک بر روی لینک زیر و یا اسکن کد QR تصویر به صفحه مربوطه هدایت شوید:

https://www.aparat.com/v/4KG7a?playlist=938672

@CBRC_aut

🔹 سومین دوره از سمینارهای هفتگی آزمایشگاه زیست محاسباتی CBRC

دوره RNA

🧬 جلسه اول : ابزار CRISPR

👩🏻‍💻 ارائه دهنده: زهرا وحدانی

⏰ چهارشنبه، ۸ دی ماه ۱۴۰۰، ساعت ۱۸

👥 شرکت در این جلسات برای عموم آزاد و رایگان است.

🌐 لینک برگزاری: http://meeting.aut.ac.ir/bioinformatic

@CBRC_aut

📝 #خلاصه_ارائه

🧬 ابزار CRISPR

کریسپر ابزاری جهت ویرایش ژن برای درمان بیماری های ژنتیکی که در اثر جهش های ژنتیکی ایجاد شدند، می‌باشد. یک سیستم کریسپر شامل چند بخش است:
۱-ا DNA ای که می خواهیم عمل ویرایش را روی آن انجام بدهیم.
۲-ا Guide RNA را که طراحی می کنیم جهت شناسایی DNA مورد نظر.
۳-ا پروتئین Cas که قرار است DNA شناسایی شده را برای ما برش بدهد.
از سیستم کریسپر برای جهش زایی، خاموش کردن ژن، انتقال و جایگزینی توالی، اتصال به توالی ژن برای تنظیم بیان ژن، نشان گذاری DNA و یا ایجاد تغییرات اپی ژنتیک هدفمند نیز استفاده می شود. در کریسپر gRNA را می توان با روش‌های محاسباتی هدفمند طراحی کرد که بتواند محل مورد نظر را شناسایی کند و برای عمل برش را انجام دهد.

#ارائه_دهنده : #زهرا_وحدانی

⏰ چهارشنبه، ۸ دی ماه ۱۴۰۰،ساعت ۱۸

@CBRC_aut

✨ رویداد CWS، کنفرانسی با جدیدترین دستاوردها و پژوهش های علوم و مهندسی کامپیوتر

موضوعاتی چون : بیوتکنولوژی، ماشین لرنینگ، رباتیک، کلود کامپیوتینگ، محاسبات کوانتومی

🎙 رویداد شامل سخنرانی های آکادمیک، صنعتی، ورک شاپ و میزگرد می باشد.

🔗 ثبت نام رایگان : ۱۰ الی ۲۵ دی ماه در سایت
📆 زمان برگزاری : ۱۰ الی ۱۵ بهمن ماه، آنلاین

Twitter | LinkedIn | Instagram

🔹 سومین دوره از سمینارهای هفتگی آزمایشگاه زیست محاسباتی CBRC

دوره RNA

🧬 جلسه دوم : طراحی سه بعدی RNA

👩🏻‍💻 ارائه دهنده: سارا نوری زاده

⏰ چهارشنبه، ۱۵ دی ماه ۱۴۰۰، ساعت ۱۸

👥 شرکت در این جلسات برای عموم آزاد و رایگان است.

🌐 لینک برگزاری: http://meeting.aut.ac.ir/bioinformatic

@CBRC_aut

📝 #خلاصه_ارائه
🧬 طراحی سه بعدی RNA

ریبونوکلئیک اسید (RNA) یکی از سه درشت مولکول اصلی در بدن تمام موجودات زنده است.با توجه به اهمیت RNA و کاربرد آن در زمینه های طراحی دارو و درمان بیماری٬ لازم است بتوان RNAهای جدید با عملکرد دلخواه تولید کرد. از آن جا که ساختار سوم RNAها بیانگر عملکرد آنها هستند٬ نیاز به طراحی یک توالی است که در هنگام تاخوردگی٬ ساختار سوم دلخواه را به خود بگیرد.
با توجه به هزینه ی زیاد روش های آزمایشگاهی و زمان بر بودن این روش ها٬ سعی می شود تا با استفاده از روش های محاسباتی به حل آن ها پرداخته شود. به علت NP-سخت بودن این مسئله٬ حل آن نیازمند الگوریتم های مکاشفه ای است.
در این سمینار٬ روش جدیدی مبنی بر یادگیری عمیق٬ برای طراحی RNA با استفاده از ساختار سوم با طول توالی بیش از ۵۰ ارائه می‌شود.

