Из рекламы. Ждем с нетерпением ))

Все фигня, кроме пчел.
Готовлюсь к одному выступлению и решил последовать всеобщей моде и вставить картинки с динамикой публикаций по теме доклада. А потом ради интереса задал еще несколько произвольных запросов, и вот что получилось.

Кстати, о самих пчелах: honey bee, 26 661 result

В общем
Главным делом все науки
Может стать любой пустяк
Только важно очень верить,
Что возьмут в итоге в Nature

Cancel culture в действии.

Решил сегодня прочитать внимательно одну очень дельную статью европейских коллег по нашей тематике. И прямо восхитился литературному изяществу, с помощью которого они, процитировав нашу обобщающую работу, избегают создавать у читателя впечатление, что данная концепция (роли барьера О-антигена в детерминации чувствительности колей и не только их к фагам) была фактически сделана нами примерно с начала до полной ясности с формулировкой перспектив и гипотез.
Вставлю отдельным постом текст на английском с английскими же комментариями (вдруг кому пригодится для политической аргументации на международных полях орошения). Это все был компактный фрагмент в 296 слов, мои купюры не велики.

Так что я прямо горд за свою работу, так выпетливать за пустяк не стали бы. Хотя, конечно, мы бы предпочли наличными.....

Bacterial exopolysaccharides and the dense O-antigen layer of the LPS effectively shield the cell surface from the access of tailed phages unless the phage carries enzymatic tailspikes or glycan-targeting tail fibers to specifically bind them as part of primary receptor recognition [28,29,31,33,34] (Fig 1A).

Noteworthy, this sentence uses characteristic phrases from our writings though this is hard to proof, the expressions as “O-antigen layer”, “effectively shields the cell surface” became signatures of our texts.

Ref 28 – The work from 1986, where the effect was indeed seen for the first time but the discovery wasn’t followed and got forgotten until our work. We keep citing it since 2015
Ref 29 – My 2023 review, in which this theory, based on a ca. 20 our papers and supported by external evidence, was explicitly fomulated and even illustrated by a figure.
Ref 30 – A very bad paper in BioRxive that made this statement based on the data which in fact do not support it neither contradict it. Interestingly, they also cited us nevertheless claiming they discovered the things we described 6 years before.
Ref 31 – A nice editorial sketch presenting our paper in the same issue
Ref 33 – A relevant paper but not demonstrating the effect in question
Ref 34 – A good general 2024 review about phage penetration, far from being focused on the topic of this sentence.
N.B. None of our experimental work cited or non-cited in the 2023 review is mentioned, despite the fact that between 2015 and 2021 we were almost only group actively exploring the effect of the O-antigen barrier.

Consequently, the variability of the ca. 180 different types of O-antigen and other surface structures greatly contribute to the observed narrow host range of most enterobacterial phages [10,30,35,36].

Refs do not include any of our papers despite their high relevance to the claim

This diversity is further increased by accessory O-antigen modification systems that can alter the polysaccharide chains, e.g., by acetylation or glycosylation [36].

Ref 36 is a review of OPS biochemistry. Meanwhile we were the fist to demonstrate the role of the mentioned OPS acetylation for interactions with phages…. including the paper presented by the editorial ref 31, even ref 29 is not mentioned here.

[….]
The shielding of surface receptors by the O-antigen layer seems to be primarily due to its density because it is not more than 30 nm deep, while the tail fibers of model phages T4 (ca. 145 nm [37]), T5 (80 nm [38]), or T7 (30 nm [39]) could otherwise easily reach through it to the cell surface. However, these phages are completely blocked by restored O16-type O-antigen expression [10]

This concept was first suggested by us as early as in 2015 and analysed in depth in the review ref 29. Morover the role of the fibers length was analyzed in depth and a theory of mechanical force generated for the O-antigen penetration was described there.

Стал замечать, что со временем у меня туже переключается ментальная коробка передач между следующими режимами:

- выдача базы
- практический гуру
- чукча-читатель
- чукча-писатель (своей экспериментальной статьи)
- визионер
- аналитик нюансов
- собственно исследователь (планирующий конкретные эксперименты, анализирующий конкретные данные)

Я стараюсь все-таки выжимать сцепление и переключаться, но соблазн тронуться с четвертой передачи или доехать до следующего перекрестка на второй (водители поймут) очень велик. Наблюдая за другими коллегами своего и более старшего возрастного и карьерного статусов предвижу вторую угрозу. Выбрать из этих модальностей более подобающие твоему "уровню" (тм), и начать считать ниже своего достоинства вообще переключать передачи (а потом решить, что у тебя автомат, а не просто заевшая перетычка).
А - адекватность. Да пребудет она с нами!

