ایمی در واقع شاهد حمله به سونیک و لانگ‌کلاو بوده است، حمله‌ ای که درست پیش از فرستاده شدن سونیک به زمین اتفاق افتاد. به همین دلیل، ایمی از همان ابتدا با سونیک آشنایی دارد و می‌داند او کیست. در فیلم چهارم نیز برای کمک گرفتن از سونیک، برای پیدا کردن او و درخواست کمک، به دنبالش می‌ گردد.

سفر در زمان، بخش اصلی داستان فیلم چهارم سونیک خواهد بود. در این فیلم، تیم سونیک به دوره‌های زمانی مختلف سفر می‌کند تا کیاس امرلد ها را که در زمان‌ های گوناگون پراکنده شده‌ اند، پیدا کند. آنها باید با جمع‌آوری این امرلد ها، خط زمانی فاجعه‌باری را که به ظهور امپراتور اگمن (Emperor Eggman) منجر می‌ شود، اصلاح کنند و مانع شکل‌گیری آن شوند.

جیم کری بار دیگر در فیلم چهارم سونیک دو نقش متفاوت را ایفا خواهد کرد. یکی از آن‌ها دکتر اگمنِ زمان حال است. همان نسخه‌ای که در پایان فیلم سوم سونیک دیدیم و تصور می‌ کردیم با فدا کردن خودش، مسیرش را تغییر داده و به سمت خوبی رفته است. اما برخلاف چیزی که به نظر می‌ رسید، نه اگمن و نه شدو در آن انفجار کشته نشدند، بلکه هر دوی آنها به گذشته منتقل شدند.

در داستان فیلم، شاهد دو نسخه متفاوت از اگمن خواهیم بود: اگمنِ زمان حال و امپراتور اگمن، نسخه‌ای شرور از او که در یک خط زمانی تاریک، شهری آینده‌نگر به نام نئو سن‌فرانسیسکو ۲۰۹۹ (Neo San Fran 2099) را به تسخیر خود درآورده است. نکته جالب اینجاست که این دو نسخه از اگمن با یکدیگر روبه‌رو می‌ شوند و تعاملات و گفت‌وگوهای آنها را در طول فیلم خواهیم دید.