#ارائه_دهنده: #سارا_نوری_زاده
⏰ امروز، ساعت 18

🔹 سومین دوره از سمینارهای هفتگی آزمایشگاه زیست محاسباتی CBRC

دوره RNA

🧬 جلسه سوم : تنظیم اپی‌ژنتیکی بیان ژن در سرطان

👩🏻‍💻 ارائه دهنده: مینا شایگان

⏰ چهارشنبه، 22 دی ماه ۱۴۰۰، ساعت ۱۸

👥 شرکت در این جلسات برای عموم آزاد و رایگان است.

🌐 لینک برگزاری: http://meeting.aut.ac.ir/bioinformatic

@CBRC_aut

📝 #خلاصه_ارائه
🧬 تنظیم اپی‌ژنتیکی بیان ژن در سرطان

سرطان در نهایت یک بیماری بیان ژن است که در آن شبکه های پیچیده حاکم بر هموستاز در موجودات چند سلولی مختل می شوند و به سلول ها اجازه می دهند بدون اشاره به نیازهای ارگانیسم به عنوان یک کل رشد کنند. با این حال، چشم انداز تغییرات ژنتیکی برای توضیح تغییرات بیان ژن فراگیر و تغییرات عملکرد سلولی در سرطان کافی نیست. روشن کردن روابط بین مکانیسم های مختلف اپی ژنتیک و تنظیم بیان ژن آنها برای یافتن منابع پنهان تنوع در سرطان و انتخاب درمانی ضروری می‌سازد. تغییرات اپی ژنتیکی تغییرات ژنومی را در طول پیشرفت سرطان و پاسخ درمانی تکمیل می کند.
در این سمینار، تغییرات اپی‌ژنتیکی را به همراه پایگاه داده‌ها و روش‌های تجزیه و تحلیل آنها ارائه می‌دهیم. در نهایت روابط بین تنظیم اپی ژنتیک و بیان ژن یا پروتئین را تعریف می‌کنیم تا بتوانیم با تعیین مکانیسم های تنظیمی اپی ژنتیک واقعی و محرک های آسیب شناسی سرطان، درمان های اپی ژنتیکی ایجاد کنیم.


#ارائه_دهنده: #مینا_شایگان
⏰ امروز، ساعت 18

🔹 سومین دوره از سمینارهای هفتگی آزمایشگاه زیست محاسباتی CBRC

دوره RNA

🧬 جلسه سوم : تعامل RNA و پروتئین

👩🏻‍💻 ارائه دهنده: نیکتا گوهری صدر

⏰ چهارشنبه، ۲۹ دی ماه ۱۴۰۰، ساعت ۱۸

👥 شرکت در این جلسات برای عموم آزاد و رایگان است.