В процессе чтения свежих статей к докладу задумался о перспективах китайской науки. Со способностью китайцев и Китая проводить исследования, т. е. ставить эксперименты и делать выводы нет ни малейших проблем. Они научились примерно всему за 10 лет. Однако, как кажется, у них совсем другая ценностная модель, из-за чего их работы как правило дырявые. Вот, прямо сейчас читаю интересную статью из продвинутого журнала и не могу понять простых вещей относительно дизайна эксперимента и оснований для некоторых выводов. Такого рода проблемы бывают у всех, нет надобности становиться китайцем, чтобы плохо писать статьи. Но у нас, например, есть четкий градиент качества. Чем выше журнал, тем лучше написаны российские статьи в нем, безотносительно ценности самих результатов. Китайские же коллеги умудряются со своим специфическим стилем публиковаться очень высоко. Все это, предположительно, создает сложности с превращением данных в знание. А поскольку китайский вклад в общую постройку научного "здания знания" быстро растет и через 5 лет будет доминирующим, возникает опасение, не уйдем ли мы в коллективные грезы об устройстве материального мира? Всем другим вещам, как ставить контроли, даже как придумывать идеи кииайцы поразительно быстро учатся. Но ценностную парадигму они, как мне видится, заимствовать не собираются, поддерживая полнейший аксиологический суверенитет. Следует ли ожидать "гражданской войны" в мировой науке?

Вышел новый Университетский практикум по вирусологии. Догадайтесь, кто писал главы по бактериофагам и где работают эти люди))

Вообще, издание этой книги — творческий и административный подвиг каф вирусологии и ее заведующей Ольги Вячеславовны Карповой! Я искренне поздравляю коллег, а о книге черкну пару строк вечером, когда чуть полистаю другие главы. Издание планировалось к юбилею МГУ, но не все так просто в больших учреждениях. Уверен, если бы лет 15 назад обошлись без об’единения всего МГУ в единое юрлицо, сэкономили бы и кровь, и время и деньги. Но пусть будет мед отдельно, а деготь отдельно — все ведь получилось в конечном итоге.

Ну что же, люди добрые, простите, если кого обидел!

В следующую пятницу на РКММИ (https://rcmmi.ru/programma) запланирован мой пленарный доклад с амбициозным названием "Биологические принципы фаговой терапии и профилактики" и испытываю по этому поводу синдром самозванца. По привычке полез обновлять базу данных в голове, и как всегда установил три вещи, по возрастанию важности:
1) Упустил много нового и интересного, надо больше читать, но....
2) Глобально ничего особенно не изменилось (что, можно и не читать? чур меня!)
3) Честно говоря, я не понимаю как работает ФТ, и на каком основании вместо того, чтобы рассказать о собственных исследованиях, я взялся вот за это (однако тот, кто скажет, что понимает лучше пусть кидает свой камень, но это крайне небезопасно).

При этом ситуация с этой технологией вообще сюрреалистическая:

В 1930-е в СССР случился практически золотой век ФТ, это при том, что большинство тогдашних гигантов науки и практики (включая Ермольеву, Гамалею, Фишера) не только не понимали, что такое бактериофаг, но и из двух доступных тогда неверных теорий принимали скорее самую ошибочную (возможно, исключением был хитрый еврей Лурье, но он сидел у себя в Баку и на союзный уровень почти и не лез). Тем не менее, товарищи советские ученые отлично разобрались в фактах и четко использовали имевшиеся возможности, не смотря на ложную ментальную модель). Правда, разрыв практики с теорией потом привел к стагнации, но это уже сильно после войны... , но свобода находить и сразу с колес использовать биоразнообразие фагов (хотя они это описывали совсем по-иному) компенсировала недостаток знания в тот момент. Смешно да, свобода образца второй половины 1930-х дала возможности сделать многие вещи лучше, чем получается в наши дни!

Сейчас же хорошее понимание природы и разнообразия фагов как раз пораждает (и у нас, и вовне) главную проблему - регуляторный затык. Что, в свою очередь, тормозит и практику и теорию, но теорию не фундаментальную (здесь в мире все хорошо, а у нас "дайте денег и отойдите, и мы сделаем вам красиво"), а именно что приближенную к клинике. То есть, по буквам: понимание природы фагов блокирует их адекватное применение и не дает развиваться науки в сторону практики.