🌐 لینک برگزاری: http://meeting.aut.ac.ir/bioinformatic

@CBRC_aut

#خلاصه_ارائه
🧬 تعامل RNA و پروتئین

📝 تعاملات آر‌ان‌ای و پروتئین نقش مهمی در فرآیندهای سلولی بنیادی موثر در بیماری های انسان، حیوانات، گیاهان و همچنین تنظیمات بیان ژن دارند. با این حال، الگو و نحوه انتخاب این تعاملات به خوبی درک نشده‌اند. همچنین به دلیل هزینه‌بر و زمان‌گیر بودن روش‌های آزمایشگاهی، نیاز به توسعه روش های محاسباتی قابل اعتماد وجود دارد. پیش‌بینی این تعاملات نیازمند بررسی اطلاعات ساختاری مولکول‌ها می‌باشد، در حالی که این اطلاعات همیشه در دسترس نیست. از طرفی نتیجه تحقیقات روی مدل‌های ترنسفورمر نشان می‌دهد که آن‌ها می‌توانند به خوبی از توالی‌های آران‌ای و پروتئین اطلاعات بیوشیمیایی، بیوفیزیکی و ساختاری مهمی را استخراج کنند.
در این سمینار، از دو ترنسفورمر ProtAlbert و DNABERT استفاده می‌شود تا نمایش مناسبی از ویژگی‌ توالی‌های آران‌ای‌ و پروتئین‌ ساخته شود تا با استفاده از یک مدل یادگیری، تعاملات بین این دو مولکول را پیشگویی شود.


#ارائه_دهنده : #نیکتا_گوهری_صدر
⏰ چهارشنبه، 29 دی ماه 1400، ساعت 18
@CBRC_aut

🔹 سومین دوره از سمینارهای هفتگی آزمایشگاه زیست محاسباتی CBRC

دوره RNA

🧬 جلسه چهارم : رمزگذار RNA

👨🏻‍💻 ارائه دهنده: آرمین بهجتی

⏰ چهارشنبه، ۶ بهمن ماه ۱۴۰۰، ساعت ۱۸

👥 شرکت در این جلسات برای عموم آزاد و رایگان است.

🌐 لینک برگزاری: http://meeting.aut.ac.ir/bioinformatic

@CBRC_aut

🔹 سومین دوره از سمینارهای هفتگی آزمایشگاه زیست محاسباتی CBRC

دوره RNA

🧬 جلسه پنجم : نمایش گونه های ژنتیکی در ژنوم مرجع با ابزار vg

👨🏻‍💻 ارائه دهنده: سید مصطفی مشکاتی

⏰ چهارشنبه، ۱۳ بهمن ماه ۱۴۰۰، ساعت ۱۸

👥 شرکت در این جلسات برای عموم آزاد و رایگان است.

🌐 لینک برگزاری: http://meeting.aut.ac.ir/bioinformatic

@CBRC_aut

#خلاصه_ارائه
🧬 نمایش گونه های ژنتیکی در ژنوم مرجع با ابزار vg

📝 نقش ژنوم مرجع در بسیاری از تحلیل‌های توالی DNA بر کسی پوشیده نیست. از طرفی استفاده از ژنوم مرجع خطی مرسوم در ابزارها، عموما تنها یک نسخه از ژنوم را در هر جایگاه نشان‌داده و موجب ایجاد بایاس در تحلیل نسبت به ژنوم مرجع می‌شود و از طرفی دیگر، ممکن از باعث نادیده گرفتن گونه‌های مختلف در جمعیت شود.
گراف‌های گونه، نوعی از گراف‌ها هستند که به صورت فشرده، گونه‌های ژنتیکی مختلف را در جمعیت نمایش داده و می‌توانند در تحلیل‌های ژنتیکی به ما کمک کنند.
در این ارائه، به معرفی ابزار vg خواهیم پرداخت که با امکانات مختلف و بهره‌مندی از گراف‌های گونه، موجب استفاده از ساختاری گرافی برای بیان ژنوم مرجع می‌شود تا گونه‌های مختلف در جمعیت دیده شده و بایاس نسبت به ژنوم مرجع کمتر شود.

👨🏻‍💻 ارائه دهنده : #سید_مصطفی_مشکاتی
⏰ چهارشنبه، ۱۳ بهمن ماه ۱۴۰۰، ساعت ۱۸

@CBRC_aut

چنانچه در جلسه اشاره شده، سمینارهای رویداد CWS با موضوع " بایوتک " روز جمعه برگزار خواهد شد.