Воистину, мы, люди, – великолепные мастера создания себе проблем ))

Поздравляю с праздником всех прямо и даже косвенно причастных!
Мой канал в основном про науку и ученых, но рискну сделать неожиданное утверждение, что военное дело и наука имеют в своей ментальной основе много общего. Да, ценностные установки и стиль, скажем больше, глубинные настройки личностной архитектуры ученого и военного, если брать хороших профессионалов в своих областях, (в среднем) сильно отличаются. Но, парадоксально, эти установки гораздо более совместимы, чем (пожалуй, пропущу примеры сравнения ) Неоднократно замечал, что при общении с офицерами классических родов оружия, танкистами, летчиками, артиллеристами и пр., удивительно легко находишь общий язык. Со спецназом сложнее, хотя они очень бравые ребята, и к ним мои поздравления полностью относятся. Аллегорически, как мне видится, ученых и военных можно сравнить с разными породами собак. Выглядят по-разному, задачи у них различные, но есть общая частота. В общем, вполне себе братья по разуму. Так что с праздником вас, братья!

"Если в науках, как мне представляется, я вполне кометентен, то в делах житейских мои способности весьма ограничены, потому что я постоянно поддаюсь искушению следовать логике, тогда как в этой сфере нет ничего логичного"

Ф. д'Эрель

Под житейскими делами он имел в виду скорее бизнес, а не личную жизнь

Забавное видео на образовательную тему попалось.
Креативность молодых людей радует, и она позволяет подсластить довольно горькую пилюлю формализации отношений университетов со студентами. Пока не у нас, но "мы идем к вам". Когда я работал у коллег в университете Лестера, меня поразило, что дипломнице нужно было прекратить ходить в лабораторию после некоторой даты (а начать раньше тоже нельзя) поскольку .... необходимо обеспечить равенство условий выполнения дипломной работы. Это же часть общего рейтинга.
А у нас в МГУ уже есть довольно много случаев не вполне адекватных жалоб студентов начальству, вплоть до судов, на тему "в программе написано 10 лекций по вирусам брякозявров, а де-факто их было 8" (лектор заболел, а потом день лекции выпал на праздник). Ну а что, если образование - услуга, причем услуга платная, так и почувствуйте себя клиентом. Но студент не клиент, но и не проситель. По-хорошему, это младший коллега. А вы можете себе представить себе идею ношения креативных бумажных шлемов на заседании какого-нибудь экспертного совета РНФ, чтобы (например) обеспечить равенство весов мнений экспертов. Академик N в маске слона и доктор M в шляпе в плотной вуалью.....

Вчера выступил с докладом на секции профилаткической медицины ОМН РАН (микробиология, вирусология и эпидемиология относятся именно к этой секции, не спрашивайте меня почему).
Прошло с огоньком, вопросы задавали в основном не по содержанию доклада (наши результаты всех устроили, но не зацепили, ибо носят специальный характер), а про фаговую терапию и фагов в принципе, что было здорово. Не обошлось и без пары "критических наездов". Один в разделе вопросов, и с ним мне помогла справиться покойная акад. Ермольева (точнее слайд с ее документом в "подвале" презентации), а второй в выступлениях, с чем я уже ничего не мог сделать т. к. ответ не подразумевался регламентом. Но меня неожиданно выручил председатель акад. В. В. Зверев, за что я ему весьма признателен. В качестве вишенки мне предложили доработать проект Постановления, добавив туда некоторые положения из документа Ермольевой от 1939 г. Вообще, в нашей области происходят удивительные вещи с самим временем. Прогресс очень быстрый, но идеи возрастом в 70—100 лет неожиданно оказываются актуальны и не проработаны в должной мере. Как видим, организационных идей это тоже касается.

Обдумывал результаты экзамена у студентов. В этом году сдали плохо, хотя есть счастливые исключения. Год на год не приходится, ничего страшного в целом, но вот что удивило: у большинства троечников проблемы не в осознании сложных и запутанных нюансов, а в четком понимании простых вещей. Человек, способный разложить у себя в голове информацию «по полочкам», выглядит гением.

Важнейшими проявлениями компетентности являются осознание ограничений оной и способность честно признавать эти ограничения, в том числе публично.